北元指元朝灭亡后，退居蒙古故地的蒙古帝国政权，因仍自称元朝，故称北元。始于明朝洪武元年（1368年），终于建文四年（1402年），为鞑靼所代替。
明朝洪武元年（1368年）八月，徐达率军攻陷大都（今北京），元惠宗北逃至上都，后逃到应昌，并多次组织反抗，失败后在应昌去世。在明军的继续追击下，元政府逃离中原，最终来到漠北，与明军对峙。
明太祖第六次北征的结果影响巨大，天元帝脱古思帖木儿逃走后被其部将也速迭尔（阿里不哥后裔）缢杀。从此以后，自忽必烈传下来的成吉思汗的嫡系黄金家族对元政权的控制开始崩溃，大多数蒙古部落宣布自立。
1399年，分布在叶尼塞河上游沿岸的吉尔吉斯部首领鬼力赤，否认脱古思帖木儿之子额勒伯克的宗主权，将其打败并杀死，取得了统治各部的霸权。额勒伯克之子坤帖木儿继位后也于1402年被鬼力赤杀死，北元去国号灭亡，改称鞑靼。
北元(1370~1399年)
[英译：Northern Yuan Regime]
【残元政权的灭亡】
北元是史书对元朝灭亡后退据蒙古故地的残余政权的称呼。延续年代始于洪武元年（1368），终于建文四年（1402）。后为鞑靼所代替。
明太祖洪武元年（1368）八月初，大将军徐达等率师贡献大都，元顺帝妥欢贴睦尔北奔上都，元亡。占据上都的顺帝除领有蒙古故地以外，还有扩廓帖木儿（别名王保保）屯兵十万于陕甘一带；纳哈出雄踞辽东，拥兵二十余万，并与高丽关系密切；梁王把匝剌瓦尔密仍占据云南。蒙古贵族留恋故元，一直图谋恢复其在全国的统治，不断向明统治地区发动进攻，明朝对此深以为患。洪武时期多次对北元用兵，其中规模较大者有：洪武二年，常遇春、李文忠攻下开平（即上都），迫元顺帝北走应昌（今内蒙古自治区克什克腾旗达尔诺尔附近）。三年，以徐达为征虏大将军出征沙漠，率西路军大败扩廓帖木儿，擒北元郯王以下官员一千八百六十五人。左副将军李文忠等率东路出居庸关，直克应昌。时顺帝已卒，太子爱猷识理达腊仅以数十骑败走和林（今蒙古人民共和国额尔德尼桑图附近），会合败于陕甘的扩廓帖木儿，在和林即位，以明年为宣光元年（1371，明洪武四年）。洪武五年，明军十五万兵分三路，出击漠北。中路徐达出雁门趋和林，东路李文忠由居庸出应昌，西路冯胜由金兰趋甘肃。但徐达所率的中路军为扩廓帖木儿大败于岭北（泛指和林一带）。李文忠所率东路军与北元兵在克鲁伦河、土剌河、鄂尔浑河一线受挫。冯胜所率之西路军出兰州，由亦集乃路（今内蒙古自治区额济纳旗东南的黑城）至瓜州（今甘肃安西东）、沙洲（今甘肃敦煌西），并有所俘获。此后，明太祖朱元璋吸取此役受挫的教训，采用尺进寸取，专事经营沿边地区的方针，向辽东和青海方向延伸，得地后随即设卫，避免孤军深入漠北，北元诸王将士相继归附。
十一年（宣光八年），爱猷识理达腊死，谥昭宗。弟脱古思帖木儿立，以翌年为天元元年（1379年）。其丞相驴儿、蛮子、哈剌章和国公脱火赤等集军于应昌、和林、扣掠塞下。明朝多次召降不成，于洪武十三年派沐英率师出讨，战于亦集乃路，俘获其国公脱火赤、枢密知院爱足、平章完者不花等，其余众多降。与此同时，明廷又开始对云南及辽东的经略，以翦除北元在此两地的势力。据守云南的梁王把匝剌瓦尔密为元世祖忽必烈第五子忽哥赤的后裔，明兵取大都后与北元遥相呼应，执臣节如故，又两次杀害明廷的劝降使节。太祖遂决定用兵。洪武十四年七月，命傅友德为征南将军，蓝玉、沐英为副将军，往征云南。在曲靖司徒平章达里麻所将领精兵十余万后，直取昆明。梁王见大势已去，与左丞达的、右丞驴儿均自杀。蓝玉、沐英相继攻取大理等地，平定云南。洪武二十年，明以冯胜为大将军，与傅友德、蓝玉等率兵二十万出征东北，纳哈出为大军所迫而降，被封海西侯，自此辽东尽属明有，漠北与高丽的联系亦被阻绝。
翌年，蓝玉率师掩袭脱克思帖木儿于捕鱼儿海（今内蒙古自治区新巴尔虎左旗西南的贝尔湖），蒙古军仓猝拒战，大败。太尉蛮子被杀，诸王、平章以下官员三千多人、军士男女七万多人被俘。托古思帖木儿率数十骑逃奔和林，行至土剌河一带，为其部将也速迭儿所缢杀。
这次的失败使黄金家族——忽必烈家族的大元政权丧失了在蒙古人中至高无上的中央汗国的地位，大多数蒙古部落宣布脱离它而独立。1399年，乞儿吉斯部（分布在叶尼塞河上游沿岸）首领贵力赤，否认残元皇帝额勒伯克的宗主权，于1399年打败并杀死了他，取得了统治各部的霸权。至此，苟延残喘了29年的残元政权灭亡了，合法的元朝皇帝不复存在了，蒙古各部又回到了争夺蒙古帝国大汗宝座的纷争当中。 1402年，北元去国号灭亡，改称鞑靼。
【群雄纷起争汗位】
残元的灭亡，使明朝失去了政治上的最主要敌人，蒙古已经成为了“边患”，而不再是前一王朝残余势力。因此，永乐帝对于贵力赤表示了极大的友好，承认了他对于蒙古各部的宗主权。
但贵力赤也并没有保持汗位有多久，便在1400年被阿苏特部阿鲁台和卫拉特部马哈木的联军打败。阿苏特部是蒙古化了的伊朗人，起源于高加索，因蒙古帝国西征而进入四川、蒙古高原，元朝时期，有几个军团全由他们组成。而卫拉特部是森林蒙古（蒙古高原）人中的一个强大地部落，在成吉思汗时代被称为“林木中百姓”，主要定居在贝加尔湖西岸。
阿鲁台和马哈木都不想成为蒙古帝国的大汗，他们最为希望的还是自己的部族独立于蒙古人之外而获得外部承认，因此，在打败贵力赤后，便表示效忠明朝，证明自己不同于其他争夺蒙古帝国汗位的部族。这样是明朝求之不得的，明政府给了他们极大的支持。依靠这种支持，卫拉特部将其势力范围扩张成从贝加尔湖西岸到额尔齐斯河上游的整个西蒙古地区。
然而，阿苏特部和卫拉特部对于蒙古中部和东部控制都没能长久，贵力赤之子额色库重新崛起，要与阿鲁台和马哈木争夺大汗宝座，双方进行了十几年的战争，直到额色库于1425年病死。
