赤眉军是中国新莽末年起事的军队之一，因将眉毛染红，示别于政府军，故称作赤眉军。
赤眉军于天凤5年（公元18年）在莒（今山东莒县）起事，首领为琅琊人樊崇，以泰山山区一带为根据地，与政府军对抗。几年之间发展到数万人，其中主要由农民组成，大多不识字，因此以口头传令为主。组织包括地位最高的三老、其次有从事、卒史等名称，大多延用汉朝乡官的名称。
随着赤眉军的发展，在地皇3年（22年）王莽派出王匡、廉丹率约十万军队进攻赤眉军，惨遭挫败，赤眉军发展到十万人以上，势力扩及青州、徐州、兖州、豫州各地。23年，绿林军拥戴的更始皇帝刘玄攻入长安，灭王莽新朝。赤眉军先是愿意降于更始，但双方随即开战，25年赤眉军兵分两路，由樊崇和徐宣分别率领，进攻关中，并拥立汉宗室刘盆子为帝，徐宣任丞相，樊崇因为识字，任御史大夫。更始军内部也产生内争，将领王匡投奔赤眉军，随即赤眉军攻入长安，杀死刘玄。
赤眉军入长安时，当地已经残破不堪，赤眉军只能四处找寻粮食，遇大雪损失惨重，随后被绿林军刘秀将领邓禹击败，赤眉军遂决定离开关中，27年在崤（今河南洛宁）和宜阳再被刘秀军冯异打败，樊崇投降，最后被杀害。
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