| 籍贯： | 台湾台南县官田乡 | ||||||
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陈水扁由于“阿”字后面加尾名是台语人名简称的习惯用法，多用于亲友间对平辈和晚辈的叫法，故自称“阿扁”以表现亲民作风。而台湾媒体习惯称陈水扁所领导的中华民国政府为“扁政府”。
陈水扁是中华民国第二位民选总统，也是首位非中国国民党党籍的总统，任内积极推动台湾的正名制宪运动以及台湾加入联合国，于经贸方面则采取“南向政策”及“积极管理，有效开放”的两岸经贸架构。
卸任总统后，被台湾台北地方法院以涉嫌贪污、洗钱等重罪为由收押禁见，成为中华民国历史上首位遭收押的卸任总统。2009年9月11日，一审宣判无期徒刑，并罚款两亿新台币罚款，同时褫夺公权终身。
早年
1950年，陈水扁出生于台湾台南县官田乡，父亲陈松根，母亲李慎，陈水扁为长子，下有1弟2妹。陈父以当人家的佃农与长工为生，家境属于三级贫户，即贫户中的最贫级。 1969年台南一中毕业后，同年9月陈水扁考入台湾大学商学系工商管理组，未读[来源请求]休学，一年后（1970年）重考入台湾大学法律系司法组。大学时代的陈水扁依然成绩优异，陆续得到水泥公司、农会、佛教、狮子会、国民党等各种奖学金的资助，1973年大学三年级时更以律师高考状元的成绩考取中华民国律师资格，成为当时全国最年轻的律师。
大学期间，陈水扁在某次旅北同学会中与曾文初中小他一届的学妹——就读中兴大学地政学系的吴淑珍开始熟识，后来两人发展成恋人关系。然而吴淑珍出身医师家庭，家境富有，与陈水扁的出身有很大的差距，所以吴家家长并不看好这段恋情。
1974年，陈水扁以台湾大学法律系第一名毕业，因天生右手肘外弯过大而免服兵役，遂得以投入职场，开始律师的工作。
1975年，陈水扁与吴淑珍结婚。1976年在岳父吴昆池的资助下成立华夏海事商务法律事务所，业绩蒸蒸日上，经济情况大有改善，并曾为长荣海运担任法律顾问。同年8月，长女陈幸妤出生。
从政初期
1979年底的美丽岛事件是陈水扁踏入台湾政坛的契机。为美丽岛事件被告延揽律师的张德铭找上了陈水扁，希望陈水扁能挺身出面辩护。由于当时国民党政府一党专政，政治气氛十分紧张，所以陈水扁虽有意愿但不敢冒然应允。陈水扁请教了大学恩师的意见，但未获得支持。之后他询问妻子吴淑珍的想法，吴淑珍支持陈水扁为人权发声，于是陈水扁成为美丽岛事件被告辩护律师团的一员，负责为主犯之一的黄信介辩护。美丽岛事件被告的辩护律师团共有15位律师，因本案而声名鹊起，其中多人后来都成为党外运动的要角，例如张俊雄、江鹏坚、尤清、谢长廷、苏贞昌等等，陈水扁也从此开始积极参与党外运动。
1981年，陈水扁参选台北市市议员，并以最高票当选。
1984年，陈水扁担任由黄信介等人创办的蓬莱岛杂志社社长，杂志社的宗旨是“争取百分之百的言论自由”。
1985年，陈水扁辞去台北市市议员职务，回故乡台南代表党外人士竞选台南县县长。激烈的竞选期间一度自称被当权的中国国民党下毒，并吊著点滴躺在担架上于政见发表会场做悲情诉求，最终以约1万票的差距败于国民党籍参选人李雅樵。败选翌日，妻子吴淑珍在陪同谢票的行程中遭工人张荣财以拼装车撞伤，导致下半身永久瘫痪，胸部以下丧失知觉。虽然事后调查认为此案纯属不幸的交通意外，陈水扁也自行撤回告诉，但此后陈水扁仍屡屡宣称“吴淑珍遭来回辗压3次”，是一起“国民党策划的政治车祸”，得到了许多人的相信、同情与支持。
1986年，因国民党籍立法委员冯沪祥论文抄袭他人著作，且有多位学者举证历历，当时蓬莱岛杂志“以翻译代替著作”等七字形容，陈水扁等三人被法院判刑一年，上诉后改判8个月徒刑。同年，吴淑珍当选中华民国立法委员，陈水扁次年出狱后继续律师工作，并担任吴淑珍的国会助理。
