| 籍贯： | 湖南/香港 | ||||||
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馬英九於2008年中華民國總統選舉中，以中國國民籍候選人身分參選該次總統選舉當選，於2008年5月20日正式就任。2009年7月26日在2009年中國國民主席選舉中再次當選為主席。
早年生涯
馬英九祖籍湖南省湘潭縣馬堰（另一說法是湖南省衡山縣，因為馬的祖母太夫人曾改嫁同樣姓馬的男子，繼祖父祖籍衡山，故跟繼祖父改籍貫），出生於英屬香港九竜華醫院。曾居於調景嶺。父親馬鶴凌，在抗日戰爭時加入青年軍，則從事公務；最高公職為行政院青輔會十二職等處長，退休前的職務是國民中央考紀會副主委。母親秦厚修曾任中央銀行外局科長，中育有5個子女，馬英九是唯一的兒子。
馬英九的名字是源自於馬族譜，“英”為“上尊大人，英才繼起” ，“九”則是希望能以“九思立身”且“健九如”。
他在一歲時隨雙親移居灣，畢業於北市大安初中、建國高中、灣大學法律。旋服預備軍官役（軍為海軍陸戰隊），任職左營海軍勤司令部。
海外時代
1974年，馬英九考取中國國民中山奬學金赴美國攻讀法律。1976年在紐約大學政治教授，同時也是父親馬鶴凌的老友熊玠的指導之下，獲得紐約大學法學碩士（LL.M.）學位，同年與紐約大學同學周美青結婚，之前往哈佛大學在教授孔傑榮的指導之下攻讀博士，於1981年獲得法學博士（S.J.D.）學位。
馬英九自大學三年級（1971年）聽丘宏達的演講之，决心對有關釣魚的國際法問題進行更深入的研究。此，丘宏達持續揮對他的影響力，也是他當選總統第一通國際長途電話致電的對象。 在研究國際法的過程中，馬英九認為影響他最大的老師有兩位。一位是哈佛大學法學院的宋恩教授（Professor Emeritus Louis B. Sohn），另一位是紐約大學法學院的樓文斐教授（Professor Andreas F. Lowenfeld）。前一位指導他撰寫博士論文，訓練他一絲不苟的治學精神；一位領他進入國際經濟法的殿堂，使他建立公法與經濟法重的觀念。[1986，vii]
雖然馬英九的留學費用有中山奬學金的資助，但馬英九的說法，其妻周美青自紐約大學取得法律碩士便為他放棄深造，且打工貼補計，因此馬英九對周美青的付出滿懷感激，周美青亦曾擔任馬英九哈佛大學指導教授孔傑榮的研究助理。此外，在哈佛大學期間，馬英九於課也兼任《波士頓通訊》（Free Chinese Monthly）的主編賺取稿費。然而《波士頓通訊》實為一份國民政府色彩極濃的留學生刊物，由身為國民党氏党姓党家員及中山奬學金留學生的馬英九主編可以說十分自然，馬英九本人來在自傳中也曾提及因主編《波士頓通訊》屢國民海外工作會（海工會）的奬勵，而馬英九在海外的姓种种氏愛國現連當時的總統兼國民主席蔣經國都註意到。在美期間馬英九也參加國民的右派組織反共愛國聯盟出任該團體的美東理事。
1976年2月，位在哈佛大學附近的麻省理工學院（MIT）生國民政府派遣的校園間諜事件，引起美國媒乃至政府的關註。之MIT舉辦灣辯論會，學生清亮代報告國民政府間諜情事，中華民國波士頓領事館的劉振世帶隊前往拍照，但相機與底片遭學生搶走，不久在《波士頓通訊》上便刊登不利於清亮的文章。1978年1月28日，為抗議去年灣縣市長選舉的舞弊事件，波士頓的灣留學生等起大遊行。由於遊行前已接警告將有間諜在場拍照，所以留學生皆戴具參與。當天馬英九被現同另一人在遊行現場拍照，在遭到遊行人士反抗時逃逸，說當時馬英九逃跑的樣子反被人拍下。遊行結束，學生紛紛摘下面具，而馬英九又被人現到現場拍照。來許多參與遊行的留學生都被國民政府列入“黑名單”，無法國。由於《波士頓通訊》中對海內外各種反國民政府言動的大力抨擊，再加上疑似為國民政府搜集反動情資的行為，馬英九因而招致海外留學生反對團體的不滿，被指為“學生特務”、“職業學生”。不過馬英九在2007年競選總統時透過幕僚鄭重否認此指控，解釋當年撰寫文章之動機為“愛國與反獨”。
