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方以智是安慶府桐城縣鳳儀裏（今屬安徽省樅陽縣）人，出身世傢。其祖父方大鎮，曾任萬歷朝大理寺左少卿，治《易經》、《禮記》，著述宏富。父親方孔炤，萬歷四十四年進士，崇禎朝官至湖廣巡撫，通醫學、地理、軍事，有《全邊略記》、《周易時論》等著作，《明史》有傳。方以智自幼秉承傢學，接受儒傢傳統教育，曾隨父宦遊，至四川嘉定、福建福寧、河北、京師等地，見名山大川，歷京華勝地，閱西洋之書，頗長見識。成年後，載書泛遊江淮吳越間，遍訪藏書大傢，博覽群書，交友結社。曾與陳貞慧、吳應箕、侯方域等主盟復社，裁量人物，諷議朝局，人稱“四公子”，以文章譽望動天下。
崇禎十三年（1640年），方以智中進士，任翰林院檢討。崇禎十七年（1644年），李自成農民軍攻入北京，崇禎皇帝自縊，方以智在崇禎靈前痛哭，被農民軍俘獲，他設法逃脫，輾轉奔回南京。仇敵阮大鋮把持南明弘光朝政，他受到迫害，化裝逃離南京，流落在嶺南、兩廣一帶，以賣藥為生。當清兵大舉南下時，他曾聯絡東南抗清力量抵抗。1650年，清兵攻陷廣西平樂，方以智被捕，他堅貞不屈，清將為其正義所動，聽任其出傢。獲釋後，他即易服為僧，改名弘智，字無可，別號大智、藥地、浮山、愚者大師等。晚年定居江西廬陵青原山，自稱極丸老人。康熙十年（1671年）鼕，方以智為他事牽連被捕，解往廣東，途經江西萬安惶恐灘頭，因疽發卒於舟中。
方以智酷愛自然科學知識，自幼塾中誦讀之餘，即好窮物理，曾謂“不肖以智，有窮理極物之僻。”（《物理小識》捲五）明清之季，西學東漸，方以智一面秉承傢教，以《易》學傳世，一面又廣泛接觸傳教士，學習西學。經過孜孜不倦的努力，他終於在哲學和科學兩方面都取得了很大成就，達到了相當的高度。
方以智學識淵博，《清史稿》本傳說：“以智生有異秉，年十五群經子史略能背誦。博涉多通，自天文、輿地、禮樂、律數、聲音、文字、書畫、醫藥、技勇之屬，皆能考其源流，析其旨趣。”這一評價並不過分，他在許多領域都有自己獨到見解。例如，在學術分類問題上，他把學術分為三類，說：
“考測天地之傢，象數、律歷、音聲、醫藥之說，皆質之通者也，皆物理也。專言治教，則宰理也。專言通幾，則所以為物之至理也。”（《通雅·文章薪火》）
在這三種學術中，他講得比較多的是通幾與質測。他說：
“寂感之藴，深究其所自來，是曰通幾；物有其故，實考究之，大而元會，小而草木蠢蠕，類其性情，徵其好惡，推其常變，是曰質測。”（《物理小識·自序》）
可見，所謂通幾，是對事物發生根本原因的探討，而質測則要求腳踏實地考察事物變化原因，按特性予以整理分類，總結驗證已知規律，預測未來發展變化。顯然，通幾與質測是從研究目的和研究方法着眼對學術活動所做的分類。在中國，這種分類是方以智的獨創。
在天文學方面，方以智結合中國傳統的天文學和當時傳教士傳入的西方天文學，討論了地心學說、九重天說、黃赤道、歲差、星宿、日月食、歷法等天文學問題。對於西方天文學知識，他非常重視，經常追蹤西方天文學最新進展，例如他在討論天體運動軌道問題時，就曾根據西方用望遠鏡觀天發現金星有周相變化的事實，提出了金星、水星繞太陽運行的正確猜測。
方以智接受西方科技知識，並非盲從，而是經過自己的認真思考、消化。例如他對於西方地圓說，就是首先考察了地圓說賴以成立的觀測證據，然後纔加以接受的。對於傳教士的錯誤說法，他則予以批駁。例如傳教士曾說，太陽半徑為地球半徑的160多倍，而太陽距地球衹有1600多萬裏，方以智指出這是錯誤的，因為據此計算（定地球圓周長約9萬裏），太陽的直徑就將近有日地距離的三分之一大，這顯然是不可能的。他運用自己的“光肥影瘦”理論，對這一問題做瞭解釋，指出人目所見的太陽圓面比實際發光體要大，因此按幾何方法進行的測量並不準確。他的這一理論後來被《歷象考成》的作者所接受。