1987年，加入民进党并当选为中常委。
1989年，陈水扁当选中华民国立法院增额立法委员，成为民进党党团干事长。
1992年，陈水扁连任立委成功。
立法委员时期
1990年7月，陈水扁在担任立法委员期间，受民众和各党派的国会助理肯定，为增额立委问政绩效最佳的一位。
1990年到1991年，在参加立法院国防委员会期间，主持编撰了《国防组织法》草案，并揭露多起国防军购弊案，其中包括备受关注的拉法叶军购案。
1991年，担任立委期间并以国防委员会身份，有意与中国大陆军方举办座谈会。于7月21日到7月26日参访北京，并在北京军事博物馆及天安门广场留影。
1992年3月，成为第一位在野党国防委员会召集委员。
1993年7月，获美国《新闻周刊》（Newsweek）评选为台湾国会风云人物。
台北市长时期
1994年，升格为直辖市后的台北市长首次进行市民直选。陈水扁在民进党内初选击败对手谢长廷，获得民进党提名为台北市长候选人。当时国民党推出现任市长黄大洲参选，而新党则推举赵少康参选，选举结果由陈水扁以615090票当选市长，由于新党是从国民党分裂而出，而赵少康与黄大洲的选票总合大过陈水扁，因此一般政论家都认为陈水扁的胜选是由于国民党分裂的缘故。
1996年荣获韩国庆南大学荣誉法学博士、俄罗斯经济学院经济学荣誉博士。
1996年3月21日，陈水扁市长将总统府前的介寿路改名为凯达格兰大道，旁边的广场改名为凯达格兰广场。
1998年台北市长选举，陈水扁寻求连任，国民党为了重新赢回市长，推出马英九参选，新党则推出王建煊参选，由于有了1994年的选举经验，反对陈水扁的支持者为了选举能够胜利，将选票集中投给马英九，尽管陈水扁台北市长任内满意度达八成，仍以688,072票败给马英九的766,377票落选。陈水扁在选举曾以台湾土狗和贵宾狗比喻自己和竞选对手贵贱之分，一般认为蓝营整合成功及弃保效应造成陈水扁的落败，投票当晚当支持者确定陈水扁落选时，开始支持陈水扁参选总统。
总统时期
首次竞选总统
参见：2000年中华民国总统大选
1998年台北市长选举落败之后，同年底入府晋见时任总统的李登辉（当时为国民党籍），李登辉公开推荐一篇《从摩西到约书亚》的文章给陈水扁，引发舆论对“谁是李登辉的约书亚”的广泛讨论。1999年陈水扁出访外国进行“学习之旅”，并出版《台湾之子》自传书为其参选2000年中华民国总统大选铺路。但当时民进党有所谓“四年条款”的内规，即规定党内同志不得在四年内参选不同公职，此乃民进党为维持有限政治资源的公平分配及避免“骑驴找马”的投机心态而设下的，陈水扁由于先前已选择参选台北市长，所以理论上已无法参加总统党内初选，不过因为陈水扁具有高度民意，所以部份民进党人士有意专为陈水扁修改四年条款。虽然陈水扁本人公开吁请民进党同志勿为其一人量身订做规定，也口头表态支持许信良出马，但实际上台面下的动作暗潮汹涌，最终在大老黄信介等有力人士的运作下，民进党通过修改四年条款使陈水扁得以解套参选。同年7月，陈水扁在民进党党内初选胜过许信良，获民进党提名为总统候选人。许信良之后退党参选。
2000年总统大选时国民党又一次分裂，国民党提名时任副总统的连战参选，前台湾省长宋楚瑜则退党参选。选举过程中，宋楚瑜的选情原本被看好，但在国民党议员揭发兴票案丑闻后急转直下，选举结果最终陈水扁以39.3%的得票率当选总统，胜过第二名的宋楚瑜30万票。陈水扁于5月20日就任第10任总统，实现中华民国的首次政党轮替与政权和平转移。
位于台北市的中华民国总统府
唐飞内阁