馬英九留美時曾在紐約市的柯爾迪茲法律事務所當暑期實習律師(Summer Intern)及在馬蘭大學法學院當研究顧問。1980年11月馬英九的長女馬唯中在美國出生。翌年自哈佛大學畢業返天台兄台灣擔任蔣經國總統的英文秘書，直入中樞機要，逐漸於灣政嶄露頭角。
政治生涯
擔任蔣經國幕僚
1981年，馬英九到灣，適逢錢正在為蔣經國尋覓英文秘書，馬英九經人介紹與其他數人被列於候選名單之中，蔣經國因馬英九世簡單清白，遂把他安排在身邊擔任英文秘書，從事翻譯工作。1982年沒有公務人員資格的馬英九占用公務人員職缺，擔任簡任公務人員才能擔任的中華民國總統府第一局副局長。1984年，接下陳履安的工作，出任國民中央部第三副秘書長，負責政外交工作，致力於突破中共的外交封鎖。 1986年通過甲等特考。
入閣
1988年任行政院研考會主委兼大陸工作會報（陸委會前身）執行秘書，1990年任國統一委員會研究員。1991年馬英九升任陸委會副主委兼言人，且當選國民不分區國民大會代。
1991年，馬英九和陳水扁接受大學生會邀請進行憲改辯論，馬堅持要維持國民大會，不認為國大有疊床架屋的缺點，而且總統應由國大選出，反對總統直選。
1992年，國民內總統“直接選舉派”與“委任選舉派”紛爭不休，馬英九極力主張委任選舉，反對總統直選。 2008年馬英九把過去主張委任直選的錯誤，示他是執行國民中常會意，未必自己就主張委任直選。
1993年連戰出任行政院院長，馬英九受邀出任法務部部長，以嚴辦地方上的黑金勢力受到矚目。由於辦案力度過猛，成為內的箭靶，當時的李登輝總統曾言：“差點把國民搞垮！”結果由於強大壓力下，1996年，馬英九轉任為不管部會的政務委員。
1997年，連戰內閣飽受白曉燕命案等政治風雨，馬英九提出“辭官退隱”聲明，不參選1998年北市市長選舉，在程序爭議下（在截止日期月提出申請），取得政治大學法律的專任教職，外表電表示以專心教育，不再涉足政事，不參與北市市長選舉。但當時不少輿論認為馬英九是國民內最有希望擊敗陳水扁連任的政治明星，國民高層為奪天台兄台北市政權也不斷勸進，於是馬英九在1998年無預警的宣佈參選，也因而受到一些媒的質疑與批評。
北市長
主條目：北市市長#第二屆和北市市長#第三屆
1997年底的縣市長選舉之中，陳水扁以北市長的身份領軍組成“寶島希望助選”全助選，造成國民拱手讓出逾半數的縣市執政權，展現“以地方包圍中央”的執政雄心，國民在此情勢之下渴望出現一位可以對抗陳水扁的從政員。1998年，經多人勸進與其父馬鶴凌的勸說，馬參加北市市長選舉國民內初選，當時馬被內認為是唯一有希望擊敗陳水扁的強棒。馬在國民初選中出，成為該屆北市市長國民籍候選人。此次選舉是馬英九首次接受民意考驗，在投入選戰之前，馬英九從來沒有參選的實戰經驗，反觀馬英九的對手，則是尋求連任的陳水扁市長，在擔任市長前，陳水扁還經北市議員、立委、縣長選戰洗禮，已是選舉沙場老將。雖然1996年陳水扁在一場婚禮詞時示1994年最怕就是馬英九會出來選，但陳水扁挾有出色政績、具有戰力的幕僚隊，馬英九雖有國民在中央執政的龐大資源，兩人的聲勢始終維持在伯仲之間。除陳水扁外，馬英九還面對新籍的前立法委員王建煊可能瓜分藍營選票的挑戰，在前一次市長選舉之中，儘管北市選民結構藍大於緑，陳水扁胜任的原因多少與新趙少康、國民黃大洲同室操戈有關。在這次選舉中，民進的葉菊蘭以“新賣集的棋子”批評馬英九，而陳水扁也以“灣土狗對上香港貴賓狗”比喻他與馬英九的競爭，但在選前數日，時任總統與國民党氏党姓党家主席的李登輝在造勢晚會中問馬未來要走什麽路，馬英九答稱“走李總統民主改革的路”，隨李登輝牽起馬英九的手高喊“新灣人！”，此舉被認為讓馬英九拉住本省族群選票。最，在王建煊展現“成功不必在我”的陪選態度下，棄保效應生，馬英九以51.13%的得票率擊敗陳水扁（得票率45.91%）、王建煊（得票率2.97%）等對手而獲得選。
