赤眉軍是中國新莽末年起事的軍隊之一，因將眉毛染紅，示別於政府軍，故稱作赤眉軍。
赤眉軍於天鳳5年（公元18年）在莒（今山東莒縣）起事，首領為琅琊人樊崇，以泰山山區一帶為根據地，與政府軍對抗。幾年之間發展到數萬人，其中主要由農民組成，大多不識字，因此以口頭傳令為主。組織包括地位最高的三老、其次有從事、卒史等名稱，大多延用漢朝鄉官的名稱。
隨着赤眉軍的發展，在地皇3年（22年）王莽派出王匡、廉丹率約十萬軍隊進攻赤眉軍，慘遭挫敗，赤眉軍發展到十萬人以上，勢力擴及青州、徐州、兗州、豫州各地。23年，緑林軍擁戴的更始皇帝劉玄攻入長安，滅王莽新朝。赤眉軍先是願意降於更始，但雙方隨即開戰，25年赤眉軍兵分兩路，由樊崇和徐宣分別率領，進攻關中，並擁立漢宗室劉盆子為帝，徐宣任丞相，樊崇因為識字，任御史大夫。更始軍內部也産生內爭，將領王匡投奔赤眉軍，隨即赤眉軍攻入長安，殺死劉玄。
赤眉軍入長安時，當地已經殘破不堪，赤眉軍衹能四處找尋糧食，遇大雪損失慘重，隨後被緑林軍劉秀將領鄧禹擊敗，赤眉軍遂决定離開關中，27年在崤（今河南洛寧）和宜陽再被劉秀軍馮異打敗，樊崇投降，最後被殺害。
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