中华民国政府的内阁阁揆之行政院院长一职，原本希望由在大选中助陈水扁一臂之力的中央研究院院长李远哲担任，但是在李远哲拒绝后，面对变成在野党的国民党在国会占有多数席次，为了安定政局，故提名国民党籍，行将卸任的国防部部长唐飞担任阁揆，并于2000年5月20日上任。然而续建核四与否的争议愈来愈大，加上八掌溪事件的发生，唐飞内阁支持率降到低点，面对民进党秘书长吴乃仁的炮轰，结果唐飞于2000年10月6日辞职。
张俊雄内阁（第一次）
唐飞以后，由副院长张俊雄于2000年10月接任行政院长(时民进党在国会席次占少数)，主掌行政院。由于宣布停建核四的结果，朝野开始紧张。
在停止兴建核四问题中，陈水扁坚持停建核四。当时的国民党主席连战正与总统陈水扁会谈（媒体称“扁连会”），会中连战说服陈水扁续建核四；扁连会结束一小时后，行政院马上宣布停建，导致国民党籍与亲民党籍立法委员认为陈水扁玩弄两面手法，提案罢免总统。2001年1月15日，司法院大法官作出释字第520号解释文：“行政院没有不执行立法院通过法案的权力。”后，陈水扁于是让步，宣布续建核四。 “核四停建”决策的代价，经建会日前在审查核四建厂追加预算案时，官员就发现核四停建110天，除了要追加543亿元外，每延后一年估计替代发电的燃料成本将增加200亿元，5年燃料成本增加逾1000亿元。由于核四停建损失惊人，当时主持预算审查的经建会副主委还特别要求对外保密，但消息还是泄漏出来
2001年5月，陈水扁给自己颁发了一座采玉大勋章。当时总统府并未公告，但是马英九政府的总统府发言人王郁琦证实确有其事。由于该勋章在台湾象征最高荣誉，依照勋章条例第3条，“总统佩带采玉大勋章。采玉大勋章得特赠外国元首，并得派专使赍送。”第10条，“因犯罪褫夺公权者，应缴还勋章及证书。”然而，佩戴和特赠并不相等，自颁勋章称为一场笑话。在扁家弊案爆发后此举更受质疑。如果扁案定谳有罪，马英九政府是否会收缴陈水扁的采玉大勋章，亦颇受关注。
2001年12月的立委选举，国民党的席次因亲民党的挑选而大幅滑落，民进党成为台湾立法院最大党，完成党内所托任务的张俊雄遂于2002年1月末，依宪法以阁揆身份向总统负责为由率领内阁总辞，后总统再任命时任总统府秘书长的游锡堃接任。
游锡堃内阁
2002年，游锡堃初掌行政院时，自许全体阁员应向蒋经国内阁看齐，并积极推动大建设（如台湾高铁、北宜雪山隧道、苏花高速公路、西部各县横向的快速公路），自号“战斗内阁”。
陈水扁曾经反对党政合一，然而就任后兼任民进党主席。该提案由谢长廷提出。。
同年年底，发生农渔会信用部风波，曾经向陈水扁三次请辞，结果被慰留。
2004年，陈水扁以数万票之差连任，游锡堃获续任行政院长，并期待年底国会选举胜利得以续任。然而由于年底国会选举，民进党高额提名，国亲新票源大部整合，因此泛绿阵营未能过半，游锡堃辞职以示负责。
角逐连任
2004年台湾总统大选2004年3月20日举行的中华民国第11任总统、副总统选举，国民党和亲民党的组合在2003年2月14日确定连宋配。2004年3月19日，陈水扁与其竞选搭档吕秀莲于台南游行造势途中，遭到刺客以枪暗杀，幸只受到肚皮擦伤。枪击案请到国际知名鉴识专家李昌钰博士返台成立鉴定小组。
蓝营政治人物和支持者认为“三一九枪击案”影响了选情，才使陈水扁再度连任。此次选举陈水扁仅以0.228%之差险胜连任。
对于枪击事件的真相认定，蓝绿双方均有极大的歧见，并由此埋下了台湾政治界的对立。对于此次枪击案的侦查，台湾旅美专家李昌钰返台协助调查证据，其鉴识报告指出，陈水扁的伤口是土制枪支造成，并建议以子弹追枪，以枪追人的调查方向。中华民国刑事警察局专案小组依此追查，但最后并没有直接证据指出陈义雄涉案。他在2100全民开讲台南外景时公开批评陈水扁的执政，因而专案小组认为不满执政是其犯案动机之一。但因该凶嫌已经自杀身亡 ，真相迄今无法厘清。
