1249年11月，艾優卜王朝撒列哈逝世。次年子突蘭沙繼位，旋被其後母捨哲爾·杜爾遣人暗殺。捨哲爾本為突厥或亞美尼亞女奴，曾侍巴格達哈裏發穆斯臺耳綏木，後侍撒列哈。立幼主艾什賴弗·穆薩，僭稱埃及女王。八十天後，嫁與各艾米爾推選的素丹伊茲丁·艾伊貝剋，馬木留剋王朝建立（1250-1517）。旋廢艾什賴弗，艾優卜王朝亡。
所謂馬木留剋人，就是各族奴隸出身的軍人。馬木留剋王朝各個素丹，有父子相承者，亦有軍人篡權者，軍人亦皆出於奴隸。奴隸而為禁軍而為將軍以擅朝政，是中世紀阿拉伯各國經常發生之事。
艾伊貝剋在位時，平定了敘利亞的艾優卜王朝殘餘勢力。
1259年，穆紮法爾·賽福丁·古突茲廢艾伊貝剋之子、幼主曼蘇爾·阿裏，篡位。1260年，蒙古旭烈兀滅巴格達阿拔斯王朝二年後，以古突茲殺使，遣大將怯的不花來伐。古突茲和大將麥列剋·紮希爾·拜伯爾斯敗蒙古軍於阿因·紮盧特，殺怯的不花。敘利亞又並於埃及。10月24日，拜伯爾斯襲殺古突茲，篡位。
拜伯爾斯在位時（1260—1277年），馬木留剋王朝開始強盛，攻十字軍諸城。1263年，拜伯爾斯占領了卡拉剋，毀拿撒勒教堂。1265年，取愷撒裏亞。1266年7月23日，薩法德聖殿騎士團兩千名騎士以許以不殺而降，而拜伯爾斯終屠之。1268年取雅法，5月21日降安條剋，屠守軍一萬六千人，另十萬軍隊，與婦嬰盡於埃及賣為奴。焚毀城堡及教堂。安條剋本為羅馬古城，至此廢。1271年3月24日到4月8日圍降希斯尼·艾剋拉德，此處是慈善院騎士團主要的避難所。阿薩辛人在此的殘餘據點也被攻破。安塔爾突斯的聖殿騎士團和麥爾蓋卜的慈善院騎士團求和，訂10年休戰協定。
拜伯爾斯之時，埃及重建海軍，建驛站，修清真寺，任命法官。與蒙古欽察汗國盟，而與伊爾汗國為敵。與西西裏、阿拉貢、塞維利亞（二者在西班牙）訂貿易條約。迎阿拔斯王朝之宗族於開羅，以延其祀。這些哈裏發傀儡的世係一直延續到土耳其來攻。
1277年，拜伯爾斯死，其陵在今大馬士革的紮希裏葉圖書館。1279年，麥列剋·曼蘇爾·賽福丁·蓋拉溫廢拜伯爾斯之幼子賽拉米什，篡位（1279—1290年在位）。蓋拉溫與拜伯爾斯均為欽察汗國的突厥奴隸出身。
1280年，伊兒汗國第二位大汗、旭烈兀之子阿八哈攻敘利亞，敗之於霍姆斯。
蓋拉溫在位時繼續攻占十字軍諸城。1282年和1285年與安塔爾突斯的聖殿騎士團和貝魯特的提爾公主訂停戰條約。1285年5月25日圍降麥爾蓋卜。1289年4月占黎巴嫩的的黎波裏。
蓋拉溫在位時，與欽察汗國、東羅馬、熱那亞共和國、法蘭西、卡斯提爾（西班牙未統一前的基督教小國）、西西裏均有友好關係。修繕阿勒頗、巴勒貝剋和大馬士革的城堡，在開羅建大醫院。
1290年，蓋拉溫去世，子艾什賴弗繼位（1290—1293年），繼續進攻十字軍。此時十字軍要地唯阿卡一城。以弩炮九十二攻阿卡壁壘，1291年5月陷之，對聖殿騎士團許以不殺，終屠之。其後十字軍所餘諸城提爾、西頓、貝魯特、安塔爾突斯和阿斯裏斯，數月內均降，十字軍戰爭遂告結束。
1293年，艾什賴弗死，弟納綏爾九歲繼位（其在位三次：1293—1294年，1298—1308年，1309—1340年）。1299年，伊兒汗國第七位大汗合贊汗·麥哈茂德以十萬軍來伐，12月23日敗埃及軍隊於希姆斯。1300年年初大馬士革陷，洗劫敘利亞北部其餘的城市。3月，蒙古軍退，埃及人重新占領了敘利亞全境。三年之後合贊汗又來攻，敗於大馬士革南邊的素斐爾草原。此後伊爾汗國不再來進攻。
蒙古人從大馬士革撤出後不久，納綏爾開始迫害黎巴嫩德魯茲人，因為德魯茲人曾經襲擊埃及撤退中的軍隊。北部黎巴嫩的馬竜派基督教徒被消滅殆盡。1302年起，屢次進攻亞美尼亞（今土耳其東南）。
納綏爾極奢侈，雖然有公共設施的修建和工藝發展，然而賦稅沉重。他去世之後，國內發生了內戰、饑荒和瘟疫。1348年到1349年蹂躪歐洲的“黑死病”，曾在埃及持續七年，死人無算。
納綏爾死後，蓋拉溫傢族的世係延續到1390年。其後馬木留剋素丹主要是塞加西亞人。這些素丹多數不是世襲，且多數貪婪暴虐。此時賦稅沉重，對基督徒和猶太人的迫害加劇。埃及-敘利亞進入最黑暗時期。到王朝晚期，1498年，葡萄牙人達迦瑪發現了繞道好望角的新航道。此後印度洋的穆斯林船衹經常遭受葡萄牙和其他歐洲艦隊的攻擊，香料貿易也逐漸不經過敘利亞和埃及。馬木留剋王朝失去了國傢歲入的一個主要來源，而且埃及和敘利亞的地理地位也降低了。
The Mameluk sultans were drawn from the enfranchized slaves who formed the court and officered the arm. The sultans were unable to effectively form a new dynasty, usually leaving behind infants who were then overthrown. The first of these was Aybak, who married Shajar al-Durr (the widow of al-Salih Ayyub) and quickly began a war with Syria. He was assassinated in 1257 and was succeeded by Qutuz, who faced a growing danger from the Mongols. Qutuz defeated the army of Hulagu Khan at the Battle of Ain Jalut in 1260, allowing him to regain all of Syria except Crusader strongholds. On the way back to Egypt after the battle, Qutuz died and was succeeded by another commander, Baybars, who assumed the Sultanate and ruled from 1260 to 1277. In 1291 al-Ashraf Khalil captured Acre, the last of the crusader cities.
The Bahris greatly enhanced the power and prestige of Egypt, building Cairo from a small town into one of the foremost cities in the world. Due to the sacking of Baghdad by the Mongols, Cairo became the central city of the Islamic world. The Mamluks built much of the earliest remaining architecture of Cairo, including many mosques built out of stone using long, imposing lines.
Since 1347 the Egyptian population, economy, and political system experienced significant destruction as a result of the Black Death pandemic whose waves continued to destroy Egypt up to the early 16th century.
In 1377 a revolt in Syria spread to Egypt, and the government was taken over by the Circassians Berekeh and Barkuk. Barkuk was proclaimed sultan in 1382, ending the Bahri dynasty. He was expelled in 1389, but recaptured Cairo in 1390, setting up the Burji dynasty.