| 籍贯： | 湖南/香港 | ||||||
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马英九于2008年中华民国总统选举中，以中国国民党籍候选人身分参选该次总统选举并当选，于2008年5月20日正式就任。2009年7月26日在2009年中国国民党主席选举中再次当选为党主席。
早年生涯
马英九祖籍湖南省湘潭县马家堰（另一说法是湖南省衡山县，因为马的祖母向太夫人曾改嫁同样姓马的男子，继祖父祖籍衡山，故跟继祖父改籍贯），出生于英属香港九龙广华医院。曾居于调景岭。父亲马鹤凌，在抗日战争时加入青年军，后则从事公务；最高公职为行政院青辅会十二职等处长，退休前的职务是国民党中央考纪会副主委。母亲秦厚修曾任中央银行外汇局科长，家中育有5个子女，马英九是唯一的儿子。
马英九的名字是源自于马家族谱，“英”为“上尊大人，英才继起” ，“九”则是希望能以“九思立身”并且“体健九如”。
他在一岁时随双亲移居台湾，毕业于台北市大安初中、建国高中、台湾大学法律系。旋服预备军官役（军种为海军陆战队），任职左营海军后勤司令部。
海外时代
1974年，马英九考取中国国民党中山奖学金赴美国攻读法律。1976年在纽约大学政治系教授，同时也是父亲马鹤凌的老友熊玠的指导之下，获得纽约大学法学硕士（LL.M.）学位，同年与纽约大学同学周美青结婚，之后前往哈佛大学在教授孔杰荣的指导之下攻读博士，于1981年获得法学博士（S.J.D.）学位。
马英九自大学三年级（1971年）听了丘宏达的演讲之后，决心对有关钓鱼台的国际法问题进行更深入的研究。此后，丘宏达持续发挥对他的影响力，也是他当选总统后第一通国际长途电话致电的对象。 在研究国际法的过程中，马英九认为影响他最大的老师有两位。一位是哈佛大学法学院的宋恩教授（Professor Emeritus Louis B. Sohn），另一位是纽约大学法学院的楼文斐教授（Professor Andreas F. Lowenfeld）。前一位指导他撰写博士论文，训练他一丝不苟的治学精神；后一位领他进入国际经济法的殿堂，并使他建立公法与经济法并重的观念。[1986，vii]
虽然马英九的留学费用有中山奖学金的资助，但据马英九的说法，其妻周美青自纽约大学取得法律硕士后便为了他放弃深造，并且打工贴补家计，因此马英九对周美青的付出满怀感激，周美青亦曾担任马英九哈佛大学指导教授孔杰荣的研究助理。此外，在哈佛大学期间，马英九于课余也兼任《波士顿通讯》（Free Chinese Monthly）的主编赚取稿费。然而《波士顿通讯》实为一份国民党政府色彩极浓的留学生刊物，由身为国民党党员及中山奖学金留学生的马英九主编可以说十分自然，马英九本人后来在自传中也曾提及因主编《波士顿通讯》屡获国民党海外工作会（海工会）的奖励，而马英九在海外的种种爱国表现连当时的总统兼国民党主席蒋经国都注意到。在美期间马英九也参加了国民党的右派组织反共爱国联盟并出任该团体的美东理事。
1976年2月，位在哈佛大学附近的麻省理工学院（MIT）发生了国民党政府派遣的校园间谍事件，引起美国媒体乃至政府的关注。之后MIT举办台湾辩论会，学生范清亮代表报告国民党政府间谍情事，中华民国波士顿领事馆的刘振世带队前往拍照，但相机与底片遭学生抢走，不久在《波士顿通讯》上便刊登不利于范清亮的文章。1978年1月28日，为抗议去年台湾县市长选举的舞弊事件，波士顿的台湾留学生等发起大游行。由于游行前已接获警告将有间谍在场拍照，所以留学生皆戴面具参与。当天马英九被发现伙同另一人在游行现场拍照，在遭到游行人士反抗时逃逸，据说当时马英九逃跑的样子反被人拍下。游行结束后，学生纷纷摘下面具，而马英九又被人发现回到现场拍照。后来许多参与游行的留学生都被国民党政府列入“黑名单”，无法回国。由于《波士顿通讯》中对海内外各种反国民党政府言动的大力抨击，再加上疑似为国民党政府搜集反动情资的行为，马英九因而招致海外留学生反对团体的不满，并被指为“学生特务”、“职业学生”。不过马英九在2007年竞选总统时透过幕僚郑重否认此指控，并解释当年撰写文章之动机为“爱国与反台独”。
