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身世與早年
根據日本六國史之首的《日本書紀》記載，神功皇后的父親是開化天皇的玄孫息長宿禰王，母親則是葛城的高額媛。而根據日本最早的史書《古事記》上捲記載，高額媛為新羅王子天日矛的後裔，也就是說神功皇后具有朝鮮人的血統。
成務天皇四十年（170年？），神功皇后出生。
據《書紀》記載，神功皇后自幼聰明睿智，且美貌端莊，其父王息長宿禰很是驚奇。
仲哀天皇二年春正月十一日（193年3月1日？），被天皇立為皇后。古代日本天皇為了保持血統的高貴，皇后都在皇族中挑選；神功皇后與仲哀天皇源於同一祖先——開化天皇，是遠房親戚，也算是皇族（見右圖）。
仲哀天皇在位第八年（199年？），因記恨熊襲建宮時未進貢，决心起兵討伐。可是在與群臣討論作戰計劃時，神卻托付皇后之口，說到熊襲之地貧睏不值一戰，反而海外的“處女之睩”，即新羅國，遍地金銀彩衣。如以天皇禦船與大田祭之，則兵不血刃可收其地。天皇自高處眺望卻不見其地，始終未依神意出兵，因而激怒神而於隔年（200年？）逝世。
為平息神之怒，神功皇后建立齋宮，並於天皇去世後隔月入齋宮為神主，命中臣烏賊津使主為審神者。這期間她遣使入熊襲使其臣服，親自徵討不服朝廷的羽白熊鷲，並殲滅土蜘蛛的田油津媛，大致穩住國內局勢。
三韓徵討
親徵朝鮮的神功皇后。1880年月岡芳年繪。
齋戒完皇后回宮，便親自祭神以圖西徵。為驗神靈之語，她以海水洗發，結果頭髮分成兩邊。皇后因此結發為髻，扮成男子相貌，並對諸臣宣告徵討之令，準備親徵新羅。
當年九月，皇后召集兵士進行操練。為表達遵從神旨，皇后親自嚮大三輪神社獻上刀矛，並要求大軍嚴守軍紀不畏戰。同時，身懷六甲的皇后為求他日凱旋能順利回國生産，將石頭綁在腰上以期和魂能保佑船衹。隔月，大軍出海，由於風嚮配合，且無任何意外發生，全軍順利抵達新羅。
由於事發突然，加上皇后軍隊士氣高昂，毫無準備的新羅王看到大軍前來便以為全國已無能戰之兵，衹好穿戴素服，自備白旗到皇后船前請降。皇后給予新羅王不殺之恩，並率領大軍入國都搜括一番後親自將矛插在新羅王宮前，要新羅王每年朝貢，隨即同大軍載着八十艘戰利品回國，而新羅以外的百濟、高句麗聽到皇后之威，也相繼入朝進貢。返國後兩個月，皇后於築紫産下一子，即日後的應神天皇。
二王謀反
隔年，皇后至穴門豐浦宮為先皇發喪，然後從海路回大和京城。由於皇后産子勢必繼承為天皇，先皇與大中姬所生的麝阪王與忍熊王不願屈從幼主，便藉口建造先皇陵墓之事，派遣軍隊駐紮運石材的船上準備攔截皇后。
皇后得知消息後，將皇子托付給武內宿禰，命其從四國外側航至紀伊，自己則穿越瀨戶內海面對親王軍。航行途中，皇后船艦遇到睏難無法前進，便在古水門占卜並分別以葉山媛令、海上五十狹茅和長媛令獻祭給天照大神、稚日女尊和代主尊三位神祇，終能順利出海，躲過親王軍而回京。
回京後，皇后命武內宿禰率軍討伐熊忍王。由於武內宿禰使計得宜，熊忍王軍大敗而逃。在海上一番追擊後，走投無路的熊忍王投海自盡，叛亂結束。該年10月，皇后正式攝政，並於隔月埋葬先皇於河內國長野陵。