在额色库不停的与阿鲁台和马哈木争夺最高宗主权的同时，在1403年，残元末代皇帝额勒伯克之子本雅失里复辟了自己的汗位，宣布自己为蒙古帝国的大汗。作为黄金家族的后代，本雅失里无疑要比阿苏特部和卫拉特部具有号召力，不久，包括阿鲁台在内的各蒙古部落聚集在这位正统代表者一边。而好不容易盼到忽必烈家族衰亡的明朝，对这位新一任蒙古大汗的敌视是不言而喻的，永乐皇帝下旨要本雅失里作出臣属的明确表态。但希图重现祖上功业的本雅失里怎么会向推翻自己家族在中国皇位的朱氏家族表示臣服呢？因此，明成祖率军队进军蒙古本土，直抵成吉思汗故地——鄂嫩河上游平原，于1410－1411年击溃了本雅失里和阿鲁台的军队。这次失败对本雅失里来说是致命的，因为这使他丧失了作为大汗的权威。（但是蒙古帝国还是没有被明朝彻底灭亡，蒙古帝国打而不死，令明朝人头疼，没办法。）1412年，卫拉特部首领马哈木乘机将他击败，夺取了汗位。 与大明断交。永乐帝又率兵征讨蒙古高原，虽然马哈木的抵抗使明军遭到惨重失败，但为了保存实力，他率军撤退到土拉河以西休养生息。马哈木的威信由于这次入侵暂时受损，他未能阻止明朝军队进入蒙古草原。
哈斯木逃走后，大汗宝座又悬空了下来，这时，居住在大兴安岭以东、满洲边境的嫩江附近的科尔沁部首领阿台在1425年率部众占领了蒙古中东部地区。那个见风使舵的阿苏特部首领阿鲁台，这回又支持阿台杀死了本雅失里，拥立阿台为蒙古帝国大汗。科尔沁人是成吉思汗弟弟哈撒儿的后裔，也属于黄金家族。永乐帝朱棣又开始支持卫拉特部。
【定鼎卫拉特】
永乐帝所贯彻的为了打倒黄金家族而扶持卫拉特势力的政策，在他死后才发生了效力。在1434至1438年间，卫拉特首领、马哈木之子脱欢率军攻进蒙古东部，杀死了帝国大汗阿台和他的重要辅臣阿鲁台，夺得了大汗宝座。虽然，黄金家族——忽必烈家族的一个王子、额勒伯克之子、本雅失里的兄弟阿占在此时被拥护正统的首领们宣布为大汗，但在事实上，蒙古的帝国已经从黄金家族——忽必烈家族转到了卫拉特——绰罗斯家族入手中。
对于明朝皇帝来说，成吉思汗的黄金家族的蒙古帝国已经完结了，草原的这些新君主是一支没有显赫历史的民族，他们在帝国的历史上既不显赫也不重要，他们不可能如黄金家族那样具有无上的威望和号召力。那么，元对于明的威胁就应该自此结束了。
但卫拉特人并没有忘记他们继承的是蒙古帝国的汗位，虽然在表面上，他们把自己和其他蒙古人尤其是黄金家族的距离拉得很远，但他们无时无刻不在想着恢复蒙古帝国原来的疆域。
在明国还比较强的时候，卫拉特人是不会随便捋虎须的，他们还记得祖上马哈木的教训。因此，恢复帝国的第一刀他们向东南地区的察合台汗国砍去。脱欢的儿子额森（也先）击败了东察合台汗国的卫思汗，强娶了他的妹妹哈尼木公主，因为卫思汗是黄金家族，所以这一政治联姻，使得卫拉特人有了足以号召所有蒙古人的血统。
额森继承其父脱欢的汗位时，蒙古帝国的疆域从巴尔喀什湖延伸到贝加尔湖，又延伸到长城附近。象征为正统地位的原首都哈拉和林也是新的蒙古帝国的神圣领土不可分割的一部分。1449年，他向大明公主求婚遭到悔婚，于是，额森蹂躏了山西北部、大同附近的明边境。明英宗及太监王振前往迎战。在土木堡展开战斗。额森给了明军灾难性打击，歼灭明军10余万人，俘虏明英宗。因不善围攻战，额森无法攻陷该地的设防城市大同和宣化，于是，带着俘虏英宗皇帝返回蒙古高原。
三个月以后，他卷土重来，进军至北京西北郊，但他遇到明朝名将于谦的抵抗，发动的各次进攻都被打退，不久明朝的各路援军赶来。由于受到优势兵力的威胁，他沿居庸关撤退。1450年，额森决定释放明英宗，并于1453年与明议和，并宣布自己是明的属臣，这一行动表明他抛弃了蒙古帝国的宗主权，把自己看成是一个独立的可汗。这样做无疑并不明智，原本已经臣服于他的各黄金家族的部落和汗国又重新自立。
1455年，额森被暗杀。额森之子阿马桑赤台吉继其父汗位，在1456年进攻东察合台汗国，在伊犁河附近大败羽奴思汗。而在这时，皇后哈尼木（察合台汗国卫思汗妹妹）在后方制造混乱，她的儿子亦不刺忻和也里牙思两兄弟对阿马桑赤发动叛乱，却没有成功。但经过这次内乱，卫拉特的实力严重的被削弱了。
【黄金家族的复辟】
在卫拉特人实力削弱的时候，成吉思汗后裔们并未立即组织反攻，因为他们正在家族战争中互相残杀。
1467年，成吉思汗的第27代继承人满都古勒大汗在讨伐他的侄孙和继承人博勒呼济农的一次战争中去世。而博勒呼济农在他能够称汗之前的1470年也被暗杀。一度人丁兴旺的黄金家族中，现在仅剩下一个5岁的男孩、博勒呼济农之子达延。
达延的命运及其不幸，家族的长辈都在内讧中死去，小小的孩子孤苦无依，连他的母亲都抛下他改嫁了，这简直比成吉思汗年幼时的遭遇还要悲凉。所幸，满都古勒汗的年轻遗孀满都海赛音可敦把他置于自己的保护之下。满都海赛音可敦是一个了不起的女人，她不但抚养了达延，还在1470年宣布他为大汗。最为难得的是，满都海赛音可教作为女人率领军队打败了卫拉特人，将他们彻底赶出了蒙古中东部地区。为达延汗日后的统治奠定了基础。
达延汗是蒙古帝国统治时间最长的大汗，从1470年到1543年整整73年。在1481年
亲政之后，达延汗镇压了右翼的土默特人、兀良哈人的叛乱。并从1497年到1505年间，他对从辽东到甘肃的明国边境地区进行了一系列卓有成效的攻击，使得明国无法与卫拉特人联系。
1543年达延汗去世之后，他的孙子博迪继承了汗位。虽然广大的领土被达延汗的众多子孙瓜分，但从1544年到1634年蒙古帝国的汗位一直稳固的在达延汗的长支后裔察哈尔部中传承，历经博迪汗（1544－1548年）、库登汗（1548－1557年）、图们札萨克图汗（1557－1593年）、彻辰汗（1593－1604年）和林丹汗（1604－1634年）。
【蒙古帝国的灭亡】
虽然达延汗的长期统治稳定了蒙古帝国汗位传承，但并没有克服蒙古民族的最大弱点——实行瓜分家族遗产的习惯法。当帝国的创建者死后，帝国便成了一种类似联邦式的家族国家，国内的各级首领，都是兄弟或堂兄弟，他们虽然承认察哈尔部的最高权力，但处于半独立状态。
