| 政仁 | |||||||||||||
| 陵墓： | 月輪陵 | ||||||||||||
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後陽成天皇的讓位是出於德川傢康的意思，由於幕府初建，需要朝廷的權威做為後盾，而朝廷則需要幕府的金錢援助，衹好屈從幕府威勢下。1619年，後水尾天皇因為寵愛的女官已生下一子一女的事被傳到當時將軍德川秀忠那裏，引起秀忠強烈不滿。1620年，由於朝廷迫於對德川傢金援的需要，天皇不得不迎秀忠之女德川和子入宮。
寬永四年(1627年)，發生紫衣事件，朝廷為了財政，事先未同幕府商量，允許大德寺和妙心寺僧侶數十人穿紫衣。但是幕府製定僧侶之諸出世法度、京都大德寺及妙心寺之紫衣敕許無效。讓朝廷很沒面子；寬永六年(1629年)，將軍德川傢光竟然派他的乳母春日局前往面見天皇，由於春日局無官無位卻前往面見天皇（春日局的義兄是朝廷公卿、武傢傳奏三條西實條，而且春日局的父親是明智光秀的部下齋藤利三，前任丈夫是大名稻葉正成），被天皇認為是奇恥大辱，覺得幕府沒有把他的權威放在眼裏。
於是在同一年，憤怒的天皇無預警讓位給纔衹有七歲不到的皇女興子內親王，是為明正天皇。這是為了顯示幕府想以自己的外孫繼承皇位的野心。
後水尾天皇退位後，以太上天皇身份實施院政，對於後來天皇的母親並非與幕府有血緣關係的東福門院，而且對這些妃子，也大多是在她們過世以後纔追贈女院身分，而三位女院的父親的授官儀式也是在極秘之間進行，可見幕府對朝廷有所壓力。另外幕府的基本政策為後對除了禁中以外設立院政，但不得不擁護院政。
後水尾天皇也致力於和歌與佛道。於1680年過世，葬於月輪陵。
後水尾這謚號，是來自平安時代的清和天皇，清和天皇別號水尾帝。當時他的即位，是藤原氏強迫出來的，而且他更是日本史上第一位幼帝。亦以此譏諷德川氏為藤原氏。同時後水尾天皇退位後自號後水尾院，亦希望壓倒自己的父親後陽成天皇。天皇指定謚號，以往鐮倉時代的後嵯峨天皇，室町時代的後小鬆天皇也有先例。
傢係
* 中宮：德川和子（東福門院）（1607年~1678年）
o 第二皇女：興子內親王（明正天皇）（1623年~1696年）
o 第三皇女：昭子內親王（1625年~1651年）
o 第二皇子：高仁親王（1626年~1628年）
o 第三皇子：若宮（1628年）
o 第四皇女：顯子內親王（1629年~1675年）
o 第六皇女：賀子內親王（1632年~1696年）
o 第七皇女：菊宮（1633年~1634年）
* 女禦：園光子（壬生院）（1602年~1656年）
o 第四皇子：紹仁親王（後光明天皇）（1633年~1654年）
o 第六皇子：守澄法親王（1634年~1680年）
o 第十皇女：元昌女王（1637年~1662年）
o 第十一皇女：宗澄女王（1639年~1678）
o 第十三皇女：桂宮（1641年~1644年）
* 典侍：四辻與津子（?年~1638年）
o 第一皇子：賀茂宮（1618年~1622年）
o 第一皇女：文智女王（1619年~1697年）
* 典侍：櫛笥隆子（逢春門院）（1604年~1685年）
o 第五皇女：理昌女王（1631年~1656年）
o 第五皇子：某（1633年）
o 第八皇女：光子內親王（1634年~1727年）
o 第八皇子：良仁親王（後西天皇）（1637年~1685年）
o 第九皇子：性真法親王（1639年~1696年）
o 第十二皇女：摩佐宮（1640年~1641年）
o 第十四皇女：理忠女王（1641年~1689年）
o 第十一皇子：穩仁親王（第三代八條宮）（1643年~1665年）
o 第十三皇子：道寬法親王（1647年~1676年）
* 典侍：園國子（新廣義門院）（1624年~1677年）
o 第十皇子：堯恕法親王（1640年~1695年）
o 第十五皇女：常子內親王（1642年~1702年）
o 第十四皇子：真敬法親王（1649年~1706年）
o 第十六皇子：尊證法親王（1651年~1694年）
o 第十九皇子：識仁親王（靈元天皇）（1654年~1732年）
o 第十七皇女：永享女王（1657年~1686年）
* 典侍：四辻繼子
o 第十二皇子：尊光入道親王（1645年~1680年）
o 第十八皇子：盛胤法親王（1651年~1680年）
o 第十六皇女：文察女王（1654年~1683年）
* 宮人：水無瀨氏子
o 第九皇女：新宮（1635年~1637年）
o 第七皇子：性承法親王（1637年~1678年）
在位期間年號
* 慶長
* 元和
* 寬永
在位期間：
1611年5月9日-1629年12月22日
時代 江戶時代
首都 京都
皇居 京都禦所
陵墓 月輪陵
父親 後陽成天皇
母親 近衛（藤原）前子
中宮 德川和子