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早期事跡
斐迪南二世為施蒂裏亞大公查理二世之子，生於格拉茨。從1595年起，他接管本傢族在施蒂裏亞、剋恩滕和卡尼鄂拉的領地。曾去羅馬朝聖。由於自小接受嚴格的耶穌會教育，斐迪南二世表現為狂熱的天主教信徒，對宗教改革活動持極端敵對態度；1598年他在自己的領地上率先壓製一切非天主教信仰。
三十年戰爭
1617年，斐迪南當選為波希米亞國王。由於西班牙哈布斯堡王朝的明顯支持，他繼承無嗣的馬提亞斯皇帝的皇位和匈牙利王位幾乎也成定局。斐迪南頑固的宗教政策引起了新教信徒的極度不安；在登上王位後不久，斐迪南就撕毀了皇帝魯道夫二世頒布的在波希米亞准許宗教信仰自由的敕令。很快他在波希米亞便受到來自各個社會階層的反對。1618年5月22日，在布拉格發生了擲窗事件，成為波希米亞起義和整個三十年戰爭的開端。捷剋貴族宣佈廢黜斐迪南二世，選舉普法爾茨選侯腓特烈五世為國王。
1619年皇帝馬提亞斯去世，斐迪南二世順利地繼承了神聖羅馬帝國皇帝和匈牙利國王。匈牙利幾乎立刻爆發了反對他的運動，在運動中斐迪南被廢黜（1620年），特蘭西瓦尼亞公爵加布裏埃爾·百瑟倫（他得到宗主國奧斯曼帝國一定的支持與軍費援助）當選為匈牙利國王。藉助天主教聯盟（包括西班牙、波蘭和巴伐利亞）的支持，斐迪南二世着手鎮壓新教徒的反叛活動。
1620年11月8日，天主教軍隊在白山戰役中取得勝利，徹底擊敗剛剛加冕的腓特烈五世的捷剋軍隊及其支持者。腓特烈五世被迫逃往尼德蘭，他的領地遭到皇帝的主要後臺西班牙人的洗劫，而天主教聯盟的領袖之一巴伐利亞公爵馬剋西米連一世則取代了他的選侯地位。同時在匈牙利，加布裏埃爾·百瑟倫的政府也宣告倒臺，斐迪南二世重獲王位。之後他和加布裏埃爾訂立《尼科爾斯堡和約》（1621年12月31日），再次確認特蘭西瓦尼亞享有自治政府及新教徒的宗教自由，並獲得匈牙利北部的七個郡，但是反抗斐迪南的活動一直持續到1626年。
復闢的斐迪南二世着手建立天主教會在這兩國的統治地位：通過削弱議會的權力，他在波希米亞實際上實行的是占領軍統治。斐迪南二世下令奧地利和波希米亞的新教徒強製性地皈依天主教。但是，德意志的新教王公們早在1618年即已組成抵製皇帝此種努力的新教聯盟；他們將與斐迪南二世進行一場長期鬥爭。
與新教聯盟的戰爭使帝國開支劇增。到1625年，儘管有來自西班牙和教皇的資金支援，斐迪南二世仍陷入了嚴重的財政危機。就在此時他得到了三十年戰爭中最具威力的人物之一、捷剋豪強阿爾布雷希特·馮·瓦倫斯坦的幫助。瓦倫斯坦接受了帝國統帥的任命，附加條件是他的軍隊的維護開支完全來自他個人和在戰鬥中的劫掠。很快他組建起一支至少30,000人的隊伍，並與天主教聯盟軍隊的總指揮官蒂利伯爵協同作戰。瓦倫斯坦用這支軍隊在西裏西亞和安哈爾特打敗了新教聯盟和魯莽地介入的丹麥。
瓦倫斯坦和梯裏的一係列勝利使斐迪南二世得以在國內大力推行反動政策。他於1626年鎮壓了上奧地利農民起義，然後在1629年頒布了所謂歸還教産敕令。根據該敕令，自1552年以來被世俗挪用的所有天主教會財産都須無條件歸還。然而，天主教勢力的擴張最終導致信奉新教的瑞典國王古斯塔夫二世·阿道夫直接進入德國。
由於來自天主教聯盟其他領袖、尤其是深受寵信的巴伐利亞選侯馬剋西米連的猜忌，斐迪南二世於1630年解除了瓦倫斯坦的職務。結果在瑞典人打擊下，天主教軍隊遭到連續的慘重失敗。梯裏於1632年陣亡，迫使斐迪南二世重新起用瓦倫斯坦。瓦倫斯坦在要求更多權力並獲得滿足之後開始領導軍隊。1632年11月在關鍵的呂岑戰役中，雖然瓦倫斯坦的軍隊失敗，但瑞典人的天才領袖古斯塔夫二世陣亡了。接下來的發展十分戲劇化：在1633年戰事顯然沒有確定結果時，瓦倫斯坦謀求與瑞典人會談。1634年，很可能是由於巴伐利亞的馬剋西米連的慫恿，也許是斐迪南二世本人的意願，瓦倫斯坦被指控叛國並被其下屬刺殺了。
1635年布拉格和約的簽署標志着斐迪南二世的權力達到了頂峰。由於瑞典筋疲力盡和薩剋森選侯約翰·喬治一世的馴服，斐迪南二世幾乎快要在整個帝國實現他的目的。但是迄今為止一直站在幕後的决定性力量法國的公開介入打碎了這一夢想。斐迪南二世於1637年去世，他的兒子和繼承人斐迪南三世將承擔三十年戰爭的真正後果。
家庭
- 妻子：
- 表姐巴伐利亞的瑪麗亞·安娜（1574年—1616年），1600年結婚
- 埃利諾拉·貢薩加（1598年—1655年），1622年結婚
- 子女（全部為第一個妻子所生）：