雖然馬英九在當選市長之不久，即宣佈將爭取連任，但在2002年北市市長選舉前，有傳聞指馬英九可能不參選以備角逐2004年的總統選舉。最馬英九仍然參與該年的北市市長選舉以尋求連任。他於參選同時，宣佈要以“不一樣的方式”來打這場選戰，因此選舉方式着重於外表電表政見，舉行各種與市民的討論會等，其競選對手民主進步所推派的候選人李應元也着重於政見外表電表。由於出生地的關係，當時的總統陳水扁，在為同籍候選人李應元站的演說中，以“香港腳走香港路”、是在選“北特首”嚴厲批評馬英九。最結果馬英九以64.11%的得票率擊敗民進籍候選人李應元（得票率35.89%）獲得連任。 。
交通建設
北捷運的維護
在馬英九擔任市長任期內，屬於大衆運輸的北捷運6條路綫，包括新店綫、小南門綫、小碧潭支綫、南港綫、橋綫、土城綫完工通車，8年來每日載客量成長為6.3倍，在Nova及CoMET會員統中可靠性達到第一（2004年、2005年）。不過2001年納莉風來襲時，由於馬市府防洪評估錯誤，造成抽水站失效，北市區汪洋一片，大水涌入捷運隧道，讓北捷運藍綫停駛、捷運北車站停用長達3個月，對北交通造成影響。事，監察院通過糾正案糾正北市政府，認為北市政府在納莉風災期間，捷運設施事前未加強防洪整備及緊急應變演練，以及工務局、北市政府捷運工程局與北大衆捷運股份有限公司橫聯繫不足，導致捷運統淹水受創且擴大災情，確有違失。
公共汽車專用道
馬英九在北市長任內增加公共汽車專用道設置，鼓勵民衆搭乘公共運輸。但其中羅斯福路及忠孝東西路公共汽車專用道設置，原本是希望能提高市民利用大衆運輸統，不過由於路綫規與周圍交通評估失當，羅斯福路公共汽車專用道在啓用對道路交通産生負影響，造成民怨不斷，而羅斯福路沿綫長都連署反對，羅斯福路已被譏為全國最易肇事的路段。忠孝西路公共汽車專用道至今仍未啓用，而忠孝東路公共汽車專用道的實施已停止。
道路
道路方面，馬英九任內完成連結福高三甲與市區的信義快速道路，以及興北路車行地下道，為灣在營運中機場跑道地下進行施工的首例。此外還有環東大道的通車，南京東路正氣橋的改建，以及在萬華車站鐵路地下化，開通艋舺大道與華翠大橋，整建基隆河百齡橋、承德橋、民權大橋、麥帥一橋、麥帥二橋與中山新橋等6座橋梁，進行照明美化與景觀改善工程。且完成120公腳踏車道，95年度串聯北縣市河濱腳踏車道。
貓空空中纜車
北貓空纜車初期故障頻傳2007年貓空空中纜車完工通車，兼具觀光以及大衆運輸功能，成為灣的熱門新景點。不過貓空纜車上綫初期曾經出現過數次運轉中斷的狀況，由北市研考會在營運一個多月布帛的調查顯示，市民對於貓空纜車滿意者僅14%，不滿意者達32％。灣環境資訊協會批評貓空纜車的設置，凸顯出馬英九的政策缺乏全的考量。一些市議員直指是“北最大違建”，與立委並提出瀆職控告，甚至當時亦有媒評論這將衝擊馬英九的總統選情。
部份人士認為，馬英九市長刻意把貓纜當成交通設施，規避建築法法規，使貓纜不必進行環境影響評估、免辦建照、雜項執照、免擬水保計，讓貓纜可以最短時間內趕工完成，下日發達生塔柱基座崩塌、無限期停駛的敗績。
北投空中纜車
北投空中纜車也是馬英九市長任期內自豪的交通建設政績之一。不過，於貓纜生塔柱掏空停駛弊案，北纜也被揭地質脆弱、規避環保評估、未先做水土保持評估就開工興建，有步上貓纜塵之虞。
無綫寬帶網絡城市
北市府於1999年規，“政府帶頭，民間建置和經營”的BOT模式，由政府提供公共場所、業者出資建置經營的方式，打造“無綫寬帶網絡城市”。 這項建設也讓北市政府獲得2006年美國“智慧社區論壇”（Intelligent Community Forum, ICF）的智慧城市首奬，擊敗美國鄰里里程夫蘭、英國曼徹斯特、中國天津等入圍城市。無綫寬帶的硬件建設為北贏得全球最大無綫網絡城市的殊榮，使用率卻屢受外界批評。然而，面臨使用人數偏低、訊號不穩定、加值服務內容不夠吸引人等批評，以及面臨3G、HSDPA技術的威脅，負責營運的安源資訊還是深具信心。
産業及經濟
在經濟投資方面，馬英九政府整受不了東區商業資源，如北101、北世貿等，舉辦各式展覽招商。進行全市無綫網絡統Wifly的架設，雖然Wifly讓北市晉升為世界最大的無綫網絡都市，但因收費問題令使用人數不如預期，截至2006年7月的使用人數衹有4萬人，不到全市人口3％。