随着时间的流逝，察哈尔部的汗位继承者们逐渐失去了足以统治整个蒙古的力量，西方的卫拉特人和东方兴起的通古斯人（满人）都是他们可怕的敌人。但这个时候，卫拉特人正在对付哈萨克汗国、沙皇俄国以及内部的绰罗斯家族与和硕特家族的权力争夺，因此，结束蒙古帝国历史的，只能是通古斯人建立的后金帝国了。
1604年，林丹汗继承汗位，接受黄教沙尔巴呼图克图的灌顶戒教，称林丹库图克图汗。林丹汗并不是一个昏庸无能的可汗，他早已看出后金帝国对于蒙古的野心，因此上从继位始，便开始重新统一各部，自称“统领四十万众蒙古国巴图鲁青吉斯汗”。1627年派兵收服右翼鄂尔多斯、喀喇沁、土默特等部，与喀尔喀部却图汗结为联盟，声威大振，所辖地域东起辽东，西至甘肃。但是，次年，朵颜兀良哈的苏布台、喀喇沁的达来台吉、土默特和布石图汗、额尔多斯的额仁沁济农以及永谢布、阿苏惕、阿巴嘎、喀尔喀等部联合组成大军十万，在土默特的召城一战中，消耗了林丹汗精锐兵力四万余人，这使得林丹汗的实力大为削弱，而他的敌人是综合了蒙古人的彪悍和汉人的谋略的后金皇帝努尔哈赤和皇太极，这就注定有勇猛少计谋，统治着的已经衰微的蒙古帝国的他只能失败。
努尔哈赤时，科尔沁部、扎鲁特部便在联姻之下归附了后金。土默特、喀喇沁、兀良哈等部为了避免林丹汗的报复，也投奔了后金。1625年，林丹汗出兵嫩江，攻打科尔沁部。后金出兵援助科尔沁，林丹汗退走。皇太极即位后，把林丹汗做为主要的敌人。1628年，派遣贝勒阿济格与老哈河上游受林丹汗统治的喀喇沁部会盟，共击林丹汗。9月，皇太极亲率大兵至绰洛郭尔，宴会察哈尔部控制下的敖汉、奈曼、喀尔喀、札鲁特和喀喇沁等部领兵前来的诸首领。林丹汗空有大汗之名，但已经陷入了孤立，被迫退出西拉木伦河流域，至归化城（今呼和浩特）固守。
1632年4月，皇太极再率大军西进，多尔衮从征。至西拉木伦河畔，会集蒙古诸部兵，共击林丹汗。面对势力远胜自己的敌军，林丹汗无奈自归化城驱人畜十万渡黄河西逃。但面对已经大势已去的局势，部众十之七八在途中散去。林丹汗逃奔青海，两年后在青海打草滩病死，他临死前，也许会和明朝的末代皇帝崇祯一样，哀叹“朕不是亡国之君！”，他们都努力过了，但是他们的才能都无法使他们重现祖上的荣耀。大明帝国（明朝）和蒙古帝国（钦察汗国、伊尔汗国、窝阔台汗国、察合台汗国、宗主国“大元”元朝）相互争斗了两百多年，谁也没能消灭对方，最后，在相差不到10年时间内，先后被后金(后改称“大清”、清朝）所灭。
1635年，多尔衮与岳托等领兵万人渡河，招降林丹汗部众于额哲，林丹汗的妻子和儿子归降，交出大汗印信，整个漠南蒙古完全纳入了后金的版图，蒙古帝国的汗位至此断绝，而蒙古帝国，也永远的消失了。
【北元与明朝】
统治全国的元朝被推翻之后，蒙古贵族企图收复中原，于是不断组织力量反击。朱元璋为了巩固自己的统治，对蒙古采取征讨和招抚并用的策略。其结果，双方都没有能够如愿以偿，形成了南北对峙的局面。
元朝退居蒙古高原初期，所依靠的力量主要有三枝：元朝河南王扩廓帖木儿率领十余万军队，占据山西、甘肃方面。北元朝末代丞相-纳哈出拥二十余万众据守辽东。元朝-梁王直接管辖之下的云南还有十余万军队，策应大元皇帝的军事行动。此外，北元与东面的高丽、西面的畏兀儿地区仍旧保持着政治经济的联系。
1368年冬，元惠宗命大将扩廓帖木儿从山西出兵夺回大都，军行途中，明太祖命大将徐达袭击他的后方太原。元军回师救援，正中计谋，被明军袭破大营。折兵四万，仅率十八骑逃入甘肃。山西被明占据。
1369年春夏，北元远相也速几次进攻通州(今北京通县)，都被明军击退。明军乘势北进。惠宗从上都退往应昌(今内蒙古克什克腾旗达里诺尔西岸)，宗王庆生、平章鼎住被明军追及擒杀，一万将士被俘。上都陷落。
1370年四月，驻守在沈儿峪口(今甘肃定西县北)的扩廓帖木儿与徐达率领的明军激战。扩廓帖木儿大败，仅与妻子和少数随从北渡黄河，跑到漠北和林，陕西、甘肃也被明朝占据。
是月，惠宗死于应昌。五月，明军围应昌城，一日而下，惠宗之孙买的里八刺及后妃、诸王、官吏等多人被俘，解往京师。惠宗之子爱酞识理达腊率数十骑逃往和林，与扩廓帖木儿会合。
这一年，爱酞识理达腊即皇帝位，称必力克图汗，年号宣光(137I一1378)，后诺昭宗。
元节节败退，朱明打算一劳永逸彻底毁灭它的势力，以绝后患。1372年，明军15万分东西中三路进攻元。东路军遭到元军顽强的抵抗，虽进至胪朐河(克鲁伦河)、土刺河、阿鲁浑河(鄂尔浑河)和称海(哈腊乌斯湖南)，但自身也损失很严重。西路军在甘肃永昌、扫林山〔在肃北〕等地击败数枝北元军，并进至亦集乃路(今内蒙古额济纳旗境)，降其守军，再入瓜州(今甘肃安西东)、沙州(今甘肃敦煌西)，取得了一定的胜利。中路军由徐达统率，在土刺河打败扩廓帖木儿的军队，随后扩廓贴木儿与元将领贺宗哲合军，向徐达的主力发起进攻，徐达被击败，其所衰明军遭到毁灭性打击，明军死亡数万人，中路军的另一枝军队也被打败。总的看来，这一次明对元的战争，东路军胜利，中路军失败，西路军失败，整体以失败告终。明军在短时期内不敢再深入草原作战，北元则争取了喘息时间，双方在边境地区不断发生拉据式的冲突。
1375年〔宣光五年，洪武八年〕，元朝皇帝倚为股肱的扩廓帖木儿病死于漠北，使元朝军队失去了一位能征惯战的骁将。这一年纳哈出进攻辽东州城，屡被击败。1380年．元国公脱火赤等反击明军，在亦集乃遭陷害被俘。次年，元朝平章乃儿不花在边境地区被徐达击败。
1381年，据守云南的元军遭明朝大军的征讨。白石江(今云南曲靖县东北)一战，元军十余万溃败，被俘二万。梁王把匝剌瓦尔密见大势已去，带着妻、子一同投滇池自杀。与漠北蒙古贵族逐相呼应的这支力量被消灭了。