马英九留美时曾在纽约市的柯尔迪兹法律事务所当暑期实习律师(Summer Intern)及在马里兰大学法学院当研究顾问。1980年11月马英九的长女马唯中在美国出生。翌年自哈佛大学毕业后返回台湾担任蒋经国总统的英文秘书，直入中枢机要，并逐渐于台湾政坛崭露头角。
政治生涯
担任蒋经国幕僚
1981年，马英九回到台湾，适逢钱复正在为蒋经国寻觅英文秘书，马英九经人介绍与其他数人被列于候选名单之中，蒋经国因马英九家世简单清白，遂把他安排在身边担任英文秘书，从事翻译工作。1982年没有公务人员资格的马英九占用公务人员职缺，担任简任公务人员才能担任的中华民国总统府第一局副局长。1984年，接下陈履安的工作，出任国民党中央党部第三副秘书长，负责政党外交工作，致力于突破中共的外交封锁。 1986年通过甲等特考。
入阁
1988年任行政院研考会主委兼大陆工作会报（陆委会前身）执行秘书，1990年任国家统一委员会研究员。1991年马英九升任陆委会副主委兼发言人，且当选国民党不分区国民大会代表。
1991年，马英九和陈水扁接受台大学生会邀请进行宪改辩论，马坚持要维持国民大会，不认为国大有叠床架屋的缺点，而且总统应由国大选出，反对总统直选。
1992年，国民党内总统“直接选举派”与“委任选举派”纷争不休，马英九极力主张委任选举，反对总统直选。 2008年马英九把过去主张委任直选的错误，表示他是执行国民党中常会党意，未必自己就主张委任直选。
1993年连战出任行政院院长，马英九受邀出任法务部部长，以严办地方上的黑金势力受到瞩目。由于办案力度过猛，成为党内的箭靶，当时的李登辉总统曾言：“差点把国民党搞垮！”结果由于强大压力下，1996年，马英九转任为不管部会的政务委员。
1997年，连战内阁饱受白晓燕命案等政治风雨，马英九提出“辞官退隐”声明，不参选1998年台北市市长选举，在程序争议下（在截止日期后月余提出申请），取得政治大学法律系的专任教职，并表示以后专心教育，不再涉足政事，不参与台北市市长选举。但当时不少舆论认为马英九是国民党内最有希望击败陈水扁连任的政治明星，国民党高层为夺回台北市政权也不断劝进，于是马英九在1998年无预警的宣布参选，也因而受到一些媒体的质疑与批评。
台北市长
主条目：台北市市长#第二届和台北市市长#第三届
1997年底的县市长选举之中，陈水扁以台北市长的身份领军组成“宝岛希望助选团”全台助选，造成国民党拱手让出逾半数的县市执政权，展现“以地方包围中央”的执政雄心，国民党在此情势之下渴望出现一位可以对抗陈水扁的从政党员。1998年，经多人劝进与其父马鹤凌的劝说，马参加台北市市长选举国民党内初选，当时马被党内认为是唯一有希望击败陈水扁的强棒。马在国民党初选中胜出，成为该届台北市市长国民党籍候选人。此次选举是马英九首次接受民意考验，在投入选战之前，马英九从来没有参选的实战经验，反观马英九的对手，则是寻求连任的陈水扁市长，在担任市长前，陈水扁还历经台北市议员、立委、县长选战洗礼，已是选举沙场老将。虽然1996年陈水扁在一场婚礼致词时表示1994年最怕就是马英九会出来选，但陈水扁挟有出色政绩、具有战斗力的幕僚团队，马英九虽有国民党在中央执政的庞大资源，两人的声势始终维持在伯仲之间。除了陈水扁外，马英九还面对新党籍的前立法委员王建煊可能瓜分蓝营选票的挑战，在前一次市长选举之中，尽管台北市选民结构蓝大于绿，陈水扁获胜的原因多少与新党赵少康、国民党黄大洲同室操戈有关。在这次选举中，民进党的叶菊兰以“新卖台集团的棋子”批评马英九，而陈水扁也以“台湾土狗对上香港贵宾狗”比喻他与马英九的竞争，但在选前数日，时任总统与国民党党主席的李登辉在造势晚会中问马未来要走什么路，马英九答称“走李总统民主改革的路”，随后李登辉牵起马英九的手高喊“新台湾人！”，此举被认为让马英九拉住了本省族群选票。最后，在王建煊展现“成功不必在我”的陪选态度下，弃保效应发生，马英九以51.13%的得票率击败陈水扁（得票率45.91%）、王建煊（得票率2.97%）等对手而获得胜选。