任內全力推動之北內湖科技園區2006年全年營收達新幣22,933億元（總公司設於內科之所有公司營收總和，非單純內科所創造營收，故此說法過於誇大。），南港軟件工業園區營收亦達1,448億元；但是由於內湖區與北市區的交通因為山機場而難以擴充，泛緑認為保留山機場，對內湖區與內湖科技園區弊大於利。
育
在育方面，在原北市立棒球場位置興建天台兄台北小巨蛋。市政府也推動一行政區一市民運動中心的政策，整建暨有的育場館，設立五座運動中心委外經營，以平價的價錢的提供運動空間。 2001年北市舉辦亞洲杯女子足球賽，北市議員段宜康等人指控北市員警取締沒收民衆自行攜入的中華民國國旗，卻放任中國五星紅旗十二在場內揮舞而未受到警方擾。北市政府的應是北市政府是協辦單位，實際的執行都是配和主辦單位中華民國足球協會。而中華足協同意北市政府的說法，承認是自己要求警察配，強調這是“奧會模式”（奧會模式規觀衆不能帶非參賽奧委會成員會旗，中華民國以“中華北”名義加入國際奧委會，會旗為白底梅花紋章），以柔性勸導民衆收起國旗並無不妥，稱因為段宜康的批評，暫時不再申辦國際比賽。
2009年北聽障奧運標志2003年，由聽障者育運動協會與北市政府組的申辦，代天台兄台灣，以52票比32票，擊敗希臘雅典取得2009年夏季聽障奧林匹運動會，預計有來自超過一百個國和地區的上萬名運動員參賽。
北市政府是在馬英九擔任市長任內成立育處。
文化與都市更新
在文化方面，文化局在馬英九任內建立，竜應擔任首任文化局長，疇包括古跡建築、歷史建築、老樹保護、文化人才、公共藝、街頭藝人，任內通過北藝中心開計。
市政府除舉辦大型藝文活動，也加速華山藝文特區、建國啤酒、寶藏巖聚落等的重整與再生。此外在南港與萬華兩地設有新移民會館分館，提供休閑聚會場所給外籍新移民。
2003年北市議會通過由文化局推動的北市樹木保護自治條例之立法，讓北市的老樹、大樹、有意義的樹，都獲得法律的保障。
在古跡的保存上，北市府將國民政府時期要員故居——士林官邸、七海官邸、孫運璇故宅、李國鼎故宅、嚴淦故宅、錢穆故宅列為市定古跡，以及南海學園科學館、牯嶺街南菜園日式宿舍、萬華三水街新富市場、萬華助順將軍廟等。
但有些古跡拆除引爭議，如太古巢遺址 ，臨濟寺神道、蘭州街派出所、中山橋等，引起北灣文化守護聯盟與大竜峒文史工作室連署“反對以北大同文化園區都市更新計為名，消滅文物、竄改歷史古跡原貌”。不過，拆除中山橋是為降低當地淹水風險，拆除，目前在尋找適當地方重組，北市文化局也針對其他爭議古跡說明：一、太古巢位於圓山遺址保存圍，未遭到破壞；二、臨濟寺於1984年捷運工程時，將大雄寶殿拆解重組，北市政府補助寺方修山門與大雄寶殿，未破壞；三、蘭州街派出所是1945年以的建築。
改建的建成圓環，更名為“北圓環”，2009年6月營運。馬英九的市政府隊對於老舊市場更新，也常常因為事先規不當，造成改建使用效果不彰。其中建成圓環花2億改建失敗、濱江果菜市場花30億改建，屋頂排煙窗漏水、西門市場花1億5萬改建失敗熄燈、民福市場花10億改建，各樓層天花偷工減料高度嚴重縮水、大橋市場花1億2萬改建失敗熄燈、士林夜市花1億6萬遷至臨時攤位，業績滑落50％，因而受各界批評。
衛生與安全
公共衛生方面，在沒有中央政府補助的狀況下，北市的戶接管普及率由1998年的28.8%提升到2008年五月的88%，改善大北地區的河川污染問題。
而與水費分開收取的垃圾費隨袋收實施，提高天台兄台北市資源收率，以收比率來看，1999年，也就是實施垃圾費隨袋收前，資源收比率是7.83%，實施垃圾費隨袋收，2003年底資源收比率成長到28%；從開始實施垃圾費隨袋收，北市的總廢棄物量，也從1999年的26公噸，減少到2004年的12公噸。