在物理學方面，方以智更有諸多創見。他從氣一元論自然觀出發，提出一種樸素的光波動學說，認為：“氣凝為形，發為光聲，猶有未凝形之空氣與之摩蕩噓吸。故形之用，止於其分，而光聲之用，常溢於其餘：氣無空隙，互相轉應也。”（《物理小識》捲一）
顯然，方以智認為，光的産生是由於氣受到激發的緣故。由於氣彌漫分佈於所有空間，彼此間無任何空隙，被激發的氣必然要與周圍靜止的氣發生相互作用，“摩蕩噓吸”，將激發傳遞出去，這就形成了光的傳播。由此，方以智所描述的是一種樸素的光波動學說。為了與近代光的電磁波動說相區別，可以稱之為氣光波動說。
從氣光波動說的角度出發，方以智進一步提出了光不走直綫的主張，他把它叫做光肥影瘦，認為光在傳播過程中，總要嚮幾何光學的陰影範圍內侵入，使有光區擴大，陰影區縮小。他並且指出，由於光肥影瘦現象的存在，使得基於光綫直進性質進行的測量得到的結果都不準確。他說：
“物為形礙，其影易盡，聲與光常溢於物之數，聲不可見矣，光可見，測而測不準矣。”（《物理小識》捲一）
為了證實自己的觀點，他還做了小孔成像實驗，並且努力用自己的理論去解釋常見光學現象。所有這些，在物理學發展史上，都是很新鮮的。
另外，他對於光的反射和折射，對於聲音的發生、傳播、反射、隔音效應，對於色散，對於煉焦、比重、磁效應等諸多問題的記述，都是領先於同時代人的。
在生物醫學方面，方以智也有諸多值得一提之處。他在其《物理小識》一書中，記述有大量動植物的生態學內容和栽培、管理等知識。他引述了傳教士“腦主思維” 之說，介紹了他們關於人體骨骼、肌肉等方面的知識，但剔除了傳教士所說的“全能的上帝創造世界”之類的內容。他自己對於傳統醫學也素有研究，撰有多種醫學著作。遺憾的是這些著作傳世不多，我們難以窺其全貌。
方以智一生著述很多，計有一百餘種。其中最為流行的是《通雅》和《物理小識》，前者是綜合性的名詞彙編書，後者是一部筆記，他的科學見解主要集中在這部書中。他的後期代表作是《藥地炮莊》和《東西均》，均為哲學著作，書中提出了一些很重要的哲學命題。他的著作中另外比較重要的還有《浮山文集》、《博依集》、《易餘》、《一貫問答》、《切韻源流》、《流寓草》、《周易圖象幾表》、《性故》、《學易綱宗》、《諸子燔痏》、《四韻定本》、《內經經絡》、《醫學會通》等。現存共二十餘種。
方以智
明清間哲學家、醫傢。字密之、鹿起，號曼公、竜眠愚者。桐城（今屬安徽）人。自幼習儒，精研天文、地理、韻律、歷史，率皆學有所成。於醫學亦有所研究，對西洋輸入之醫藥亦有所涉獵，對新鮮事物頗為敏感，勇於接受其合理部分加以利用，有匯通中西之傾嚮，可視為我國早期匯通思想醫傢之一，認為中西之學各有所長，嘗言西醫“詳於質測而拙於言通幾”，故引用湯若望之《主製群徵》中西醫之解剖學，介紹於國人。其著作甚多，《東西均》、《物理小識》、《通稚》等，其中除哲學等方面內容外，對醫理、方藥等均有所涉及，於我國近代醫學發展史上有一定影響。
近期，安慶市文物工作人員在開始實施的第三次文物普查工作中，得到相關信息，在楊橋鎮官屏村白鹿山發現明代方大鎮及其夫人姚氏墓葬兩座，其中方大鎮碑文由其子婿通奉大夫廣東布政使司右布政使張秉文題寫，由其子方孔炤及其孫方以智、方其義於崇禎四年立碑。墓塋前有石香爐、祭臺及條石墓壙等建築構件，墓圍保存較好，可惜都已被盜。