虽然马英九在当选市长之后不久，即宣布将争取连任，但在2002年台北市市长选举前，有传闻指马英九可能不参选以备角逐2004年的总统选举。最后马英九仍然参与该年的台北市市长选举以寻求连任。他并于参选同时，宣布要以“不一样的方式”来打这场选战，因此选举方式着重于发表政见，举行各种与市民的讨论会等，其竞选对手民主进步党所推派的候选人李应元也着重于政见发表。由于出生地的关系，当时的总统陈水扁，在为同党籍候选人李应元站台的演说中，以“香港脚走香港路”、是在选“台北特首”严厉批评马英九。最后结果马英九以64.11%的得票率击败民进党籍候选人李应元（得票率35.89%）获得连任。 。
交通建设
台北捷运的维护
在马英九担任市长任期内，属于大众运输的台北捷运6条路线，包括新店线、小南门线、小碧潭支线、南港线、板桥线、土城线完工通车，8年来每日载客量成长为6.3倍，并在Nova及CoMET会员系统中可靠性达到第一（2004年、2005年）。不过2001年纳莉台风来袭时，由于马市府防洪评估错误，造成抽水站失效，台北市区汪洋一片，大水并涌入捷运隧道，并让台北捷运蓝线停驶、捷运台北车站停用长达3个月，对台北交通造成影响。事后，监察院通过纠正案纠正台北市政府，认为台北市政府在纳莉风灾期间，捷运设施事前未加强防洪整备及紧急应变演练，以及工务局、台北市政府捷运工程局与台北大众捷运股份有限公司横向联系不足，导致捷运系统淹水受创且扩大灾情，确有违失。
公共汽车专用道
马英九在台北市长任内增加公共汽车专用道设置，鼓励民众搭乘公共运输。但其中罗斯福路及忠孝东西路公共汽车专用道设置，原本是希望能提高市民利用大众运输系统，不过由于路线规划与周围交通评估失当，罗斯福路公共汽车专用道在启用后对道路交通产生负面影响，造成民怨不断，而罗斯福路沿线里长都连署反对，罗斯福路已被讥为全国最易肇事的路段。忠孝西路公共汽车专用道至今仍未启用，而忠孝东路公共汽车专用道的实施已停止。
道路
道路方面，马英九任内完成连结福高三甲与市区的信义快速道路，以及复兴北路车行地下道，为台湾在营运中机场跑道地下进行施工的首例。此外还有环东大道的通车，南京东路正气桥的改建，以及在万华车站铁路地下化后，开通艋舺大道与华翠大桥，并整建基隆河百龄桥、承德桥、民权大桥、麦帅一桥、麦帅二桥与中山新桥等6座桥梁，进行照明美化与景观改善工程。并且完成120公里脚踏车道，95年度串联台北县市河滨脚踏车道。
猫空空中缆车
台北猫空缆车初期故障频传2007年猫空空中缆车完工通车，兼具观光以及大众运输功能，成为台湾的热门新景点。不过猫空缆车上线初期曾经出现过数次运转中断的状况，由台北市研考会在营运一个多月后发布的调查显示，市民对于猫空缆车满意者仅14%，不满意者达32％。台湾环境资讯协会批评猫空缆车的设置，凸显出马英九的政策缺乏全面的考量。一些市议员直指是“台北最大违建”，并与立委并提出渎职控告，甚至当时亦有媒体评论这将冲击马英九的总统选情。
部份人士认为，马英九市长刻意把猫缆当成交通设施，规避建筑法法规，使猫缆不必进行环境影响评估、免办建照、杂项执照、免拟水保计划，让猫缆可以最短时间内赶工完成，种下日后发生塔柱基座崩塌、无限期停驶的败绩。
北投空中缆车
北投空中缆车也是马英九市长任期内自豪的交通建设政绩之一。不过，于猫缆发生塔柱掏空停驶弊案后，北缆也被揭发地质脆弱、规避环保评估、未先做水土保持评估就开工兴建，有步上猫缆后尘之虞。
无线宽带网络城市
北市府于1999年规划，采“政府带头，民间建置和经营”的BOT模式，由政府提供公共场所、业者出资建置经营的方式，打造“无线宽带网络城市”。 这项建设也让台北市政府获得2006年美国“智慧社区论坛”（Intelligent Community Forum, ICF）的智慧城市首奖，击败美国克里夫兰、英国曼彻斯特、中国天津等入围城市。无线宽带的硬件建设为台北赢得全球最大无线网络城市的殊荣，使用率却屡受外界批评。然而，面临使用人数偏低、讯号不稳定、加值服务内容不够吸引人等批评，以及面临3G、HSDPA技术的威胁，负责营运的安源资讯还是深具信心。
产业及经济
