在這一時期天主教會的腐敗遭到新教改革的強力反彈。後者獲得諸多支持，特別是在尋求強國之路，擺脫天主教會影響的諸侯之間。馬丁·路德之後人物層出不窮，比如約翰·加爾文的加爾文主義在很多國擁有影響，英國國王亨利八世使英格蘭從天主教會獨立，另創聖公會（與一般看法不同的是這衹是一半正確，他的女兒伊麗莎白一世完成了聖公會的組成工作）。這些宗教分歧導致由宗教和西歐野心勃勃、日益強大和中央集權的君主製國傢發起和推動的一輪新的戰爭。
新教改革也使天主教會內部開始一輪改革浪潮，史稱反宗教改革，目的在於減少腐敗，增進與加強對於天主教教義的信心。在這場運動中出現的一個重要組織就是耶穌會，它協助東歐國傢留在了天主教內。但是天主教會仍然多少被宗教改革所削弱，歐洲的一部分從此不再受其掌管，其餘的天主教國傢的君主也開始掌控本國的天主教會組織。
中歐國傢，如波蘭立陶宛聯邦和匈牙利，比起西歐更加寬容。雖然仍然規定天主教占主導地位，它們繼續允許大量的宗教少數派保持自己的信仰。天主教徒、新教徒、東正教徒和猶太教徒在中歐各守一方。這個時期的另一個重要的發展是泛歐洲思想的興起。埃默裏剋·剋呂瑟（Eméric Crucé，1623）提出了歐洲理事會的構想，目的是結束歐洲的戰爭。建立持久和平的嘗試沒有成功，雖然1518年所有的歐洲國傢（除了俄羅斯和奧斯曼帝國，兩者不被看作是歐洲國傢）在1518年倫敦條約中同意維持和平。幾年之後就再次爆發了好幾場戰爭。宗教改革也使得歐洲和平在幾個世紀之內成為不可能。
另外一個結果是歐洲至上主義。文明的概念來自於古希臘和羅馬：紀律、教育和城市生活是文明開化的必要條件；文明性是判斷歐洲人和非歐洲孰優孰劣的標準，歐洲自認優於其它大洲。當時存在蒙田等人發動的另一運動，認為歐洲之外的人是更好、更自然和更純樸的人。整個歐洲都建立了郵政服務係統，使得歐洲人文主義知識分子得以拋開宗教分歧互相聯合形成網絡。但是羅馬天主教會查封了許多重要的科學著作；這導致了新教國傢在學術上後來居上，因為查封書籍衹在某一地區有效。弗朗西斯·培根和其他熱心科學人士嘗試以強調自然的統一建立歐洲的統一1。在15世紀的中世紀末，強大的由擁有中央集權的新君主們建立的世俗民族國傢出現在法國、英格蘭和西班牙。另一方面波蘭立陶宛聯邦的國會力量在不斷壯大，從波蘭國王手中奪過立法權力。新的國傢強權也在別的國傢特別是英格蘭受到國會挑戰。地區統治者、城市、農民共和國和騎士們合作組成的新型國傢開始出現。
宗教改革是基督宗教在16世紀至17世紀進行的一次改革，代表人物有馬丁·路德、加爾文及慈運理，甚或英國國王亨利八世等人，分割了新教與舊教。一般認為宗教改革始於1517年馬丁·路德提出九十五條論綱，結束於1648年的威斯特法倫和約。
改革教的先鋒
* 簡單的說，教會歷史上重要的改革都是教義的改革而非制度的改革。更嚴謹的說，即便是制度改革，也是奠基於教義改革的基礎上進行的。自使徒時代末期，教會逐漸墮落及世俗化，這時候的改革傢就是護教士，如遊斯丁（Justin Martyr）（c.100-165）、特土良（Tertullian）、亞歷山大的革利免（Clement of Alexandria）、伊格那丟（Igantius）（c.35-107）、波裏傢（Polycap）（c.70-156）等。
* 七-八世紀又有忠於《聖經》的教士，反對教會如同異教的跪拜神像及擡舉馬利亞為女神的謬誤。九世紀中葉，為要證明當時教皇所宣佈的主權是早在數世紀前就實行的假文獻“偽西多爾教令集”（Isidorian Decretals）出現時，許多有良知的主教曾群起反對這騙局，但終被壓製。十二世紀又有法國的瓦勒度派 （Waldensians）主張教會應恢復純以《聖經》為唯一真理，反對煉獄邪說，強調平信徒可上臺講道，教士的言論並非完全無誤等，聲勢相當浩大。雖遭到教皇視為異端，予以除名，改職和十字軍的徵伐，但他們至今仍然存在意大利阿爾卑斯山區，成為十二世紀以前改革教會進僅存碩果。
* 1376年英國 的勒得倭得教區長兼英王皇傢神學顧問約翰·威剋裏夫(John Wycliff，1320-1384年) ，眼見時任教宗格列高利十一世生活奢靡，教會因爭競逐財而腐化，便在牛津公開指責教會的主决者。世俗事務由神派政府管理，教皇不應干涉。他獲得英國朝野的擁護，為免被教皇捉辦，繼續推動改革，1377年又宣稱聖經是信仰唯一根據，教會唯一律法。接着他將《聖經》譯成白話英文 (1384年完成，1388年修訂) ，結果銷路意外廣大。他又主張“平民主權”即教會應以平信徒為中心，而非教皇；但可有一人遵照聖經總攬相關事務，否則便是敵基督者。並要二人一組出外傳道，但非終身職。英國黑死病流行時，他被保守派歸咎拿辦。他的追隨者被稱為羅拉德派（Lollards），後受英王亨利四世，五世摧毀殆盡，幸因查理二世娶波希米亞公主而再傳入波希米亞。
