1390年，塞加西亞人貝爾孤格廢納綏爾的重孫撒列哈·哈衹·伊本·捨耳班（1381—1382年，1389—1390年兩度在位），篡位。當其末年（1399年），處死帖木兒派遣的親善使團。次年，法賴吉在位，帖木兒襲擊敘利亞北部，大掠阿勒頗城三天。以居民二萬多人頭骨築成小山，高十骨尺，周圍二十骨尺，臉面一律嚮外。許多學校和清真寺被夷為平地。埃及軍隊先頭部隊被擊潰。1401年2月，大馬士革陷。此城劫掠之際，火災爆發。帖木兒強迫伊斯蘭教的宗教學者們發表聲明，承認他的行為合乎教律。倭馬亞清真寺被焚毀。學者和工匠被擄到帖木兒首都撒馬爾罕。
1422—1438年，白爾斯貝在位，瘟疫再次流行，白爾斯貝認為是人民作惡多端，招致天譴，下令禁止婦女走出門外，命令基督教徒和猶太教徒繳納新的苛捐雜稅，以贖罪戾。他還下令把非穆斯林的公務人員一律開除，而且要他們穿上特殊服裝。白爾斯貝為消滅海盜，於1424—1426年攻占塞浦路斯島，俘基督教國王賈納斯。經過威尼斯領事調停，賈納斯以二十萬第納爾贖金重登寶座，且保證以後每年繳納兩萬第納爾的貢稅。
此後奧斯曼突厥興起，已滅東羅馬，以君士坦丁堡為都（伊斯坦布爾）。奧斯曼突厥和薩菲波斯同為強國，兩國開始長期戰爭。1515年奧斯曼土耳其占領波斯首都大不裏士、美索不達米亞和亞美尼亞的一部分。次年春，馬木留剋王朝素丹幹騷藉口調停交戰雙方，進兵阿勒頗，陰圖助波斯。但是土耳其素丹賽裏木使諜察其情，剃掉來使鬍須，處死隨員，讓來使乘騾帶回宣戰通牒。
1516年8月24日，兩軍相遇於阿勒頗北邊的達比格草原，土耳其軍隊采用槍炮火器，打敗馬木留剋軍隊。幹騷墜馬中風而死。賽裏木進阿勒頗城。10月中旬，賽裏木進大馬士革，敘利亞遂歸土耳其。
1517年1月22日，土耳其軍進至開羅郊區，時突曼貝已就任素丹。土耳其軍隊不久攻下開羅，殺城內所有俘獲的馬木留剋人。突曼貝死，馬木留剋王朝滅亡，埃及並入土耳其。麥加和麥地那隨之而成為土耳其版圖的一部分。這年秋天，賽裏木把阿拔斯朝哈裏發穆臺瓦基勒帶到伊斯坦布爾（君士坦丁堡），投入監獄。賽裏木兒子蘇萊曼登基後，遣之還。他於1543年死於開羅，阿拔斯哈裏發之祀遂絶。
The Burji dynasty (1382-1517) proved especially turbulent, with political power-plays designating short-lived sultans. During the Burji dynasty, the Mamluks fought Timur Lenk and conquered Cyprus.
The plague epidemics continued to destroy Egypt during this period; they attacked this country in 1388–1389, 1397–1398, 1403–1407, 1410–1411, 1415–1419, 1429–1430, 1438–1439, 1444–1449, 1455, 1459–1460, 1468–1469, 1476–1477, 1492, 1498, 1504–1505 and 1513–1514.
Constant bickering contributed to the inability to resist the Ottomans.
The Ottoman Sultan Selim I defeated the Mamluks and captured Cairo on January 20, 1517, transferring the center of power to Istanbul. However, the Ottoman Empire retained the Mamluks as the Egyptian ruling class. The Mamluks and the Burji family regained much of their influence, but technically remained vassals of the Ottomans.