1249年11月，艾优卜王朝撒列哈逝世。次年子突兰沙继位，旋被其后母舍哲尔·杜尔遣人暗杀。舍哲尔本为突厥或亚美尼亚女奴，曾侍巴格达哈里发穆斯台耳绥木，后侍撒列哈。立幼主艾什赖弗·穆萨，僭称埃及女王。八十天后，嫁与各艾米尔推选的素丹伊兹丁·艾伊贝克，马木留克王朝建立（1250-1517）。旋废艾什赖弗，艾优卜王朝亡。
所谓马木留克人，就是各族奴隶出身的军人。马木留克王朝各个素丹，有父子相承者，亦有军人篡权者，军人亦皆出于奴隶。奴隶而为禁军而为将军以擅朝政，是中世纪阿拉伯各国经常发生之事。
艾伊贝克在位时，平定了叙利亚的艾优卜王朝残余势力。
1259年，穆扎法尔·赛福丁·古突兹废艾伊贝克之子、幼主曼苏尔·阿里，篡位。1260年，蒙古旭烈兀灭巴格达阿拔斯王朝二年后，以古突兹杀使，遣大将怯的不花来伐。古突兹和大将麦列克·扎希尔·拜伯尔斯败蒙古军于阿因·扎卢特，杀怯的不花。叙利亚又并于埃及。10月24日，拜伯尔斯袭杀古突兹，篡位。
拜伯尔斯在位时（1260—1277年），马木留克王朝开始强盛，攻十字军诸城。1263年，拜伯尔斯占领了卡拉克，毁拿撒勒教堂。1265年，取恺撒里亚。1266年7月23日，萨法德圣殿骑士团两千名骑士以许以不杀而降，而拜伯尔斯终屠之。1268年取雅法，5月21日降安条克，屠守军一万六千人，另十万军队，与妇婴尽于埃及卖为奴。焚毁城堡及教堂。安条克本为罗马古城，至此废。1271年3月24日到4月8日围降希斯尼·艾克拉德，此处是慈善院骑士团主要的避难所。阿萨辛人在此的残余据点也被攻破。安塔尔突斯的圣殿骑士团和麦尔盖卜的慈善院骑士团求和，订10年休战协定。
拜伯尔斯之时，埃及重建海军，建驿站，修清真寺，任命法官。与蒙古钦察汗国盟，而与伊尔汗国为敌。与西西里、阿拉贡、塞维利亚（二者在西班牙）订贸易条约。迎阿拔斯王朝之宗族于开罗，以延其祀。这些哈里发傀儡的世系一直延续到土耳其来攻。
1277年，拜伯尔斯死，其陵在今大马士革的扎希里叶图书馆。1279年，麦列克·曼苏尔·赛福丁·盖拉温废拜伯尔斯之幼子赛拉米什，篡位（1279—1290年在位）。盖拉温与拜伯尔斯均为钦察汗国的突厥奴隶出身。
1280年，伊儿汗国第二位大汗、旭烈兀之子阿八哈攻叙利亚，败之于霍姆斯。
盖拉温在位时继续攻占十字军诸城。1282年和1285年与安塔尔突斯的圣殿骑士团和贝鲁特的提尔公主订停战条约。1285年5月25日围降麦尔盖卜。1289年4月占黎巴嫩的的黎波里。
盖拉温在位时，与钦察汗国、东罗马、热那亚共和国、法兰西、卡斯提尔（西班牙未统一前的基督教小国）、西西里均有友好关系。修缮阿勒颇、巴勒贝克和大马士革的城堡，在开罗建大医院。
1290年，盖拉温去世，子艾什赖弗继位（1290—1293年），继续进攻十字军。此时十字军要地唯阿卡一城。以弩炮九十二攻阿卡壁垒，1291年5月陷之，对圣殿骑士团许以不杀，终屠之。其后十字军所余诸城提尔、西顿、贝鲁特、安塔尔突斯和阿斯里斯，数月内均降，十字军战争遂告结束。
1293年，艾什赖弗死，弟纳绥尔九岁继位（其在位三次：1293—1294年，1298—1308年，1309—1340年）。1299年，伊儿汗国第七位大汗合赞汗·麦哈茂德以十万军来伐，12月23日败埃及军队于希姆斯。1300年年初大马士革陷，洗劫叙利亚北部其余的城市。3月，蒙古军退，埃及人重新占领了叙利亚全境。三年之后合赞汗又来攻，败于大马士革南边的素斐尔草原。此后伊尔汗国不再来进攻。
蒙古人从大马士革撤出后不久，纳绥尔开始迫害黎巴嫩德鲁兹人，因为德鲁兹人曾经袭击埃及撤退中的军队。北部黎巴嫩的马龙派基督教徒被消灭殆尽。1302年起，屡次进攻亚美尼亚（今土耳其东南）。
纳绥尔极奢侈，虽然有公共设施的修建和工艺发展，然而赋税沉重。他去世之后，国内发生了内战、饥荒和瘟疫。1348年到1349年蹂躏欧洲的“黑死病”，曾在埃及持续七年，死人无算。
纳绥尔死后，盖拉温家族的世系延续到1390年。其后马木留克素丹主要是塞加西亚人。这些素丹多数不是世袭，且多数贪婪暴虐。此时赋税沉重，对基督徒和犹太人的迫害加剧。埃及-叙利亚进入最黑暗时期。到王朝晚期，1498年，葡萄牙人达迦玛发现了绕道好望角的新航道。此后印度洋的穆斯林船只经常遭受葡萄牙和其他欧洲舰队的攻击，香料贸易也逐渐不经过叙利亚和埃及。马木留克王朝失去了国家岁入的一个主要来源，而且埃及和叙利亚的地理地位也降低了。
The Mameluk sultans were drawn from the enfranchized slaves who formed the court and officered the arm. The sultans were unable to effectively form a new dynasty, usually leaving behind infants who were then overthrown. The first of these was Aybak, who married Shajar al-Durr (the widow of al-Salih Ayyub) and quickly began a war with Syria. He was assassinated in 1257 and was succeeded by Qutuz, who faced a growing danger from the Mongols. Qutuz defeated the army of Hulagu Khan at the Battle of Ain Jalut in 1260, allowing him to regain all of Syria except Crusader strongholds. On the way back to Egypt after the battle, Qutuz died and was succeeded by another commander, Baybars, who assumed the Sultanate and ruled from 1260 to 1277. In 1291 al-Ashraf Khalil captured Acre, the last of the crusader cities.
The Bahris greatly enhanced the power and prestige of Egypt, building Cairo from a small town into one of the foremost cities in the world. Due to the sacking of Baghdad by the Mongols, Cairo became the central city of the Islamic world. The Mamluks built much of the earliest remaining architecture of Cairo, including many mosques built out of stone using long, imposing lines.
Since 1347 the Egyptian population, economy, and political system experienced significant destruction as a result of the Black Death pandemic whose waves continued to destroy Egypt up to the early 16th century.
In 1377 a revolt in Syria spread to Egypt, and the government was taken over by the Circassians Berekeh and Barkuk. Barkuk was proclaimed sultan in 1382, ending the Bahri dynasty. He was expelled in 1389, but recaptured Cairo in 1390, setting up the Burji dynasty.