奥托三世(Otto III,980年7月—1002年1月23日)东法兰克国王(983年—1002年在位),神圣罗马皇帝(996年-1002年)。奥托二世之子。995年亲政以前,由他的母亲赛奥法诺和祖母阿德莱德摄政。
奥托三世996年进入意大利,册立自己的堂哥格列高利五世为教皇,后者成为历史上第一位德国籍教皇。格列高利五世随即为奥托三世加冕(5月21日)。
奥托三世醉心于恢复罗马帝国,长期驻扎在意大利。1001年,奥托三世因罗马市民发动暴乱才从意大利撤离。他在第二年于意大利去世。