十二月,世宗服丹中毒死。子载垕即位,是为穆宗。徐阶推荐高拱任文渊阁大学士，高拱正式进入内阁。二月，海瑞进《直言天下第一事疏》。
蔡伯贯败死，前后共历三十六日。吴平败走饶平（今属广东）凤凰山，夺船出海，明军追击破之，吴平溺死，一说远走不知所终。广东李亚元据山寨，攻河源程序、和平等地，为俞大猷所破。南赣巡抚吴百月遣交擒赖清规，和平三寨失败（参见1557年）。浙江开化、江西德兴矿徒起义，进入徽、宁一带，转战至玉山，还至浙境而败。鞑靼俺答攻扰宣府，又攻扰辽东。辛爱攻扰万全右卫，被成芳击败；又扰延安，大掠而去俺答又攻固原、大同等处。工部尚书朱衡依盛应期所凿故迹，开昭阳湖东新运河（参1528年），避河冲，又筑石堤，遏河出沛县飞云桥者，工将成而河又决。潘季驯丁忧去职。高拱入阁。是年二月，户部主事海瑞地疏论世宗久不视朝，专事斋醮事，触世宗怒，被捕下狱论死。嘉靖年间，江南市镇，如吴江之盛泽、黎里、同里、八拆，震泽之震泽、平望，嘉兴之王江泾、濮垸，湖州之又林、南浔、乌镇等，人口大增，商业繁荣，多以丝织闻名。