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接下来的四年，爆发了美国内战南北战争。日益城市化和工业化的北部各州击败了以种植园农业为主的南部各州。但是双方共600,000至700,000的美国人牺牲，并且许多南方土地被毁坏。最后，奴隶制被废黜了，美国也开始了缓慢的重建。
这段时间也是一个空前的移民高潮，有3700万人在1840年与1920年间移居美国，范围包括欧洲、非洲以至亚洲。这除为美国提供充足劳动力外，并令先前未开发的区域得以开发，如加州中部。美国种族之间冲突开始，大量黑人遭受压迫，以便白人农民和大农场经营者可以接管他们的土地。
南北战争，又称美国内战（American Civil War），是美国历史上一场大规模的内战，参战双方为美利坚合众国（简称联邦）和美利坚联盟国（简称邦联）。这场战争的起因为美国南部十一州以亚伯拉罕·林肯于1861年就任总统为由而陆续退出联邦，另成立以杰斐逊·戴维斯为“总统”的政府，并驱逐驻扎南方的联邦军，而林肯下令攻打“叛乱”州。此战不但改变当日美国的政经情势，导致奴隶制度在美国南方被最终废除，也对日后美国的民间社会产生巨大的影响。
起因
美国各州与中央政府之间曾有过一场持续的纷争，不管是对于中央的权力或者公民的效忠，而这场竞争几乎自共和成立以来便已揭幕。例如1798年的肯塔基及维基尼亚决议案(Kentucky and Virginia Resolutions)便公然反对客籍法和镇压叛乱法(Alien and Sedition Acts)，另外在哈特福特会议(Hartford Convention)中，新英格兰表示反对麦迪逊总统与1812年战争。
于1828年与1832年，国会通过了提高对欧洲工业产品的关税以利北方各州的工业。由于这项关税政策将对倚重对欧洲大量外销农产的南卡罗莱那州及其它南方各州造成经济上之冲击，美国南方农业州担心欧洲各国会报复美国而提高对美国农产的关税，因此被讥为“嫌恶关税”。对此南卡罗莱那州议会召开州代表大会，通过了联邦法令废止权条例(Ordinance of Nullification)，宣布1828及1832年的关税法于该州内无效作废。州议会并通过相关法令以贯彻该项条例，包括授权组织军队与购置武器。为回应南卡罗莱那州的威胁，国会通过了“军力动员法”(Force Bill)，而杰克森总统于1832年11月派遣七艘小型海军船只与一艘武力军舰前往查理斯顿。12月10日，杰克森振辞反制联邦法令废止权条例的一方。
在内战前夕，美国是由四个截然不同的区域组成的国家：
1. 东北部（即今新英格兰）—成长中的工业与商业及相应之人口密度增长；
2. 西北部（即今中西部Midwest）—自由农民于此迅速发展，拜西北条例(Northwest Ordinance)之赐此处永无奴隶制度；
3. 上南方(the Upper South)－垦殖农场，但部份区域经济衰退；
4. 西南方－雨后春笋般蓬勃发展的棉花经济区。
这时，一本震撼世界的巨著---“汤姆叔叔的小屋”出版了。甫出版即被迫加版再印，阅者边读边拭泪，旁听者边听也鼻酸。这本书的出版让北方的人民知道奴隶们的辛酸血泪，加速了“废奴令”的颁布。
南北战争爆发前，美国宪法为将来政府提供了和平辩论的基础，并且能够平衡这个新的国家关系中的利益冲突和矛盾，在数年间，自由州和奴隶州的数目在妥协中逐渐令参议院得以平衡。1845年最后一个奴隶州得克萨斯得到承认，五个自由州在1846年到1859年间得以认可，原先是奴隶州的堪萨斯在先前被拒绝，随后在1861年以自由州加入。随后在北方兴起大规模民主的工业革命和工业化浪潮,旧的两党格局解除,日益激烈和敌对的思想意识形态导致以往为了避免危机而订立的君子协定（例如密苏里妥协与1850妥协）越来越不可能。同时南方各州使用奴隶让北方各州成为新移民优先选择的目的地，以致北部在国会和总统选举优势按照人口规模日益强大。
1850年代党争在本质和强度急剧转変。美国共和党在1854年成立，这个新生的政党与林肯都反对自由贸易，以便保护美国北方新兴的工业，与今日共和党的立场完全相反(哈佛商业评论,2009年4月号)。虽然有小部分北方人支持令南方废除奴隶制度的措施，共和党却有能力得到不愿和奴隶竞争的北方人和西部人的支持。共和党赢得很多前辉格党员及担心美国参议院、布坎南政府及最高法院受南方不成比例的影响的北方前民主党员。