攝政
神功皇后肖像
皇后攝政三年，立親生皇子譽田別尊（即日後的應神天皇）為皇太子。攝政39年遣使赴中國進貢，隔年受倭國奉詔書、印綬。攝政第47年，百濟遣使入貢，與新羅使者一同入朝。由於新羅貢物又多又好，百濟貢物卻又少又劣，皇后同太子質問百濟使者。使者卻答復其貢物於途中被新羅劫走且使者被殺，而新羅又以其貢物冒充本國貢品。為此，皇后與太子遣使指責新羅。
皇后攝政49年，皇后遣荒田別與鹿我別率軍，準備再次討伐新羅。然後又派木羅斤資與沙沙奴跪率領的援軍赴朝，兩軍於卓淳會師後直攻新羅並大破之，接着平定鄰近七個地區，然後在登闢支山上與百濟王父子率領的軍隊會盟，於是附近的四個部落相繼前來稱臣，大和軍隊厚禮謝百濟。自此，百濟開始定期入貢。
皇后攝政62年，新羅王未入朝進貢，皇后派遣襲津彥討伐新羅。攝政第66年，再度赴中國入貢。皇后攝政第69年於稚櫻宮駕崩，享壽100歲，隔年葬於狹城盾列陵。
現代研究與懷疑
由於《日本書紀》提到皇后曾遣使赴中國入貢，傳統上認為神功皇后是歷史上實際存在過的人物，甚至主張皇后就是邪馬臺國女王卑彌呼。但太平洋戰爭以後，日本興起疑古的風潮，神功皇后這為傳奇人物也被逐漸受人質疑，有人從而主張她是從皇極天皇和持統天皇等女天皇生平塑造出來的虛構人物。至於《日本書紀》中關於神功皇后攝政其間曾數次赴中國入貢的描述，現今被認為是《日本書紀》的寫作者為了湊合大和朝廷和“卑彌呼”之關係而編造出來的內容。
中國吉林出土的《廣開土王碑》上記載日本以辛卯年徵韓，其時間與神功皇后的事跡不謀而合。古時候被認為是神功皇后存在的佐證。而今日學界則認為也許衹是巧合。
為了避免天皇之位於歷史上長時間空置的情況，明治維新以前是將神功皇后看成天皇或準天皇的地位。明治維新時期，也曾發行以皇后為肖像的大日本帝國紙幣。此故事在1880年年代正式寫入教科書，直到太平洋戰爭後，纔廢除。
世數爭議
神功皇后一度被記入天皇世數，作為第15代天皇，而《大日本史》則駁斥其說法。其文曰：“按仲哀之崩，天下無主，皇后奉遺腹，以號令四海，稱為胎中之帝。然應神既生，宜立為天子，而立為太子，名實不正。皇后疑乎即真矣。後世徒見其跡，遂列皇統世次，大失舊史之旨。《古事記》歷敘帝王治天下，宜以應神接仲哀之後，不數皇后。至於《日本紀》，則特書曰攝政元年，其義亦嚴矣。且女主即真，如推古、持統，皆稱天皇，而皇后則否。其後議定追謚，亦曰神功皇后，而不奉天皇之號。由是觀之，其不宜列於帝紀審矣。雖然，仲哀、應神之際，皇后稱製，實行天子之事，故今不沒其實，備後舉動於二帝本紀，而不別作皇后紀。”
和式謚號 氣長足姫尊
漢風謚號 神功皇后
生辰 [[成務天皇|成務天皇]]四十年（170年？）
即位 仲哀天皇九年（200年？）始攝政
崩辰 神功皇后攝政六十九年四月十七日
（269年6月3日？）
雙親
父 [[息長宿禰王|息長宿禰王]]
母 [[葛城高額媛|葛城高額媛]]
丈夫 仲哀天皇（足仲彥尊）
皇子
[[應神天皇|應神天皇]]（譽田別尊）
朝廷 畝傍稚櫻宮