明朝在不惜劳师费财屡征元朝的同时，对主动投降和战争中被俘的大批北元贵族、官吏和军民，都给予优厚的待遇并予安置。明朝希望借此招引更多的北元人马。明初几十年问，确实有大量的蒙古人和汉人从北方跑到内地，成为明朝的臣民。当然，明朝的最终目的是招降北元皇帝。朱元漳曾封昭宗爱献识理达腊之子买的里八刺为崇礼侯，不久将他送还漠北，并几次遣使给爱酞识理达腊送信，劝他及早归降。但是明朝皇帝从来没有得到元朝皇帝的回音。
【脱古思帖木儿的败亡】
脱古思帖木儿就是爱猷识理达腊之子买的里八剌。1370年在应昌时曾被明军俘虏，1374年被送还。1378年爱猷识理达腊死去，他继任元朝皇帝，称乌萨哈尔汗，年号天元(1379-1388)，是为元益宗。他对明朝坚持继续不妥协的立场。
朱元璋在进攻脱古思帖木儿之前，需要消灭纳哈出。被誉为知兵善战的纳哈出率20万元军众驻扎金山(吉林双辽县)一带，始终没有受到很大的军事冲击。这支强大的势力，使明朝攻打元朝汗庭时的掣肘之患。
1387年，明军20万进攻纳哈出。明军步步为营，修筑宽河(河北宽城县)、会州、富峪(河北平泉县境)、大宁(今内蒙古宁城县)四座城，用以存积粮草，当作根据地。随后大军直趋金山。明军压境，纳哈出深感不安。这时明军派来了使者，劝他投降，不久纳哈出的部将全国公观童向明称臣。经过一番犹豫动摇，最后纳哈出投降了，二十万部众除一些逃散的之外，都作了俘虏，其中仅官员将校就有三干三百多人。纳哈出被朱元璋封为海西侯。
纳哈出率部投降，使形势发生了巨大的变化。朱元璋立即命蓝玉为大将军，征讨下一个更主要的目标--脱古思帖木儿。他认为"肃清沙漠，在此一举"，因此要求蓝玉勿失时机，必取成功。
1388年三月，蓝玉率师十五万北进。四月，来到捕鱼儿海(今贝尔湖)附近，距离脱古思帖木儿汗帐不过百余里路程。脱古思帖木儿以为明军与纳哈出作战不久，粮草匮乏，不会深入北方再战，没有作迎敌的准备。而明军前锋奔袭他的大营之时，恰好风沙弥天，几十步外不见人。明朝兵马突然出现，脱古思帖木儿根本不能作有效的抵抗，太尉蛮子仓促上阵，很快战败被杀。脱古思帖木儿带着太子天保奴、知院捏怯来、丞相失烈门等数十人逃往和林方向。这一次战役，脱古思帖木儿的次子地保奴、嫔妃公主一百二十三人、官员三千余、人口七万七千多、马驼牛羊十五万多头，以及大量印章、图书、兵器、车辆，都被明军俘获。
脱古思帖木儿一行逃亡途中，在土剌河遇到也速迭儿。他和太子天保奴一起被也速迭儿杀死，捏怯来、失烈门逃去，南下投降了明朝。
捕鱼儿海战役使北元贵族遭到最大的失败。如果说在此之前他们或许还有着重振势力入主中原的希望，那么这个希望到这时就完全破灭了。自脱古思帖木儿死，蒙古内部开始陷入连绵不断的内讧之中，其间虽然有过几次统一，但对明朝始终未能构成倾覆性的威胁。北元一明朝的南北对峙，从脱古思帖木儿败亡之后成为定局。
【明对北元的防御】
明在二十多年间，对北元进行了一系列军事征讨，取得了很大的胜利。然而他们知道，这离彻底消灭撤离中原的中央王朝元朝所谓残余势力还差得很远。蒙古的军事力量虽然在元朝后期一度衰败,但回归到了草原，蒙古人很快就恢复了昔日剽悍勇武的素质再次表现出吃苦耐劳、能征惯战的特点。同时，明军尽管三五次深入北方作战，可是由于后勤、生活习惯诸方面原因，并未能占据草原地区多久。北元一蒙古终始是明王朝的巨大威胁。《明史·兵志》说："终明之世，边防甚重"，主要就是指对北方蒙古防御而言的。为了保障北方边境的安全，明朝在一系列军事胜之后，在能够控制的蒙古地区和蒙明边境建立了许多设置。这些设置，有的旋设旋灭，有的长期存在并有所变化。
(一)设立羁縻卫所。
这类卫所以降附明朝的首领为都督、都指挥使、指挥使、千户、百户、镇抚等官职，自己管理内部事务定期向明廷朝贡。蒙古地区最著名的是泰宁卫(今吉林洮安一带)，初以辽王阿札失里为指挥使；福余卫(今齐齐哈尔一带)，以海撒男答奚为指挥同知；朵颜三卫(今绰尔河流域)，初以脱鲁察儿为指挥同知。泰宁、福余、朵颜三卫统称兀良哈三卫或朵三卫，一直存在至明朝末年。在三卫的的西北面还曾设立斡难卫(今鄂嫩河流域)、坚河卫(今额尔古纳左旗根河一带)、海剌千户所(今海拉尔一带)、哈剌孩卫(今哈刺哈河流域)等，这些卫所在设立后不久都消亡了。在今包头、呼和浩特、集宁地区一度设立官山、失宝赤、五花城、斡鲁忽奴、燕只、瓮吉剌等千户所，随着蒙古势力的逐渐南下，这些千户所也很快消亡了。
在明朝的西北地区，即今甘肃、青海西部，以及东察合台汗国地区先后设立安定、阿端、曲先、罕东、罕东左、沙州、赤斤蒙古、哈密等八卫，以蒙古族首领为指挥使等官，有的还封以王号。
(二)修筑长城壕垣。
从鸭绿江起，沿着今抚顺；昌图，辽河下游、黑山、义县、山海关一线，修筑了壕垣。东从山海关起，西至嘉峪关，经过十八次大兴土石，修筑了长城，称为边墙，其中宣化、大同之南还修筑了内长城，称为次边，这就是今日见到的万里长城。这些化费了无数人力、物力、财力而修筑的长城和壕垣，基本上都是为了防御蒙古骑兵的南下。
(三)沿长城壕垣设置重镇，派驻重兵。
自明初至中叶，明朝先后设置了九个重镇统领前线军士，这九个重镇统称九边镇，即：辽东镇(治广宁，今辽宁北镇)、蓟州镇(治三屯营，今河北迁西县西北)、宣府镇(治宣府，今河北宣化)、大同镇(治所在今山西大同)、山西镇(治所在今山西宁武)、延绥镇(治所在今陕西榆林)、宁夏镇(治所在今银川)、固原镇(治所在今宁夏固原)、甘肃镇(治所在今甘肃张掖)。各镇都有总兵官、巡抚，数镇之上还有总督。这些封疆大吏统领的兵力，多时达百万，少时也有几十万，约占全国兵力的三分之二。如此众多的兵力，当然基本上也是为了阻止剽悍的蒙古骑兵。
【北元的真相】
一.北元的灭亡
元未明初，当北伐的明军攻陷元首都大都之后，蒙元势力被迫北迁。大都的失陷标志着元朝的灭亡。此后，残存于塞外的元政权，史称“北元”。