方以智傢學淵源。曾祖父方學漸，精通醫學、理學，並且能學習諸子百傢，融會貫通，自成體係，著有《易蠡》、《性善繹》、《桐夷》、《邇訓》、《桐川語》等。祖父方大鎮在萬歷年間，曾任大理寺左少卿，著有《易意》、《詩意》、《禮說》、《永思錄》、《幽忠錄》等數百捲。父親方孔■，曾任湖廣巡撫，精通醫學、地理、軍事，並且較早地接觸西學。主張研習經世致用的知識，著有《周易時論》、《全邊略記》、《尚書世論》等。外祖父吳應賓，精通釋儒，著有《學易全集》、《學庸釋論》、《宗一聖論》、《三一齋稿》等。
除了傢學，他所授業的老師亦都是當時的著名學者。白瑜，長於詞賦經史，崇尚實學。王宣則專攻名物訓詁和《訶》、《洛》之學。餘，治學嚴謹，是當時治《春秋》的大傢。傅海峰則是當時的名醫。
另外，傢中還有藏書豐富，被譽為“兩間皆字海，一盡始羲皇”的稽古堂。在這樣的環境中，少年時代的方以智受到了濃厚學術氛圍的熏陶。等到成人後，又四處交遊，結識學友。在他的學友中有一部分外國傳教士和文化人。從他們那裏，方以智學習瞭解了西方近代自然科學，從而更加開闊了視野，豐富了學識。方以智也曾試圖以科舉入仕。崇禎庚辰，三十歲的方以智中進士，在京任工部觀政、翰林院檢討、皇子定王和永王的講官。李自成攻毀北京後，流亡南京，投奔南明弘光政權。但卻不斷受到排擠，於是不得不改名換姓，流寓嶺南一帶，以賣藥為生。順治三年，受瞿式耜約請，參與了擁立永歷政權的活動，任左中允，少詹事，翰林院侍講學士，後又受排擠，不得不遁跡於少數民族聚居的湘、桂、粵西一帶，過着“麯肱茅屋雞同宿，舉火荒村鬼作鄰”的生活。順治七年，“披緇為僧”，九年秋，回到故鄉桐城。
他拒絶接受舉薦，不再入仕，於順治十年皈依天界寺高僧覺浪禪師道盛。康熙三年鼕，受廬陵縣令於藻和吉安人士的邀請，到吉安青原山靜居寺主持佛事，並授徒講學。康熙九年鼕，因健康原因退居泰和。第二年春天，因為曾擁立南明，受牽連入獄，後來在押解赴嶺南的途中，因“背病發，卒於萬安途次。”方以智一生正當明清交替之際，時局動蕩，政權更迭頻頻，使得他個人的際遇也十分坎坷。在他的青年時代，由於仰仗祖上的餘蔭，尚能過着“衣紈■，飾騶騎，鳴笳疊吹，閑雅甚都”的富貴文人的生活。明亡後，他四處流亡，嘗盡酸甜苦辣，歷經世事滄桑，艱苦的十年流亡在他的思想上打下了深刻的烙印。在對現實失望後，放棄了少年時的經世抱負，出傢後，雖然看似逍遙法外，但卻不忘救世，講學宏道，交朋納友。
方以智的祖輩都直接或間接同東林黨有關係。他從小也養成了關心時世的習慣。十四歲時，曾徒步到數百裏外的考場參加會試，以此來磨煉意志。長大後，重視遊學、交友和經世務實之學，他認為：“今天下脊脊多事，海內之人不可不識，四方之勢不可不識，山川謠俗，紛亂變故，亦不可不詳也。”他曾作詩曰：“繁霜如雪孤南徵，莫道能無故國情。斥抱揄方大笑，牽牛負軛總虛名。凌雲久動江湖氣，杖劍時成風雨聲。海內衹今信寥落，竜眠山下有狂生。”
表達了自己非凡的政治抱負。為諫議皇帝選賢用能，革除弊端，實行某些改革，曾寫了《擬求賢詔》、《擬上求治疏》、《擬上求讀書見人疏》等，决心以襄扶明朝中興為己任。他曾在《書鹿十一傳後》中表示要“挹東海之澤、洗天下之垢”。正是在這種經世思想的指導下，十年間，他不顧境遇艱險，孜孜以求，收集了大量的資料，堅持不懈地寫作。代表他經世思想的主要著作，如《通雅》、《物理小識》、《浮山文集前編》、《膝寓信》等作品大都是在這一時期完成的。
方以智生於明萬歷三十九年（公元1611年），卒於清康熙十年（公元1671年），安徽桐城人，字密之，號曼公，又號鹿起，逃禪以後名行通，無可，五老，弦智，愚者，墨歷，木立，藥地，極丸，浮廬等。
