日本的南北朝發生於1336年-1392年，之前為鐮倉時代，之後為室町時代。在這段時期裏，日本同時出現了南、北兩個天皇，並有各自的承傳。
南北朝的形成
後醍醐天皇滅鐮倉幕府後，進行首度王政復古，推行新政，史稱建武新政。由於新政未能滿足武士要求，且僅重用京都公卿貴族，故引起武士不滿。當中倒幕大將足利尊氏更為不滿，其雖被賜予天皇名字中之尊字，但其有意開幕府，而後足利尊氏迫後醍醐天皇退位。新天皇光嚴天皇策封他為徵夷大將軍。是為北朝。
而後醍醐天皇退位後，持着天皇象徵的三神器退往大和（今奈良縣）的吉野，是為南朝，至此南北朝終於形成，史書還稱為“一天二帝南北京”。
經過多次攻防後，南朝勢力衰退，終於南朝天皇將三神器交給北朝天皇，南北朝時代於焉結束。
直至20世紀初期幸德秋水提出當時明治天皇的正統性問題，明治天皇最後作出結論：以南朝天皇為日本的正統，北朝天皇保留名號，但不列入正統。
鐮倉幕府倒臺之後，後醍醐天皇返回京都，重掌朝政。他脅迫光嚴天皇退位，廢除院政、攝政、關白等分散天皇權力的舊體製，把被武士階層奪走的權力再次集中在天皇手裏。1334年改元為“建武”——這是漢光武帝消滅王莽後使用的年號，並實行新政。新政在一定程度上承認了武士和新興領主的權益，但總體上還是利於皇室和貴族。後醍醐天皇有後妃18人，兒子18人，女兒18人。他立愛妃所生的皇子恆良親王為太子，從而結束了持明院和大覺寺派交替繼位的局面，史傢稱後醍醐的新政為“建武中興”。
在推翻北條氏的軍事行動中，建功頗著的足利高氏，被後醍醐天皇從自己的名字“尊治”中提出一“尊”字賜為姓氏，足利高氏成了足利尊氏（1305-1358）。可是足利尊氏要的不止是一個高貴的姓氏，而是幕府將軍的權勢。1335年，足利尊氏藉出兵平亂之機，要求天皇封他為徵夷大將軍和總追捕使的頭銜，但天皇衹給他一個徵東將軍的官職，因此與天皇有了嫌隙。而且，一般武士、領主實際所獲與期望的目標相去甚遠，對後醍醐政權漸由失望滋生不滿。雙方因利害無法調和，又醖釀新的衝突。1334年，後醍醐天皇密令皇子護良親王（1308-1335）等謀殺足利尊，被足利尊得知，足利尊威逼後醍醐天皇捕殺了護良親王，二人關係更加水火。
1335年，足利尊氏率軍平息北條高時遺子北條時行的舉兵事件，藉機占據鐮倉。足利尊氏與北朝的北嚴上皇取得聯繫。1336年5月，足利尊氏大敗後醍醐天皇的朝廷軍隊，6月，攻入京都，8月，擁立光嚴上皇的弟弟為光明天皇。在迫不得已的情況下，後醍醐天皇把象徵皇權的神器讓渡給光明天皇（1321-1380），建武中興就此結束。後醍醐天皇交出神器後被囚禁，1336年潛逃至京都之南的吉野山區，聲明他讓渡的神器是假的，所以自稱正統還是在自己一方。因吉野在京都之南，習慣上被稱為南朝，而京都的朝廷為北朝。從此日本天皇分為南北兩係，光明天皇稱北朝，後醍醐天皇稱南朝，開始了持續半個世紀的南北對峙狀態。南朝稱北朝為偽朝，自然北朝也稱南朝為偽朝。
日本歷史上關於南北朝誰是正統的問題爭論了幾百年，有人說，北朝控製了全國大部分地方，所以是實際上的統治者，應該是正統。但也有人說，後醍醐讓渡的神器是假的，因此正統還是在南朝一邊。直到1911年，日本社會主義運動的先驅幸德秋水（1871-1911）因捲入暗殺天皇的“大逆案”中被審判時，他還振振有辭地說：“當今天皇難道不是從後南朝天皇手中搶壓了三件神器的篡奪者的子孫嗎？”一時，在日本國內引起一場軒然大波，政界元老山縣有朋還就此咨詢樞密院。最後，作為北朝天皇后代的明治天皇作出裁决，認定南朝為正統，北朝各天皇不列入天皇傳承係列，但天皇地位及其待遇不變。因此，足利尊氏被視為亂臣賊子，而楠木正成成為忠於天皇的典範。
