在这一时期天主教会的腐败遭到新教改革的强力反弹。后者获得诸多支持，特别是在寻求强国之路，摆脱天主教会影响的诸侯之间。马丁·路德之后人物层出不穷，比如约翰·加尔文的加尔文主义在很多国拥有影响，英国国王亨利八世使英格兰从天主教会独立，另创圣公会（与一般看法不同的是这只是一半正确，他的女儿伊丽莎白一世完成了圣公会的组成工作）。这些宗教分歧导致由宗教和西欧野心勃勃、日益强大和中央集权的君主制国家发起和推动的一轮新的战争。
新教改革也使天主教会内部开始一轮改革浪潮，史称反宗教改革，目的在于减少腐败，增进与加强对于天主教教义的信心。在这场运动中出现的一个重要组织就是耶稣会，它协助东欧国家留在了天主教内。但是天主教会仍然多少被宗教改革所削弱，欧洲的一部分从此不再受其掌管，其余的天主教国家的君主也开始掌控本国的天主教会组织。
中欧国家，如波兰立陶宛联邦和匈牙利，比起西欧更加宽容。虽然仍然规定天主教占主导地位，它们继续允许大量的宗教少数派保持自己的信仰。天主教徒、新教徒、东正教徒和犹太教徒在中欧各守一方。这个时期的另一个重要的发展是泛欧洲思想的兴起。埃默里克·克吕瑟（Eméric Crucé，1623）提出了欧洲理事会的构想，目的是结束欧洲的战争。建立持久和平的尝试没有成功，虽然1518年所有的欧洲国家（除了俄罗斯和奥斯曼帝国，两者不被看作是欧洲国家）在1518年伦敦条约中同意维持和平。几年之后就再次爆发了好几场战争。宗教改革也使得欧洲和平在几个世纪之内成为不可能。
另外一个结果是欧洲至上主义。文明的概念来自于古希腊和罗马：纪律、教育和城市生活是文明开化的必要条件；文明性是判断欧洲人和非欧洲孰优孰劣的标准，欧洲自认优于其它大洲。当时存在蒙田等人发动的另一运动，认为欧洲之外的人是更好、更自然和更纯朴的人。整个欧洲都建立了邮政服务系统，使得欧洲人文主义知识分子得以抛开宗教分歧互相联合形成网络。但是罗马天主教会查封了许多重要的科学著作；这导致了新教国家在学术上后来居上，因为查封书籍只在某一地区有效。弗朗西斯·培根和其他热心科学人士尝试以强调自然的统一建立欧洲的统一1。在15世纪的中世纪末，强大的由拥有中央集权的新君主们建立的世俗民族国家出现在法国、英格兰和西班牙。另一方面波兰立陶宛联邦的国会力量在不断壮大，从波兰国王手中夺过立法权力。新的国家强权也在别的国家特别是英格兰受到国会挑战。地区统治者、城市、农民共和国和骑士们合作组成的新型国家开始出现。
宗教改革是基督宗教在16世纪至17世纪进行的一次改革，代表人物有马丁·路德、加尔文及慈运理，甚或英国国王亨利八世等人，分割了新教与旧教。一般认为宗教改革始于1517年马丁·路德提出九十五条论纲，结束于1648年的威斯特法伦和约。
改革教的先锋
* 简单的说，教会历史上重要的改革都是教义的改革而非制度的改革。更严谨的说，即便是制度改革，也是奠基于教义改革的基础上进行的。自使徒时代末期，教会逐渐堕落及世俗化，这时候的改革家就是护教士，如游斯丁（Justin Martyr）（c.100-165）、特土良（Tertullian）、亚历山大的革利免（Clement of Alexandria）、伊格那丢（Igantius）（c.35-107）、波里家（Polycap）（c.70-156）等。
* 七-八世纪又有忠于《圣经》的教士，反对教会如同异教的跪拜神像及抬举马利亚为女神的谬误。九世纪中叶，为要证明当时教皇所宣布的主权是早在数世纪前就实行的假文献“伪西多尔教令集”（Isidorian Decretals）出现时，许多有良知的主教曾群起反对这骗局，但终被压制。十二世纪又有法国的瓦勒度派 （Waldensians）主张教会应恢复纯以《圣经》为唯一真理，反对炼狱邪说，强调平信徒可上台讲道，教士的言论并非完全无误等，声势相当浩大。虽遭到教皇视为异端，予以除名，改职和十字军的征伐，但他们至今仍然存在意大利阿尔卑斯山区，成为十二世纪以前改革教会进仅存硕果。
* 1376年英国 的勒得倭得教区长兼英王皇家神学顾问约翰·威克里夫(John Wycliff，1320-1384年) ，眼见时任教宗格列高利十一世生活奢靡，教会因争竞逐财而腐化，便在牛津公开指责教会的主决者。世俗事务由神派政府管理，教皇不应干涉。他获得英国朝野的拥护，为免被教皇捉办，继续推动改革，1377年又宣称圣经是信仰唯一根据，教会唯一律法。接着他将《圣经》译成白话英文 (1384年完成，1388年修订) ，结果销路意外广大。他又主张“平民主权”即教会应以平信徒为中心，而非教皇；但可有一人遵照圣经总揽相关事务，否则便是敌基督者。并要二人一组出外传道，但非终身职。英国黑死病流行时，他被保守派归咎拿办。他的追随者被称为罗拉德派（Lollards），后受英王亨利四世，五世摧毁殆尽，幸因查理二世娶波希米亚公主而再传入波希米亚。
* 约翰·胡斯（John Huss，1369-1415年）是波希米亚布拉格大学教区长，因阅读威克里夫的著作后深受感动，也开始作类似的言论，起初大受波希米亚朝野赞赏，后因严词指责出售赎罪券是违反圣经的可憎习行为，在1409年比萨会议被教皇定罪，1414年赴君士坦丁堡会议后被拘留，次年七月六日被处以火刑，引起波希米亚反教皇的革命战争，迄今改革火苗仍未熄灭。
宗教改革的背景
* 教会腐败 - 上述改革教会的先锋虽未能成功，但在十一 - 十二世纪，教会也接受了一些改革，如可吕尼革新运动 (Clunny)的加强管理修道院 ，要求修士和修女重新过禁欲生活，并专心祈祷，读经及默想。但经过数百年，到十六世纪初期，教会内部腐败的情况又再度严重。到了中世纪的晚期，教会中充斥着可疑的宗教习俗。其中最受一般人指责的就是出卖大赦(Indulgences，又称赎罪券)以搜括民财，征收重税以及买卖教职等，使百姓信心丧失殆尽。赎罪券的贩售使马丁·路德震怒，于是改革的呼声再度提高。‘从赎罪券的兜售者帖次勒(Johannes Tetzel)的名言，可以呈现出这事的态度。“银钱叮当落银库，灵魂立即出炼狱。”’
