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二条天皇是后白河天皇的长子。他9岁时跟随叔父觉性法亲王习佛，4年后被立为皇太子。
后白河天皇自己退居上皇地位，开后白河院政。后白河上皇重用曾协助他的“保元之乱”中挫败崇德上皇的藤原信西，此举引起院厅辅臣藤原信赖的嫉恨，他与二条天皇的外戚藤原经宗、藤原惟方结为反院政集团。在平定保元之乱中立有大功的武士源义朝因未受重用也参加到其中。受到后白河上皇重用的武士平清盛和藤原信西则形成拥护后白河上皇的院政派。
1159年（平治元年），源义朝、藤原信赖等决定趁平清盛一族前往熊野神宫参拜之际，发动政变。源义朝举兵包围了上皇住的院御所，软禁后白河上皇和二条天皇，烧毁藤原信西的住宅，杀死藤原信西。后白河上皇化装成官员从宫中逃到仁和寺，16岁的二条天皇男扮女装由藤原氏保护逃出皇宫。平清盛在途中闻变，立即回师京都六波罗官邸，举兵讨伐源义朝、藤原信赖等叛军。源义朝和藤原信赖都被杀死，源氏被赶出京都，源义朝的儿子源赖朝被流放，平清盛依靠众多的军事徒从和京都六波罗大本营的军队，掌握了朝廷大权。天皇制走向了没落，代之而起的是武士专权，平氏政权实际上是从天皇制走向幕府制的过渡。
这场动乱，史称“平治之乱”，经过这次动乱，天皇与武士的地位发生了根本的逆转，原来是天皇利用武士为自己夺取政权，现在天皇成了武士争权夺利的一件活道具而已。
二条天皇决心亲政，因此与后白河上皇的矛盾日深。为了表示自己的独立性，他不顾上皇反对，娶了近卫天皇的寡后多子为妻室，以致出现日本历史上没有先例的两个天皇一个皇后的怪事。后白河上皇利用平清盛的武力对付二条天皇，把他所倚重的藤原经宗、藤原惟方等人问罪流放。反过来，二条天皇以院厅近臣平教盛、平时忠等图谋私立后白河上皇刚出生的幼子宪仁亲王为太子的罪名，革除了他们的官职。二条天皇在位的 7年，朝廷和院厅、父与子的对立贯穿其始终。
本名 （守仁）
双亲
父 后白河天皇（雅仁）
母 源懿子
皇妻
中宫高松院姝子内亲王
中宫藤原育子
皇妃
无妃
皇子
顺仁亲王
大僧都 尊恵
皇女
僐子内亲王
朝廷 地点宫号
年号
保元
奔驰
永历
应保
长宽
永万