奧托三世（Otto III，980年7月—1002年1月23日）東法蘭剋國王（983年—1002年在位），神聖羅馬皇帝（996年－1002年）。奧托二世之子。995年親政以前，由他的母親賽奧法諾和祖母阿德萊德攝政。

奧托三世996年進入意大利，冊立自己的堂哥格列髙利五世為教皇，後者成為歷史上第一位德國籍教皇。格列髙利五世隨即為奧托三世加冕（5月21日）。

奧托三世酔心於恢復羅馬帝國，長期駐紮在意大利。1001年，奧托三世因羅馬市民發動暴亂纔從意大利撤離。他在第二年於意大利去世。