* 政府混乱 - 宗教改革期间，神圣罗马帝国仅空有统一名号。西班牙是当时最强国家，国王卡洛斯一世登基两年后又在1519年被选为神圣罗马帝国皇帝，他拥护罗马天主教，竭力压制马丁·路德及新教。但因他同时忙于对战法国，未能全力消灭新教。当时英、德两国均有内乱，也难以专心制止改教运动，这便是当时有利宗教改革的大环境。尤其德国收重税，加给人民的经济负担，造成农人弃田逃亡，吃亏遍地，人心求变，一旦有人提出改革主张，不论其原来目的如何，立刻就受到热烈支持。因此当出身德国埃斯勒本城（Eisleben）穷苦农家的马丁·路德，为改革开放教会弊病而登高一呼，显然在他的背后便有一股不可忽视的助力向前推进不断。
宗教改革的过程与重要人物
马丁·路德
马丁路德 (Martin Luther)（1483-1546年）在耳弗大学 （Erfurt）获文学硕士，又学半年法律。接着入修道院苦修，1507年获立为神父。1512年 获威登堡大学（Wittenburg）神学院博士，随即教授《圣经》曾讲授诗篇（1513~1515）、罗马书（1515~1516）、加拉太书（1516~1517）和希伯来书（1517~1518）。他是德国最早用德文对照新旧约原文授课的教授之一。然而他继续依然教会律法潜心苦修，结果，使他更加强烈的不能满意于“新路”的观点。但无论如何都不能得到内心的平安。直到有一天他在研读《圣经》时，看到“义人必因信得生”（罗马书1：17）时，突然觉醒到原来人的得救只是因为他对上帝的信仰以及上帝的恩赐，其他一切的律法都不能保证使人得以“称义”。他这信念也在获得同校一些教授的支持，加上亲眼看到人们受骗购买赎罪券的情形，又耳闻教会主教买卖圣职的丑事，他开始攻击教会出售赎罪券的作法。1517年10月31日他将所写对赎罪券的九十五条论纲看法，张贴在威登堡大学的教堂门口。由于当天恰巧是人们前往教堂朝掲所拜遗物的万圣节 ，自然很多人看到张贴的内容。虽然当印刷术才使用不久，但两周后传遍全德国；四周后各种译文传遍全西欧。1521年1月3日教皇利奥十世终于下令将他革除教籍，他原本只要改革教会一部分制度，从此他也不再承认教皇的权威，唯以《圣经》为权威。此后他所代表的教派总称国“更正教”或“新教”(Protestantism)，与之相对的东，西方天主教，则成国旧教。他直接建立的教会成为“路德会”或“信义宗”。由于他个性保守，因此他改革的教会仍保留《圣经》没有明文禁止的旧教传统，如祭坛，蜡烛 ，基督画像，告解礼，周日礼拜与圣诞节等。
慈运理
慈运理（Ulrich Zwingli）（1484~1531）生在瑞士的威德赫斯城（Wildhaus），在巴塞尔（Basel）、伯恩（Bern），及维也纳（Vienna）受教育。慈运理在维也纳就读大学，当时候的维也纳大学正在推行大学改革。当时在人文主义者采尔蒂斯等人的领导下，促使大学接受了人文主义者的改革。随后，他又在巴赛尔大学内，深受人文主义的影响，强化了他对人文主义的立场。于瑞士东部接受区牧的职务，在1519年成为苏黎世教会的牧师。慈运理在语言上是很有能力的，他可以将无论是希伯来文、希腊文或是拉丁文翻译成苏黎世的当地语言，后来，苏黎世市议会决定了圣经改革方案，成为官方政策。在1525年苏黎世市议会废止弥撒，改由慈运理的圣餐版本替代。改教的主题是教会内道德的重整，他开始攻击赎罪券，且是有计划性的攻击。在圣礼上他更有自己的主张：圣餐是一项纪念主的仪式，仅是象征性；基督不在圣餐之中。这点与路德有很大的不同。慈运理针对圣餐的问题和马丁·路得(M. Luther)彼此意见不同，致使于1529年在马尔堡(Colloquy of Marburg)的会议中与信义宗分道扬镳，于是各宗派在度分裂一次。在慈运理受伊拉斯姆(Erasmus)的人文主义影响，积极参与苏黎世这个城市的宗教改革，由于在瑞士是联邦体系，是有一个一个城市所组成的，而苏黎世又是其中最有影响力的城市，所以慈氏认为从此城市开始若成功则改革将会如火如荼地展开。同时由于慈氏采较宽容的态度，使得许多苏黎世人民纷纷响应。在慈氏带领之下真是逐渐脱离了罗马公教的管辖。但就在1531年这个时刻慈氏在一场战役中阵亡，虽由他的助理起而代之，但整个改革运动就逐渐转移至瑞士另一个城市日内瓦。虽然慈运理已殒命，不过他的学说在东瑞士甚至奥国，仍具有相当的影响力。
加尔文
加尔文（又译作喀尔文）（1509-1564年）生长巴黎，在巴黎大学研究神学三年，后又到外地学习律法。1536年，他出版《基督教原理》一书，随即到日内瓦。但他的改革教会提案未被接纳，且被驱逐出境。经数潜心研究，1541年他再返日内瓦，得到欢迎，并治理当地教会二十三年，使它成为新教的中心。加尔文主张预选说：人得救与否完全是神所预定的，但又不赞同宿命论；相反的，他认为虔诚的信仰与完美的德行是每一个将要得救的基督徒的义务，他们应该在世间努力工作以荣神益人。加尔文的教义受到许多工商业者欢迎，成为新教主流，其中以长老会发展又多又快。
英王亨利八世
英国国王亨利八世（1509-1547年）曾反对马丁·路德和更正教会，后为要与王后凯瑟琳 （Catherine）离婚，受拒于罗马皇帝，因此1534年与更正教合作并共同通过“最高治权法案” （Act of Supremacy）宣布创立英国国教会，又称圣公会，与罗马旧教的教义和仪式并无二致，只是英国国王代替罗马教皇成为政教权威。直到其子爱德华六世即位后，在萨默塞特公爵爱德华·西摩的摄政下，圣公会开始正式改革教义与礼仪，包括颁行《四十二条信经》和《爱德华六世公祷书》。