* 約翰·鬍斯（John Huss，1369-1415年）是波希米亞布拉格大學教區長，因閱讀威剋裏夫的著作後深受感動，也開始作類似的言論，起初大受波希米亞朝野贊賞，後因嚴詞指責出售贖罪券是違反聖經的可憎習行為，在1409年比薩會議被教皇定罪，1414年赴君士坦丁堡會議後被拘留，次年七月六日被處以火刑，引起波希米亞反教皇的革命戰爭，迄今改革火苗仍未熄滅。
宗教改革的背景
* 教會腐敗 - 上述改革教會的先鋒雖未能成功，但在十一 - 十二世紀，教會也接受了一些改革，如可呂尼革新運動 (Clunny)的加強管理修道院 ，要求修士和修女重新過禁欲生活，並專心祈禱，讀經及默想。但經過數百年，到十六世紀初期，教會內部腐敗的情況又再度嚴重。到了中世紀的晚期，教會中充斥着可疑的宗教習俗。其中最受一般人指責的就是出賣大赦(Indulgences，又稱贖罪券)以搜括民財，徵收重稅以及買賣教職等，使百姓信心喪失殆盡。贖罪券的販售使馬丁·路德震怒，於是改革的呼聲再度提高。‘從贖罪券的兜售者帖次勒(Johannes Tetzel)的名言，可以呈現出這事的態度。“銀錢叮當落銀庫，靈魂立即出煉獄。”’
* 政府混亂 - 宗教改革期間，神聖羅馬帝國僅空有統一名號。西班牙是當時最強國傢，國王卡洛斯一世登基兩年後又在1519年被選為神聖羅馬帝國皇帝，他擁護羅馬天主教，竭力壓製馬丁·路德及新教。但因他同時忙於對戰法國，未能全力消滅新教。當時英、德兩國均有內亂，也難以專心製止改教運動，這便是當時有利宗教改革的大環境。尤其德國收重稅，加給人民的經濟負擔，造成農人棄田逃亡，吃虧遍地，人心求變，一旦有人提出改革主張，不論其原來目的如何，立刻就受到熱烈支持。因此當出身德國埃斯勒本城（Eisleben）窮苦農傢的馬丁·路德，為改革開放教會弊病而登高一呼，顯然在他的背後便有一股不可忽視的助力嚮前推進不斷。
宗教改革的過程與重要人物
馬丁·路德
馬丁路德 (Martin Luther)（1483-1546年）在耳弗大學 （Erfurt）獲文學碩士，又學半年法律。接着入修道院苦修，1507年獲立為神父。1512年 獲威登堡大學（Wittenburg）神學院博士，隨即教授《聖經》曾講授詩篇（1513~1515）、羅馬書（1515~1516）、加拉太書（1516~1517）和希伯來書（1517~1518）。他是德國最早用德文對照新舊約原文授課的教授之一。然而他繼續依然教會律法潛心苦修，結果，使他更加強烈的不能滿意於“新路”的觀點。但無論如何都不能得到內心的平安。直到有一天他在研讀《聖經》時，看到“義人必因信得生”（羅馬書1：17）時，突然覺醒到原來人的得救衹是因為他對上帝的信仰以及上帝的恩賜，其他一切的律法都不能保證使人得以“稱義”。他這信念也在獲得同校一些教授的支持，加上親眼看到人們受騙購買贖罪券的情形，又耳聞教會主教買賣聖職的醜事，他開始攻擊教會出售贖罪券的作法。1517年10月31日他將所寫對贖罪券的九十五條論綱看法，張貼在威登堡大學的教堂門口。由於當天恰巧是人們前往教堂朝掲所拜遺物的萬聖節 ，自然很多人看到張貼的內容。雖然當印刷術纔使用不久，但兩周後傳遍全德國；四周後各種譯文傳遍全西歐。1521年1月3日教皇利奧十世終於下令將他革除教籍，他原本衹要改革教會一部分制度，從此他也不再承認教皇的權威，唯以《聖經》為權威。此後他所代表的教派總稱國“更正教”或“新教”(Protestantism)，與之相對的東，西方天主教，則成國舊教。他直接建立的教會成為“路德會”或“信義宗”。由於他個性保守，因此他改革的教會仍保留《聖經》沒有明文禁止的舊教傳統，如祭壇，蠟燭 ，基督畫像，告解禮，周日禮拜與聖誕節等。
慈運理
