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自拖雷後裔蒙哥當選蒙古大汗始，窩闊臺後裔漸失勢，海都即於此時分封至蒙古以西的海押力。蒙哥汗死後，海都支持新汗阿裏不哥與忽必烈爭奪汗位，終告失敗。但海都希冀大汗之位屬於窩闊臺後代，遂積蓄實力，聯合欽察汗國，圖謀與忽必烈爭奪蒙古帝國大汗寶座。成吉思汗曾經說出，衹要窩闊臺有一個吃奶的後代，都比其他人優先繼承，因此他不斷反忽必烈。
有鑒於此，忽必烈遂派察合臺後嗣八剌返察合臺汗國爭奪汗位，企求引起西部諸王內亂，以便其集中精力滅南宋的戰爭。令忽必烈意外的是，海都雖然與八剌初亦激戰，但旋即和好。至元六年（1268年），海都、八剌和欽察汗國君王在塔拉斯河會盟，公開反對忽必烈和伊兒汗國，並商議以海都為盟主。會盟各王指稱忽必烈汗已經被漢族同化，言明要對忽必烈用兵以恢復蒙古人的遊牧本性。
次年，忽必烈以那木罕為將，在別失八裏擊敗海都。至元十二年（1274年），忽必烈再遣安童輔佐那木罕西徵。未料，那木罕部將昔裏吉等於次年底發動兵變，將安童抓獲後交予海都。不久，八剌死去，海都扶立篤哇任察合臺汗國君王，兩汗揮師東進蒙古本部。土土哈把他趕出漠北祖宗大帳。
至元二十四年（1286年），海都等同東部乃顔聯絡，乘忽必烈率領元軍主力東去平叛的機會，一度發兵占領和林，但不久即退出。
元成宗大德五年（1301年），海都再度進兵蒙古，最後被元武宗海山擊敗，於歸途中，傷重不治。