日本的南北朝发生于1336年-1392年，之前为镰仓时代，之后为室町时代。在这段时期里，日本同时出现了南、北两个天皇，并有各自的承传。
南北朝的形成
后醍醐天皇灭镰仓幕府后，进行首度王政复古，推行新政，史称建武新政。由于新政未能满足武士要求，且仅重用京都公卿贵族，故引起武士不满。当中倒幕大将足利尊氏更为不满，其虽被赐予天皇名字中之尊字，但其有意开幕府，而后足利尊氏迫后醍醐天皇退位。新天皇光严天皇策封他为征夷大将军。是为北朝。
而后醍醐天皇退位后，持着天皇象征的三神器退往大和（今奈良县）的吉野，是为南朝，至此南北朝终于形成，史书还称为“一天二帝南北京”。
经过多次攻防后，南朝势力衰退，终于南朝天皇将三神器交给北朝天皇，南北朝时代于焉结束。
直至20世纪初期幸德秋水提出当时明治天皇的正统性问题，明治天皇最后作出结论：以南朝天皇为日本的正统，北朝天皇保留名号，但不列入正统。
镰仓幕府倒台之后，后醍醐天皇返回京都，重掌朝政。他胁迫光严天皇退位，废除院政、摄政、关白等分散天皇权力的旧体制，把被武士阶层夺走的权力再次集中在天皇手里。1334年改元为“建武”——这是汉光武帝消灭王莽后使用的年号，并实行新政。新政在一定程度上承认了武士和新兴领主的权益，但总体上还是利于皇室和贵族。后醍醐天皇有后妃18人，儿子18人，女儿18人。他立爱妃所生的皇子恒良亲王为太子，从而结束了持明院和大觉寺派交替继位的局面，史家称后醍醐的新政为“建武中兴”。
在推翻北条氏的军事行动中，建功颇著的足利高氏，被后醍醐天皇从自己的名字“尊治”中提出一“尊”字赐为姓氏，足利高氏成了足利尊氏（1305-1358）。可是足利尊氏要的不止是一个高贵的姓氏，而是幕府将军的权势。1335年，足利尊氏借出兵平乱之机，要求天皇封他为征夷大将军和总追捕使的头衔，但天皇只给他一个征东将军的官职，因此与天皇有了嫌隙。而且，一般武士、领主实际所获与期望的目标相去甚远，对后醍醐政权渐由失望滋生不满。双方因利害无法调和，又酝酿新的冲突。1334年，后醍醐天皇密令皇子护良亲王（1308-1335）等谋杀足利尊，被足利尊得知，足利尊威逼后醍醐天皇捕杀了护良亲王，二人关系更加水火。
1335年，足利尊氏率军平息北条高时遗子北条时行的举兵事件，借机占据镰仓。足利尊氏与北朝的北严上皇取得联系。1336年5月，足利尊氏大败后醍醐天皇的朝廷军队，6月，攻入京都，8月，拥立光严上皇的弟弟为光明天皇。在迫不得已的情况下，后醍醐天皇把象征皇权的神器让渡给光明天皇（1321-1380），建武中兴就此结束。后醍醐天皇交出神器后被囚禁，1336年潜逃至京都之南的吉野山区，声明他让渡的神器是假的，所以自称正统还是在自己一方。因吉野在京都之南，习惯上被称为南朝，而京都的朝廷为北朝。从此日本天皇分为南北两系，光明天皇称北朝，后醍醐天皇称南朝，开始了持续半个世纪的南北对峙状态。南朝称北朝为伪朝，自然北朝也称南朝为伪朝。
日本历史上关于南北朝谁是正统的问题争论了几百年，有人说，北朝控制了全国大部分地方，所以是实际上的统治者，应该是正统。但也有人说，后醍醐让渡的神器是假的，因此正统还是在南朝一边。直到1911年，日本社会主义运动的先驱幸德秋水（1871-1911）因卷入暗杀天皇的“大逆案”中被审判时，他还振振有辞地说：“当今天皇难道不是从后南朝天皇手中抢压了三件神器的篡夺者的子孙吗？”一时，在日本国内引起一场轩然大波，政界元老山县有朋还就此咨询枢密院。最后，作为北朝天皇后代的明治天皇作出裁决，认定南朝为正统，北朝各天皇不列入天皇传承系列，但天皇地位及其待遇不变。因此，足利尊氏被视为乱臣贼子，而楠木正成成为忠于天皇的典范。
