| 籍貫： | 臺灣臺南縣官田鄉 | ||||||
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陈水扁由於“阿”字後面加尾名是臺語人名簡稱的習慣用法，多用於親友間對平輩和晚輩的叫法，故自稱“阿扁”以表現親民作風。而臺灣媒體習慣稱陳水扁所領導的中華民國政府為“扁政府”。
陳水扁是中華民國第二位民選總統，也是首位非中國國民黨黨籍的總統，任內積極推動臺灣的正名製憲運動以及臺灣加入聯合國，於經貿方面則采取“南嚮政策”及“積極管理，有效開放”的兩岸經貿架構。
卸任總統後，被臺灣臺北地方法院以涉嫌貪污、洗錢等重罪為由收押禁見，成為中華民國歷史上首位遭收押的卸任總統。2009年9月11日，一審宣判無期徒刑，並罰款兩億新臺幣罰款，同時褫奪公權終身。
早年
1950年，陳水扁出生於臺灣臺南縣官田鄉，父親陳鬆根，母親李慎，陳水扁為長子，下有1弟2妹。陳父以當人傢的佃農與長工為生，傢境屬於三級貧戶，即貧戶中的最貧級。 1969年臺南一中畢業後，同年9月陳水扁考入臺灣大學商學係工商管理組，未讀[來源請求]休學，一年後（1970年）重考入臺灣大學法律係司法組。大學時代的陳水扁依然成績優異，陸續得到水泥公司、農會、佛教、獅子會、國民黨等各種奬學金的資助，1973年大學三年級時更以律師高考狀元的成績考取中華民國律師資格，成為當時全國最年輕的律師。
大學期間，陳水扁在某次旅北同學會中與曾文初中小他一屆的學妹——就讀中興大學地政學係的吳淑珍開始熟識，後來兩人發展成戀人關係。然而吳淑珍出身醫師家庭，傢境富有，與陳水扁的出身有很大的差距，所以吳傢傢長並不看好這段戀情。
1974年，陳水扁以臺灣大學法律係第一名畢業，因天生右手肘外彎過大而免服兵役，遂得以投入職場，開始律師的工作。
1975年，陳水扁與吳淑珍結婚。1976年在嶽父吳昆池的資助下成立華夏海事商務法律事務所，業績蒸蒸日上，經濟情況大有改善，並曾為長榮海運擔任法律顧問。同年8月，長女陳幸妤出生。
從政初期
1979年底的美麗島事件是陳水扁踏入臺灣政壇的契機。為美麗島事件被告延攬律師的張德銘找上了陳水扁，希望陳水扁能挺身出面辯護。由於當時國民黨政府一黨專政，政治氣氛十分緊張，所以陳水扁雖有意願但不敢冒然應允。陳水扁請教了大學恩師的意見，但未獲得支持。之後他詢問妻子吳淑珍的想法，吳淑珍支持陳水扁為人權發聲，於是陳水扁成為美麗島事件被告辯護律師團的一員，負責為主犯之一的黃信介辯護。美麗島事件被告的辯護律師團共有15位律師，因本案而聲名鵲起，其中多人後來都成為黨外運動的要角，例如張俊雄、江鵬堅、尤清、謝長廷、蘇貞昌等等，陳水扁也從此開始積極參與黨外運動。
1981年，陳水扁參選臺北市市議員，並以最高票當選。
1984年，陳水扁擔任由黃信介等人創辦的蓬萊島雜志社社長，雜志社的宗旨是“爭取百分之百的言論自由”。
1985年，陳水扁辭去臺北市市議員職務，回故鄉臺南代表黨外人士競選臺南縣縣長。激烈的競選期間一度自稱被當權的中國國民黨下毒，並吊著點滴躺在擔架上於政見發表會場做悲情訴求，最終以約1萬票的差距敗於國民黨籍參選人李雅樵。敗選翌日，妻子吳淑珍在陪同謝票的行程中遭工人張榮財以拼裝車撞傷，導致下半身永久癱瘓，胸部以下喪失知覺。雖然事後調查認為此案純屬不幸的交通意外，陳水扁也自行撤回告訴，但此後陳水扁仍屢屢宣稱“吳淑珍遭來回輾壓3次”，是一起“國民黨策劃的政治車禍”，得到了許多人的相信、同情與支持。
