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身世与早年
根据日本六国史之首的《日本书纪》记载，神功皇后的父亲是开化天皇的玄孙息长宿祢王，母亲则是葛城的高额媛。而根据日本最早的史书《古事记》上卷记载，高额媛为新罗王子天日矛的后裔，也就是说神功皇后具有朝鲜人的血统。
成务天皇四十年（170年？），神功皇后出生。
据《书纪》记载，神功皇后自幼聪明睿智，且美貌端庄，其父王息长宿祢很是惊奇。
仲哀天皇二年春正月十一日（193年3月1日？），被天皇立为皇后。古代日本天皇为了保持血统的高贵，皇后都在皇族中挑选；神功皇后与仲哀天皇源于同一祖先——开化天皇，是远房亲戚，也算是皇族（见右图）。
仲哀天皇在位第八年（199年？），因记恨熊袭建宫时未进贡，决心起兵讨伐。可是在与群臣讨论作战计划时，神却托付皇后之口，说到熊袭之地贫困不值一战，反而海外的“处女之睩”，即新罗国，遍地金银彩衣。如以天皇御船与大田祭之，则兵不血刃可收其地。天皇自高处眺望却不见其地，始终未依神意出兵，因而激怒神而于隔年（200年？）逝世。
为平息神之怒，神功皇后建立斋宫，并于天皇去世后隔月入斋宫为神主，命中臣乌贼津使主为审神者。这期间她遣使入熊袭使其臣服，亲自征讨不服朝廷的羽白熊鹫，并歼灭土蜘蛛的田油津媛，大致稳住国内局势。
三韩征讨
亲征朝鲜的神功皇后。1880年月冈芳年绘。
斋戒完皇后回宫，便亲自祭神以图西征。为验神灵之语，她以海水洗发，结果头发分成两边。皇后因此结发为髻，扮成男子相貌，并对诸臣宣告征讨之令，准备亲征新罗。
当年九月，皇后召集兵士进行操练。为表达遵从神旨，皇后亲自向大三轮神社献上刀矛，并要求大军严守军纪不畏战。同时，身怀六甲的皇后为求他日凯旋能顺利回国生产，将石头绑在腰上以期和魂能保佑船只。隔月，大军出海，由于风向配合，且无任何意外发生，全军顺利抵达新罗。
由于事发突然，加上皇后军队士气高昂，毫无准备的新罗王看到大军前来便以为全国已无能战之兵，只好穿戴素服，自备白旗到皇后船前请降。皇后给予新罗王不杀之恩，并率领大军入国都搜括一番后亲自将矛插在新罗王宫前，要新罗王每年朝贡，随即同大军载着八十艘战利品回国，而新罗以外的百济、高句丽听到皇后之威，也相继入朝进贡。返国后两个月，皇后于筑紫产下一子，即日后的应神天皇。
二王谋反
隔年，皇后至穴门丰浦宫为先皇发丧，然后从海路回大和京城。由于皇后产子势必继承为天皇，先皇与大中姬所生的麝阪王与忍熊王不愿屈从幼主，便借口建造先皇陵墓之事，派遣军队驻扎运石材的船上准备拦截皇后。
皇后得知消息后，将皇子托付给武内宿祢，命其从四国外侧航至纪伊，自己则穿越濑户内海面对亲王军。航行途中，皇后船舰遇到困难无法前进，便在古水门占卜并分别以叶山媛令、海上五十狭茅和长媛令献祭给天照大神、稚日女尊和代主尊三位神祇，终能顺利出海，躲过亲王军而回京。
回京后，皇后命武内宿祢率军讨伐熊忍王。由于武内宿祢使计得宜，熊忍王军大败而逃。在海上一番追击后，走投无路的熊忍王投海自尽，叛乱结束。该年10月，皇后正式摄政，并于隔月埋葬先皇于河内国长野陵。
摄政
神功皇后肖像
皇后摄政三年，立亲生皇子誉田别尊（即日后的应神天皇）为皇太子。摄政39年遣使赴中国进贡，隔年受倭国奉诏书、印绶。摄政第47年，百济遣使入贡，与新罗使者一同入朝。由于新罗贡物又多又好，百济贡物却又少又劣，皇后同太子质问百济使者。使者却答复其贡物于途中被新罗劫走且使者被杀，而新罗又以其贡物冒充本国贡品。为此，皇后与太子遣使指责新罗。
皇后摄政49年，皇后遣荒田别与鹿我别率军，准备再次讨伐新罗。然后又派木罗斤资与沙沙奴跪率领的援军赴朝，两军于卓淳会师后直攻新罗并大破之，接着平定邻近七个地区，然后在登辟支山上与百济王父子率领的军队会盟，于是附近的四个部落相继前来称臣，大和军队厚礼谢百济。自此，百济开始定期入贡。
皇后摄政62年，新罗王未入朝进贡，皇后派遣袭津彦讨伐新罗。摄政第66年，再度赴中国入贡。皇后摄政第69年于稚樱宫驾崩，享寿100岁，隔年葬于狭城盾列陵。
现代研究与怀疑
由于《日本书纪》提到皇后曾遣使赴中国入贡，传统上认为神功皇后是历史上实际存在过的人物，甚至主张皇后就是邪马台国女王卑弥呼。但太平洋战争以后，日本兴起疑古的风潮，神功皇后这为传奇人物也被逐渐受人质疑，有人从而主张她是从皇极天皇和持统天皇等女天皇生平塑造出来的虚构人物。至于《日本书纪》中关于神功皇后摄政其间曾数次赴中国入贡的描述，现今被认为是《日本书纪》的写作者为了凑合大和朝廷和“卑弥呼”之关系而编造出来的内容。
中国吉林出土的《广开土王碑》上记载日本以辛卯年征韩，其时间与神功皇后的事迹不谋而合。古时候被认为是神功皇后存在的佐证。而今日学界则认为也许只是巧合。
为了避免天皇之位于历史上长时间空置的情况，明治维新以前是将神功皇后看成天皇或准天皇的地位。明治维新时期，也曾发行以皇后为肖像的大日本帝国纸币。此故事在1880年年代正式写入教科书，直到太平洋战争后，才废除。
世数争议
神功皇后一度被记入天皇世数，作为第15代天皇，而《大日本史》则驳斥其说法。其文曰：“按仲哀之崩，天下无主，皇后奉遗腹，以号令四海，称为胎中之帝。然应神既生，宜立为天子，而立为太子，名实不正。皇后疑乎即真矣。后世徒见其迹，遂列皇统世次，大失旧史之旨。《古事记》历叙帝王治天下，宜以应神接仲哀之后，不数皇后。至于《日本纪》，则特书曰摄政元年，其义亦严矣。且女主即真，如推古、持统，皆称天皇，而皇后则否。其后议定追谥，亦曰神功皇后，而不奉天皇之号。由是观之，其不宜列于帝纪审矣。虽然，仲哀、应神之际，皇后称制，实行天子之事，故今不没其实，备后举动于二帝本纪，而不别作皇后纪。”
和式谥号 気長足姫尊
汉风谥号 神功皇后
生辰 [[成务天皇|成務天皇]]四十年（170年？）
即位 仲哀天皇九年（200年？）始摄政
崩辰 神功皇后摄政六十九年四月十七日
（269年6月3日？）
双亲
父 [[息长宿祢王|息長宿禰王]]
母 [[葛城高额媛|葛城高額媛]]
丈夫 仲哀天皇（足仲彥尊）
皇子
[[应神天皇|応神天皇]]（譽田別尊）
朝廷 亩傍稚樱宫