同时，棉花的丰厚利润加深南方对种植及奴隶的依赖。少部份奴隶的主人，特别是棉花种植者，主导南方的政治和社会。
共和党林肯的当选引发南方的脱离。林肯是反对奴隶制度的温和派。他承诺尽其所能反对奴隶制度在新领土的扩张（及阻止任何新奴隶州加入联邦）；但也说联邦政府无力废除已实行州份的奴隶制度，所以他会执行逃奴法。南方州份预期会对它们独特的制度敌意增加；而不信任林肯，并对其他众多共和党员有意全面废除奴隶制度起戒心。林肯甚至在1858年以“分裂之家演说”鼓励废奴主义者通过对奴隶主的经济补偿并组织前奴隶迁离蓄奴州，逐渐和平终止蓄奴制度。
由于林肯的总统胜选，奴隶州失去了在参议院的权力平衡，并将会面对在总统府和国会在数十年控制后的持续弱势。南方人也感到不能阻止类似莫里尔关税法的保护主义关税。
在1798年肯塔基及维基尼亚决议案及1832年拒行联邦法危机(Nullification Crisis)之前经已辩论，面对关税的威胁，南方以此为由单方面行使州权脱离联邦。
南北对立与冲突
来自美国北方的共和党人林肯虽然不是解放黑奴的倡言者，但他认为蓄奴不人道，反对扩大蓄奴，而一向以奴隶来发展产业的南方对此感到强烈反对。然而，北方对于南方这种工人的垄断者亦产生仇视心理，双方开始出现矛盾。1860年，林肯当选总统，而林肯在政纲中提及的保护关税及《宅地法》大大削弱了南方奴隶主的利益。这使南卡罗来纳州在1861年旋即宣布退出联邦，而南方各州亦纷纷响应南卡罗来纳州，脱离联邦，并成立“美利坚联盟”，推举来自肯塔基州的杰斐逊·戴维斯为总统。两个月后，南方政府开始发动武装起事，北方政府被逼应战，南北战争开始爆发。
国家分裂
内战期间的势力分布图： 美利坚合众国州份（奴隶制违法） 美利坚合众国领地（奴隶制违法） “血溅堪萨斯”，合众国州份（奴隶制违法） 美利坚合众国边界州份（奴隶制合法） 美利坚联盟国州份（奴隶制合法） 美利坚联盟国领地（奴隶制合法）
林肯入主白宫前，有七个州脱离联邦，1861年2月9日，它们组织建立了一个新的南方政府—美利坚联盟国。在布坎南少许反抗下，它们在取得范围内联邦城堡和物业的控制权。讽刺地，在脱离后，反抗的州份减弱对有争议地域的要求，取消北方归还逃奴的责任，并保证它们长期反对的议案和修订得到顺利通过。1861年4月12日内战由邦联将领皮瑞·波利加德向南卡罗莱那州查尔斯顿港的桑特堡开火开始。
南方诸州
共有七个州于1860年美国总统选举后，林肯就任前迅速脱离联邦。这些州分别是：
* 南卡罗莱纳州（1860年12月21日）
* 密西西比州（1861年1月9日）
* 佛罗里达州（1861年1月10日）
* 阿拉巴马州（1861年1月11日）
* 佐治亚州（1861年1月19日）
* 路易斯安纳州（1861年1月26日）
* 得克萨斯州（1861年2月1日）
这些奴隶制和棉花种植园农业占主导地位的“深南”州(Deep South)于1861年2月4日成立了美利坚联盟国(Confederate States of America)，杰斐逊·戴维斯(Jefferson Davis)为总统，并且依据美国宪法建立政府。在南卡罗莱纳的萨姆特堡战役(Battle of Fort Sumter)后，林肯号召所有其余州的部队收复萨姆特堡，结果维吉尼亚州、阿肯色州、北卡罗莱纳州、田纳西州四州脱离联邦。
边界州
在维吉尼亚州周围的马里兰州、德拉瓦州、密苏里州及肯塔基州虽然仍保有奴隶制度（亦即所谓的“奴隶州（Slave States）”），但并未加入南方邦联，这四州以及西维吉尼亚州（维吉尼亚州西北方部分郡县的居民拒绝脱离美国联邦政府，于是另组西维吉尼亚州加入联邦）成为南北战争的边界州。
德拉瓦州虽然在1860年的选举支持南方的民主党候选人约翰·布瑞肯里奇（John C. Breckinridge），但是畜奴制度并不普遍，是以并未考虑脱离联邦政府。马里兰州的多数公民当初亦支持布瑞肯里奇，不过随着1861年巴尔的摩暴动因联邦政府宣布戒严法而平息之后，州议会于同年4月27日否决了脱离联邦政府的提案。密苏里州以及肯塔基州虽然并未脱离美国联邦政府，但是部分政治人物组成了所谓的独立政府（"secessions"），并且获得了南方邦联的认可。.
