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二條天皇是後白河天皇的長子。他9歲時跟隨叔父覺性法親王習佛，4年後被立為皇太子。
後白河天皇自己退居上皇地位，開後白河院政。後白河上皇重用曾協助他的“保元之亂”中挫敗崇德上皇的藤原信西，此舉引起院廳輔臣藤原信賴的嫉恨，他與二條天皇的外戚藤原經宗、藤原惟方結為反院政集團。在平定保元之亂中立有大功的武士源義朝因未受重用也參加到其中。受到後白河上皇重用的武士平清盛和藤原信西則形成擁護後白河上皇的院政派。
1159年（平治元年），源義朝、藤原信賴等决定趁平清盛一族前往熊野神宮參拜之際，發動政變。源義朝舉兵包圍了上皇住的院禦所，軟禁後白河上皇和二條天皇，燒毀藤原信西的住宅，殺死藤原信西。後白河上皇化裝成官員從宮中逃到仁和寺，16歲的二條天皇男扮女裝由藤原氏保護逃出皇宮。平清盛在途中聞變，立即回師京都六波羅官邸，舉兵討伐源義朝、藤原信賴等叛軍。源義朝和藤原信賴都被殺死，源氏被趕出京都，源義朝的兒子源賴朝被流放，平清盛依靠衆多的軍事徒從和京都六波羅大本營的軍隊，掌握了朝廷大權。天皇製走嚮了沒落，代之而起的是武士專權，平氏政權實際上是從天皇製走嚮幕府製的過渡。
這場動亂，史稱“平治之亂”，經過這次動亂，天皇與武士的地位發生了根本的逆轉，原來是天皇利用武士為自己奪取政權，現在天皇成了武士爭權奪利的一件活道具而已。
二條天皇决心親政，因此與後白河上皇的矛盾日深。為了表示自己的獨立性，他不顧上皇反對，娶了近衛天皇的寡後多子為妻室，以致出現日本歷史上沒有先例的兩個天皇一個皇后的怪事。後白河上皇利用平清盛的武力對付二條天皇，把他所倚重的藤原經宗、藤原惟方等人問罪流放。反過來，二條天皇以院廳近臣平教盛、平時忠等圖謀私立後白河上皇剛出生的幼子憲仁親王為太子的罪名，革除了他們的官職。二條天皇在位的 7年，朝廷和院廳、父與子的對立貫穿其始終。
本名 （守仁）
雙親
父 後白河天皇（雅仁）
母 源懿子
皇妻
中宮高鬆院姝子內親王
中宮藤原育子
皇妃
無妃
皇子
順仁親王
大僧都 尊恵
皇女
僐子內親王
朝廷 地點宮號
年號
保元
奔馳
永歷
應保
長寬
永萬