近來，隨着人們的思想的開化和寬容，已不在註重這種無意義的紛爭了，本來南、北朝雙方的存在都代表了一定的合理性，正統的提法畢竟太陳舊了。
南朝所在的地理條件優越，而且其擁護者勢力強大，所以後醍醐天皇一時還算風光。後來這些強大的擁護者相繼去世，南朝日漸式微。衹是由於足利氏內部的權力紛爭和對皇室政策的分歧，纔使南朝得以存在五十多年。
南北朝的統一
1336年11月，足利尊氏在京都室町開設幕府，標志着後醍醐天皇的新政結束。這之後，後醍醐天皇仍然組織軍隊，企圖光復京都，但都以失敗告終。1339年，後醍醐天皇在遺憾中去世，臨死前，自己决定了謚號為“後醍醐”——希望重振醍醐天皇時代沒有幕府、院政、關白的天皇獨尊局勢。後醍醐天皇遺命12歲的太子義良親王繼承皇位，是為後村上天皇。
第97代天皇：後村上天皇（1328-1368）（在位1339-1368）
第98代天皇：長慶天皇（1343-1394）（在位1368-1383）
第99代天皇：後龜山天皇（？-1424）（在位1383-1392）
第100代天皇：後小鬆天皇（1377-1433）（在位1382-1412）
正如幕府將軍無視天皇的權威一樣，這時日本社會也經常出現守護大名藐視將軍，地方下層領主和武士挑戰守護大名，甚至武士也不把天皇放在眼裏的現象——人們稱這種現象為“下剋上”。例如，1342年的一天，北朝的光嚴上皇出巡時碰到一個美濃的守護土歧賴。上皇的近臣喝道：“上皇聖駕到此，快快下馬！”土歧賴聞聽非但沒有下馬，反而大怒道“你說清楚是院駕還是犬駕（日語中‘院’與‘犬’讀音相近），若是犬駕，就射他一箭。”說着，真的拔箭而射。他的隨從們一哄而上，把上皇車上的簾子扯掉，把車子掀翻，並把上皇身邊的公卿打了一頓。事後，土歧賴被幕府處死，但引起下層武士更大的不滿。有人說：“如果沒有天皇不行的話，就用木雕一個，或以金鑄一個，把活的天皇流放到別的地方去，省得惹麻煩。”有人哀嘆道：“鳳凰生末世，落魄亦堪悲；雉雞遭野火，被逐無巢歸。”
這時，天皇朝廷勢力式微，形同小諸侯一般。1402年，明朝建文皇帝在給日本的聖旨中，稱足利義滿為“日本國王源道義”。足利義滿在緻明朝皇帝的國書中也自稱“日本國王臣源”，幕府將軍已成為國傢最高權力的代表。足利義滿自稱“源道義”是因為足利氏是清河源氏的後裔，即清和天皇的嫡派子孫。就是後來的德川幕府傢也是來自清河源氏，所以幕府將軍的掌權不過是天皇的彼一支代替此一支而已。
南北朝統一之後，足利義滿並沒有履行自己當初的諾言，即仍舊恢復大覺寺派與持明院派天皇迭立的傳統。南朝的皇族、公卿、將士異常憤慨，後龜山天皇也後悔不迭。1410年，後龜山逃出京都，再次在吉野山區建立南朝，史稱後南朝。南朝的皇室後裔和臣子們為了恢復舊業，又不斷地進行了將近半個世紀的鬥爭。1443年9月，曾有一夥強徒潛入皇宮，將神劍、神璽搶走，並以此擁戴南朝的皇胤反對幕府，事敗後南朝皇族後代多人被殺。1457年，又是一起類似事件，牽連得南朝皇族幾乎滅絶。
南北朝統一後，全國性戰亂已經停止，大守護們的野心也得到適度的抑製，足利義滿於1394年，讓位給9歲的足利義持。他自己任太政大臣，在京都修建巨大的豪華宅邸——其中有講究的鹿苑和輝煌的金閣寺，穿着中國明朝皇帝贈送的竜袍優哉悠哉。但是，足利幕府又面臨着新的政治危機。
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