所谓的“北元”究竟亡于何时呢？长期以来，众说纷纭。有人宣称北元亡于洪武二十一年、有人宣称北元于崇祯九年亡于后金（即后来的满清）。那么，历史的真相究竟是怎么样的呢？下面让我们来探讨一下吧。
在元朝建立之前，蒙古的大汗，是由蒙古各部落的首领开会公推的，这样的会议叫“忽里勒台”。这个传统的制度成了成吉思汗子孙们合法争夺汗位的途径。在成吉思汗之后继位的窝阔台、贵由、蒙哥等都由“忽里勒台”推举。但蒙哥死后，元世祖忽必烈破坏了公推的惯例，不经“忽里勒台”的推举，自立于开平。后来，更仿效汉制，立太子，定皇储之局。（太子不一定由大汗的儿子担任，有时也可以由大汗的兄弟担任。例如元明宗曾经立他的弟弟即后来的元文宗为皇太子）此后，元朝的帝王或传子或传弟，但有一点不变的，就是元朝的帝王只能由忽必烈的后裔担任。
忽必烈彻底破坏了“忽里勒台”选汗的制度，必然在蒙古引起政治大地震。蒙古的宗室及诸汗国围绕着继位问题的战争，此起彼伏。直到元武宗至大三年，以窝阔台的后代察八儿向元朝臣服为标志，蒙古大帝国再告统一。诸汗国承认是元朝的宗藩，奉元朝为正朔，遣使进贡。这表明，实力雄厚的元朝终于成功的迫使蒙古宗室及诸汗国承认其不经“忽里勒台”公推的汗位的合法性。
洪武元年，北伐的明军攻陷元朝的首都大都，次年克上都。北迁的元顺帝于两年后死于应昌，太子爱猷识里达腊继位。
洪武三年，明将李文忠、赵庸克应昌，爱猷识里达腊北走。明军获其子买的里八刺及后、妃、诸王官属数百人。洪武十一年，爱猷识里达腊卒。汗位传至脱古思贴木儿。
脱古思帖木儿未即汗位之前曾被明军俘获过。据《明史.鞑靼传》记载永乐六年明成祖以书谕当时的蒙古新大汗本雅失里曰：
“自元运既讫，顺帝后爱猷识理达腊至坤帖木儿凡六传，瞬息之间，未闻一人善终者。我皇考太祖高皇帝于元氏子孙，加意抚恤，来归者辄令北还，如遣脱古思帖木儿归，嗣为可汗，此南北人所共知。”
包括明清史专家孟森在内的很多著名学者都认为脱古思帖木儿即是元顺帝太子爱猷识理达腊的儿子买的里八剌，此人于洪武三年在明军歼灭元汗廷的应昌之役中被俘获。后被明太祖封为为崇礼侯。《明史.鞑靼传》记载：
“（洪武七年）太祖以故元太子流离沙漠，父子隔绝，未有后嗣，乃遣崇礼侯北归，以书谕之。”
也有人认为脱古思帖木儿是元顺帝太子爱猷识理达腊的弟弟。（日本学者和田清即持这种看法）不管怎样说，脱古思帖木儿都曾经是明朝的俘虏。但他北归后，却没有投降，而是继续与明廷为敌。
洪武二十一年，脱古思贴木儿的汗营在捕鱼儿海遭到了明军的袭击，脱古思贴木儿仅以数十骑逃遁，途中被也速迭儿杀死，也速迭儿自立为汗。因为“耻事”也速迭儿而降明的北元要人有知院捏怯来、丞相失烈门、国公老撤等。据甲种本《华夷译语》所载的《捏怯来书》称：
“阿里不哥子孙也速迭儿等人与卫拉特人一起做反，毒害了我们的汗，夺去了大印，尽将百姓杀害。”
由此可知也速迭儿并非是忽必烈的后裔，而是曾经与忽必烈争过汗位的阿里不哥的子孙。
就象当初忽必烈破坏了“忽里勒台”选汗的制度，在蒙古引起政治大地震一样，也速迭儿破坏了由忽必烈子孙继承汗位的“皇太子”制度，也同样在蒙古引起了政治大地震。但也速迭儿与忽必烈的不同之处在于他的财力、兵力均极为有限，根本没有号令全蒙古的实力。更何况，就资历而言，蒙古东察合台汗国及钦察汗国等也在也速迭儿的部落之上，当然不会承认其正统的地位。所以，从也速迭儿破坏忽必烈的立汗制度而自立的那一刻起，北元已经正式灭亡了。《明史.鞑靼列传》也证实了这一点：
“自脱古思帖木儿后，部帅纷拏，五传至坤帖木儿，咸被弑，不复知帝号。有鬼力赤者篡立，称可汗，去国号，遂称鞑靼云。”
顺便提及，蒙古传统上还有一种皇后临朝专政之制。（例如蒙古大汗窝阔台去世之后，他的太后乃马真曾经临朝统制，总理全国大政。元成宗死后，皇后也企图临朝统制）那么，北元是否也存在这种可能性呢？史料没有明确记载，但我们可以分析一下北元后妃的去向，尝试解开这个谜。
首先分析一下元顺帝死亡后，他的后妃是否有临朝统制的可能。《明太祖实录》记载洪武三年五月十三曰（辛丑）明军攻克应昌，歼灭北元汗廷：
“获元主（指元顺帝。在此之前，元顺帝已经死亡，）嫡孙买的里八剌并后妃宫人暨诸王省院达官士卒等”、“惟太子爱猷识理达腊以数十骑遁去。”
可知这一役，并没有元帝后妃逃脱的纪录。假如元顺帝的后妃有临朝统制的话，必然在应昌之役被明军一网打尽。
再分析一下元顺帝的继承人爱猷识理达腊死后，他的后妃是否有临朝统制的可能。洪武二十一年四月明军在捕鱼儿海又一次歼灭北元汗廷，《明太祖实录》记载：
“虏主脱古思帖木儿以其太子天保奴、知院捏怯来、丞相失烈门等数十骑遁去。”
明军在此役中“获其次子地保奴等陆拾四人及故太子必里秃妃并公主等五十九人。”所谓的故太子“必里秃”是元顺帝的继承人爱猷识理达腊的异译，而“故太子必里秃妃”当然是指爱猷识理达腊的妻子。为什么《明太祖实录》不称她为“后”而称“妃”呢？这恐怕与不称“必里秃”为“帝”而称之为“太子”的道理是一样的，即不承认元朝自元顺帝死后还继续存在着维系其正统的皇帝，尽管爱猷识理达腊确实曾经称帝。有意思的是，爱猷识理达腊早在十年之前就已经死亡了，而他的妻子为什么十年来迟迟不改嫁呢？从朱元璋的北伐讨元檄文来看，当时蒙古存在着“弟收兄妻，子蒸父妾，上下相习，恬不为怪”等等与汉人不同的风俗。爱猷识理达腊的妻子长期坚持不改嫁，这明显有异于当时蒙古的习俗。不得不令人怀疑，这个“太子必里秃妃”是否正在仿效蒙古传统的皇后临朝统制，与爱猷识理达腊的继承人脱古思帖木儿共同执政。考虑到脱古思帖木儿是爱猷识理达腊的儿子，这种可能性就更大了。（脱古思帖木儿是爱猷识理达腊的儿子，明清史料有很多记载，例如《明史鞑靼列传》记载：“洪武十一年夏，故元太子爱猷识理达腊卒，太祖自为文，遣使吊祭。子脱古思帖木儿继立。”）不管怎样说，这个“太子必里秃妃”的结局是当了明军俘虏。