密苏里州州长克雷泵·杰克森（Claiborne F. Jackson）因为支持南方的独立运动，所以在1861年离开了该州首府杰佛逊市，并于娜秀镇（Neosho）组成流亡政府，并宣布脱离联邦；南方邦联则于同年10月30日予以承认。同一时间，美国联邦政府在密苏里召开制宪大会否决脱离联邦的提案并且另组州政府。
虽然肯塔基州并未脱离联邦，但是在南北战争期间该州长期宣布中立。在南军短暂占领该州期间，同情南方的民众以及政治人物发起了独立大会，并选出州长，此一政府旋即获得南方邦联的承认。
如前所述，维吉尼亚州西北部的居民因为拒绝脱离联邦政府，最终脱离维吉尼亚州，并宣布将逐步废除奴隶制度，该州于1863年正式以西维吉尼亚州的名义加入联邦。除维吉尼亚州之外，其他南方各州也曾零星发生类似的反独立运动，不过都被南方邦联以军事戒严的方式敉平。另一方面，新墨西哥州虽然效忠联邦政府，但是该州南方各郡县决议脱离联邦，并以亚利桑那州的名义加入南方邦联。虽然新墨西哥州从未宣布脱离联邦政府，但是南方邦联宣称拥有新墨西哥州的主权，并曾于1862年3月13日至4月6日间，短暂地占领其首府圣菲（Santa Fe），不过南方邦联并未进而筹组新墨西哥州临时州政府。
战争过程
战争初始
林肯在1860年美国总统选举获胜引发南卡罗莱那州脱离联邦。到1861年2月，再多六个州脱离。在2月7日，七个州为邦联采纳临时宪法并在蒙哥马里建立首都。战前的2月在华盛顿特区召开的1861和平会议尝试解决危机失败。其余南部各州仍然留在联邦。部分脱离联邦的州夺取在范围内的联邦要塞（但未取得萨姆特堡），总统布坎南抗议，但除尝试补给桑特堡失败外没有作出认真的军事反应。不过，马萨诸塞州、纽约州及宾夕法尼亚州的州长秘密购入武器及训练军队。
少于一个月后，在1861年3月4日，林肯正式就任美国总统，在他的总统就职会场上，他主张宪法作为一个“更完美的结合”，有别于之前的邦联条例作为一份有约束力合约；并宣称脱离联邦“在法律上无效”。他声称无意入侵南部州份，但将使用武力以维持联邦物业的所有权。他的演说以恢复联邦关系的请求结束。
南部曾经派出代表到华盛顿并愿意为联邦物业付出代价及与美国讨论和平条约。林肯以邦联不是合法政府为由拒绝任何与邦联代表的交涉，而交涉等同承认邦联为一个有主权的政府。
南卡罗莱那州查尔斯顿的萨姆特堡是三个在邦联范围内仍然受联邦控制的要塞之一，而且林肯坚持要守住它。在邦联总统杰佛逊·戴维斯的命令下，邦联政府的皮瑞·波利加德部队在4月12日炮击要塞，迫使要塞投降。北方应林肯向各州的号召派遣部队重夺要塞及保护联邦。在当时叛乱显示的小规模，林肯在90天召集74,000志愿者。在数个月前，部分州长已经慎重地准备了民兵；在次日开始行动。
四个上南方州（田纳西州、阿肯色州、北卡罗莱那州及维吉尼亚州）虽曾经多次拒绝邦联提议，但此时拒绝联邦派遣军队对抗他们的同胞，宣布脱离联邦，并加入邦联。为报答维吉尼亚州，邦联迁都到里奇蒙。那个城市是邦联的标志；一旦失守，邦联将失去法律地位。里奇蒙是一个在迂回曲折的补给线上难以防守的地点。虽然里奇蒙已经深沟高垒，城市的补给被谢尔曼占据亚特兰大削弱并在格兰特包围彼得斯堡及补给里奇蒙的铁路后完全中断。
蟒蛇计划及联邦封锁 1861
美军司令温菲尔德·史考特（Winfield Scott）订定蟒蛇计划（Anaconda Plan）以尽量减少流血之下胜出战争。他的计划是以联邦封锁（Union Blockade）主要港口来削弱邦联经济；然后夺取密西西比河以切断南部。林肯接纳计划，但否决史考特反对立即攻击里奇蒙的警告。
