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淳佑三年（1243）秋，辑成《游志篇》，荟萃历史名流游览泰山、沂水、武夷、秦淮、象山等名山大川的游记，凡88篇，看兴致。同年又写成《永鉴稿》。仙居盛产合蕈、稠膏蕈、栗壳蕈、松蕈、竹蕈、麦蕈、玉蕈、黄蕈、紫蕈、四季蕈、鹅膏蕈等11种食用菌，陈仁玉通过观察、品尝、研究，于淳佑五年写成《菌谱》。此书为目前所知的世界最早的食用菌专著，被编入《四库全书》。
淳佑九年，受临安知府赵与之托，负责纂辑《淳右临安志》。他先与通判吴革，吴调迁后又与王亚夫“昼访夜思，参以书传所省忆，耳目所睹记，得古今事迹千数百条，厘为门者十有二，为类者九十有九，为卷者五十有儿，总之数十万言，亦略备。”十年十二月，书成。该书为我国古代方志中的上乘之作，对研究宋史和宋代临安史很有参考价值。后任误为施谔纂辑。近年洪焕椿发现了《永乐大典》收录德陈仁玉《淳佑临安志序》，方在其《浙江方志考》一书中予以更正。
淳佑十一年，陈仁玉以“白衣”受诏为筵讲官。开庆元年（1259），赐同进士出身。九月任军器监丞兼国史院编修官，十一月任浙东提刑，兼知衢州。后历任浙东安抚使、兵部侍郎等职。
德佑元年（1275），谢太后下诏降元。陈仁玉时已告老归寓台州。与权知台州事王钰相议拒招，并招募义民筑城，死守台州。景炎元年（1276）二月城坡，王钰战死。陈仁玉退隐黄岩石圹山中。临终戒孙永不仕元。后移葬城郊南峰山桃花洞册。