最后分析一下爱猷识理达腊的继承人脱古思帖木儿死后，他的后妃是否有临朝统制的可能。《明史.鞑靼列传》记载：
“既有言玉（指挥捕鱼儿海之战的明军大将军蓝玉）私元主妃者，帝怒，妃惭惧自杀。地保奴出怨言，帝居之琉球。”
被传与蓝玉有染的“元主妃”应该是脱古思帖木儿的妻子，否则脱古思帖木儿的儿子“地保奴”也不会发那么大的火，祸及自身。各种史料都并没有提及脱古思帖木儿在捕鱼儿海之役逃跑时携带着后妃，故可以认为，他的后妃已经在捕鱼儿海之役尽陷于被明军。
考证完元顺帝、爱猷识理达腊及脱古思帖木儿三汗的后妃的下落之后，就可以得出结论，自脱古思帖木儿被阿里不哥的子孙也速迭儿杀了之后，忽必烈的一系不存在后妃临朝统制的可能，北元的的确确是灭亡了。
二.宗主国与藩属
明朝不单止灭亡了元朝、灭亡了北元、还征服了蒙古草原，甚至成为了当时世界上几乎所有蒙古汗国、部落的宗主国。下面将考证一下这一史诗般的征服过程。
蒙古大帝国包括元朝、窝阔台汗国、察合台汗国、伊儿汗国、钦察汗国等。元世祖忽必烈破坏了公推的惯例，不经“忽里勒台”的推举，自立于开平。使蒙古的宗室及诸汗国围绕着继位的问题互相争战，此起彼伏。元武宗至大三年，以窝阔台的后代察八儿向元朝臣服为标志，元朝皇帝被诸汗国尊奉为全蒙古帝国的大汗。再度统一。
明初，被迫北迁的蒙元势力在蒙古草原经过重新分化组合基本上演变成了蒙古本部（又称鞑靼）及瓦剌等权力中心。而元朝的藩属，处于蒙古草原西北部的诸汗国也起了重大变化。原窝阔台汗国早已经被瓜分。察合台汗国亦已经分裂为东西两部，东察合台汗国领有现在中国的新疆一带，西察合台汗国则在阿姆河和锡尔河之间的河中地带。后来，蒙古贵族贴木儿推翻西察合台汗国而自立，自称可汗。（统一了蒙古草原的瓦剌，它的掌权者也先亦于明朝景泰四年弑了脱脱不花而自立为大汗。也先与贴木儿同属袅雄，行为如出一辙。）伊儿汗国被贴木儿吞并。钦察汗国则成了贴木儿的藩属。诸汗国经过重新分化组合，基本上演变成了东察合台汗国和贴木儿帝国等权力中心。
首先，说一说明朝征服蒙古草原的过程。自北元于洪武二十一年灭亡之后，蒙古草原便陷入了大动荡、大分裂之中。最有实力的是蒙古本部和瓦剌，蒙古本部又称鞑靼，主要游牧在漠南北；瓦剌则游牧在蒙古本部的西北部。瓦剌由马哈木、太平、秃孛罗等三人控制。双方发生了激烈的军事政治斗争。这时候的蒙古本部立了一位名叫本雅失里的新大汗（根据贴木儿朝史料《突厥系谱》，本雅失里是阿里不哥的子孙。）
在这里很难将从脱古思帖木儿到本雅失里之间，及后来曾经做过蒙古大汗的人的名字一一写出。因为至今中外学者仍然对这个问题众说纷纭，排不出一份大家都能接受的世系表。原因是现存的蒙古史籍关于大汗的记载大相径庭，而蒙古部落与当时的明朝打交道时，很多时候都是由蒙古权臣操纵，明朝在某一个时期甚至连那些傀儡大汗的传袭及名字都弄不清楚。
就在蒙古本部的阿鲁台迎本雅失里为汗的次年（即永乐七年），瓦剌??顺宁王；太平为特进金紫光禄大夫、贤义王；把秃孛罗为特进金紫光禄大夫、安乐王；赐印诰。瓦剌三王接受了明廷的敕封，显然已经和明朝有了某种属藩的关系（三王均得向明朝朝贡，一般一岁一贡或再贡，而且王爵的承袭，也要由明朝中央敕封。其中顺宁王于永乐十六年由马哈木之子脱欢袭封，贤义王于宣德九年由太平之子捏烈忽袭爵，以上二王均二世，而安乐王则一世而终）。同年，明将丘福率领十万大军讨伐蒙古本部，全军尽没。明成祖随之决意亲征。
永乐八年，明成祖率领五十万众出塞，大败蒙古本雅失里汗于斡难河（斡难河者，元太祖始兴地也），本雅失里仅七骑渡河遁去。本雅失里西奔，蒙古本部权臣阿鲁台则东奔。明成祖移师追击阿鲁台，败之于静虏镇，追奔百余里乃还。
有意思的是，瓦剌的马哈木听到明成祖击败本雅失里的消息之后，立即向明廷上言：
“请得早为灭寇计（《明史.瓦剌传》）。”
果然，西奔的本雅失里在二年后被瓦剌马哈木等所杀了。马哈木在攻杀本雅失里之后，再向明廷上言：
“欲献故元传国玺，但虑阿鲁台来邀，请中国除之......（《明史.瓦剌传》）。”
由于瓦剌和明朝有某种隶属的关系的原故，因此蒙古本雅失里汗亦也说是间接死于明廷之手。(本雅失里的妻子在明洪熙年间投降了明朝，明朝抚养较厚。据《明仁宗实录》洪熙元年七月甲午条载：“本雅失里妻及外母亦宜优赡，每月各与米五石。”）
关于本雅失里的死亡时间，《蒙古源流》认为是在永乐八年，九年瓦剌所立的新大汗答里巴嗣位，其实是错误的。《明史.瓦剌传》记载永乐十年，马哈木上言明成祖，称：
“脱脱不花子在中国，请遣还。”
瓦剌在永乐十年向明朝索取脱脱不花王子，其目的显然是想立脱脱不花王子为新汗。假如真的象《蒙古源流》所认为的瓦剌在永乐九年已经立了新汗答里巴，那么，必然不会再向明朝索取脱脱不花王子。（脱脱不花王子是忽必烈的后裔。《明太宗实录》永乐七年七月七曰亥记载，“鞑靼脱脱不花王、把秃王一支”在甘肃边外投降明朝。）故此，瓦剌立答里巴应该在永乐十年之后。而答里巴首次出现在明书藉中是在永乐十一年。
值得注意的是，就在本雅失里汗被杀之前，蒙古本部的阿鲁台已经数次入贡。（《明实录》永乐八年十二月丁未条记载，永乐九年一月，阿鲁台遣使到明朝，称：
“元氏子孙已绝，欲率部属来归。”
当时本雅失里尚未死，阿鲁台就已经决定抛弃这位傀儡，投靠明朝。同年十二月入贡。）明成祖俱厚报之，并把所俘的阿鲁台同胞兄妹二人交还给了他。看来，明成祖与阿鲁台的关系发生了重大改变。那么，蒙古人的入贡到底是怎么回事呢？内蒙古大学出版社的《蒙古民族史》第三卷记载：
“（蒙古）每贡使团至边，必须交验明朝所赐敕书、或加盖明朝所赐官印的贡表。有了明朝所赐的敕书、印信，才能朝贡......例如，1446年也先的势力已经接近顶峰，也要奏明明朝，说明成祖赐给他祖父的驼钮金印失去，要求再赐新印（《明英宗实录》正统十一年十一月甲申），从这个意义上看，明朝蒙古朝贡以称臣受封为前提，体现了明与朝贡部落间的松散隶属关系。”