1986年，因國民黨籍立法委員馮滬祥論文抄襲他人著作，且有多位學者舉證歷歷，當時蓬萊島雜志“以翻譯代替著作”等七字形容，陳水扁等三人被法院判刑一年，上訴後改判8個月徒刑。同年，吳淑珍當選中華民國立法委員，陳水扁次年出獄後繼續律師工作，並擔任吳淑珍的國會助理。
1987年，加入民進黨並當選為中常委。
1989年，陳水扁當選中華民國立法院增額立法委員，成為民進黨黨團幹事長。
1992年，陳水扁連任立委成功。
立法委員時期
1990年7月，陳水扁在擔任立法委員期間，受民衆和各黨派的國會助理肯定，為增額立委問政績效最佳的一位。
1990年到1991年，在參加立法院國防委員會期間，主持編撰了《國防組織法》草案，並揭露多起國防軍購弊案，其中包括備受關註的拉法葉軍購案。
1991年，擔任立委期間並以國防委員會身份，有意與中國大陸軍方舉辦座談會。於7月21日到7月26日參訪北京，並在北京軍事博物館及天安門廣場留影。
1992年3月，成為第一位在野黨國防委員會召集委員。
1993年7月，獲美國《新聞周刊》（Newsweek）評選為臺灣國會風雲人物。
臺北市長時期
1994年，升格為直轄市後的臺北市長首次進行市民直選。陳水扁在民進黨內初選擊敗對手謝長廷，獲得民進黨提名為臺北市長候選人。當時國民黨推出現任市長黃大洲參選，而新黨則推舉趙少康參選，選舉結果由陳水扁以615090票當選市長，由於新黨是從國民黨分裂而出，而趙少康與黃大洲的選票總合大過陳水扁，因此一般政論傢都認為陳水扁的勝選是由於國民黨分裂的緣故。
1996年榮獲韓國慶南大學榮譽法學博士、俄羅斯經濟學院經濟學榮譽博士。
1996年3月21日，陳水扁市長將總統府前的介壽路改名為凱達格蘭大道，旁邊的廣場改名為凱達格蘭廣場。
1998年臺北市長選舉，陳水扁尋求連任，國民黨為了重新贏回市長，推出馬英九參選，新黨則推出王建煊參選，由於有了1994年的選舉經驗，反對陳水扁的支持者為了選舉能夠勝利，將選票集中投給馬英九，儘管陳水扁臺北市長任內滿意度達八成，仍以688,072票敗給馬英九的766,377票落選。陳水扁在選舉曾以臺灣土狗和貴賓狗比喻自己和競選對手貴賤之分，一般認為藍營整合成功及棄保效應造成陳水扁的落敗，投票當晚當支持者確定陳水扁落選時，開始支持陳水扁參選總統。
總統時期
首次競選總統
參見：2000年中華民國總統大選
1998年臺北市長選舉落敗之後，同年底入府晉見時任總統的李登輝（當時為國民黨籍），李登輝公開推薦一篇《從摩西到約書亞》的文章給陳水扁，引發輿論對“誰是李登輝的約書亞”的廣泛討論。1999年陳水扁出訪外國進行“學習之旅”，並出版《臺灣之子》自傳書為其參選2000年中華民國總統大選鋪路。但當時民進黨有所謂“四年條款”的內規，即規定黨內同志不得在四年內參選不同公職，此乃民進黨為維持有限政治資源的公平分配及避免“騎驢找馬”的投機心態而設下的，陳水扁由於先前已選擇參選臺北市長，所以理論上已無法參加總統黨內初選，不過因為陳水扁具有高度民意，所以部份民進黨人士有意專為陳水扁修改四年條款。雖然陳水扁本人公開籲請民進黨同志勿為其一人量身訂做規定，也口頭表態支持許信良出馬，但實際上臺面下的動作暗潮洶涌，最終在大老黃信介等有力人士的運作下，民進黨通過修改四年條款使陳水扁得以解套參選。同年7月，陳水扁在民進黨黨內初選勝過許信良，獲民進黨提名為總統候選人。許信良之後退黨參選。