慈運理（Ulrich Zwingli）（1484~1531）生在瑞士的威德赫斯城（Wildhaus），在巴塞爾（Basel）、伯恩（Bern），及維也納（Vienna）受教育。慈運理在維也納就讀大學，當時候的維也納大學正在推行大學改革。當時在人文主義者采爾蒂斯等人的領導下，促使大學接受了人文主義者的改革。隨後，他又在巴賽爾大學內，深受人文主義的影響，強化了他對人文主義的立場。於瑞士東部接受區牧的職務，在1519年成為蘇黎世教會的牧師。慈運理在語言上是很有能力的，他可以將無論是希伯來文、希臘文或是拉丁文翻譯成蘇黎世的當地語言，後來，蘇黎世市議會决定了聖經改革方案，成為官方政策。在1525年蘇黎世市議會廢止彌撒，改由慈運理的聖餐版本替代。改教的主題是教會內道德的重整，他開始攻擊贖罪券，且是有計劃性的攻擊。在聖禮上他更有自己的主張：聖餐是一項紀念主的儀式，僅是象徵性；基督不在聖餐之中。這點與路德有很大的不同。慈運理針對聖餐的問題和馬丁·路得(M. Luther)彼此意見不同，致使於1529年在馬爾堡(Colloquy of Marburg)的會議中與信義宗分道揚鑣，於是各宗派在度分裂一次。在慈運理受伊拉斯姆(Erasmus)的人文主義影響，積極參與蘇黎世這個城市的宗教改革，由於在瑞士是聯邦體係，是有一個一個城市所組成的，而蘇黎世又是其中最有影響力的城市，所以慈氏認為從此城市開始若成功則改革將會如火如荼地展開。同時由於慈氏采較寬容的態度，使得許多蘇黎世人民紛紛響應。在慈氏帶領之下真是逐漸脫離了羅馬公教的管轄。但就在1531年這個時刻慈氏在一場戰役中陣亡，雖由他的助理起而代之，但整個改革運動就逐漸轉移至瑞士另一個城市日內瓦。雖然慈運理已殞命，不過他的學說在東瑞士甚至奧國，仍具有相當的影響力。
加爾文
加爾文（又譯作喀爾文）（1509-1564年）生長巴黎，在巴黎大學研究神學三年，後又到外地學習律法。1536年，他出版《基督教原理》一書，隨即到日內瓦。但他的改革教會提案未被接納，且被驅逐出境。經數潛心研究，1541年他再返日內瓦，得到歡迎，並治理當地教會二十三年，使它成為新教的中心。加爾文主張預選說：人得救與否完全是神所預定的，但又不贊同宿命論；相反的，他認為虔誠的信仰與完美的德行是每一個將要得救的基督徒的義務，他們應該在世間努力工作以榮神益人。加爾文的教義受到許多工商業者歡迎，成為新教主流，其中以長老會發展又多又快。
英王亨利八世
英國國王亨利八世（1509-1547年）曾反對馬丁·路德和更正教會，後為要與王後凱瑟琳 （Catherine）離婚，受拒於羅馬皇帝，因此1534年與更正教合作並共同通過“最高治權法案” （Act of Supremacy）宣佈創立英國國教會，又稱聖公會，與羅馬舊教的教義和儀式並無二緻，衹是英國國王代替羅馬教皇成為政教權威。直到其子愛德華六世即位後，在薩默塞特公爵愛德華·西摩的攝政下，聖公會開始正式改革教義與禮儀，包括頒行《四十二條信經》和《愛德華六世公禱書》。
宗教改革的餘波
* 天主教的革新。
* 宗教自决和宗教迫害 - 1555年，奉行新教、舊教兩派的國傢終於簽訂《奧格斯堡和約》，協議由各國統治者全權决定該國人民所信仰的教派不能接受者衹有遷居他國。1598年法國皇帝亨利四世頒布南特敕令(Edict of Nantes)準予人民自由信仰新教。但新教卻各派互不相容，他們本着個人可以直接與上帝溝通，産生《聖經》不同的見解。這種“自以為是”的結果演變成宗教迫害。原先羅馬天主教就是“異端裁判所”，現在連新教都迫害與自己意見相左的人。
* 宗教戰爭 – 歐洲各宗教改革運動歷經許多流血戰事，如1610年亨利四世被刺殺，法國再度內戰，新教信徒大量逃亡。1618年德國路德派因不滿《奧格斯堡和約》被毀，由瑞典國王古斯塔夫二世 （Gustavus Adolphus）領導，與國內羅馬天主教徒交戰了三十年。直到1648年簽訂《韋斯特發裏亞和約》（Peace of Westphalia），雙方重獲和平相處。又如1568年荷蘭北部的加爾文派信徒因反舊教與其統治者西班牙國王腓力二世對戰，到1609年終獲獨立建國與信仰自由。
* 在宗教改革後的英國國教，還帶着不少羅馬公教色彩，英國許多受加爾文派影響的基督徒稱為清教徒 （Puritans）的人，想再加以改革，使成更合乎《聖經》的信仰，卻受到欲恢復舊教的國王查理一世迫害。於是許多人逃至北美洲新大陸，即後來獨立的美國，並爆發1640年-1649年的內戰，史稱“清教徒改革”。清教徒獲勝後，新教團體獲相當自由的發展，直到1685年新國王詹姆士二世又想恢復舊教及專製政治。再經1685年沒有流血的“光榮革命”，終於使英國新教徒在此年獲得歐洲第一個獲大量信仰自由的結局。各國的宗教戰爭中，常夾雜經濟和政治利益等的爭執。從十六世紀中期到十七世紀中期的百年紛擾，歐洲人口大量減少，經濟衰退，各國終於地逐漸體認久戰俱傷的教訓，纔開始采取宗教寬容政策。
印刷術的影響