因此可以认为，入贡的阿鲁台实际上已经向明成祖称臣了，后来，明成祖封阿鲁台为和宁王，则是在原有的基础上进一步巩固了双方的隶属关系。
在永乐八年至永乐十一年这一段时间，原先的蒙古可汗本雅失里败死，瓦剌向明廷索要在明境内的脱脱不花子，目的就是想立脱脱不花为蒙古新大汗，但明廷没有立即遣还。就在这一刻，蒙古各部处于无主状态，但是鉴于瓦剌的最高掌权者马哈木、太平、秃孛罗和蒙古本部的最高掌权者阿鲁台已经先后向明成祖称臣朝贡，而且蒙古的兀良哈三卫等更是早已经降明，因此不管当时所有的蒙古人是否乐意，完全可以这样说，这一刻的明成祖已经成为了蒙古诸部至高无上的君王。
活动在蒙古草原的蒙古诸部已经全部臣服了明朝。那么，昔曰元朝的藩属，处于蒙古草原西北部的诸汗国又如何呢？
据《明太祖实录》记载，洪武二十四年秋七月癸丑，别失里八朝贡。（别失里八即东察合台汗国。）
另据《明太祖实录》记载，贴木儿帝国（明人称之为“撒马儿罕”）先后在洪武二十一年九月、二十二年九月、二十五年三月、二十七年九月、二十九年九月向明朝称臣朝贡。其中贴木儿帝国在洪武二十七年的贡表如下：
“ 恭惟大明大皇帝受天明命，统一四海，仁德洪布，恩养庶类，万国欣仰。咸知上天欲平治天下，特命皇帝出膺运数，为亿兆之主。光明广大，昭若天镜，无有远近，咸照临之。臣帖木儿僻在万里之外，恭闻圣德宽大，超越万古。自古所无之福，皇帝皆有之。所未服之国，皇帝皆服之。远方绝域，昏昧之地，皆清明之。老者无不安乐，少者无不长遂，善者无不蒙福，恶者无不知惧。今又特蒙施恩远国，凡商贾之来中国者，使观览都邑、城池，富贵雄壮，如出昏暗之中，忽睹天曰，何幸如之！又承敕书恩抚劳问，使站驿相通，道路无壅，远国之人咸得其济。钦仰圣心，如照世之杯，使臣心中豁然光明。臣国中部落，闻兹德音，欢舞感戴。臣无以报恩，惟仰天祝颂圣寿福禄，如天地永永无极。”
《明史.撒马儿罕传》对这个贡表作了一些解释：
“照世杯者，其国旧传有杯光明洞彻，照之可知世事，故云。”
又称：
“帝得表，嘉其有文。明年命给事中傅安等赍玺书、币帛报之。”
但后来，吞并了伊儿汗国、制服了钦察汗国的贴木儿，在战胜奥斯曼帝国之后，野心彭涨，竟准备要征服明朝。永乐二年，帖木儿领兵八十万东来攻明，在中途病死，帝国大军返回。帖木儿死后，其孙哈里承袭王位。在永乐五年恢复和明朝的朝贡关系。明成祖亦派使臣往祭故王帖木儿。
综上所述，可以认为，由昔曰蒙古大帝国（包括元朝、窝阔台汗国、察合台汗国、伊儿汗国、钦察汗国等）派生出诸多汗国、部落，在明洪武至永乐年间基本上已经向明朝臣服了。在这一点上明朝胜过后来的清朝（清朝时，原蒙古钦察汗国、贴木儿帝国的疆域被俄罗斯控制，而由贴木儿帝国派生出的莫卧儿帝国也未向清朝朝贡。）
三.永乐十年之后的明廷与蒙古诸部的关系
瓦剌杀害本雅失里汗之后，瓦剌向明廷邀功。称：
“......脱脱不花子在中国，请遣还；部属多从战有劳，请加赏赉；又瓦剌士马强，请予军器。”
瓦剌一下子提出了这么多要求，当时的明成祖即认为：
“瓦剌骄矣，然不足较。（《明史.瓦剌传》）。”
瓦剌向明廷提出索取在甘肃的元后裔脱脱不花，目的没有明说。（但从瓦剌在后来的所作所为可以判断，是要立此人为汗）
瓦剌向明廷索取元后裔脱脱不花被拒绝了，只好偷偷摸摸的选了一位名叫“答里巴”的傀儡为汗。瓦剌的最高掌权者马哈木、太平、秃孛罗在立汗后却仍然和明朝保持着属藩关系，明廷似乎也被蒙在鼓里。然而纸包不住火，瓦剌的死对头蒙古本部的阿鲁台终于把瓦剌擅立大汗的事告诉了明廷。永乐十二年（1417）春，明成祖以瓦剌擅留敕使不遣、还有表面扬言袭击阿鲁台，实际将入犯中土为理由，率军亲征。在忽兰忽失温之役中大败瓦剌，马哈木等不得不词卑谢罪。这时出现了一个有趣的现象，就是昙花一现的傀儡答里巴汗（可能还有继任者）在忽兰忽失温之役后下落不明，此后的若干年间各种史料都没有他们具体事迹的记载。（这些傀儡也许是在战乱中死亡了；也许是被再度臣服明廷的瓦剌掌权者们严密的收藏了起来。马哈木、太平、秃孛罗等人秘密立汗的事和后来满清的“三藩之乱”有很多相似之处。明未清初，为满清立下了大功的吴三桂被封王，康熙年间由于满清撤藩，身为藩王的吴三桂造反，在檄文中声称自己三十年来秘密收藏了一位前明太子，很多人都看出吴三桂此举是为了收买人心，增强号召力而已，显然不太可信。）
忽兰忽失温之战过了十五年左右，瓦剌终于在公开场合出现了一位新大汗，这人就是上文提及的瓦剌向明朝索取而不果的脱脱不花，他是忽必烈的后裔。脱脱不花在永乐七年于甘肃边外投降明朝。然而二十三年后，到了宣德七年（1432）“鞑靼脱脱不花等二十余户既降复叛，今在铁门关西（《明宣宗实录》宣德七年四月癸卯）”，这时候的脱脱不花竟然叛明潜逃了。
脱脱不花叛明后是如何成为大汗的呢？《明史.瓦剌传》记载：
“（马哈木的儿子）脱懽内杀其贤义、安乐两王，尽有其众，欲自称可汗，众不可，乃共立脱脱不花”，“脱懽死，子也先嗣，称太师淮王。于是北部皆服属也先，脱脱不花具空名。”
也先死后，大混乱的蒙古内部，一时间走马灯般更换了几任大汗，亦有多位大汗被弑。其间甚至一度出现近十年汗位空缺的现象。（没有人敢做大汗了）直到满都鲁任汗位后，混乱情况才暂告一般落。
这段时期向明朝朝贡的汗有马可古儿苦思汗、满都鲁汗等。满都鲁汗曾经入寇明边，遭到了明将的痛击。《明史.鞑靼传》记载：
“（明将）率轻骑昼夜疾驰至，分薄其营，前后夹击，大破之。复邀击于韦州。满都鲁等败归，孳畜庐帐荡尽，妻孥皆丧亡，相顾悲哭去。自是不复居河套，边患少弭；间盗边，弗敢大入，亦数遣使朝贡。”