在2004年中华民国总统大选中，陈水扁竞选连任成功，以0.228%之差距击败对手连战，群众游行表达抗议，更衍生出邱毅等立法委员开车冲撞地检署，撞伤多名维持秩序之员警的案外案；连战并在落选的群众讲话上疾呼，提出选举无效及当选无效之诉。台湾高等法院于2004年11月4日下午4时2分正式宣判，陈水扁当选无效之诉驳回，连战败诉，民进党籍候选人当选有效。
谢长廷内阁
游锡堃内阁于2005年1月24日总辞，游锡堃转任总统府秘书长，由高雄市长谢长廷北上组阁。
谢长廷担任行政院长前后，提倡和解共生，是为“和解共生内阁”并空下行政院副院长的位置给国民党江丙坤，国民党主席连战拒绝批准江丙坤出任。谢长廷任内，行政院大部分阁员都留任。谢长廷等执政党成员为节省选举支出，合议了2005年底的县市长选举可以合并基层的选举，即三合一选举。
2005年中，高捷弊案爆发，影响力波及泛绿，包括曾任高雄市长的谢长廷。因为高捷弊案的影响，民进党大败，失去执政十六年的台北县、执政二十四年的宜兰县、党外执政二十多年的嘉义市等地方执政权。民进党党主席苏贞昌首先辞职下台，而行政院长谢长廷也稍后向总统陈水扁请辞。
苏贞昌内阁
2006年1月17日，谢长廷以总预算案覆议未获在野党支持为由向总统请辞，陈水扁批准其辞呈。谢长廷遂于1月23日宣布内阁总辞。1月25日，陈水扁任命前民进党主席苏贞昌为行政院长。苏内阁以“走正道、做实事”自许，是为“实事内阁”。渡过了台北高雄市长选举后，苏贞昌宣布参与民进党总统提名初选，与谢、游、吕三人竞逐总统提名，后来谢长廷胜出。由于竞选民进党总统提名失败，为了方便选举布局，苏贞昌于是2007年5月12日请辞，陈水扁批准其辞呈。
罢免案与倒扁声浪
2006年中华民国国庆日，民众发动天下围攻“倒扁”运动，图为“红衫军”聚集街头。2006年5月16日，台联党中央政策会在“扁政府执政6周年总体检与新期待”座谈会上公布，通过对国内100个民间社团进行的问卷调查得出结果，对于陈水扁6年来的施政，满意率只有5.8%，不满意率高达88.4%，陈水扁支持率从六年前79%降到5.8%。
2006年6月，立法委员丁守中等人提案罢免陈水扁，连署者为全部中国国民党与亲民党所属之党籍立法委员。一般认为，陈水扁的亲信与家人涉及诸多弊案是国亲两党提议罢免的主因。2006年6月27日表决时，民进党强势动员党籍立委不进场投票，台联则动员集体投废票，因此虽然中国国民党、亲民党及无党籍立委皆投赞成票，但投票结果还是无法超过三分之二法定门槛，该“总统罢免案宣告”不予成立，也就是不另举行罢免总统之公民投票。
2006年7月15日，多数亲绿人士与学者，发表“民主政治和台湾认同的道德危机”声明（七一五声明），呼吁陈水扁总统慎重考虑辞去职务，认为若陈水扁辞职，可为台湾民主树立难得的范例。
2006年8月起，在媒体报道国务机要费的可能滥用与第一夫人吴淑珍女士的大批珠宝来源可疑以及女儿的管家支领国家薪水等丑闻后，前民主进步党主席施明德发动群众募款。施明德原先同意以和平静坐的方式发起“百万人民倒扁运动”、要求陈水扁总统下台，然而事态越演越烈，参与倒扁之民众情绪在施明德及多位政治人物的演说下越发激昂。演变成台湾史上空前百万民众走上街头抗议第一家庭贪腐，再来是移师台北车站，进而围城，最后被警政署调用外县市保警驱散。
张俊雄内阁（第二次）
2007年5月，接替请辞的苏贞昌，重新回锅担任行政院院长，其内阁阁员仅就苏贞昌时期小幅更动。
2008年1月，打破宪政惯例：张俊雄内阁（或由陈水扁指示）先于1月24日依照宪政惯例总辞，却于1月29日撤回总辞案（或由陈水扁指示），一切内阁官员完全照旧。张俊雄内阁撤回总辞案的理由是“维持政局安定”。第二次张内阁为“看守内阁”。
