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淳佑三年（1243）秋，輯成《遊志篇》，薈萃歷史名流遊覽泰山、沂水、武夷、秦淮、象山等名山大川的遊記，凡88篇，看興致。同年又寫成《永鑒稿》。仙居盛産合蕈、稠膏蕈、慄殼蕈、鬆蕈、竹蕈、麥蕈、玉蕈、黃蕈、紫蕈、四季蕈、鵝膏蕈等11種食用菌，陳仁玉通過觀察、品嚐、研究，於淳佑五年寫成《菌譜》。此書為目前所知的世界最早的食用菌專著，被編入《四庫全書》。
淳佑九年，受臨安知府趙與之托，負責纂輯《淳右臨安志》。他先與通判吳革，吳調遷後又與王亞夫“晝訪夜思，參以書傳所省憶，耳目所睹記，得古今事跡千數百條，釐為門者十有二，為類者九十有九，為捲者五十有兒，總之數十萬言，亦略備。”十年十二月，書成。該書為我國古代方志中的上乘之作，對研究宋史和宋代臨安史很有參考價值。後任誤為施諤纂輯。近年洪煥椿發現了《永樂大典》收錄德陳仁玉《淳佑臨安志序》，方在其《浙江方志考》一書中予以更正。
淳佑十一年，陳仁玉以“白衣”受詔為筵講官。開慶元年（1259），賜同進士出身。九月任軍器監丞兼國史院編修官，十一月任浙東提刑，兼知衢州。後歷任浙東安撫使、兵部侍郎等職。
德佑元年（1275），謝太後下詔降元。陳仁玉時已告老歸寓臺州。與權知臺州事王鈺相議拒招，並招募義民築城，死守臺州。景炎元年（1276）二月城坡，王鈺戰死。陳仁玉退隱黃岩石壙山中。臨終戒孫永不仕元。後移葬城郊南峰山桃花洞册。