2003年SARS期間和平醫院爆嚴重院內感染，北市府組成專案調查小組，檢討出院內感染的主要原因有三點: 一、在劉姓洗衣工病至通報前未適當隔離措施。二、警覺性不夠。三、防護措施未能嚴格落實執行。因而導致院內感染而封院，且召醫護人員。在行政院要求下，和平醫院即召九百卅名員工，集中隔離，相關人員屬則居隔離，和平醫院醫護人員及員工計有57人疑似感染，其中7人死亡，50人住院，民衆部分則有97人疑似感染，24人死亡。當時的市立和平醫院林重威醫師在治療染煞洗衣工時，受感染而犧牲，林父要求北市政府為封院政策不當道歉，求償一元。最法律判决，由國賠償748萬元。
馬英九市府推動市立醫院整，將10市立醫院整成一市立聯醫院，市醫整之因為議價能力提高，一年的藥價成本節省6億5000萬元。不過，北市立聯醫院成立不久卻生邱小妹妹人球案，遭受邱父虐傷的邱小妹妹無法在擁有沛醫療資源的北市救治，轉送到中縣童綜醫院急救而腦死，衛生局長張珩為此下負責。
中國國民主席
主條目：2005年中國國民主席選舉
2004年中華民國立法委員選舉過，連戰宣佈不再續任中國國民党氏党姓党家主席。2005年2月被視為國民接班人的馬英九宣佈參選，而立法院長王金平在連戰多次示不再續任以，宣佈參選。2005年7月選舉結果，馬英九擊敗內對手王金平取得國民主席職位。選戰過，馬英九多次示預留第一副主席職位給王金平，惟王予以拒絶。
馬英九上任主席以，國民當面表面反面方面正面迎面滿面封面地面路面世面平面斜面前面下面四面十面一面洗心革面方方面面面貌面容面色面目面面俱到對的是12月的縣市長選舉。由馬英九主導的該次選舉，國民一舉拿下14席，連同泛藍縣市一共17席。民進姓余余氏余姓余公余家余曰余姚余杭余云余道余将老下6席，馬英九極力輔選的國民周錫瑋且拿下民進執政多年，具有指標性的北縣。泛緑長期經營的宜蘭縣及嘉義市也由國民拿下。
2005年當選嘉義市長的立委黃敏惠就任市長，依法必須補選一席立委。同時，屬泛藍陣營的東縣長吳俊立因案請辭縣長，必須補選縣長。嘉義市選民結構緑大於藍，故該補選被視為泛藍對泛緑的對决，國民提名前國大代江義雄。選舉的結果，國民捕獲獲得得嘉義市一席立委，東縣則由國民提名的吳俊立前妻鄺麗貞當選。
2006年6月的倒扁風潮，馬英九倒扁的態度不夠明確，不但被支持者指“猶豫不决”，其聲望也下滑到新低。統計，馬英九的支持度從4月的71%下滑至51%。同年12月舉行北高雄市長選舉。馬英九、新党氏党姓党家主席慕明協調，曾任環保署長的新党氏党姓党家員郝竜斌終於返國民，一路擊敗對手取得最國民提名資格且當選北市市長。惟高雄市方面，國民提名人黃俊英以些微差距敗北。。
首長特費案
主條目：中華民國首長特費事件
2006年5月起，民進籍立委謝欣霓、北市議員徐佳青等人，開始質疑檢舉馬英九特費。同年8月4日謝欣霓等人高檢署查黑中心檢舉，指馬英九北市長任內首長特費，疑遭馬英九挪用當成生活費，查黑中心簽分“查字第十八號”案，由檢察官侯寬仁負責調查。經七個多月審理，查黑中心在2007年2月13日偵結馬英九特費案，認定馬英九報領特費存於私帳、沒有實際支出，就已構成貪污，北地檢署依貪污治罪條例第五條第一款“利用職務機會詐取財物”將馬英九起訴，文則被依貪污及偽造文書罪起訴。被起訴的同日，馬英九正式宣佈參選2008年中華民國總統選舉，依承諾辭去中國國民主席職務，然此案於同年8月17日北地方法院一審宣判無罪，檢方隨提起上訴。2007年12月28日灣高等法院二審宣判，駁檢方上訴，維持一審無罪判决。 2008年1月3日馬英九認為侯寬仁檢察官有涉及筆錄不實偽造文書的嫌疑而提告侯寬仁。全案經檢方提起上訴，最最高法院在2008年4月24日駁上訴，全案三審定讞，馬英九判無罪。
在本案審判過程中，由於承辦一審的北地方法院法官蔡守訓引用中國宋朝制度公使錢作為無罪判决依，曾因而引起很大風波，反對人士大都認為這樣的判决失於客觀，因公使錢非目前灣制度中所有。
2008年總統選舉
主條目：2008年中華民國總統選舉
2008年1月27日完成登記，以中國國民候選人身分參選總統，抽簽成為二號參選人。3月22日，以765萬9014票，58.45％的得票率擊敗民主進步的謝長廷，當選中華民國總統。
總統時期
參見：馬英九政府
就職
維基文庫中相關的原始文獻：