近来，随着人们的思想的开化和宽容，已不在注重这种无意义的纷争了，本来南、北朝双方的存在都代表了一定的合理性，正统的提法毕竟太陈旧了。
南朝所在的地理条件优越，而且其拥护者势力强大，所以后醍醐天皇一时还算风光。后来这些强大的拥护者相继去世，南朝日渐式微。只是由于足利氏内部的权力纷争和对皇室政策的分歧，才使南朝得以存在五十多年。
南北朝的统一
1336年11月，足利尊氏在京都室町开设幕府，标志着后醍醐天皇的新政结束。这之后，后醍醐天皇仍然组织军队，企图光复京都，但都以失败告终。1339年，后醍醐天皇在遗憾中去世，临死前，自己决定了谥号为“后醍醐”——希望重振醍醐天皇时代没有幕府、院政、关白的天皇独尊局势。后醍醐天皇遗命12岁的太子义良亲王继承皇位，是为后村上天皇。
第97代天皇：后村上天皇（1328-1368）（在位1339-1368）
第98代天皇：长庆天皇（1343-1394）（在位1368-1383）
第99代天皇：后龟山天皇（？-1424）（在位1383-1392）
第100代天皇：后小松天皇（1377-1433）（在位1382-1412）
正如幕府将军无视天皇的权威一样，这时日本社会也经常出现守护大名藐视将军，地方下层领主和武士挑战守护大名，甚至武士也不把天皇放在眼里的现象——人们称这种现象为“下克上”。例如，1342年的一天，北朝的光严上皇出巡时碰到一个美浓的守护土歧赖。上皇的近臣喝道：“上皇圣驾到此，快快下马！”土歧赖闻听非但没有下马，反而大怒道“你说清楚是院驾还是犬驾（日语中‘院’与‘犬’读音相近），若是犬驾，就射他一箭。”说着，真的拔箭而射。他的随从们一哄而上，把上皇车上的帘子扯掉，把车子掀翻，并把上皇身边的公卿打了一顿。事后，土歧赖被幕府处死，但引起下层武士更大的不满。有人说：“如果没有天皇不行的话，就用木雕一个，或以金铸一个，把活的天皇流放到别的地方去，省得惹麻烦。”有人哀叹道：“凤凰生末世，落魄亦堪悲；雉鸡遭野火，被逐无巢归。”
这时，天皇朝廷势力式微，形同小诸侯一般。1402年，明朝建文皇帝在给日本的圣旨中，称足利义满为“日本国王源道义”。足利义满在致明朝皇帝的国书中也自称“日本国王臣源”，幕府将军已成为国家最高权力的代表。足利义满自称“源道义”是因为足利氏是清河源氏的后裔，即清和天皇的嫡派子孙。就是后来的德川幕府家也是来自清河源氏，所以幕府将军的掌权不过是天皇的彼一支代替此一支而已。
南北朝统一之后，足利义满并没有履行自己当初的诺言，即仍旧恢复大觉寺派与持明院派天皇迭立的传统。南朝的皇族、公卿、将士异常愤慨，后龟山天皇也后悔不迭。1410年，后龟山逃出京都，再次在吉野山区建立南朝，史称后南朝。南朝的皇室后裔和臣子们为了恢复旧业，又不断地进行了将近半个世纪的斗争。1443年9月，曾有一伙强徒潜入皇宫，将神剑、神玺抢走，并以此拥戴南朝的皇胤反对幕府，事败后南朝皇族后代多人被杀。1457年，又是一起类似事件，牵连得南朝皇族几乎灭绝。
南北朝统一后，全国性战乱已经停止，大守护们的野心也得到适度的抑制，足利义满于1394年，让位给9岁的足利义持。他自己任太政大臣，在京都修建巨大的豪华宅邸——其中有讲究的鹿苑和辉煌的金阁寺，穿着中国明朝皇帝赠送的龙袍优哉悠哉。但是，足利幕府又面临着新的政治危机。
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