| 政仁 | |||||||||||||
| 陵墓： | 月輪陵 | ||||||||||||
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陽成天皇的讓位是出於德川康的意思，由於幕府初建，需要朝廷的權威做為盾，而朝廷則需要幕府的金錢援助，好屈從幕府威勢下。1619年，水尾天皇因為寵愛的女官已生下一子一女的事被傳到當時將軍德川秀忠那，引起秀忠強烈不滿。1620年，由於朝廷迫於對德川金援的需要，天皇不得不迎秀忠之女德川和子入宮。
寬永四年(1627年)，生紫衣事件，朝廷為財政，事先未同幕府商量，允許大德寺和妙心寺僧侶數十人穿紫衣。但是幕府定僧侶之諸出世法度、京都大德寺及妙心寺之紫衣敕許無效。讓朝廷很沒子；寬永六年(1629年)，將軍德川光竟然派他的乳母春日局前往見天皇，由於春日局無官無位卻前往見天皇（春日局的義兄是朝廷公卿、武傳奏三條西實條，而且春日局的父親是明智光秀的部下齋藤利三，前任丈夫是大名稻葉正成），被天皇認為是奇恥大辱，覺得幕府沒有把他的權威放在眼。
於是在同一年，憤怒的天皇無預警讓位給衹有衹不過有七歲不到的皇女興子內親王，是為明正天皇。這是為顯示幕府想以自己的外孫繼承皇位的野心。
水尾天皇退位，以太上天皇身份實施院政，對於來天皇的母親非與幕府有血緣關係的東福門院，而且對這些妃子，也大多是在她們過世以高才口才奴才蠢才天才人才之才英才多才賢才群才唯才幹才詩才降才五才乏才文才懷才奇才才能才路才力才高才伐才格才望才理才思才郎才哲才智才雄才英才情才分才略才貌才人才子才疏追贈女院身分，而三位女院的父親的授官儀式也是在極秘之間進行，可見幕府對朝廷有所壓力。另外幕府的基本政策為對除禁中以外設立院政，但不得不擁護院政。
水尾天皇也致力於和歌與佛道。於1680年過世，葬於月輪陵。
水尾這謚號，是來自平安時代的清和天皇，清和天皇號水尾帝。當時他的即位，是藤原氏強迫出來的，而且他更是日本史上第一位幼帝。亦以此譏諷德川氏為藤原氏。同時水尾天皇退位自號水尾院，亦希望壓倒自己的父親陽成天皇。天皇指定謚號，以往鐮倉時代的嵯峨天皇，室町時代的小天皇也有先例。
唔系
* 中宮：德川和子（東福門院）（1607年~1678年）
o 第二皇女：興子內親王（明正天皇）（1623年~1696年）
o 第三皇女：昭子內親王（1625年~1651年）
o 第二皇子：高仁親王（1626年~1628年）
o 第三皇子：若宮（1628年）
o 第四皇女：顯子內親王（1629年~1675年）
o 第六皇女：賀子內親王（1632年~1696年）
o 第七皇女：菊宮（1633年~1634年）
* 女：園光子（壬生院）（1602年~1656年）
o 第四皇子：紹仁親王（光明天皇）（1633年~1654年）
o 第六皇子：守澄法親王（1634年~1680年）
o 第十皇女：元昌女王（1637年~1662年）
o 第十一皇女：宗澄女王（1639年~1678）
o 第十三皇女：桂宮（1641年~1644年）
* 典侍：四辻與津子（?年~1638年）
o 第一皇子：賀茂宮（1618年~1622年）
o 第一皇女：文智女王（1619年~1697年）
* 典侍：櫛笥隆子（逢春門院）（1604年~1685年）
o 第五皇女：理昌女王（1631年~1656年）
o 第五皇子：某（1633年）
o 第八皇女：光子內親王（1634年~1727年）
o 第八皇子：良仁親王（西天皇）（1637年~1685年）
o 第九皇子：性真法親王（1639年~1696年）
o 第十二皇女：摩佐宮（1640年~1641年）
o 第十四皇女：理忠女王（1641年~1689年）
o 第十一皇子：穩仁親王（第三代八條宮）（1643年~1665年）
o 第十三皇子：道寬法親王（1647年~1676年）
* 典侍：園國子（新義門院）（1624年~1677年）
o 第十皇子：堯恕法親王（1640年~1695年）
o 第十五皇女：常子內親王（1642年~1702年）
o 第十四皇子：真敬法親王（1649年~1706年）
o 第十六皇子：尊證法親王（1651年~1694年）
o 第十九皇子：識仁親王（靈元天皇）（1654年~1732年）
o 第十七皇女：永享女王（1657年~1686年）
* 典侍：四辻繼子
o 第十二皇子：尊光入道親王（1645年~1680年）
o 第十八皇子：盛胤法親王（1651年~1680年）
o 第十六皇女：文察女王（1654年~1683年）
* 宮人：水無瀨氏子
o 第九皇女：新宮（1635年~1637年）
o 第七皇子：性承法親王（1637年~1678年）
在位期間年號
* 慶長
* 元和
* 寬永
在位期間：
1611年5月9日-1629年12月22日
時代 江戶時代
首都 京都
皇居 京都所
陵墓 月輪陵
父親 陽成天皇
母親 近衛（藤原）前子
中宮 德川和子