2000年總統大選時國民黨又一次分裂，國民黨提名時任副總統的連戰參選，前臺灣省長宋楚瑜則退黨參選。選舉過程中，宋楚瑜的選情原本被看好，但在國民黨議員揭發興票案醜聞後急轉直下，選舉結果最終陳水扁以39.3%的得票率當選總統，勝過第二名的宋楚瑜30萬票。陳水扁於5月20日就任第10任總統，實現中華民國的首次政黨輪替與政權和平轉移。
位於臺北市的中華民國總統府
唐飛內閣
中華民國政府的內閣閣揆之行政院院長一職，原本希望由在大選中助陳水扁一臂之力的中央研究院院長李遠哲擔任，但是在李遠哲拒絶後，面對變成在野黨的國民黨在國會占有多數席次，為了安定政局，故提名國民黨籍，行將卸任的國防部部長唐飛擔任閣揆，並於2000年5月20日上任。然而續建核四與否的爭議愈來愈大，加上八掌溪事件的發生，唐飛內閣支持率降到低點，面對民進黨秘書長吳乃仁的炮轟，結果唐飛於2000年10月6日辭職。
張俊雄內閣（第一次）
唐飛以後，由副院長張俊雄於2000年10月接任行政院長(時民進黨在國會席次占少數)，主掌行政院。由於宣佈停建核四的結果，朝野開始緊張。
在停止興建核四問題中，陳水扁堅持停建核四。當時的國民黨主席連戰正與總統陳水扁會談（媒體稱“扁連會”），會中連戰說服陳水扁續建核四；扁連會結束一小時後，行政院馬上宣佈停建，導致國民黨籍與親民黨籍立法委員認為陳水扁玩弄兩面手法，提案罷免總統。2001年1月15日，司法院大法官作出釋字第520號解釋文：“行政院沒有不執行立法院通過法案的權力。”後，陳水扁於是讓步，宣佈續建核四。 “核四停建”决策的代價，經建會日前在審查核四建廠追加預算案時，官員就發現核四停建110天，除了要追加543億元外，每延後一年估計替代發電的燃料成本將增加200億元，5年燃料成本增加逾1000億元。由於核四停建損失驚人，當時主持預算審查的經建會副主委還特別要求對外保密，但消息還是泄漏出來
2001年5月，陳水扁給自己頒發了一座采玉大勳章。當時總統府並未公告，但是馬英九政府的總統府發言人王鬱琦證實確有其事。由於該勳章在臺灣象徵最高榮譽，依照勳章條例第3條，“總統佩帶采玉大勳章。采玉大勳章得特贈外國元首，並得派專使賫送。”第10條，“因犯罪褫奪公權者，應繳還勳章及證書。”然而，佩戴和特贈並不相等，自頒勳章稱為一場笑話。在扁傢弊案爆發後此舉更受質疑。如果扁案定讞有罪，馬英九政府是否會收繳陳水扁的采玉大勳章，亦頗受關註。
2001年12月的立委選舉，國民黨的席次因親民黨的挑選而大幅滑落，民進黨成為臺灣立法院最大黨，完成黨內所托任務的張俊雄遂於2002年1月末，依憲法以閣揆身份嚮總統負責為由率領內閣總辭，後總統再任命時任總統府秘書長的遊錫堃接任。
遊錫堃內閣
2002年，遊錫堃初掌行政院時，自許全體閣員應嚮蔣經國內閣看齊，並積極推動大建設（如臺灣高鐵、北宜雪山隧道、蘇花高速公路、西部各縣橫嚮的快速公路），自號“戰鬥內閣”。