方以智出身士大夫家庭。方氏，姚氏，張氏都是桐城地區這一時期主要的世族，而這些所謂世族的成員又經常是政治上（任朝廷官吏）、經濟上（占有土地）和學術思想上的代表人物。方的曾祖方學漸除記錄赴東林講學的《東遊記》外，著有《易蠡》，《心學宗》，《性善繹》，《銅川語》等書。因方學漸曾受學於泰州學派的耿定理，《明儒學案》把他列入《泰州學案》。
祖父方大鎮，江西道監察御史，著《易意》，《野同語》，《寧淡語》，《性論》等。父方孔炤是崇禎時湖廣巡撫，著《周易時論》，被《四庫提要》列入存目。這書對方以智影響很大，方一生中經常提到它。
方以智一生可分三個時期。早期從青年時代到三十三歲裏，過的是貴公子的詩酒生涯。
中期自甲申從北京逃返南都，又經浙江，福建到兩廣，從三十四歲到四十二歲，經歷了麯折顛連的幾年。晚年從順治九年（公元一六五二年）北歸，到康熙十年（公元一六七一年）六十一歲時，病歿於贛江上萬安城外的惶恐灘。這時期潛心學術，寫出了大量理論著作。
（一）從青年時代到崇禎十七年（公元一六_四四年）
方以智青年時代活動地點主要是南京和桐城，也間或經過江浙各地，最後去北京。
桐城澤社的活動。當崇禎初年，方以智在他父親所建澤園中，成立“澤社”。社中有方的堂叔方文（字爾止），妹夫孫臨（字剋鹹），以及錢秉鐙（又名澄之），周岐（字農父）等人。方或賦詩作文，或讀經、史，又關心“萬物之理”，隨時札記，積纍了豐富知識，奠定了學術基礎。
方的兩位業師，一是白瑜（字瑕仲），一是江西金溪人王宣（字化卿，號虛舟）。當時王已七十餘歲，所著《物理學》對方以智以後寫作《物理小識》多有啓發。
澤社中一群有朝氣的青少年，往往慷慨酣歌，論天下大事。方自述說。“處澤園，好悲歌……好言當世之務，言之輒慷慨不能自止。”（《浮山文集?孫武公集序》）這個團體與當時東南一帶的會社一樣，不僅研究文學，也帶上政治色彩。
那時，桐城阮大鋮，是魏忠賢閹黨的餘黨，崇禎初即被列入“逆案”名單。方的同學錢澄之曾加入阮大鋮退居養晦時所創建的江社，經方以智勸阻後，又退出江社。《錢田間年譜》崇禎五年（公元一六三二年）條下記載了這件事：
“方密之吳遊回，與府君（即錢澄之）言曰：吳下事與朝局相表裏，先辨氣類，凡閹黨皆在所擯。吾輩奈何奉為盟主？曷早自異諸！”
“吳下事”指張溥，張采成立復社的事。“辨氣類”就是要分清東林、復社與閹黨的界限。這樣一來，錢澄之轉而參加澤社的文課，凡江社的會期都辭謝不赴。而作為“鄉先輩”的阮大鋮開始對方産生仇隙。
南都的《留都防亂公揭》崇禎七年（公元一六三四年），桐城“民變”，方以智移居南京。結交天下名士有黃宗羲、吳應箕、陳貞慧、冒襄、侯方域、顧杲、瀋昆銅、陳梁等人。崇禎十年（公元一六三七年）他們大會東林黨被害六君子的孤兒周茂蘭、魏學濂等於桃葉渡。方以智和陳梁曾寫長詩紀事，為東林黨揚聲吐氣。
這時阮大鋮寄居南京，談兵說劍，聯絡各方，希圖再起。崇禎十二年（公元一六三九年）陳貞慧與吳應箕共同起草驅逐阮大鋮的宣言《留都防亂公揭》。公揭以東林創始人顧憲成之孫顧杲以及黃宗羲為首署名，共計一百四十人。阮大鋮在千夫所指之下，隱藏到城外牛首山，不敢進城。
儘管方以智這年春天回桐城，秋後重來南京應試，未曾在揭貼上署名。而阮大鋮聯繫江社往事，仍認為公揭出於方以智主謀，因此怨毒更深。清順治二年（公元一六_四五年），弘光在南京即位，阮大鋮夤緣通過關係成為兵部尚書，對大批東林後人以及復社成員進行了報復。
崇禎十七年（公元一六_四四年）李自成入北京，方以智被起義軍郭營所得，不久乘機逃到南京。這時阮大鋮當權，修復舊怨，藉口方以智在李自成入京後沒有“殉節”，而把方列入“從逆六等”中的第五等，處理方法是“宜徒擬贖”。方以智在南都不能久留，由陳子竜介紹，經過浙江，福建輾轉到達廣州避難，結束了早年時代生活。
