拜占庭帝國的歷史由學者August Heisenberg總結為“皈依基督教的希臘人的羅馬國”的歷史。自羅馬帝國分裂為東西兩部分，以及其後西羅馬帝國的覆滅以來，希臘人成為了帝國的主要公民，並最終將這兩種身份等同了起來。君士坦丁大帝將拜占庭建築成為帝國的首都（從此稱為君士坦丁堡），將其置於帝國中心，並在之後的歷史長河中一直作為燈塔狼煙指引着希臘人的民族歸屬感，直到近代。
君士坦丁大帝和查士丁尼一世的形象占據了帝國前期（324年—610年）的歷史，這兩個皇帝吸收了羅馬的傳統，作為拜占庭帝國奠立和發展的根基。最初的幾個世紀用於鞏固帝國邊界，並試圖恢復羅馬帝國的疆域。同時，這一階段也標志為正教傳統的建立及其與來自帝國內部異端的衝突。
在拜占庭中期（610年—867年）的第一階段，帝國經受了同時來自宿仇（波斯人、倫巴底人、阿瓦爾人和斯拉夫人）和新敵（阿拉伯人、保加利亞人）的進攻，這些攻擊並不局限於邊界衝突，有時他們深入疆界甚至威脅首都。同時，入侵者並不滿足於時而短暫的進攻，而是轉為長期定居，變作與帝國敵對的新的國傢。來自外部和內部的因素導致帝國的結構也産生了轉變，比如小戶的自由農民的興盛、軍事統治的擴張以及軍區（themata）制度的發展，完成了肇始於上個時期的這些變化。在行政領域也發生了一些改變：社會和行政變得相當希臘化，同時偶像破除運動之後重塑了正教傳統，這些因素致使了對鄰近國傢成功的軍事行動，將它們置於拜占庭的文化影響圈之內。在這個時期版圖有所縮小，並且由於丟失了生産財富的地區，經濟受到一定的破壞；然而，它取得了語言、宗教和文化的巨大輻射力。
1204年，發生了帝國歷史上最重大的事件，標志了拜占庭晚期的開始。希臘人的君士坦丁堡在歷史上第一次失守，帝國被拉丁十字軍徵服並由一個拉丁國傢所取代了57年。此外，拉丁占領時期極大地影響了帝國的內部發展，因為封建分封制度被引入了拜占庭生活。
1261年，希臘帝國被分割至前希臘拜占庭科穆寧王朝的成員（Epirus）手中以及巴列奧略王朝（君士坦丁堡淪陷時的最後一任王朝）手中。希臘拜占庭帝國內部的衰弱以及奧斯曼帝國的入侵逐漸導致了帝國的衰亡。1453年，拜占庭帝國落入奧斯曼人手中，希臘的拜占庭時期宣告結束。
需要指出的是“拜占庭時期”這個術語是由現代歷史學家發明的，自10世紀起人們稱呼這個帝國為希臘帝國，而之前則為羅馬希臘帝國（Romeo-Greek），這就是為什麽希臘人有時在口語中自稱為Romioi。“羅馬”（Romeo）這一修飾來自於帝國在政治行政領域對於羅馬的傳承。實際上，在歐洲歷史上許多國傢都使用這個修飾，比如卡洛林王朝以及日耳曼人的神聖羅馬帝國都將自己看作是羅馬帝國的繼承者。
奧斯曼統治
當奧斯曼人到來的時候，希臘人興起了兩股移民運動。首先是希臘知識分子階層嚮西歐的移民，由此激發了文藝復興的到來。其次，一些希臘人離開了平原，躲進層巒的群山中。希臘是個多山的國度，而奧斯曼人從未成功地在山區建立他們的軍事或者行政存在，因而在這種意義上來說，奧斯曼人從來沒有完全徵服希臘。在希臘大陸和島嶼上存在有許多秘密社群，如剋裏特島上的Sphakiots、伊庇魯斯的Souliots以及伯羅奔尼撒的Mani都是奧斯曼統治時期山區活躍的秘密社群。自16世紀末直至17世紀，許多希臘人開始從山區搬回平原地區。帝國推行的宗教自治社區“米利特”（Millet）制度將各個地區分劃給宗教族群自治，這間接促進了東正教希臘人的民族凝聚力。希臘正教會作為民族-宗教社團，幫助全希臘各個地區（山區、平原、島嶼）的希臘人在艱難的奧斯曼統治下維係自己的種族、文化以及語言遺産。
奧斯曼統治下的希臘人不是承受異族統治的基督徒就是秘密基督徒（Crypto-Christians），他們表面上遵循伊斯蘭教的教規，而秘密地實踐希臘正教的信仰，以逃避苛重的捐稅，而同時又不失去同希臘正教會的聯繫。然而那些真正皈依伊斯蘭教的希臘人，即使他們保留了自己的文化和語言，也被同族的正教希臘人視為土耳其人。
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