陳水扁曾經反對黨政合一，然而就任後兼任民進黨主席。該提案由謝長廷提出。。
同年年底，發生農漁會信用部風波，曾經嚮陳水扁三次請辭，結果被慰留。
2004年，陳水扁以數萬票之差連任，遊錫堃獲續任行政院長，並期待年底國會選舉勝利得以續任。然而由於年底國會選舉，民進黨高額提名，國親新票源大部整合，因此泛緑陣營未能過半，遊錫堃辭職以示負責。
角逐連任
2004年臺灣總統大選2004年3月20日舉行的中華民國第11任總統、副總統選舉，國民黨和親民黨的組合在2003年2月14日確定連宋配。2004年3月19日，陳水扁與其競選搭檔呂秀蓮於臺南遊行造勢途中，遭到刺客以槍暗殺，幸衹受到肚皮擦傷。槍擊案請到國際知名鑒識專傢李昌鈺博士返臺成立鑒定小組。
藍營政治人物和支持者認為“三一九槍擊案”影響了選情，纔使陳水扁再度連任。此次選舉陳水扁僅以0.228%之差險勝連任。
對於槍擊事件的真相認定，藍緑雙方均有極大的歧見，並由此埋下了臺灣政治界的對立。對於此次槍擊案的偵查，臺灣旅美專傢李昌鈺返臺協助調查證據，其鑒識報告指出，陳水扁的傷口是土製槍支造成，並建議以子彈追槍，以槍追人的調查方向。中華民國刑事警察局專案小組依此追查，但最後並沒有直接證據指出陳義雄涉案。他在2100全民開講臺南外景時公開批評陳水扁的執政，因而專案小組認為不滿執政是其犯案動機之一。但因該兇嫌已經自殺身亡 ，真相迄今無法釐清。
在2004年中華民國總統大選中，陳水扁競選連任成功，以0.228%之差距擊敗對手連戰，群衆遊行表達抗議，更衍生出邱毅等立法委員開車衝撞地檢署，撞傷多名維持秩序之員警的案外案；連戰並在落選的群衆講話上疾呼，提出選舉無效及當選無效之訴。臺灣高等法院於2004年11月4日下午4時2分正式宣判，陳水扁當選無效之訴駁回，連戰敗訴，民進黨籍候選人當選有效。
謝長廷內閣
遊錫堃內閣於2005年1月24日總辭，遊錫堃轉任總統府秘書長，由高雄市長謝長廷北上組閣。
謝長廷擔任行政院長前後，提倡和解共生，是為“和解共生內閣”並空下行政院副院長的位置給國民黨江丙坤，國民黨主席連戰拒絶批準江丙坤出任。謝長廷任內，行政院大部分閣員都留任。謝長廷等執政黨成員為節省選舉支出，合議了2005年底的縣市長選舉可以合併基層的選舉，即三合一選舉。
2005年中，高捷弊案爆發，影響力波及泛緑，包括曾任高雄市長的謝長廷。因為高捷弊案的影響，民進黨大敗，失去執政十六年的臺北縣、執政二十四年的宜蘭縣、黨外執政二十多年的嘉義市等地方執政權。民進黨黨主席蘇貞昌首先辭職下臺，而行政院長謝長廷也稍後嚮總統陳水扁請辭。
蘇貞昌內閣
2006年1月17日，謝長廷以總預算案覆議未獲在野黨支持為由嚮總統請辭，陳水扁批準其辭呈。謝長廷遂於1月23日宣佈內閣總辭。1月25日，陳水扁任命前民進黨主席蘇貞昌為行政院長。蘇內閣以“走正道、做實事”自許，是為“實事內閣”。渡過了臺北高雄市長選舉後，蘇貞昌宣佈參與民進黨總統提名初選，與謝、遊、呂三人競逐總統提名，後來謝長廷勝出。由於競選民進黨總統提名失敗，為了方便選舉佈局，蘇貞昌於是2007年5月12日請辭，陳水扁批準其辭呈。
罷免案與倒扁聲浪