在经济投资方面，马英九政府整合了东区商业资源，如台北101、台北世贸等，举办各式展览招商。进行全市无线网络系统Wifly的架设，虽然Wifly让台北市晋升为世界最大的无线网络都市，但因收费问题令使用人数不如预期，截至2006年7月的使用人数只有4万人，不到全市人口3％。
任内全力推动之台北内湖科技园区2006年全年营收达新台币22,933亿元（总公司设于内科之所有公司营收总和，非单纯内科所创造营收，故此说法过于夸大。），南港软件工业园区营收亦达1,448亿元；但是由于内湖区与台北市区的交通因为松山机场而难以扩充，泛绿认为保留松山机场，对内湖区与内湖科技园区弊大于利。
体育
在体育方面，在原台北市立棒球场位置兴建了台北小巨蛋。市政府也推动一行政区一市民运动中心的政策，整建暨有的体育场馆，设立五座运动中心委外经营，以平价的价钱的提供运动空间。 2001年台北市举办亚洲杯女子足球赛，台北市议员段宜康等人指控台北市员警取缔并没收民众自行携入的中华民国国旗，却放任中国五星红旗十二面在场内挥舞而未受到警方干扰。台北市政府的回应是台北市政府只是协办单位，实际的执行都是配和主办单位中华民国足球协会。而中华足协同意台北市政府的说法，承认是自己要求警察配合，并强调这是“奥会模式”（奥会模式规范观众不能带非参赛奥委会成员会旗，中华民国以“中华台北”名义加入国际奥委会，会旗为白底梅花纹章），以柔性劝导民众收起国旗并无不妥，并称因为段宜康的批评，暂时不愿再申办国际比赛。
2009年台北听障奥运标志2003年，由听障者体育运动协会与台北市政府合组的申办团，代表台湾，以52票比32票，击败希腊雅典取得2009年夏季听障奥林匹克运动会，预计有来自超过一百个国家和地区的上万名运动员参赛。
台北市政府是在马英九担任市长任内成立体育处。
文化与都市更新
在文化方面，文化局在马英九任内建立，龙应台担任首任文化局长，范畴包括古迹建筑、历史建筑、老树保护、文化人才、公共艺术、街头艺人，任内并通过台北艺术中心开发计划。
市政府除了举办大型艺文活动，也加速华山艺文特区、建国啤酒厂、宝藏巖聚落等的重整与再生。此外在南港与万华两地设有新移民会馆分馆，提供休闲聚会场所给外籍新移民。
2003年台北市议会通过由文化局推动的台北市树木保护自治条例之立法，让台北市的老树、大树、有意义的树，都获得法律的保障。
在古迹的保存上，台北市府将国民政府时期要员故居——士林官邸、七海官邸、孙运璇故宅、李国鼎故宅、严家淦故宅、钱穆故宅列为市定古迹，以及南海学园科学馆、牯岭街南菜园日式宿舍、万华三水街新富市场、万华助顺将军庙等。
但有些古迹拆除引发争议，如太古巢遗址 ，临济寺神道、兰州街派出所、中山桥等，引起北台湾文化守护联盟与大龙峒文史工作室连署“反对以北大同文化园区都市更新计划为名，消灭文物、窜改历史古迹原貌”。不过，拆除中山桥是为降低当地淹水风险，拆除后，目前在寻找适当地方重组，台北市文化局也针对其他争议古迹说明：一、太古巢位于圆山遗址保存范围，并未遭到破坏；二、临济寺于1984年捷运工程时，将大雄宝殿拆解重组，台北市政府并补助寺方修复山门与大雄宝殿，并未破坏；三、兰州街派出所是1945年以后的建筑。
改建后的建成圆环，更名为“台北圆环”，2009年6月营运。马英九的市政府团队对于老旧市场更新，也常常因为事先规划不当，造成改建后使用效果不彰。其中建成圆环花2亿改建失败、滨江果菜市场花30亿改建，屋顶排烟窗漏水、西门市场花1亿5千万改建失败熄灯、民福市场花10亿改建，各楼层天花板偷工减料高度严重缩水、大桥市场花1亿2千万改建失败熄灯、士林夜市花1亿6千万迁至临时摊位，业绩滑落50％，因而广受各界批评。
卫生与安全
公共卫生方面，在没有中央政府补助的状况下，台北市的家户接管普及率由1998年的28.8%提升到2008年五月的88%，改善大台北地区的河川污染问题。
而与水费分开收取的垃圾费随袋征收实施，提高了台北市资源回收率，以回收比率来看，1999年，也就是实施垃圾费随袋征收前，资源回收比率是7.83%，实施垃圾费随袋征收后，2003年底资源回收比率成长到28%；从开始实施垃圾费随袋征收后，台北市的总废弃物量，也从1999年的26公吨，减少到2004年的12公吨。