這一時期中，由於方以智對經、史、百傢知識基礎堅實，“凡天人，禮樂，律數，聲音，文字，書畫，醫藥，下逮琴劍技勇，無不析其旨趣”（《桐城耆舊傳》捲六）。崇禎十四、十六年已分別開始寫作《通雅》與《物理小識》。
方以智早年沒有更多的研究哲學，而主要是寫作詩、詞和政治論文。他主張“公”和“明”。《通雅》捲首中說：“治在君、相，人在師教，學在實講，公、明而已。”《浮山文集》中的《中涓（指宦官）議》中又引證了朱熹的“惟公惟明，相道畢矣”。他認為“公”就是沒有偏見，“明”就是“能好能惡”。這與一百年後戴震所強調的“去私”與“去蔽”的政治主張有相通之處。
（二）從明崇禎十七年（公元一六_四四年）至清順治九年（公元一六五二年）
在廣州期間，方以智改名吳石公，後被南海令姚奇胤（字有僕）所發現。姚是方的故人和庚辰（公元1640年）考試的同年，他請方為其兒子姚端的老師。
在南海令官署，方以智重新整理《通雅》舊稿。又曾寫《錦纏玉》劇本，親教伶人排唱。這時他寫作的詩集取名為《瞻旻》。
方到粵不久，其夫人潘氏攜第三子方中履經福建來廣州團聚。順治三年（公元一六_四六年）桂王朱由榔在肇慶即位監國，任方以智為少詹事，翰林院侍講學士。由於黨派鬥爭，太監專權，他看到事無可為，堅决退隱在湖南廣西交界的苗峒中。永歷多次召他為東閣大學士，他十次上疏辭退。這些辭疏現在尚都保存，可以看出他當日對時局的觀感。他的詩句“西南更望層雲黑，誰把新亭淚眼看”！說明了他對永歷朝廷的失望。
順治七年（公元1650年）清兵入廣西桂林，瞿式耜與張居正的曾孫張同敞共同守城殉難。方以智去昭平仙回山“披緇為僧”。方中履隨方以智入山“父析子荷，父汲子炊”，過着饑寒交迫的生活，終於被清兵搜出。清帥馬蛟驎反復逼降無效，最後聽任方為僧。方以智於是去梧州，在梧州雲蓋寺居住兩年。至順治九年（公元一六五二年）八月，偕同施閏章（宣城人，號愚山）至廬山，同年年底回桐城省親。他的哲學著作《東西均》的開章即寫於到達廬山之時。
這一階段是方以智一生的轉折點，從輕衣肥馬的貴公子到流離轉側的苦行僧，從紅燈緑酒到黃捲青燈，從入世到出世。《桐城耆舊傳》的作者馬其昶論方以智說。“躬豪傑之才，遭逢季運，以占畢稱，豈其志哉。”就在這一階段，對政治和社會的理想與抱負無從實現，於是全部精力轉入著書立說的學術生活中。
在流離中缺乏圖書資料，他自己說“作挂一漏萬之小說傢言，豈不悲哉。愚道人今年三十六矣，讀書亦有命”（見《通雅》捲三附記）。然而在這一時期終於寫成《物理小識》，《切韻聲原》，《醫學會通》，《刪補本草》等書。
（三）從清順治十年（公元一六五三年）至康熙十年（公元一六七一年）
方以智晚年，從順治十年（公元一六五三年）算起，這年元旦，回到桐城浮山白鹿湖見到父親方孔炤。他在《象環寤記》中說：“以祗支（袈裟，表示為僧）為退路，即為歸路。”說明他在梧州為僧，其實際目的是為了回鄉。安徽地方官要奏用他時，他說：“匹夫不可奪志，出世人安往（往何處），不得涅盤也？”“祗支”和“涅盤”成為他的遁詞和藉口。
就在這年，他重去離別十年的金陵，皈依天界寺的覺浪道盛法師。覺浪是當時佛教曹洞宗的前輩，曾因文字中稱朱元璋為“太祖高皇帝”被清政府逮捕下獄，後查明係明亡以前所作而釋放。覺浪的另一門徒嘯峰大然也就是崇禎末年與方孔炤同係詒獄的御史倪嘉慶。
方以智“閉關”於金陵高座寺的看竹軒，潛心寫哲學著作。作為曹洞宗的一個法門弟子，佛教對他有一定影響。另一方面，出傢又衹是與環境作鬥爭的一種手段。