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自拖雷后裔蒙哥当选蒙古大汗始,窝阔台后裔渐失势,海都即于此时分封至蒙古以西的海押力。蒙哥汗死后,海都支持新汗阿里不哥与忽必烈争夺汗位,终告失败。但海都希冀大汗之位属于窝阔台后代,遂积蓄实力,联合钦察汗国,图谋与忽必烈争夺蒙古帝国大汗宝座。成吉思汗曾经说出,只要窝阔台有一个吃奶的后代,都比其他人优先继承,因此他不断反忽必烈。
有鉴于此,忽必烈遂派察合台后嗣八剌返察合台汗国争夺汗位,企求引起西部诸王内乱,以便其集中精力灭南宋的战争。令忽必烈意外的是,海都虽然与八剌初亦激战,但旋即和好。至元六年(1268年),海都、八剌和钦察汗国君王在塔拉斯河会盟,公开反对忽必烈和伊儿汗国,并商议以海都为盟主。会盟各王指称忽必烈汗已经被汉族同化,言明要对忽必烈用兵以恢复蒙古人的游牧本性。
次年,忽必烈以那木罕为将,在别失八里击败海都。至元十二年(1274年),忽必烈再遣安童辅佐那木罕西征。未料,那木罕部将昔里吉等于次年底发动兵变,将安童抓获后交予海都。不久,八剌死去,海都扶立笃哇任察合台汗国君王,两汗挥师东进蒙古本部。土土哈把他赶出漠北祖宗大帐。
至元二十四年(1286年),海都等同东部乃颜联络,乘忽必烈率领元军主力东去平叛的机会,一度发兵占领和林,但不久即退出。
元成宗大德五年(1301年),海都再度进兵蒙古,最后被元武宗海山击败,于归途中,伤重不治。