斐迪南三世（Ferdinand III，1608年7月13日－1657年4月2日），哈布斯堡王朝的神聖羅馬皇帝（1637年-1657年在位），匈牙利國王（1625年-1657年）和波希米亞國王（1627年-1657年）。他也是奧地利大公，稱斐迪南四世。

斐迪南三世是斐迪南二世的長子，生於格拉茨。他的母親是斐迪南二世的第一任妻子巴伐利亞的瑪麗亞·安娜。作為皇帝，他的統治主要是與震撼歐洲的三十年戰爭聯繫在一起。

在1634年帝國統帥阿爾布雷赫特·馮·瓦倫斯坦被皇帝指使的軍官們殺害後，當時是奧地利大公的斐迪南被任命為參加三十年戰爭的帝國軍隊名義上的首腦。但是斐迪南在當時的宮廷中是屬於主和派，他在促成帝國政府與德意志新教諸侯（尤其是薩剋森）達成和解方面發揮了一些作用。斐迪南參與了1635年的布拉格和約談判。

1637年父皇去世後，斐迪南三世繼承了神聖羅馬帝國的皇位。由於整個德意志已經在戰爭中弄得民盡財窮，斐迪南三世急切希望能與最主要的參戰國瑞典及其財政上的支持者法國實現和平，即使不得不在宗教問題上作出讓步。但是他不遂所願。戰火繼續蹂躪了德國11年，直到雙方都筋疲力盡，在1648年終於簽署了威斯特伐利亞和約。

斐迪南三世曾3次結婚。他的第一個妻子是他的堂姐、西班牙公主瑪麗亞·安娜（1606年-1646年），他們生了兩個兒子：長子斐迪南，先於斐迪南三世去世；次子利奧波德，最終繼承了皇位。在瑪麗亞·安娜於1646年去世後，斐迪南三世與他的堂妹瑪麗亞·利奧波丁女大公（蒂羅爾大公利奧波德五世之女）結婚。瑪麗亞·利奧波丁去世於1649年。斐迪南三世的最後一個配偶是曼托瓦公爵的女兒貢薩加的埃利諾拉（1630年-1686年），兩人的女兒包括艾蕾諾爾，是法蘭茲一世的祖母。