在宗教改革的運動中，由於印刷術的發明，使得此一運動的推動帶來了重大的影響。宗教改革的起因當中有一個原因，即是聖經衹能由聖職人員閱讀。一般信徒無法閱讀聖經，衹能完全聽信各地神父對經典與教義的解釋。然而在1456年古騰堡（Johann Gutenberg）在美茵茲（Mainz）的印刷廠印刷了一本拉丁文聖經。印刷術的發明有助減低抄寫文本而産生錯誤的情形；另外，衹要將所印刷的作品排好，即可大量印刷，同時亦降低書本的成本價格。民衆衹要付得出買書的錢，就可以有機會閱讀。因此，當馬丁·路德要傳遞他的宗教改革理念時，衹要透過印刷和貿易路綫的發達，他不需要跑到遙遠的英格蘭就可以傳播他的思想了。
During this period corruption in the Catholic Church led to a sharp backlash in the Protestant Reformation. It gained many followers especially among princes and kings seeking a stronger state by ending the influence of the Catholic Church. Figures other than Martin Luther began to emerge as well like John Calvin whose Calvinism had influence in many countries and King Henry VIII of England who broke away from the Catholic Church in England and set up the Anglican Church (contrary to popular belief, this is only half true; his daughter Queen Elizabeth finished the organization of the church). These religious divisions brought on a wave of wars inspired and driven by religion but also by the ambitious monarchs in Western Europe who were becoming more centralized and powerful.
The Protestant Reformation also led to a strong reform movement in the Catholic Church called the Counter-Reformation, which aimed to reduce corruption as well as to improve and strengthen Catholic Dogma. An important group in the Catholic Church who emerged from this movement were the Jesuits who helped keep Eastern Europe within the Catholic fold. Still, the Catholic Church was somewhat weakened by the Reformation, portions of Europe were no longer under its sway and kings in the remaining Catholic countries began to take control of the Church institutions within their kingdoms.
Unlike Western Europe, the countries of Central Europe, the Polish-Lithuanian Commonwealth and Hungary, were more tolerant. While still enforcing the predominance of Catholicism they continued to allow the large religious minorities to maintain their faiths. Central Europe became divided between Catholics, Protestants, Orthodox and Jews. Another important