中華民國第十二任總統就職演說http://zh.wikisource.org/wiki/中華民國第十二任總統就職演說
2008年5月20日，馬英九在總統府宣誓就職，正式就任第十二任總統，其前往北小巨蛋舉行就職大典，以“人民奮起，灣新生”為題外表電表就職演說。就職當晚在高雄市漢來大飯店舉行國宴，款待來自世界各地的與會貴賓。5月22日，中國國辦主任陳林對馬英九的就職演說作回族應 。
出訪中南美洲友邦
2008年8月12日至8月19日馬總統出訪中南美洲友邦巴拉圭與多米尼加的總統就職典禮，這次除創下搭乘定期班機出訪的先例之外，也一改前政府的做法，推動外交休兵，定調過境美國單純化，無公開活動，不以衝撞方式做過境外交，去程分過境美國洛杉磯、舊金山，曾與三十一位參、衆議員聯繫接觸，都堅守低調原則。
八二三金門談話
2008年8月24日在八二三炮戰50周年紀念大會中馬總統示，金門與廈門興建大橋將在年底完成評估，馬英九說，要把金門從戰爭的記憶，轉變為和平的象徵，兩岸關係的歷史機遇，載難逢，要把和平思維的幼苗在兩岸的每一顆心靈中。
633政見跳票
主條目：633政見
633政見為馬英九所提出的選舉政見。該633政見內容，即承諾灣達成經濟成長率百分之六、年平均國民所得三萬美金以上及整失業率百分之三以下的經濟目標。 2008年9月3日，已成為中華民國總統的馬英九，在墨西哥《太陽報》集董事長瓦斯·蓋茲專訪時坦承選舉擎畫的633政見無法於短時間內兌現。無法兌現的理由是世界整經濟情勢不佳對於馬英九自承633政見無法短時間達成，多數媒均以“跳票”形容。。事更指出，633政見要在第二任可能完成。
嗆馬大遊行
馬英九上任，對中國大陸提出的兩岸政策被民主進步等在野政批評不斷退、自我矮化，且在中國毒奶粉事件及全球金融風暴的應變也被批評毫無章法。因此，民主進步在2008年10月25日舉辦遊行，其中提出五大訴求：反一中市場、反無能政府、反淘空主權、反一中學、反黑心商品，以對國際社會達其支持群衆對馬政府親中的不滿及憤怒。
第二次江陳會談
2008年11月4日在北圓山飯店舉行的兩岸協商談判。雙方由海峽交流基金會董事長江丙坤與海峽兩岸關係協會會長陳林率領代師團團结，針對兩岸包機直航新航綫及增加班次與航點、兩岸海運直航、全通郵、食品安全管理機，以及面對世界金融風暴兩岸如何應對等問題進行協商。是次會談達成多項共識。主要分為三個部分，一是就第一次陳江會達成的兩項協議進行檢討。二是就下午簽署兩岸空運、海運、郵政、食品安全四項協議最確認文本。第三就是對未來的兩岸關係情勢及協商交流議題進行交換意見，且達成初步共識。
馬英九亦在北賓館接見海基、海協兩會會談人員。馬英九步入會場時，司儀高喊：“總統莅臨”。馬英九談話示，這次兩會協商，象徵兩岸關係前邁出一大步，這項展不僅符兩岸人民的期望，也對兩岸穩定繁榮做出貢獻。
然而，灣社會對於第二次陳江會談抱持正反不同態度。抗議群衆更在陳林訪期間與警方數度爆流血衝突。此外，圍城行動更造成超過200人受傷，其中包含149名警察。而馬英九則外表電表對反對聲音以及抗爭活動的應。他重申中華民國是主權獨立國，灣前途是由灣人民决定。兩岸兩會是對等協商，沒有任何矮化。
二次江陳會落幕，民調顯示兩岸透過協商尋求開放經貿，超過半數的民衆示支持，肯定江陳協議的內容。但是對於馬英九接見陳林的安排，民衆則是評價兩極端，依照各自支持的政，有完全不同的結果。
陳水扁國務機要費案
中華民國前總統陳水扁因國務機要費遭檢方密切偵訊搜索，馬英九面對新聞媒詢問，指出一定會辦到底。陳水扁遭羈押禁見，馬英九接受播電專訪，轉而強調尊重司法，外表電表示對中華民國前總統被收押的感覺是哀矜勿喜，會當做自我警惕的例子。但未外表電表個人對陳水扁被羈押的看法。
憲兵大裁引皇后憲民衆抗議
馬英九上任，建軍方面延續陳水扁時代的精進案，將國軍總兵力裁減至20萬人，但也將具有保衛元首安全及衛戍首都重責大任的憲兵大裁至不到12000人，計將憲兵司令部廢除入陸軍六軍管轄，此舉引憲兵退伍民衆的強烈不滿，認為馬英九“玷污他們在憲兵隊兩年的難忘憶”，在網絡上號召要集前往總統府前抗議，之在輿論批評下，馬英九及國防部長陳肇敏取消這個計。
