奥托三世（Otto III，980年7月—1002年1月23日）东法兰克国王（983年—1002年在位），神圣罗马皇帝（996年－1002年）。奥托二世之子。995年亲政以前，由他的母亲赛奥法诺和祖母阿德莱德摄政。

奥托三世996年进入意大利，册立自己的堂哥格列高利五世为教皇，后者成为历史上第一位德国籍教皇。格列高利五世随即为奥托三世加冕（5月21日）。

奥托三世醉心于恢复罗马帝国，长期驻扎在意大利。1001年，奥托三世因罗马市民发动暴乱才从意大利撤离。他在第二年于意大利去世。