| 政仁 | |||||||||||||
| 陵墓： | 月轮陵 | ||||||||||||
| |||||||||||||
后阳成天皇的让位是出于德川家康的意思，由于幕府初建，需要朝廷的权威做为后盾，而朝廷则需要幕府的金钱援助，只好屈从幕府威势下。1619年，后水尾天皇因为宠爱的女官已生下一子一女的事被传到当时将军德川秀忠那里，引起秀忠强烈不满。1620年，由于朝廷迫于对德川家金援的需要，天皇不得不迎秀忠之女德川和子入宫。
宽永四年(1627年)，发生紫衣事件，朝廷为了财政，事先未同幕府商量，允许大德寺和妙心寺僧侣数十人穿紫衣。但是幕府制定僧侣之诸出世法度、京都大德寺及妙心寺之紫衣敕许无效。让朝廷很没面子；宽永六年(1629年)，将军德川家光竟然派他的乳母春日局前往面见天皇，由于春日局无官无位却前往面见天皇（春日局的义兄是朝廷公卿、武家传奏三条西实条，而且春日局的父亲是明智光秀的部下斋藤利三，前任丈夫是大名稻叶正成），被天皇认为是奇耻大辱，觉得幕府没有把他的权威放在眼里。
于是在同一年，愤怒的天皇无预警让位给才只有七岁不到的皇女兴子内亲王，是为明正天皇。这是为了显示幕府想以自己的外孙继承皇位的野心。
后水尾天皇退位后，以太上天皇身份实施院政，对于后来天皇的母亲并非与幕府有血缘关系的东福门院，而且对这些妃子，也大多是在她们过世以后才追赠女院身分，而三位女院的父亲的授官仪式也是在极秘之间进行，可见幕府对朝廷有所压力。另外幕府的基本政策为后对除了禁中以外设立院政，但不得不拥护院政。
后水尾天皇也致力于和歌与佛道。于1680年过世，葬于月轮陵。
后水尾这谥号，是来自平安时代的清和天皇，清和天皇别号水尾帝。当时他的即位，是藤原氏强迫出来的，而且他更是日本史上第一位幼帝。亦以此讥讽德川氏为藤原氏。同时后水尾天皇退位后自号后水尾院，亦希望压倒自己的父亲后阳成天皇。天皇指定谥号，以往镰仓时代的后嵯峨天皇，室町时代的后小松天皇也有先例。
家系
* 中宫：德川和子（东福门院）（1607年~1678年）
o 第二皇女：兴子内亲王（明正天皇）（1623年~1696年）
o 第三皇女：昭子内亲王（1625年~1651年）
o 第二皇子：高仁亲王（1626年~1628年）
o 第三皇子：若宫（1628年）
o 第四皇女：显子内亲王（1629年~1675年）
o 第六皇女：贺子内亲王（1632年~1696年）
o 第七皇女：菊宫（1633年~1634年）
* 女御：园光子（壬生院）（1602年~1656年）
o 第四皇子：绍仁亲王（后光明天皇）（1633年~1654年）
o 第六皇子：守澄法亲王（1634年~1680年）
o 第十皇女：元昌女王（1637年~1662年）
o 第十一皇女：宗澄女王（1639年~1678）
o 第十三皇女：桂宫（1641年~1644年）
* 典侍：四辻与津子（?年~1638年）
o 第一皇子：贺茂宫（1618年~1622年）
o 第一皇女：文智女王（1619年~1697年）
* 典侍：栉笥隆子（逢春门院）（1604年~1685年）
o 第五皇女：理昌女王（1631年~1656年）
o 第五皇子：某（1633年）
o 第八皇女：光子内亲王（1634年~1727年）
o 第八皇子：良仁亲王（后西天皇）（1637年~1685年）
o 第九皇子：性真法亲王（1639年~1696年）
o 第十二皇女：摩佐宫（1640年~1641年）
o 第十四皇女：理忠女王（1641年~1689年）
o 第十一皇子：稳仁亲王（第三代八条宫）（1643年~1665年）
o 第十三皇子：道宽法亲王（1647年~1676年）
* 典侍：园国子（新广义门院）（1624年~1677年）
o 第十皇子：尧恕法亲王（1640年~1695年）
o 第十五皇女：常子内亲王（1642年~1702年）
o 第十四皇子：真敬法亲王（1649年~1706年）
o 第十六皇子：尊证法亲王（1651年~1694年）
o 第十九皇子：识仁亲王（灵元天皇）（1654年~1732年）
o 第十七皇女：永享女王（1657年~1686年）
* 典侍：四辻继子
o 第十二皇子：尊光入道亲王（1645年~1680年）
o 第十八皇子：盛胤法亲王（1651年~1680年）
o 第十六皇女：文察女王（1654年~1683年）
* 宫人：水无濑氏子
o 第九皇女：新宫（1635年~1637年）
o 第七皇子：性承法亲王（1637年~1678年）
在位期间年号
* 庆长
* 元和
* 宽永
在位期间：
1611年5月9日-1629年12月22日
时代 江户时代
首都 京都
皇居 京都御所
陵墓 月轮陵
父亲 后阳成天皇
母亲 近卫（藤原）前子
中宫 德川和子