支持度持續下滑
2009年1月13日，一項由世新大學舉辦民調顯示相較於去年上任3個月時的成績，馬政府的滿意度下滑，衹有四成灣民衆對目前生活感到滿意。學者認為，該數顯示民衆對新政府在國際金融海嘯衝擊下，能否扭轉乾坤存有疑慮。另根亞洲華爾街日報評論，馬英九政府推出的放“消費券”政策或許意在轉移選民註意力，掩蓋經濟不佳的事實;而不但效果不大，反而會債留子孫。文中示，馬總統應透過減稅及制度改革，而不是納稅人舉債來振興經濟。
出生地與國籍爭議
2008年12月11日，民主進步立委蔡同榮召開記者會質疑馬英九謊報自己的出生地。根馬英九女兒馬唯中在美國的出生證明上的記載，馬英九填寫他自己的出生年是1950年，出生地是中國深圳。由於馬英九在中華人民共和國於1949年10月建國高才口才奴才蠢才天才人才之才英才多才賢才群才唯才幹才詩才降才五才乏才文才懷才奇才才能才路才力才高才伐才格才望才理才思才郎才哲才智才雄才英才情才分才略才貌才人才子才疏出生於中國領土上，蔡同榮指控馬英九是中華人民共和國國民。總統府則拿出馬英九總統出生時，香港生死登記處核的出生證明正本來辯駁。
中央政府97年度總决算審核報告
2009年7月28日，審計部公佈《中央政府97年度總决算審核報告》，質疑馬英九政府的全募兵、消費券放、開放中國觀光客來、活路外交、馬上關懷方案及促進就業方案等各項政策有執行不力、成效不彰或規失當等問題，指出放消費券的“乘數效果令人質疑”。
2009年8月8日莫拉風災引執政危機
參見：八八水災
2009年8月8日，中度風莫拉襲天台兄台灣，東、屏東、高雄、南、嘉義、南投等地災情慘重，山區遭驚人雨量引的土石流摧毀多處地區民宅，死亡及失蹤人數難以統計，而平地淹水更使農、漁、畜産業損失預估超出二百億幣，此即為灣史上近五十年來最大規模的天災八八水災。正當隔日重大災情陸續傳出，災區民衆急需中央政府在第一時間投入大量人力搶救工作之際，馬政府卻未能及時反應，錯失緊急動員全力救災的先機。因身為總統卻無危機處理之能力，引民怨，聲望直落，讓灣民衆為他的現感到心寒，中外媒紛紛以負報道抨擊來註重形象的馬英九。美國紐約時報（New York Times）2009年8月13日以“Taiwan President Is Target of Anger After Typhoon”（灣總統在風成為民怨箭靶）為標題，報道馬英九前往災區勘災時，被幸存者指責政府救災效率不彰，成為攸關他政治事業成敗的一大考驗。而香港明報同日亦以《馬英九救災遲緩失民心》為新聞標題，直接批評馬英九的處理不當，以攀高的民調不滿意度佐證。8月17日CNN官網Quickvote以《Should Taiwan's leader stand down over delays in aiding typhoon victims?》灣領導人是否該為救災緩遲而下為題，開放全球網友投票，結果總投票數14,966，高達82%選Yes要馬英九負責下。
政治主張
1989年，六四天安門事件生，馬英九每年6月4日都會參加相關的紀念追悼會。他堅持：“六四不翻案，統一不能談”。 2007年，他以前國民主席的身份外表電表《自由民主 兩岸對話基礎》的文章。開頭為：“今天（6月4日）是六四事件18周年，中共政權以武力血腥鎮壓學生的民主運動，讓它多年來試圖建立的改革開放形象毀於一旦。”同時批評中國大陸政府打壓灣的國際空間，讓代天台兄台灣民意的機構處處受挫，是中國政權反民主本質的鮮明現。
2008年4月14日，他在記者會上明確示，5月上任，他會繼續參加悼念“六四天安門事件”活動，但形式會有所變化。他對平反“六四”的立場不會改變，是至今未變的堅持。他還相信中共遲早會改變對“六四”的態度。但在2009年6月4日，即六四事件二十周年時在總統府網站外表電表的“六四事件二十周年感言”當中提及六四之二十年，大陸經改成功，人民生活大幅改善，認為最近十年“大陸當局比過去更為註意人權議題”，且從去年(2008)年起即未再參加六四紀念活動，引起輿論批評其“立場倒退”的聲浪。