2003年SARS期间和平医院爆发严重院内感染，北市府组成专案调查小组，检讨出院内感染的主要原因有三点: 一、在刘姓洗衣工发病后至通报前未采适当隔离措施。二、警觉性不够。三、防护措施未能严格落实执行。因而导致院内感染而封院，并且召回医护人员。在行政院要求下，和平医院即召回九百卅名员工，集中隔离，相关人员家属则采居家隔离，和平医院医护人员及员工计有57人疑似感染，其中7人死亡，50人住院，民众部分则有97人疑似感染，24人死亡。当时的市立和平医院林重威医师在治疗染煞洗衣工时，受感染而牺牲，林父要求台北市政府为封院政策不当道歉，并求偿一元。最后法律判决，由国家赔偿748万元。
马英九市府推动市立医院整并，将10家市立医院整并成一家市立联合医院，市医整并之后因为议价能力提高，一年的药价成本节省了6亿5000万元。不过，台北市立联合医院成立不久却发生了邱小妹妹人球案，遭受邱父虐伤的邱小妹妹无法在拥有丰沛医疗资源的台北市救治，转送到台中县童综合医院急救而脑死，卫生局长张珩为此下台负责。
中国国民党主席
主条目：2005年中国国民党主席选举
2004年中华民国立法委员选举过后，连战宣布不再续任中国国民党党主席。2005年2月被视为国民党接班人的马英九宣布参选，而立法院长王金平在连战多次表示不再续任以后，宣布参选。2005年7月选举结果，马英九击败党内对手王金平取得国民党主席职位。选战过后，马英九多次表示预留第一副主席职位给王金平，惟王予以拒绝。
马英九上任党主席以后，国民党面对的是12月的县市长选举。由马英九主导的该次选举，国民党一举拿下14席，连同泛蓝县市一共17席。民进党只余下6席，马英九极力辅选的国民党周锡玮且拿下了民进党执政多年，具有指标性的台北县。泛绿长期经营的宜兰县及嘉义市也由国民党拿下。
2005年当选嘉义市长的立委黄敏惠就任市长，依法必须补选一席立委。同时，属泛蓝阵营的台东县长吴俊立因案请辞县长，必须补选县长。嘉义市选民结构绿大于蓝，故该补选被视为泛蓝对泛绿的对决，国民党提名前国大代表江义雄。选举的结果，国民党获得嘉义市一席立委，台东县则由国民党提名的吴俊立前妻邝丽贞当选。
2006年6月的倒扁风潮，马英九倒扁的态度不够明确，不但被支持者指“犹豫不决”，其声望也下滑到新低。据统计，马英九的支持度从4月的71%下滑至51%。同年12月举行台北高雄市长选举。马英九、新党党主席郁慕明协调后，曾任环保署长的新党党员郝龙斌终于返回国民党，并一路击败对手取得最后国民党提名资格且当选台北市市长。惟高雄市方面，国民党提名人黄俊英以些微差距败北。。
首长特别费案
主条目：中华民国首长特别费事件
2006年5月起，民进党籍立委谢欣霓、北市议员徐佳青等人，开始质疑并检举马英九特别费。同年8月4日谢欣霓等人向高检署查黑中心检举，指马英九台北市长任内首长特别费，疑遭马英九挪用当成生活费，查黑中心签分“查字第十八号”案，由检察官侯宽仁负责调查。历经七个多月审理，查黑中心在2007年2月13日侦结马英九特别费案，认定马英九报领特别费后存于私帐、没有实际支出，就已构成贪污，台北地检署依贪污治罪条例第五条第一款“利用职务机会诈取财物”将马英九起诉，余文则被依贪污及伪造文书罪起诉。被起诉的同日，马英九正式宣布参选2008年中华民国总统选举，并依承诺辞去中国国民党主席职务，然此案于同年8月17日台北地方法院一审宣判无罪，检方随后提起上诉。2007年12月28日台湾高等法院二审宣判，驳回检方上诉，维持一审无罪判决。 2008年1月3日马英九认为侯宽仁检察官有涉及笔录不实伪造文书的嫌疑而提告侯宽仁。全案经检方提起上诉，最后最高法院在2008年4月24日驳回上诉，全案三审定谳，马英九获判无罪。
在本案审判过程中，由于承办一审的台北地方法院法官蔡守训引用中国宋朝制度公使钱作为无罪判决依据，曾因而引起很大风波，反对人士大都认为这样的判决失于客观，因公使钱并非目前台湾制度中所有。
2008年总统选举
主条目：2008年中华民国总统选举
2008年1月27日完成登记，以中国国民党候选人身分参选总统，并抽签成为二号参选人。3月22日，以765万9014票，58.45％的得票率击败民主进步党的谢长廷，当选中华民国总统。