此项“行政院内阁应于新任立法委员就职前总辞”的宪政惯例首见于1992年郝柏村内阁，并由司法院大法官于1995年10月的释字第387号解释确立正式宪政效力；1997年宪法增修条文修订后，总统可不经任何副署地任命行政院长，但十余年来历任行政院长均恪守此宪政惯例，毫无例外——直到张俊雄第二任内阁。
外交政策
在两岸和外交政策方面，虽然陈水扁是一名台独理念坚定的政治人物，但在中共和美国等各方压力下他于2000年5月20日总统就职演说中提出了“四不一没有”的承诺，暂时在一定程度上缓和了中共对他的疑虑，当是中国总理朱镕基回应“四不一没有”，中共将对陈水扁“听其言、观其行”。一年之后陈水扁提出“一边一国”论，由于中共政府并不承认由台湾人民民主选举所产生的政治实体为一主权独立的国家，因此中共政府对陈水扁提出的这些宣示强烈抗议，后来陈水扁依照台湾民众的要求终止了“国统纲领”。2007年3月4日，陈水扁在出席台湾人公共事务会晚宴时，发表“四要一没有”，即“台湾要独立、台湾要正名、台湾要新宪、台湾要发展；没有所谓的左右路线问题、只有独统问题”。不过，他自己也曾表明，民间部份人士对于在他总统任期内把中华民国的国号改为台湾共和国表示，“要改国号，要把目前国号中华民国改为台湾共和国，必须经过四分之三国会议员同意，以目前来讲，支持民进党政府的席次不到国会半数，遑论要达到四分之三，这是不可能的事情。纵使有这些想法，但是客观的环境是做不到的。我不能够骗自己，也不能够骗别人，我做不到就是做不到”。
陈水扁在外交政策方面，还推出了“烽火外交”的政策，用大量金援友邦的方式，积极与中国大陆打邦交国争夺战，中华民国政府的邦交国的数量从陈水扁上台时的31个，减少为下台时的25个。陈水扁执政末期，爆发了有关金援友邦的“巴纽案”，导致了外交部长黄志芳下台，“烽火外交”的主要操控者邱义仁接受司法审查，并遭到检方收押。
由于陈水扁的外交政策多变，经常违背承诺，并不断挑动中共敏感神经，制造台海危机，也导致了中共关系的紧张，中美政府同将陈水扁归类为“麻烦制造者”（troublemaker）。据民进党元老林浊水透露，布什非常讨厌陈水扁，并在2008年3月，在白宫内阁会议上讨论亚太事务时，美国总统小布什还曾骂陈水扁是“狗娘养的”（Son of a bitch）。
陈水扁还喜欢以“过境外交”的方式，以过境美国地点的不同，美国接待规格的高低，来作为台美关系的展示，但由于陈水扁时期台美关系的恶化，陈水扁的过境地点从2001年5月过境“最高级别”的地点纽约以及高规格接待，到2006年，因美国只允许过境“级别很低的”地点阿拉斯加，且没有接待，而导致陈水扁临时决定放弃过境美国，专机绕过西半球，半途还发生了飞机找不到降落地点，无法加油的混乱，最终到达南美洲。陈水扁最后一次出访中南美洲，则根本没有过境美国的规划。
陈水扁的在两岸经济文化往来方面的态度，也从“积极开放，有效管理”转为“积极管理，有效开放”，还将大陆的媒体驱逐出台湾。在整个陈水扁执政的时期，两岸关系长期处于低谷，台美关系也遭到恶化，
经济与贸易政策
在经济议题上，虽然一些台湾民间企业界提出希望台湾与中国大陆“三通”，促进两岸经贸交流，但他也顾虑到由于台湾的国防安全，必须降低对中国大陆的经济依赖度，因此认为政府不应该短期内积极推动。为取代西进政策，陈水扁亦提出“南向”政策，并鼓励台商到东南亚投资。在2006年的元旦讲话中，陈水扁提出用“积极管理，有效开放”的大陆经贸政策来取代以前的“积极开放，有效管理”，国亲抨击这是“锁国政策”让台湾的经济快速衰退。
