1390年，塞加西亚人贝尔孤格废纳绥尔的重孙撒列哈·哈只·伊本·舍耳班（1381—1382年，1389—1390年两度在位），篡位。当其末年（1399年），处死帖木儿派遣的亲善使团。次年，法赖吉在位，帖木儿袭击叙利亚北部，大掠阿勒颇城三天。以居民二万多人头骨筑成小山，高十骨尺，周围二十骨尺，脸面一律向外。许多学校和清真寺被夷为平地。埃及军队先头部队被击溃。1401年2月，大马士革陷。此城劫掠之际，火灾爆发。帖木儿强迫伊斯兰教的宗教学者们发表声明，承认他的行为合乎教律。倭马亚清真寺被焚毁。学者和工匠被掳到帖木儿首都撒马尔罕。
1422—1438年，白尔斯贝在位，瘟疫再次流行，白尔斯贝认为是人民作恶多端，招致天谴，下令禁止妇女走出门外，命令基督教徒和犹太教徒缴纳新的苛捐杂税，以赎罪戾。他还下令把非穆斯林的公务人员一律开除，而且要他们穿上特殊服装。白尔斯贝为消灭海盗，于1424—1426年攻占塞浦路斯岛，俘基督教国王贾纳斯。经过威尼斯领事调停，贾纳斯以二十万第纳尔赎金重登宝座，且保证以后每年缴纳两万第纳尔的贡税。
此后奥斯曼突厥兴起，已灭东罗马，以君士坦丁堡为都（伊斯坦布尔）。奥斯曼突厥和萨菲波斯同为强国，两国开始长期战争。1515年奥斯曼土耳其占领波斯首都大不里士、美索不达米亚和亚美尼亚的一部分。次年春，马木留克王朝素丹干骚借口调停交战双方，进兵阿勒颇，阴图助波斯。但是土耳其素丹赛里木使谍察其情，剃掉来使胡须，处死随员，让来使乘骡带回宣战通牒。
1516年8月24日，两军相遇于阿勒颇北边的达比格草原，土耳其军队采用枪炮火器，打败马木留克军队。干骚坠马中风而死。赛里木进阿勒颇城。10月中旬，赛里木进大马士革，叙利亚遂归土耳其。
1517年1月22日，土耳其军进至开罗郊区，时突曼贝已就任素丹。土耳其军队不久攻下开罗，杀城内所有俘获的马木留克人。突曼贝死，马木留克王朝灭亡，埃及并入土耳其。麦加和麦地那随之而成为土耳其版图的一部分。这年秋天，赛里木把阿拔斯朝哈里发穆台瓦基勒带到伊斯坦布尔（君士坦丁堡），投入监狱。赛里木儿子苏莱曼登基后，遣之还。他于1543年死于开罗，阿拔斯哈里发之祀遂绝。
The Burji dynasty (1382-1517) proved especially turbulent, with political power-plays designating short-lived sultans. During the Burji dynasty, the Mamluks fought Timur Lenk and conquered Cyprus.
The plague epidemics continued to destroy Egypt during this period; they attacked this country in 1388–1389, 1397–1398, 1403–1407, 1410–1411, 1415–1419, 1429–1430, 1438–1439, 1444–1449, 1455, 1459–1460, 1468–1469, 1476–1477, 1492, 1498, 1504–1505 and 1513–1514.
Constant bickering contributed to the inability to resist the Ottomans.
The Ottoman Sultan Selim I defeated the Mamluks and captured Cairo on January 20, 1517, transferring the center of power to Istanbul. However, the Ottoman Empire retained the Mamluks as the Egyptian ruling class. The Mamluks and the Burji family regained much of their influence, but technically remained vassals of the Ottomans.