总统时期
参见：马英九政府
就职
维基文库中相关的原始文献：
中华民国第十二任总统就职演说http://zh.wikisource.org/wiki/中华民国第十二任总统就职演说
2008年5月20日，马英九在总统府宣誓就职，正式就任第十二任总统，其后前往台北小巨蛋举行就职大典，并以“人民奋起，台湾新生”为题发表就职演说。就职当晚在高雄市汉来大饭店举行国宴，款待来自世界各地的与会贵宾。5月22日，中国国台办主任陈云林对马英九的就职演说作了回应 。
出访中南美洲友邦
2008年8月12日至8月19日马总统出访中南美洲友邦巴拉圭与多米尼加的总统就职典礼，这次除创下搭乘定期班机出访的先例之外，也一改前政府的做法，推动外交休兵，定调过境美国单纯化，无公开活动，不以冲撞方式做过境外交，去回程分别过境美国洛杉矶、旧金山，曾与三十一位参、众议员联系接触，都坚守低调原则。
八二三金门谈话
2008年8月24日在八二三炮战50周年纪念大会中马总统表示，金门与厦门兴建大桥将在年底完成评估，马英九说，要把金门从战争的记忆，转变为和平的象征，两岸关系的历史机遇，千载难逢，要把和平思维的幼苗种在两岸的每一颗心灵中。
633政见跳票
主条目：633政见
633政见为马英九所提出的选举政见。该633政见内容，即承诺台湾达成经济成长率百分之六、年平均国民所得三万美金以上及整体失业率百分之三以下的经济目标。 2008年9月3日，已成为中华民国总统的马英九，在墨西哥《太阳报》系集团董事长瓦斯·盖兹专访时坦承选举擎画的633政见无法于短时间内兑现。无法兑现的理由是世界整体经济情势不佳对于马英九自承633政见无法短时间达成，多数媒体均以“跳票”形容。。事后更指出，633政见要在第二任才可能完成。
呛马大游行
马英九上任后，对中国大陆提出的两岸政策被民主进步党等在野政党批评不断后退、自我矮化，且在中国毒奶粉事件及全球金融风暴的应变也被批评毫无章法。因此，民主进步党在2008年10月25日举办游行，其中提出五大诉求：反一中市场、反无能政府、反淘空主权、反一中学历、反黑心商品，以对国际社会表达其支持群众对马政府亲中的不满及愤怒。
第二次江陈会谈
2008年11月4日在台北圆山饭店举行的两岸协商谈判。双方由海峡交流基金会董事长江丙坤与海峡两岸关系协会会长陈云林率领代表团，针对两岸包机直航新航线及增加班次与航点、两岸海运直航、全面通邮、食品安全管理机制，以及面对世界金融风暴两岸如何应对等问题进行协商。是次会谈达成多项共识。主要分为三个部分，一是就第一次陈江会达成的两项协议进行检讨。二是就下午签署两岸空运、海运、邮政、食品安全四项协议最后确认文本。第三就是对未来的两岸关系情势及协商交流议题进行交换意见，并且达成初步共识。
马英九亦在台北宾馆接见海基、海协两会会谈人员。马英九步入会场时，司仪高喊：“总统莅临”。马英九谈话表示，这次两会协商，象征两岸关系向前迈出一大步，这项发展不仅符合两岸人民的期望，也对两岸稳定繁荣做出贡献。
然而，台湾社会对于第二次陈江会谈抱持正反不同态度。抗议群众更在陈云林访台期间与警方数度爆发流血冲突。此外，围城行动更造成超过200人受伤，其中包含149名警察。而马英九则发表对反对声音以及抗争活动的回应。他重申中华民国是主权独立国家，台湾前途是由台湾人民决定。两岸两会是对等协商，没有任何矮化。
二次江陈会落幕后，民调显示两岸透过协商寻求开放经贸，超过半数的民众表示支持，并肯定江陈协议的内容。但是对于马英九接见陈云林的安排，民众则是评价两极端，依照各自支持的政党，有完全不同的结果。
陈水扁国务机要费案
中华民国前总统陈水扁因国务机要费遭检方密切侦讯搜索，马英九面对新闻媒体询问，指出一定会办到底。陈水扁遭羁押禁见后，马英九接受广播电台专访，转而强调尊重司法，并表示对中华民国前总统被收押的感觉是哀矜勿喜，会当做自我警惕的例子。但未发表个人对陈水扁被羁押的看法。
宪兵大裁引发后宪民众抗议