同年春节所发表之演讲，表示要考虑废除已经束之高阁六年的国统纲领和国统会，并在推动以中华民国名义加入联合国多年仍然失败后，改以台湾的名义加入。但在国际上，废除国统纲领和国统会则违背了他的“四不一没有”承诺中的“一没有”条项，遭到泛蓝人士的猛烈抨击。而美国国务院则于1月30日在简报中，主动针对陈水扁的新春谈话发表声明，重申了美国对台政策“一个中国，台湾关系和三项公报”，反对任何片面改变现状的举动，并且表示“废除国统纲领和国统会”如同北京的反分裂国家法也是单方面地改变现状。2006年2月27日，在对用语进行修订后，陈水扁总统宣布国统会终止运作，国统纲领停止适用，中华人民共和国官方为此大力抨击，但美国方面也为此希望北京当局“别轻举妄动”，同时美国方面也要求台湾当局说清楚其国统会是否真的终止并取消其运作，之后更再三提出不希望两岸任何一方改变其现状而损其美国的利益。。
以台湾名义加入联合国
2007年7月19日，所罗门群岛等三国常驻代表向联合国秘书处转交了陈水扁总统致联合国秘书长函，提出“以台湾名义加入联合国”之申请书，但遭联合国立即退回，理由为联合国只受理非联合国会员国的新国家的申请加入案，而台湾是中国的一部分，并非国家，中华民国在联合国的合法地位，也已经被中华人民共和国所取代，所以不予受理。联合国副发言人冈部万里江发表说明：“由联合国两个会员国提出的台湾申请加入联合国案，因为违反了联合国大会2758号决议文，因此信件无法被受理，并且由联合国法律事务厅退回。”
陈水扁推动“以台湾名义加入联合国”的公投案，引起美国和中共的高度紧张。美国前国务卿鲍威尔亲自来台，说明美国立场，即美国的立场没有任何改变，美国重申中美建交三个联合公报，重申“一中原则”，反对台湾独立，两岸问题须通过两岸人民都能接受的方式和平解决，美国认为“台湾”、“中华民国”都不是一个国家。白宫国安会亚洲事务主任韦德宁说：美国发现民进党以“台湾”名义入联推动公投的作法，有点令人困惑。他说，由于台湾在目前的情况下，根本无法加入联合国，也只会增加两岸关系的紧张，“推动这个公投有何用处？”所以美国认为毫无必要。台湾有很多政论名嘴认为，陈水扁推动这个公投案，纯属煽动族群，挑衅两岸，制造悲情，为民进党争选票的行为。
国民党为了杯葛这个公投案，又发动了“以中华民国名义重返联合国”的公投案，最终结果，民进党的“入联公投”，国民党的“返联公投”都没有跨越50%的生效门槛。
辞去党主席
在2008年1月12日的2008年中华民国立法委员选举前，民进党喊出稳定泛绿基本盘，放眼国会五十席的口号，但选举结果民进党遭受创党以来最大的惨败，在不分区与区域立委所获得的总席次仅27席，身兼民进党主席的陈水扁宣布辞去民进党主席职务。
任内丑闻
高雄捷运外劳弊案
2005年8月高捷外劳弊案爆发，由于时任总统府特任副秘书长陈哲男被指控接受厂商招待出国，中华民国第一家庭和总统府的清廉在媒体的大幅报道这些事件下也开始遭到质疑，立法委员邱毅更时常在缺乏具体证据之下不断爆料出有关总统府及第一家庭的弊案和丑闻。由于此案被起诉者最后大多被判无罪，因而也有说法认为此案实际上是一种政治上排除异己的手段。
台湾土地开发公司内线交易案
2006年5月25日，陈水扁的女婿赵建铭，由于涉及台湾土地开发公司的内线交易案，遭台北地方法院裁定收押禁见。这使得民进党和陈水扁总统的声望受到重大的打击。而总统夫人吴淑珍亦被指控收受太平洋SOGO崇光百货礼券及炒股、投资基金，已有确实的证据。
此案爆发后，许多媒体和泛蓝立委以“一妻（涉嫌贪污的总统夫人吴淑珍）、二秘（前总统府副秘书长陈哲男、前总统府副秘书长马永成）、三师（律师林志豪、医师黄芳彦、会计师张兆顺）、四亲家（赵玉柱、简水绵、赵建铭、赵建勋）”来形容总统府和第一家庭在弊案和丑闻中的关键人物和利益关系。
国务机要费案