宗教改革的余波
* 天主教的革新。
* 宗教自决和宗教迫害 - 1555年，奉行新教、旧教两派的国家终于签订《奥格斯堡和约》，协议由各国统治者全权决定该国人民所信仰的教派不能接受者只有迁居他国。1598年法国皇帝亨利四世颁布南特敕令(Edict of Nantes)准予人民自由信仰新教。但新教却各派互不相容，他们本着个人可以直接与上帝沟通，产生《圣经》不同的见解。这种“自以为是”的结果演变成宗教迫害。原先罗马天主教就是“异端裁判所”，现在连新教都迫害与自己意见相左的人。
* 宗教战争 – 欧洲各宗教改革运动历经许多流血战事，如1610年亨利四世被刺杀，法国再度内战，新教信徒大量逃亡。1618年德国路德派因不满《奥格斯堡和约》被毁，由瑞典国王古斯塔夫二世 （Gustavus Adolphus）领导，与国内罗马天主教徒交战了三十年。直到1648年签订《韦斯特发里亚和约》（Peace of Westphalia），双方重获和平相处。又如1568年荷兰北部的加尔文派信徒因反旧教与其统治者西班牙国王腓力二世对战，到1609年终获独立建国与信仰自由。
* 在宗教改革后的英国国教，还带着不少罗马公教色彩，英国许多受加尔文派影响的基督徒称为清教徒 （Puritans）的人，想再加以改革，使成更合乎《圣经》的信仰，却受到欲恢复旧教的国王查理一世迫害。于是许多人逃至北美洲新大陆，即后来独立的美国，并爆发1640年-1649年的内战，史称“清教徒改革”。清教徒获胜后，新教团体获相当自由的发展，直到1685年新国王詹姆士二世又想恢复旧教及专制政治。再经1685年没有流血的“光荣革命”，终于使英国新教徒在此年获得欧洲第一个获大量信仰自由的结局。各国的宗教战争中，常夹杂经济和政治利益等的争执。从十六世纪中期到十七世纪中期的百年纷扰，欧洲人口大量减少，经济衰退，各国终于地逐渐体认久战俱伤的教训，才开始采取宗教宽容政策。
印刷术的影响
在宗教改革的运动中，由于印刷术的发明，使得此一运动的推动带来了重大的影响。宗教改革的起因当中有一个原因，即是圣经只能由圣职人员阅读。一般信徒无法阅读圣经，只能完全听信各地神父对经典与教义的解释。然而在1456年古腾堡（Johann Gutenberg）在美茵兹（Mainz）的印刷厂印刷了一本拉丁文圣经。印刷术的发明有助减低抄写文本而产生错误的情形；另外，只要将所印刷的作品排好，即可大量印刷，同时亦降低书本的成本价格。民众只要付得出买书的钱，就可以有机会阅读。因此，当马丁·路德要传递他的宗教改革理念时，只要透过印刷和贸易路线的发达，他不需要跑到遥远的英格兰就可以传播他的思想了。
During this period corruption in the Catholic Church led to a sharp backlash in the Protestant Reformation. It gained many followers especially among princes and kings seeking a stronger state by ending the influence of the Catholic Church. Figures other than Martin Luther began to emerge as well like John Calvin whose Calvinism had influence in many countries and King Henry VIII of England who broke away from the Catholic Church in England and set up the Anglican Church (contrary to popular belief, this is only half true; his daughter Queen Elizabeth finished the organization of the church). These religious divisions brought on a wave of wars inspired and driven by religion but also by the ambitious monarchs in Western Europe who were becoming more centralized and powerful.
The Protestant Reformation also led to a strong reform movement in the Catholic Church called the Counter-Reformation, which aimed to reduce corruption as well as to improve and strengthen Catholic Dogma. An important group in the Catholic Church who emerged from this movement were the Jesuits who helped keep Eastern Europe within the Catholic fold. Still, the Catholic Church was somewhat weakened by the Reformation, portions of Europe were no longer under its sway and kings in the remaining Catholic countries began to take control of the Church institutions within their kingdoms.