2006年中華民國國慶日，民衆發動天下圍攻“倒扁”運動，圖為“紅衫軍”聚集街頭。2006年5月16日，臺聯黨中央政策會在“扁政府執政6周年總體檢與新期待”座談會上公佈，通過對國內100個民間社團進行的問捲調查得出結果，對於陳水扁6年來的施政，滿意率衹有5.8%，不滿意率高達88.4%，陳水扁支持率從六年前79%降到5.8%。
2006年6月，立法委員丁守中等人提案罷免陳水扁，連署者為全部中國國民黨與親民黨所屬之黨籍立法委員。一般認為，陳水扁的親信與傢人涉及諸多弊案是國親兩黨提議罷免的主因。2006年6月27日表决時，民進黨強勢動員黨籍立委不進場投票，臺聯則動員集體投廢票，因此雖然中國國民黨、親民黨及無黨籍立委皆投贊成票，但投票結果還是無法超過三分之二法定門檻，該“總統罷免案宣告”不予成立，也就是不另舉行罷免總統之公民投票。
2006年7月15日，多數親緑人士與學者，發表“民主政治和臺灣認同的道德危機”聲明（七一五聲明），呼籲陳水扁總統慎重考慮辭去職務，認為若陳水扁辭職，可為臺灣民主樹立難得的範例。
2006年8月起，在媒體報道國務機要費的可能濫用與第一夫人吳淑珍女士的大批珠寶來源可疑以及女兒的管傢支領國傢薪水等醜聞後，前民主進步黨主席施明德發動群衆募款。施明德原先同意以和平靜坐的方式發起“百萬人民倒扁運動”、要求陳水扁總統下臺，然而事態越演越烈，參與倒扁之民衆情緒在施明德及多位政治人物的演說下越發激昂。演變成臺灣史上空前百萬民衆走上街頭抗議第一家庭貪腐，再來是移師臺北車站，進而圍城，最後被警政署調用外縣市保警驅散。
張俊雄內閣（第二次）
2007年5月，接替請辭的蘇貞昌，重新回鍋擔任行政院院長，其內閣閣員僅就蘇貞昌時期小幅更動。
2008年1月，打破憲政慣例：張俊雄內閣（或由陳水扁指示）先於1月24日依照憲政慣例總辭，卻於1月29日撤回總辭案（或由陳水扁指示），一切內閣官員完全照舊。張俊雄內閣撤回總辭案的理由是“維持政局安定”。第二次張內閣為“看守內閣”。
此項“行政院內閣應於新任立法委員就職前總辭”的憲政慣例首見於1992年郝柏村內閣，並由司法院大法官於1995年10月的釋字第387號解釋確立正式憲政效力；1997年憲法增修條文修訂後，總統可不經任何副署地任命行政院長，但十餘年來歷任行政院長均恪守此憲政慣例，毫無例外——直到張俊雄第二任內閣。
外交政策
在兩岸和外交政策方面，雖然陳水扁是一名臺獨理念堅定的政治人物，但在中共和美國等各方壓力下他於2000年5月20日總統就職演說中提出了“四不一沒有”的承諾，暫時在一定程度上緩和了中共對他的疑慮，當是中國總理朱鎔基回應“四不一沒有”，中共將對陳水扁“聽其言、觀其行”。一年之後陳水扁提出“一邊一國”論，由於中共政府並不承認由臺灣人民民主選舉所産生的政治實體為一主權獨立的國傢，因此中共政府對陳水扁提出的這些宣示強烈抗議，後來陳水扁依照臺灣民衆的要求終止了“國統綱領”。2007年3月4日，陳水扁在出席臺灣人公共事務會晚宴時，發表“四要一沒有”，即“臺灣要獨立、臺灣要正名、臺灣要新憲、臺灣要發展；沒有所謂的左右路綫問題、衹有獨統問題”。不過，他自己也曾表明，民間部份人士對於在他總統任期內把中華民國的國號改為臺灣共和國表示，“要改國號，要把目前國號中華民國改為臺灣共和國，必須經過四分之三國會議員同意，以目前來講，支持民進黨政府的席次不到國會半數，遑論要達到四分之三，這是不可能的事情。縱使有這些想法，但是客觀的環境是做不到的。我不能夠騙自己，也不能夠騙別人，我做不到就是做不到”。