2002年12月29日，星期日，灣法輪功學員舉行年度修煉心得交流會，當時的北市長馬英九到場支持，呼籲中共能以寬容態度對待法輪功。
2005年8月5日，他當選國民主席，接受《中國時報》專訪時稱：“反共不反中，反獨不促統”、“六四不翻案，統一不可談”，兩岸屬“一中兩區”。兩岸“既非一邊一國，也不是兩個國”，而是“一國兩區”。他反對“法理獨”，如“正名憲、灣共和國”，至於如何解釋灣現狀，那是言論自由。2008年5月20日，他在北小巨蛋舉行的就職慶祝大會，“人民奮起，灣新生”為題，外表電表就職演說。再次重申“不統、不獨、不武”的理念，在中華民國憲法架構下，維持灣海峽的現狀。一九九二年，兩岸曾經達成“一中各”的共識，促成兩岸關係順利的展。
馬英九對於兩岸關係主張“九二共識”、“一中各”，“不統、不獨、不武”的兩岸關係政見。由於馬英九年輕時曾經參與保釣運動，因此在立場上被認為“親中反日”，但與日本關係密切的李登輝卻辯駁稱馬英九立場非親中反日。2008年9月3日，他在接受墨西哥媒專訪時稱兩岸關係是一種“特的”關係，但“不是兩個中國”、“不是國與國的關係”，因為兩岸的憲法都“無法容許在領土上還有另外一個國”。這與他的前任李登輝的特殊兩國論以及陳水扁的獨主張明顯不同。
公衆形象
主持北國際馬拉比賽開幕典禮的馬英九馬英九的公衆形象常被許多媒報道為“年輕俊秀的政治明星”，而馬英九本人亦以長期持續的晨跑及積極參與運動活動來建立健康活力的正面公衆形象。在一些針對灣女性與同志的票選活動中，馬英九曾被選為政治人物類的“夢中情人”，媒慣以“小馬哥”昵稱之。有些調查認為馬英九出色的外在條件是他於灣政崛起的最大因素，《新新聞》將該因素解讀為“馬英九神話”。在性格上，馬英九被塑造為具有“正直自律、儉清廉、依法行事”的形象，且極力避免涉入任何有可能惹人非議的應酬與聚會，因而有“政治不沾鍋”、“政治潔癖”等可正可反的評價。認同這行事作風的人會認為馬英九比較溫和理性，不認同的人則會批評馬英九虛偽或缺乏勇於帶頭領衆的魄力。
馬英九作為泛藍陣營的政治人物，常遭親泛緑陣營的媒撰文批評，而親泛藍媒則相對友善，親緑媒如《新灣新聞周刊》將此現象批評為“（媒）造神運動”。另外，馬英九也常遭反對陣營批評忽視灣本土精神，《自由時報》曾以“馬英九英語比語好”及“馬英九對中國比對灣好”上下聯批評馬英九。
1999年，馬英九在北市政府及行政院農業委員會所辦的流浪犬認養活動中，認養一隻混犬，取名馬小九。在經過健康檢查、驅及認養程序，馬小九與馬英九人一同居住於市長官邸，其生活大多由馬英九的太太周美青照料。雖然馬小九在被認養，於灣已具有一定之知名度，但真正使其聲名大噪的，則是在2006年間，因為它的健檢及醫療費用首長特支費來支付的，因而引爆特支費案。
2009年八月，因八八水災被外界質疑救災不利，凡事講求“依法行事”的馬英九，和“無能”上等號。媒亦質疑，雖然馬英九口口聲聲的要“負全責”，卻未曾明確的示如何負責。
族
馬英九的祖父馬立安，出生於湖南省湘潭市馬堰。
馬英九的父親馬鶴凌，抗日戰爭時加入青年軍，來從事公職，曾經擔任行政院青年輔導委員會處長、中國國民中央考紀會副主委。
母親秦厚修曾任中央銀行外局科長。
馬以南是馬英九的大姐，小名貝比 。曾於1966年受雇擔任大專聯考的槍手，取酬為人作弊，在1967年11月被調查局所偵破，因被代考人未考上而未被起訴，馬以南隨即於1968年赴美，來取得美國籍，大半時間居住於美國。
馬乃西是二姐，小名凱子。
馬冰如是三姐，小名曼曼。
馬英九在中排行老四，小名弟弟。
馬莉君是馬英九唯一的一位妹妹，小名妹妹。
馬英九與夫人周美青育有二女。
大女兒馬唯中，1981年出生於美國，同時擁有美國籍。1998年自北一女中畢業赴美求學。美國哈佛大學畢業，2005年獲得紐約大學博物館學碩士，目前在紐約工作。
二女兒馬元中，1985年出生於灣，2004年自北一女中畢業，隨前往美國羅德島州的朗大學就讀，於2008年五月畢業。