1861年5月，林肯对所有南部港口实施联邦封锁，终止邦联大部分国际船运。违法的船只及货物被掳获而很多时不被保险所保障。在1861年后期，封锁阻止了大多数港口之间的交通。封锁中止了棉花贸易，打击南方经济。英国投资者建造小型快速的走私船从古巴及巴哈马运来军火及奢侈品交换高价的棉花及烟草。被掳获时，走私船及货物被出售而收入归联邦水手，英国船员则获释。封锁引发粮食及其他用品的短缺，加上邦联征收粮食引致南部恶性通货膨胀及粮食暴动。
1862年3月，邦联海军铁甲舰维吉尼亚号（CSS Virginia）向联邦海军发动攻击打开封锁；初时势不可挡，但次日在汉普顿锚地海战与新型联邦战舰莫尼特号（USS Monitor）交战。战役不分胜负，在联邦而言是保住封锁的战术胜利。邦联在逃走时失去维吉尼亚号以免于被掳，于是邦联建造莫尼特号的复制品。由于欠缺建造高效能战舰的技术，邦联尝试向英国购入战舰。1865年1月联邦在第二次非瑟堡之役的胜利封锁最后一个南方可用的港口并中止偷运。
东部战场 1861–1863
由于在维吉尼亚州马纳沙斯小撮邦联军队的猛烈抵抗，在1861年7月，在尔温·麦克道威少将率领一次向邦联的行军并进行第一次马纳沙斯之役（第一次牛奔河之役），及后被邦联军将领约瑟夫‧强斯顿及皮瑞·波利加德击退返回华盛顿。这次战役邦联军将领汤玛士·杰克森得到“石墙”的称号，因为他有如石墙般抵御联邦军队。被这次失败所惊醒，及以防更多奴隶州脱离联邦，同年7月25日美国国会通过Crittenden-Johnson Resolution，声称战争是为保存联邦而不是终止奴隶制度。
乔治‧麦克莱伦少将在7月26日接手联邦波多马克军团（他曾当联邦军司令，但其后让亨利·郝列克接替），战争在1862年正式展开。
在总统林肯强烈要求开始进攻行动下，麦克莱伦在1862年春季由里奇蒙东南，约克河与詹姆斯河之间的维吉尼亚半岛入侵维吉尼亚州。虽然麦克莱伦在半岛行动（Peninsula Campaign）中到达里奇蒙大门，约瑟夫‧强斯顿在七松之役（Battle of Seven Pines）阻止他的前进，继后罗伯特·李和部下詹姆斯·隆史崔特、约瑟夫‧强斯顿在七天战役将他击退。北维吉尼亚行动，包括第二次牛奔河之役，均以南方胜利告终。麦克莱伦违反司令郝列克增援约翰‧波普在维吉尼亚州联邦军的命令，令罗伯特·李的邦联军更易打败为数两倍的敌军。
在第二次牛奔河之役的鼓励下，邦联首次入侵北部，9月5日李将军率领北维吉尼亚军团45,000人越过波多马克河进入马里兰州。林肯随后向麦克莱伦归还波普的部队。9月17日麦克莱伦和李在马里兰州夏普斯堡附近安提耶坦之役交战，是美国历史上最血腥的一天。李的军队到最后被制止，在被麦克莱伦歼灭之前回到维吉尼亚州。安提耶坦之役被认为是联邦的胜利，因为它阻止李的北侵并让林肯有机会宣布《解放奴隶宣言》
谨慎的麦克莱伦未能在安提耶坦追击后，他被安伯洛斯·本赛少将接替。本赛很快就在12月13日的弗雷德里克斯堡战役落败，向玛莉高地正面进攻徒劳无功，超过12,000联邦士兵伤亡。战役后本赛被约瑟夫·胡克少将接替。胡克同样不能击败李的军队，虽然数量上与邦联比较超过2比1，他在1863年5月在钱斯勒斯维尔战役遭到羞辱。在6月李的第二次北侵被乔治·米德少将接替。米德在7月1日至7月3日的最血腥的盖茨堡之役打败李，并被认为是整场内战的转折点。在7月3日的皮克特冲锋亦是邦联军的最后高潮，不单是因为它代表了李将军计划向华盛顿施压的终结，而且控制密西西比河的主要据点维克斯堡在翌日陷落。李军死伤约28,000人（米德军23,000人）。但是林肯不满米德未能拦截李的撤退，在米德非决定性的秋季攻势后，林肯决定转向西部战场一决雌雄。