马英九上任后，建军方面延续陈水扁时代的精进案，将国军总兵力裁减至20万人，但也将具有保卫元首安全及卫戍首都重责大任的宪兵大裁至不到12000人，并计划将宪兵司令部废除并入陆军六军团管辖，此举引发宪兵退伍民众的强烈不满，认为马英九“玷污了他们在宪兵队两年的难忘回忆”，并在网络上号召要集合前往总统府前抗议，之后在舆论批评下，马英九及国防部长陈肇敏才取消这个计划。
支持度持续下滑
2009年1月13日，一项由世新大学举办民调显示相较于去年上任3个月时的成绩，马政府的满意度下滑，只有四成台湾民众对目前生活感到满意。学者认为，该数据显示民众对新政府在国际金融海啸冲击下，能否扭转乾坤存有疑虑。另根据亚洲华尔街日报评论，马英九政府推出的发放“消费券”政策或许意在转移选民注意力，掩盖经济不佳的事实;而不但效果不大，反而会债留子孙。文中表示，马总统应透过减税及制度改革，而不是向纳税人举债来振兴经济。
出生地与国籍争议
2008年12月11日，民主进步党立委蔡同荣召开记者会质疑马英九谎报自己的出生地。根据马英九女儿马唯中在美国的出生证明上的记载，马英九填写他自己的出生年是1950年，出生地是中国深圳。由于马英九在中华人民共和国于1949年10月建国后才出生于中国领土上，蔡同荣指控马英九是中华人民共和国国民。总统府则拿出马英九总统出生时，香港生死登记处核发的出生证明正本来辩驳。
中央政府97年度总决算审核报告
2009年7月28日，审计部公布《中央政府97年度总决算审核报告》，质疑马英九政府的全面募兵制、消费券发放、开放中国观光客来台、活路外交、马上关怀方案及促进就业方案等各项政策有执行不力、成效不彰或规划失当等问题，并指出发放消费券的“乘数效果令人质疑”。
2009年8月8日莫拉克风灾引发执政危机
参见：八八水灾
2009年8月8日，中度台风莫拉克袭卷台湾，台东、屏东、高雄、台南、嘉义、南投等地灾情惨重，山区遭惊人雨量引发的土石流摧毁多处地区民宅，死亡及失踪人数难以统计，而平地淹水更使农、渔、畜产业损失预估超出二百亿台币，此即为台湾史上近五十年来最大规模的天灾八八水灾。正当隔日重大灾情陆续传出，灾区民众急需中央政府在第一时间投入大量人力抢救工作之际，马政府却未能及时反应，错失紧急动员全力救灾的先机。因身为总统却无危机处理之能力，引发民怨，声望直落，让台湾民众为他的表现感到心寒，中外媒体纷纷以负面报道抨击向来注重形象的马英九。美国纽约时报（New York Times）2009年8月13日以“Taiwan President Is Target of Anger After Typhoon”（台湾总统在台风后成为民怨箭靶）为标题，报道马英九前往灾区勘灾时，被幸存者指责政府救灾效率不彰，成为攸关他政治事业成败的一大考验。而香港明报同日亦以《马英九救灾迟缓失民心》为新闻标题，直接批评马英九的处理不当，并以攀高的民调不满意度佐证。8月17日CNN官网Quickvote以《Should Taiwan's leader stand down over delays in aiding typhoon victims?》台湾领导人是否该为救灾缓迟而下台为题，开放全球网友投票，结果总投票数14,966，高达82%选Yes要马英九负责下台。
政治主张
1989年，六四天安门事件发生后，马英九每年6月4日都会参加相关的纪念追悼会。他坚持：“六四不翻案，统一不能谈”。 2007年，他以前国民党主席的身份发表《自由民主 两岸对话基础》的文章。开头为：“今天（6月4日）是六四事件18周年，中共政权以武力血腥镇压了学生的民主运动，让它多年来试图建立的改革开放形象毁于一旦。”同时批评中国大陆政府打压台湾的国际空间，让代表台湾民意的机构处处受挫，是中国政权反民主本质的鲜明表现。
2008年4月14日，他在记者会上明确表示，5月上任后，他会继续参加悼念“六四天安门事件”活动，但形式会有所变化。他对平反“六四”的立场不会改变，是至今未变的坚持。他还相信中共迟早会改变对“六四”的态度。但在2009年6月4日，即六四事件二十周年时在总统府网站发表的“六四事件二十周年感言”当中提及六四之后二十年，大陆经改成功，人民生活大幅改善，并认为最近十年“大陆当局比过去更为注意人权议题”，且从去年(2008)年起即未再参加六四纪念活动，引起舆论批评其“立场倒退”的声浪。