development in this period was the growth of pan-European sentiments. Eméric Crucé (1623) came up with the idea of the European Council, intended to end wars in Europe; attempts to create lasting peace were no success, although all European countries (except the Russian and Ottoman Empires, regarded as foreign) agreed to make peace in 1518 at the Treaty of London. Many wars broke out again in a few years. The Reformation also made European peace impossible for many centuries.
Another development was the idea of European superiority. The ideal of civilization was taken over from the ancient Greeks and Romans: discipline, education and living in the city were required to make people civilized; Europeans and non-Europeans were judged for their civility, and Europe regarded itself as superior to other continents. There was a movement by some such as Montaigne that regarded the non-Europeans as a better, more natural and primitive people. Post services were founded all over Europe, which allowed a humanistic interconnected network of intellectuals across Europe, despite religious divisions. However, the Roman Catholic Church banned many leading scientific works; this led to an intellectual advantage for Protestant countries, where the banning of books was regionally organized. Francis Bacon and other advocates of science tried to create unity in Europe by focusing on the unity in nature.1 In the 15th century, at the end of the Middle Ages, powerful sovereign states were appearing, built by the New Monarchs who were centralizing power in France, England, and Spain. On the other hand the Parliament in the Polish-Lithuanian Commonwealth grew in power, taking legislative rights from the Polish king. The new state power was contested by parliaments in other countries especially England. New kinds of states emerged which were cooperations between territorial rulers, cities, farmer republics and knights.