值得一提的是其后的达延汗，这人求贡时“书辞悖慢”“以敌国自居”（《明实录》弘治元年五月条）而且朝贡同时，继续寇边。明朝最初容忍，后来终于在弘治十二年与蒙古本部贡市继绝。达延汗死后，后来的博迪汗、图门汗都求贡，但明廷不许。结果，蒙古部落经常入寇明境大规模抢掠，这种形势虽然在“俺答封贡”（隆庆元年，明穆宗封蒙古本部右翼的俺答汗为顺义王，给渡金印。顺义王的承袭历经俺答、黄台吉、扯力克、卜失兔四世）时有一些好转，但没有根治。正如《明史.鞑靼传》指出的：
“边境之祸，遂与明终始云”。
综上所述，可以得出结论，在也速迭儿杀死脱古思贴木儿，破坏忽必烈的立汗制度而自立的那一刻起，北元已经正式灭亡了。而到了本雅失里汗被杀，阿鲁台称臣的时候，明朝已经完全取代了残元，成为了当之无愧的正统。后来蒙古部落所立的一些大汗，只不过是不敢公开露面的傀儡（其中有些傀儡是否存在，目前仍有争论），只有当时大明的皇帝才是光明正大、堂堂正正的。其后虽有瓦剌短暂统一蒙古，但无论是脱脱不花汗还是后来篡汗位的也先，都要向明朝朝贡（即使是“土木之变”后仍是如此）。也先被部属所弑，蒙古重新四分五裂，一直到明亡为止，也没能够统一。这期间，蒙古部落的一些大汗、权臣都先后向明廷朝贡，而对蒙古人的朝贡要求，明朝时而允许、时而不允许，采取了予志自雄的态度。蒙古的一些部落经常入寇明境大规模抢掠，不过就象明未辽东巡抚熊廷弼所说的：
“虏虽强盛，然所欲不过抢掠财物而止，无远志......(《筹辽硕画》第一卷)”。
在二百多年里，蒙古部落的一些大汗、权臣都先后向明廷朝贡，不能朝贡的某些大汗、权臣，还流露出了怨恨的情绪。这表明当时的蒙古人已经认同了明朝的正统地位。因此，所谓的明与蒙古是平等的南北朝的论调是没有根据的。（例如内蒙古大学出版社的《蒙古民族史》第三卷就认为有明一代，明与蒙古是平等的南北朝）
四. 驳斥北元亡于后金的论调
有人宣称，蒙古察哈尔部于崇祯九年亡于后金，而察哈尔部的灭亡则等于北元的灭亡。这是错误的，原因如下：
（一）.达延汗没有统一蒙古
因为察哈尔的最后一任大汗林丹汗是统一了蒙古本部的达延汗的后裔，所以要想搞清楚察哈尔部的灭亡是否等于蒙古的灭亡，就必须从达延汗说起。
明成化、弘治、正德年间，蒙古达延汗经过东征西讨，基本上统一了长期分裂蒙古本部。然而，就地域和人口而言，达延汗的统一比起以前也先的统一大为逊色。论资历，达延汗的汗国比起东察合台汗国（亦叫别失八里，后来演变成叶尔羌汗国）、金帐汗国（后来分裂成几部分）等差得远了，这些汗国怎会承认它是正统呢？达延汗也征服不了瓦剌。后来，瓦剌干脆另起炉社，著名历史学者王钟翰著的《中国民族史》第六编第二章第一节写到：
“16世纪中叶，东部蒙古土默特部俺答汗（1507—1582）兴起，察哈尔部因受俺答压迫，举部东迁于辽河流域一带。瓦刺各部有感于部落积弱被动挨打，乘机调整彼此间关系，共推“黄金家族”后裔和硕特部首领博贝密尔咱为‘卫拉汗’。”
（二）察哈尔的灭亡不等于蒙古的灭亡
达延汗在统一的同时，对诸子、有功领主及臣下陆续进行分封。这与成吉思汗当年分封子弟及异姓功臣非常相似。达延汗死后，由于大汗权威的迅速消退，实际的权力落入了分封的领主之手。部落领主们竞相称汗，蒙古重新陷入诸候林立的割据状态。
察哈尔汗号称是达延汗之后蒙古大汗的宗本部落，蒙古诸部要向其纳贡。但蒙古诸部经常不纳贡，甚至与其分庭抗礼，蒙古右翼的俺答部就是一个好例子，察哈尔沦为了蒙古诸部中的普通一部。明崇祯年间，察哈尔的林丹汗对诸汗割据、诸候林立的蒙古曾感叹道：
“插汉只有一王子，焉有多王子！”（《明史纪事本未补编》之《西人封贡》）
林丹汗企图再次统一蒙古，但未能成功，并于崇祯九年亡于后金。因此，察哈尔部的灭亡根本不能代表所有割据蒙古部落的灭亡，就象元朝的灭亡不能代表察合台汗国、伊儿汗国、钦察汗国的灭亡一样。
（三）“达延汗”仅仅是一个称号，不等于北元仍然存在
昔日统治中原的蒙古人，当他们被汉人赶到塞外之后，在蒙古部落中仍然残留着许多汉化的官职名称，例如：“洪台吉”即是由汉语“皇太子”演变而来、“宰桑”即是由汉语“宰相”演变而来、“济农”即是由汉语“晋王”演变而来、类似的称号还有“淮王”、“太师”、“知院”、“太尉”等，这些称号在蒙古诸部落中长期使用，并不代表在蒙古草原一直存在着一个与明廷分庭抗礼的蒙古汗廷。有人认为“达延汗”就是“大元汗”的意思，由此得出结论，称北元没有灭亡，这种想法是非常奇怪的。篡位的瓦刺部也先曾经自称为“大元田盛（天圣）大汗”，难道也代表瓦刺部的也先继承了元朝的正统吗？可是也先根本就不是成吉思汗的后代。满清顺治十五年，西藏的达赖喇嘛授予蒙古卫拉特顾实汗的继承人“持教达延汗”的称号，难道据此可以认为“大元”直到这时候仍然继续存在于西藏吗？这当然是不可能的啊！实际上，北元早在洪武二十一年就已经灭亡了。
（四）明朝与蒙古诸部确立的朝贡体系是主流，南北朝式的战争是支流
自明成祖之后，先后向明朝朝贡的蒙古大汗有脱脱不花汗、也先可汗、马可古儿吉思可汗、满都鲁汗、达延汗等，也有的蒙古大汗向明朝提出朝贡要求，而明朝不予接受的。例如《明史张学颜传》记载：
“俺答封顺义王，察罕土门汗（察哈尔的图门汗）语其下曰：‘俺答，奴也，而封王，吾顾弗如。’挟三卫窥辽，欲以求王。”
察哈尔的最后一任大汗林丹汗亦曾说：
“吾欲得金印如顺义王，大市汉物，为西可汗，不亦快乎。”
最后终于如愿以偿，与明朝议“款成，刑白马于关外，贡表如式。”[《明史纪事本未补编》之《西人封贡》]
蒙古诸部与蒙古大汗的宗本部落保持着纳贡的关系，同时，蒙古大汗却要向明朝朝贡，这样明朝就拥有了数个次级的外藩，顺理成章，明朝也成了数个次级的朝贡中心。当然，蒙古部落也有大汗、大臣一起向明朝朝贡的，例如脱脱不花汗和也先。明朝与蒙古诸部确立的朝贡体系是主流，战争是支流。明朝与蒙古诸部确立的朝贡体系体现了“华夷一家”的思想，怎能把这样的关系称之为南北朝呢？
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