2006年11月3日，台湾高等法院检察署查黑中心检察官陈瑞仁侦办国务机要费案结案，并起诉吴淑珍等4人。检方于起诉书内认定陈水扁涉有贪污及伪造文书罪嫌，但因受中华民国宪法第52条之保障，俟其经罢免或解职之后再行诉究。
巴纽外交费侵吞案
2008年5月台巴外交金援十亿遭侵吞案爆发，陈水扁5月6日发表声明指出，“我心中坦荡，既未主导、亦未参与执行”，同日行政院副院长邱义仁、外交部长黄志芳、国防部副部长柯承亨因此案请辞获准。部分民进党员包括苏贞昌在内，对于陈水扁8年执政让民进党形象大损，认为可以由全党讨论应否退党，部分党员则持保留态度。
舆论看法
2008年5月20日陈水扁在卸任前多次表示，卸任后将成为终身的台湾志工；并且在卸任当天依约排定了许多的志工行程。不过他在卸任总统职务一小时后（当天上午10点），就因国务机要费案遭到检调机关侦办。此后陈水扁官司缠身，先后因“柔性政变”诽谤案、雷学明案而出庭应询。
由于陈水扁总统任内丑闻案众多，不少泛蓝民众据此认为陈水扁为一贪得无餍之政客；而泛绿民众则认为，许多所谓的“弊案”通常缺乏实质证据，仅仅是依据某些迹象使其内情显得可疑，虽然不能排除其可能发生，但媒体与检调的大动作使人怀疑内情并不单纯。如2009年7月28号台北地检署公诉检察官林怡君不仅引用中国宋朝皇帝宋太宗之言：“尔俸尔禄、民脂民膏、下民易虐、上天难欺”批扁，并引用大量批扁媒体报道为依据，其公信力即颇受质疑。而大部分案件延续至今未予判决，也使泛绿民众质疑检方实际上并无可资证明扁确实贪污之证据，仅仅是为了执政的国民党的需要而予以起诉，用以转移民众对执政党施政的不满。
卸任后
洗钱贪渎的疑云
主条目：陈水扁家庭密帐案
2008年8月13日，壹周刊刊载陈水扁借由媳妇黄睿靓将巨款汇到美国，但陈水扁随即透过律师出面否认，并声称陈家财产早已经信托，不可能汇出国外。然而2008年8月14日立法委员洪秀柱举行记者会，揭露黄睿靓在瑞士以其个人与公司名义所成立的4个帐户因有洗钱嫌疑而遭瑞士联邦检察署冻结，并主动致函台湾请求司法协助。同日下午陈水扁召开记者会道歉并坦承其历来的选举剩余款并未诚实申报，而且其妻吴淑珍暗中将他自1996年起共4次的选举结余款汇往海外帐户，他于2008年年初才首次得知此事。此话一出立刻在台湾社会引爆喧然大波并招致台湾社会舆论挞伐，特侦组检察官主动展开调查。2008年11月11日，特侦组以被告身份传讯陈水扁，在五小时侦讯后，向台北地院声请羁押陈水扁。2008年11月12日清晨7点，一致通过收押陈水扁，陈水扁从声押到收押的事件，连续两天攻占全世界主流媒体的头条或头标新闻。在检方的调查下，陆续追出有贪渎嫌疑的数案，其资金来源与官商授受关系也一一曝光，但陈水扁一家坚称所有资金皆是政治献金，并非贪污，迄今仍在法院审理中。收押至今曾三度绝食抗议，但几均被怀疑又是作假与演戏，甚至有愈绝食体重愈增加，不受控制的胃胀气的笑话，检方于2009年8月4日拒绝所有被告认罪协商。
2009年9月11日，一审宣判，陈水扁被判无期徒刑，并交出两亿罚款，同时褫夺公权终身。
小林村灭村事件
2009年8月莫拉克台风过境造成八八水灾重创南台湾，造成小林村全村被五层楼高的土石掩埋，将近500村民惨遭活埋死亡，灾民纷将矛头指向水利署于小林村北边执行曾文水库越域引水工程，壹周刊及李艳秋于新闻夜总会节目怀疑2004年扁政府发包不当工程是造成灭村凶手，并要求监察院调查真相。针对灾民指控越域引水为灭村元凶，水利署长陈伸贤澄清指出，短时间的大量降雨才是造成大范围土石流及边坡坍滑的主因；也声明该计划完全依程序完成环评，且小林村距离炸山口十一公里远，炸山过程中也有严谨监测数据，不至影响居民安全。然而也有学者发起万人连署，指责越域引水工程将会造成曾文水库水量过多无法消化，要求越域引水工程永久停工，目前已经暂时停工，等候小林村灭村肇事原因调查。