西部战场 1861–1863
正当联盟军在东部取得了无数的胜利时，然而他们却在最关键的西部上失败了。联盟军在早期的Pea Ridge战役中被联邦军从密苏里州赶了出去。另外，联盟国的李欧尼达斯·波克（Leonidas Polk）将军在肯塔基州发动的侵入行动，结果也激怒了该州的民众，因此，肯塔基州便成为了联盟国的敌人。
纳许维尔（田纳西州的首府）也于1862年输给了联邦军。自从1862年5月份，密西西比州的第10号岛（Island No. 10）、密苏里州的New Madrid、田纳西州的孟菲斯和路易斯安那州的新奥尔良几个南方大城市都被联邦军占领了，从此，联邦军便可在密西西比州的土地上如“入无人之境”一般。只剩下Vicksburg（密西西比州西南部的城市）在整条河的对岸继续与联邦抗拒。
联盟军的布雷斯顿·布瑞格（Braxton Bragg）将军亦在第二次肯塔基州的侵略行动中被联邦军的比尔（Don Carlos Buell）将军，于血腥的培利维尔（Perryvillel）战役中被赶走。数月后又在Stone River战役里被William S. Rosecrans的军团于田纳西州打败。但庆幸的是，联盟军于近田纳西州的边境，佐治亚州里的奇卡牟加战役（battle of Chickamauga）中取得了胜利。因为布雷斯顿·布瑞格将军在这场战役里得到了James Longstreet军团的支援（李将军的东部援军）。尽管联邦的George Henry Thomas军团在那里英勇奋守，最终也只能撤退。
联邦的主要战争策略是来自西部的尤里西斯·辛普森·格兰特（Grant，Ulysses Simpson）所出的谋略，他曾在这次内战中控制了敌军的Donelson和Henry等要塞，和田纳西州的坎伯兰河。巩固了联邦政府对于密西西比州的控制，以及开始了美国内战的转折点。而且，尤里西斯将军更把联盟军由田纳西州赶了出去，并向联盟国的“心脏”地点进行入侵，那就是佐治亚州的亚特兰大。
泛密西西比战场 1861–1865
于1861年，联盟国在亚利桑那州和新墨西哥州的战役都一直顺畅。而且该地的居民亦很快适应了联盟国的条令，更要求联盟国派出军队将当地驻守的联邦军赶走。后来，联盟军便派出Col. John Baylor将军执行任务，并攻占了新墨西哥州的一个叫Mesilla的城镇，还活捉了几名联邦将领。次年（1862年），联盟军队欲北上夺取联邦的领土，但可惜被由联邦派出的加州援军打败，因此被逼退守亚利桑那州。
Glorieta Pass战役是一场“小规模战斗”，因为在此次斗争里双方各有损伤（联邦有140人死，联盟则有190人死）。但若联盟军继续向北追上，就有可能夺取到联邦的要塞和科罗拉多州的丹佛城。所以，有一名来自德州的市民就发言说“如果没有那些来自派克峰（Pike's Peak）的混帐（联邦军）来阻挡我军，可能整个国家都是属于我们的了！”在4月份，加州组织了联邦军队，并于Picacho Pass战役中将驻亚利桑那州的联盟军彻底赶走。至于美国的东部，双方的战争已进行了近3年，而西北部的战役亦宣告终结。