2002年12月29日，星期日，台湾法轮功学员举行年度修炼心得交流会，当时的台北市长马英九到场支持，并呼吁中共能以宽容态度对待法轮功。
2005年8月5日，他当选国民党主席，接受《中国时报》专访时称：“反共不反中，反独不促统”、“六四不翻案，统一不可谈”，两岸属“一中两区”。两岸“既非一边一国，也不是两个国家”，而是“一国两区”。他反对“法理台独”，如“正名制宪、台湾共和国”，至于如何解释台湾现状，那是言论自由。2008年5月20日，他在台北小巨蛋举行的就职庆祝大会，“人民奋起，台湾新生”为题，发表就职演说。再次重申“不统、不独、不武”的理念，在中华民国宪法架构下，维持台湾海峡的现状。一九九二年，两岸曾经达成“一中各表”的共识，促成两岸关系顺利的发展。
马英九对于两岸关系主张“九二共识”、“一中各表”，“不统、不独、不武”的两岸关系政见。由于马英九年轻时曾经参与保钓运动，因此在立场上被认为“亲中反日”，但与日本关系密切的李登辉却辩驳称马英九立场并非亲中反日。2008年9月3日，他在接受墨西哥媒体专访时称两岸关系是一种“特别的”关系，但“不是两个中国”、“不是国与国的关系”，因为两岸的宪法都“无法容许在领土上还有另外一个国家”。这与他的前任李登辉的特殊两国论以及陈水扁的台独主张明显不同。
公众形象
主持台北国际马拉松比赛开幕典礼的马英九马英九的公众形象常被许多媒体报道为“年轻俊秀的政治明星”，而马英九本人亦以长期持续的晨跑及积极参与运动活动来建立健康活力的正面公众形象。在一些针对台湾女性与同志的票选活动中，马英九曾被选为政治人物类的“梦中情人”，媒体惯以“小马哥”昵称之。有些调查认为马英九出色的外在条件是他于台湾政坛崛起的最大因素，《新新闻》将该因素解读为“马英九神话”。在性格上，马英九被塑造为具有“正直自律、俭朴清廉、依法行事”的形象，并且极力避免涉入任何有可能惹人非议的应酬与聚会，因而有“政治不沾锅”、“政治洁癖”等可正可反的评价。认同这种行事作风的人会认为马英九比较温和理性，不认同的人则会批评马英九虚伪或缺乏勇于带头领众的魄力。
马英九作为泛蓝阵营的政治人物，常遭亲泛绿阵营的媒体撰文批评，而亲泛蓝媒体则相对友善，亲绿媒体如《新台湾新闻周刊》将此现象批评为“（媒体）造神运动”。另外，马英九也常遭反对阵营批评忽视台湾本土精神，《自由时报》曾以“马英九英语比台语好”及“马英九对中国比对台湾好”上下联批评马英九。
1999年，马英九在台北市政府及行政院农业委员会所合办的流浪犬认养活动中，认养一只混种犬，并取名马小九。在经过健康检查、驱虫及认养程序后，马小九与马英九家人一同居住于市长官邸，其生活大多由马英九的太太周美青照料。虽然马小九在被认养后，于台湾已具有一定之知名度，但真正使其声名大噪的，则是在2006年间，因为它的健检及医疗费系用首长特支费来支付的，因而引爆特支费案。
2009年八月，因八八水灾被外界质疑救灾不利，凡事讲求“依法行事”的马英九，和“无能”划上等号。媒体亦质疑，虽然马英九口口声声的要“负全责”，却未曾明确的表示如何负责。
家族
马英九的祖父马立安，出生于湖南省湘潭市马家堰。
马英九的父亲马鹤凌，抗日战争时加入青年军，后来从事公职，曾经担任行政院青年辅导委员会处长、中国国民党中央考纪会副主委。
母亲秦厚修曾任中央银行外汇局科长。
马以南是马英九的大姐，小名贝比 。曾于1966年受雇担任大专联考的枪手，取酬为人作弊，在1967年11月被调查局所侦破，因被代考人未考上而未被起诉，马以南随即于1968年赴美，后来取得美国籍，大半时间居住于美国。
马乃西是二姐，小名凯子。
马冰如是三姐，小名曼曼。
马英九在家中排行老四，小名弟弟。
马莉君是马英九唯一的一位妹妹，小名妹妹。
马英九与夫人周美青育有二女。
大女儿马唯中，1981年出生于美国，同时拥有美国籍。1998年自北一女中毕业后赴美求学。美国哈佛大学毕业，2005年获得纽约大学博物馆学硕士，目前在纽约工作。
二女儿马元中，1985年出生于台湾，2004年自北一女中毕业，随后前往美国罗德岛州的布朗大学就读，并于2008年五月毕业。