Unlike Western Europe, the countries of Central Europe, the Polish-Lithuanian Commonwealth and Hungary, were more tolerant. While still enforcing the predominance of Catholicism they continued to allow the large religious minorities to maintain their faiths. Central Europe became divided between Catholics, Protestants, Orthodox and Jews. Another important development in this period was the growth of pan-European sentiments. Eméric Crucé (1623) came up with the idea of the European Council, intended to end wars in Europe; attempts to create lasting peace were no success, although all European countries (except the Russian and Ottoman Empires, regarded as foreign) agreed to make peace in 1518 at the Treaty of London. Many wars broke out again in a few years. The Reformation also made European peace impossible for many centuries.
Another development was the idea of European superiority. The ideal of civilization was taken over from the ancient Greeks and Romans: discipline, education and living in the city were required to make people civilized; Europeans and non-Europeans were judged for their civility, and Europe regarded itself as superior to other continents. There was a movement by some such as Montaigne that regarded the non-Europeans as a better, more natural and primitive people. Post services were founded all over Europe, which allowed a humanistic interconnected network of intellectuals across Europe, despite religious divisions. However, the Roman Catholic Church banned many leading scientific works; this led to an intellectual advantage for Protestant countries, where the banning of books was regionally organized. Francis Bacon and other advocates of science tried to create unity in Europe by focusing on the unity in nature.1 In the 15th century, at the end of the Middle Ages, powerful sovereign states were appearing, built by the New Monarchs who were centralizing power in France, England, and Spain. On the other hand the Parliament in the Polish-Lithuanian Commonwealth grew in power, taking legislative rights from the Polish king. The new state power was contested by parliaments in other countries especially England. New kinds of states emerged which were cooperations between territorial rulers, cities, farmer republics and knights.