联邦国曾经在1862年战争快结束的时期，几次欲夺取得克萨斯州、密西西比州和路易斯安那州的领土。因此，这三个州便在河流上进行封锁行动。尤其是得克萨斯州，他几乎占领和封锁了所以东部的港口。同时，为了给联盟国有“后门”可逃，得克萨斯州和路易斯安那州的西部地区一直以来都不停地在路地上，向墨西哥的Matamoros自治市提供棉属植物等庄稼，更派人航行至欧洲各地交换供应，以收买人心。联邦国为了阻止这些行动，决定对得克萨斯州进行侵略，但是每次都失败。联盟国的胜利例如在：得克萨斯州境内的加尔维斯敦和Sabine Pass战役。这两次战争都把联邦的军队彻底地击退。特别是联邦军灾难般的失败，就是在路易斯安那州西部的红河战役（Red River Campaign），和知名的Mansfield战役。这些胜利终结了联邦军对这些地区的侵略计划，直至到联盟国垮台之后。自从联盟军在东部被困和李将军的投降，内战在未来几个月里依然没有停止。双方的最后会战是在得克萨斯州南部的Palmito Ranch战役。讽刺地说，这是联盟军的“大胜利”。
南北战争时各战役分布图
“猛虎”格兰特
1863年时格兰特将军已经控制了整个密西西比河流域，将南方分割成东西两个部分，战略格局也从此改变。
南方邦联瓦解
但北军在战略以及经济上的优势使得1865年4月李将军终于放弃了南部联盟的首府(里士满)，北军胜利的态势已经非常明显， 李将军在里奇蒙沦陷后一周内投降。
1865年5月26日，南军全数投降，战事宣告结束。
南北教会
由于南北双方奉行的政策不同，使得宗教界也出现了严峻的考验，北方的教会对于圣经的理解把握得更加灵活，不断设法通过对圣经的诠释对解放黑奴加以辩护。在南方的教会领袖如：罗伯特·刘易斯·达布尼(Robert Lewis Dabney)使用加尔文宗的思想为奴隶制，和南方脱离联邦的行动提供了看似合理的理论依据。因为南北的分歧，使得教会间互不信任、互相抨击，而导致了教会的分裂。长老会早在1837年早已分裂，这除了种族问题其它的事件使得分裂更为复杂化。而卫理公会及浸信会也在这一波风暴中分歧的相当严重。
战后
边境州份密苏里州及马里兰州随战事的进展终止了奴隶制度，在1864年12月, 国会动议美国宪法第13修正案；第13修正案在1865年尾被完全订立，全美国废止了奴隶制度。1868年第14修正案确定公民权利及给予联邦政府更大权力以要求各州提供平等法律保障。1870年订立第15修正案保证男性黑人（不包括女性黑人）投票权利。第14和第15修正案推翻了美国最高法院Dred Scott在1857年的决定，但特别在第14修正案，有意想不到及深远的影响。然而战后美国北方最大城市纽约市的哈林区搬入愈来愈多黑人居民后，原本的白人居民就搬家离开，不愿与黑人为邻，可见即使当时在美国北方黑人白人相处并不融洽，南北战争实际上在美国白人心中与废除奴隶制关系并不明显。
由1876年大选到1964年大选，佐治亚州、阿拉巴马州、密西西比州及阿肯色州没有选举人票投给共和党，南卡罗莱那州及路易斯安那州例外的各只有一张。大部分其他曾脱离联邦的州份也压倒性地投票反对共和党，各州的地方选举也有同样主流性的支持趋势。这个现象被称为顽固的南方。但是，当民主党总统林登·詹森在1964年签订公民权利法案后，在1964年南部州份的民主党员离弃他而转投共和党的贝利·高华德。虽然贝利·高华德惨败，共和党在南部的支持仍然很强，也令南部成为共和党的据点。
南方的生存者还是受到战后的贫穷。此外，大部分的政治权力都转移到北方。由于联邦侵南的原故，南方多地饱受摧残。虽然联邦愿意在战后重建南方（Reconstruction）（1865—1877），但战后75年内，Vicksburg城的市民都一直拒绝纪念美国独立日，而密西西比州的州议会直到1995年才接受美国宪法第13修正案。