陳水扁在外交政策方面，還推出了“烽火外交”的政策，用大量金援友邦的方式，積極與中國大陸打邦交國爭奪戰，中華民國政府的邦交國的數量從陳水扁上臺時的31個，減少為下臺時的25個。陳水扁執政末期，爆發了有關金援友邦的“巴紐案”，導致了外交部長黃志芳下臺，“烽火外交”的主要操控者邱義仁接受司法審查，並遭到檢方收押。
由於陳水扁的外交政策多變，經常違背承諾，並不斷挑動中共敏感神經，製造臺海危機，也導致了中共關係的緊張，中美政府同將陳水扁歸類為“麻煩製造者”（troublemaker）。據民進黨元老林濁水透露，布什非常討厭陳水扁，並在2008年3月，在白宮內閣會議上討論亞太事務時，美國總統小布什還曾駡陳水扁是“狗娘養的”（Son of a bitch）。
陳水扁還喜歡以“過境外交”的方式，以過境美國地點的不同，美國接待規格的高低，來作為臺美關係的展示，但由於陳水扁時期臺美關係的惡化，陳水扁的過境地點從2001年5月過境“最高級別”的地點紐約以及高規格接待，到2006年，因美國衹允許過境“級別很低的”地點阿拉斯加，且沒有接待，而導致陳水扁臨時决定放棄過境美國，專機繞過西半球，半途還發生了飛機找不到降落地點，無法加油的混亂，最終到達南美洲。陳水扁最後一次出訪中南美洲，則根本沒有過境美國的規劃。
陳水扁的在兩岸經濟文化往來方面的態度，也從“積極開放，有效管理”轉為“積極管理，有效開放”，還將大陸的媒體驅逐出臺灣。在整個陳水扁執政的時期，兩岸關係長期處於低𠔌，臺美關係也遭到惡化，
經濟與貿易政策
在經濟議題上，雖然一些臺灣民間企業界提出希望臺灣與中國大陸“三通”，促進兩岸經貿交流，但他也顧慮到由於臺灣的國防安全，必須降低對中國大陸的經濟依賴度，因此認為政府不應該短期內積極推動。為取代西進政策，陳水扁亦提出“南嚮”政策，並鼓勵臺商到東南亞投資。在2006年的元旦講話中，陳水扁提出用“積極管理，有效開放”的大陸經貿政策來取代以前的“積極開放，有效管理”，國親抨擊這是“鎖國政策”讓臺灣的經濟快速衰退。
同年春節所發表之演講，表示要考慮廢除已經束之高閣六年的國統綱領和國統會，並在推動以中華民國名義加入聯合國多年仍然失敗後，改以臺灣的名義加入。但在國際上，廢除國統綱領和國統會則違背了他的“四不一沒有”承諾中的“一沒有”條項，遭到泛藍人士的猛烈抨擊。而美國國務院則於1月30日在簡報中，主動針對陳水扁的新春談話發表聲明，重申了美國對臺政策“一個中國，臺灣關係和三項公報”，反對任何片面改變現狀的舉動，並且表示“廢除國統綱領和國統會”如同北京的反分裂國傢法也是單方面地改變現狀。2006年2月27日，在對用語進行修訂後，陳水扁總統宣佈國統會終止運作，國統綱領停止適用，中華人民共和國官方為此大力抨擊，但美國方面也為此希望北京當局“別輕舉妄動”，同時美國方面也要求臺灣當局說清楚其國統會是否真的終止並取消其運作，之後更再三提出不希望兩岸任何一方改變其現狀而損其美國的利益。。
以臺灣名義加入聯合國