同样地，美国的北部虽然享受了经济和政治上的胜利，但也因此而付出了很多牺牲，其中包括被支持南方的恐怖份子刺杀的林肯总统。战后数十年里，共和党的政治人物仍通过挑起战争的记忆来攻击自己的对手民主党（这一策略被称为“挥动血衣”）。并且，战争和重建导致的南北冲突不断，令许多北方人对南部失去兴趣，这使得共和党在1876年大选后并不费力地就放弃了重建南方的计划。同时，南方的贫穷现象日益严重，北方人也视之不理，更说南方的政治人物经常给联邦政府添加麻烦。同时，北方也没有在南方严格保护民权。
随着时间的流逝，不少人的思想观念都有所改变。1932年富兰克林·德拉诺·罗斯福当选为总统，令南方进入了一个新时代。南方人也和北方人一样，开始重新考虑联邦政府在经济上的地位。此后进行了一系列的公众设施兴建计划，像田纳西河谷管理局（Tennessee Valley Authority），就为南方建设立了不少公共设施（如铁路、公路、下水道等）。尽管如此，冲突并没有因为这样而停止，在战后仍存在的有民权活动，与一系列守旧的反联邦政治行动。另外，问题所在的是：该如何平息战后的怨恨？关于南方联盟的旗帜（Southern Cross），该不该再次使用？
重建南方
战后，南方被美国实行“半军事管制”，但美国联邦政府对奴隶主很宽容，致使重建中的南方一直存在奴隶制的残余，很久以后才摆脱。南方在战后形成了一些‘3K党’。南方的重建一直是很艰难的。
其他
战争期间主要战役
战役 (地点) 时间 邦联司令 联邦司令 邦联军 联邦军 胜方 伤亡数
盖兹堡之役
（宾夕法尼亚州）
1863年7月1日–3日 罗伯特·李 乔治·米德 75000 82289 联邦 总：51112
联：23049
邦：28063
奇卡莫加之役
（佐治亚州）
1863年9月19日–20日 布拉克斯顿·布莱格 威廉·罗斯克兰斯 66326 58222 邦联 总：34624
联：16170
邦：18454
钱瑟勒斯维尔之役
（维吉尼亚州）
1863年5月1日–4日 罗伯特·李 约瑟夫‧虎克 60892 133868 邦联 总：30099
联：17278
邦：12821
斯波瑟韦尼亚郡府之役
（维吉尼亚州）
1864年5月8日–19日 罗伯特·李 尤里西斯·格兰特 50000 83000 不明 总：27399
联：18399
邦：9000
安地潭之役
（马里兰州）
1862年9月17日 罗伯特·李 乔治·麦克里兰 51844 75316 联邦 总：26134
联：12410
邦：13724
莽原之役
（维吉尼亚州）
1864年5月5日–7日 罗伯特·李 尤里西斯·格兰特 61025 101895 不明 总：25416
联：17666
邦：7750
马那萨斯之战
（维吉尼亚州）
1862年8月29日–30日 罗伯特·李 约翰·波普 48527 75696 邦联 总：25251
联：16054
邦：9197
石河之役
（田纳西州）
1862年12月31日 布拉克斯顿·布莱格 威廉·罗斯克兰斯 37739 41400 联邦 总：24645
联：12906
邦：11739
塞罗之役
（田纳西州）
1862年4月6日–7日 艾伯特‧强斯顿
皮瑞·波利加德 尤里西斯·格兰特 40335 62682 联邦 总：23741
联：13047
邦：10694
唐奈尔森堡之役
（田纳西州）
1862年2月13日–16日 约翰·佛洛伊德
西蒙·巴克纳 尤里西斯·格兰特 21000 27000 联邦 总：19455
联：2832
邦：16623
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