2007年7月19日，所羅門群島等三國常駐代表嚮聯合國秘書處轉交了陳水扁總統緻聯合國秘書長函，提出“以臺灣名義加入聯合國”之申請書，但遭聯合國立即退回，理由為聯合國衹受理非聯合國會員國的新國傢的申請加入案，而臺灣是中國的一部分，並非國傢，中華民國在聯合國的合法地位，也已經被中華人民共和國所取代，所以不予受理。聯合國副發言人岡部萬裏江發表說明：“由聯合國兩個會員國提出的臺灣申請加入聯合國案，因為違反了聯合國大會2758號决議文，因此信件無法被受理，並且由聯合國法律事務廳退回。”
陳水扁推動“以臺灣名義加入聯合國”的公投案，引起美國和中共的高度緊張。美國前國務卿鮑威爾親自來臺，說明美國立場，即美國的立場沒有任何改變，美國重申中美建交三個聯合公報，重申“一中原則”，反對臺灣獨立，兩岸問題須通過兩岸人民都能接受的方式和平解决，美國認為“臺灣”、“中華民國”都不是一個國傢。白宮國安會亞洲事務主任韋德寧說：美國發現民進黨以“臺灣”名義入聯推動公投的作法，有點令人睏惑。他說，由於臺灣在目前的情況下，根本無法加入聯合國，也衹會增加兩岸關係的緊張，“推動這個公投有何用處？”所以美國認為毫無必要。臺灣有很多政論名嘴認為，陳水扁推動這個公投案，純屬煽動族群，挑釁兩岸，製造悲情，為民進黨爭選票的行為。
國民黨為了杯葛這個公投案，又發動了“以中華民國名義重返聯合國”的公投案，最終結果，民進黨的“入聯公投”，國民黨的“返聯公投”都沒有跨越50%的生效門檻。
辭去黨主席
在2008年1月12日的2008年中華民國立法委員選舉前，民進黨喊出穩定泛緑基本盤，放眼國會五十席的口號，但選舉結果民進黨遭受創黨以來最大的慘敗，在不分區與區域立委所獲得的總席次僅27席，身兼民進黨主席的陳水扁宣佈辭去民進黨主席職務。
任內醜聞
高雄捷運外勞弊案
2005年8月高捷外勞弊案爆發，由於時任總統府特任副秘書長陳哲男被指控接受廠商招待出國，中華民國第一家庭和總統府的清廉在媒體的大幅報道這些事件下也開始遭到質疑，立法委員邱毅更時常在缺乏具體證據之下不斷爆料出有關總統府及第一家庭的弊案和醜聞。由於此案被起訴者最後大多被判無罪，因而也有說法認為此案實際上是一種政治上排除異己的手段。
臺灣土地開發公司內綫交易案
2006年5月25日，陳水扁的女婿趙建銘，由於涉及臺灣土地開發公司的內綫交易案，遭臺北地方法院裁定收押禁見。這使得民進黨和陳水扁總統的聲望受到重大的打擊。而總統夫人吳淑珍亦被指控收受太平洋SOGO崇光百貨禮券及炒股、投資基金，已有確實的證據。
此案爆發後，許多媒體和泛藍立委以“一妻（涉嫌貪污的總統夫人吳淑珍）、二秘（前總統府副秘書長陳哲男、前總統府副秘書長馬永成）、三師（律師林志豪、醫師黃芳彥、會計師張兆順）、四親傢（趙玉柱、簡水綿、趙建銘、趙建勳）”來形容總統府和第一家庭在弊案和醜聞中的關鍵人物和利益關係。
國務機要費案
2006年11月3日，臺灣高等法院檢察署查黑中心檢察官陳瑞仁偵辦國務機要費案結案，並起訴吳淑珍等4人。檢方於起訴書內認定陳水扁涉有貪污及偽造文書罪嫌，但因受中華民國憲法第52條之保障，俟其經罷免或解職之後再行訴究。
巴紐外交費侵吞案
2008年5月臺巴外交金援十億遭侵吞案爆發，陳水扁5月6日發表聲明指出，“我心中坦蕩，既未主導、亦未參與執行”，同日行政院副院長邱義仁、外交部長黃志芳、國防部副部長柯承亨因此案請辭獲準。部分民進黨員包括蘇貞昌在內，對於陳水扁8年執政讓民進黨形象大損，認為可以由全黨討論應否退黨，部分黨員則持保留態度。
輿論看法
2008年5月20日陳水扁在卸任前多次表示，卸任後將成為終身的臺灣志工；並且在卸任當天依約排定了許多的志工行程。不過他在卸任總統職務一小時後（當天上午10點），就因國務機要費案遭到檢調機關偵辦。此後陳水扁官司纏身，先後因“柔性政變”誹謗案、雷學明案而出庭應詢。
由於陳水扁總統任內醜聞案衆多，不少泛藍民衆據此認為陳水扁為一貪得無饜之政客；而泛緑民衆則認為，許多所謂的“弊案”通常缺乏實質證據，僅僅是依據某些跡象使其內情顯得可疑，雖然不能排除其可能發生，但媒體與檢調的大動作使人懷疑內情並不單純。如2009年7月28號臺北地檢署公訴檢察官林怡君不僅引用中國宋朝皇帝宋太宗之言：“爾俸爾祿、民脂民膏、下民易虐、上天難欺”批扁，並引用大量批扁媒體報道為依據，其公信力即頗受質疑。而大部分案件延續至今未予判决，也使泛緑民衆質疑檢方實際上並無可資證明扁確實貪污之證據，僅僅是為了執政的國民黨的需要而予以起訴，用以轉移民衆對執政黨施政的不滿。
卸任後
洗錢貪瀆的疑雲
主條目：陳水扁家庭密帳案
2008年8月13日，壹周刊刊載陳水扁藉由媳婦黃睿靚將巨款匯到美國，但陳水扁隨即透過律師出面否認，並聲稱陳傢財産早已經信托，不可能匯出國外。然而2008年8月14日立法委員洪秀柱舉行記者會，揭露黃睿靚在瑞士以其個人與公司名義所成立的4個帳戶因有洗錢嫌疑而遭瑞士聯邦檢察署凍結，並主動緻函臺灣請求司法協助。同日下午陳水扁召開記者會道歉並坦承其歷來的選舉剩餘款並未誠實申報，而且其妻吳淑珍暗中將他自1996年起共4次的選舉結餘款匯往海外帳戶，他於2008年年初纔首次得知此事。此話一出立刻在臺灣社會引爆喧然大波並招致臺灣社會輿論撻伐，特偵組檢察官主動展開調查。2008年11月11日，特偵組以被告身份傳訊陳水扁，在五小時偵訊後，嚮臺北地院聲請羈押陳水扁。2008年11月12日清晨7點，一致通過收押陳水扁，陳水扁從聲押到收押的事件，連續兩天攻占全世界主流媒體的頭條或頭標新聞。在檢方的調查下，陸續追出有貪瀆嫌疑的數案，其資金來源與官商授受關係也一一曝光，但陳水扁一傢堅稱所有資金皆是政治獻金，並非貪污，迄今仍在法院審理中。收押至今曾三度絶食抗議，但幾均被懷疑又是作假與演戲，甚至有愈絶食體重愈增加，不受控製的胃脹氣的笑話，檢方於2009年8月4日拒絶所有被告認罪協商。
2009年9月11日，一審宣判，陳水扁被判無期徒刑，並交出兩億罰款，同時褫奪公權終身。
小林村滅村事件
2009年8月莫拉剋臺風過境造成八八水災重創南臺灣，造成小林村全村被五層樓高的土石掩埋，將近500村民慘遭活埋死亡，災民紛將矛頭指嚮水利署於小林村北邊執行曾文水庫越域引水工程，壹周刊及李豔秋於新聞夜總會節目懷疑2004年扁政府發包不當工程是造成滅村兇手，並要求監察院調查真相。針對災民指控越域引水為滅村元兇，水利署長陳伸賢澄清指出，短時間的大量降雨纔是造成大範圍土石流及邊坡坍滑的主因；也聲明該計劃完全依程序完成環評，且小林村距離炸山口十一公裏遠，炸山過程中也有嚴謹監測數據，不至影響居民安全。然而也有學者發起萬人連署，指責越域引水工程將會造成曾文水庫水量過多無法消化，要求越域引水工程永久停工，目前已經暫時停工，等候小林村滅村肇事原因調查。