著名的赢政震撼，也发生在八十年代，他采用暴力手段来对付儒家学派的崇古思想。
澎湃的学术思潮中的四大学派：儒、墨、道、法，发展到本世纪（前三），道家本身没有组织，从不跟人竞争。墨家也告没落，没落的原因不是它的理想不好，恰恰相反，而是因为它的理想太好，要求太高；以致必须有一种殉道的极端宗教感情，才可以胜任，这不是每个人都办得到的，不久就发生后继无人的枯竭现象，逐渐在人群中消失，只留下使人敬仰的学说，供人研究。
于是，实际上只有儒、法两家在对抗，两家的学者都渴望得到君主们的垂青，法家学派的方法是向君主分析利害，提出具体方案，使君主们悚然戒惧，不得不赋予权力。儒家学派是拒绝谈利害的，他们只谈仁义，只对君主歌颂功德，使君主们在非常舒服的精神状态中，任用他们担任官职。大黄金时代是法家学派当权的时代，在各国从事生死存亡的斗争中，儒家学派自然被排除于权力之门，不过这并不能使儒家学派灰心。
赢政大帝在九卿之一的“奉常”（祭祀部长）之下，设立数目不定的“博士”官员（祭祀部兼管教育）。当时的博士跟现代的博士不同，当时的博士是国家最高的学术研究员，他们有优厚的薪水，地位仅次于祭祀部长，可以经常觐见皇帝，而皇帝也经常召见他们。秦政府的博士，包括各学派的门徒和学者。事实上只不过以法、儒、道三家为主，道家所以也被延揽，因为这时候道家已开始发展出来一个新的支派，这个支派跟阴阳家结合，高举着李耳、庄周的招牌，捏造出姬轩辕也是他们的祖师爷之一，从事跟道家思想风马牛不相关的两件大的行动：一是他们宣称能够用火炉炼出使人吃了可以永远不死的仙丹；一是他们宣称能够用同样方法炼出黄金。言之确凿的不死药或长生药跟炼金术，足以打动任何人的心弦。这个新的支派，在本世纪（前三）和下世纪（前二），被称为“方土”，即是一种高级巫师，以后发生的道教，渊源于此。
赢政大帝喜欢出巡，他的足迹几乎遍于中国各地著名的山川。每次出巡，当然有一个庞大而威风凛凛的随从行列，博士也在其中。每到一处，赢政大帝一定要建立石碑作为纪念。石碑上夸耀他征服六国，统一世界的丰功伟业。这正是儒家的拿手，著名的于纪元前二一九年立在泰山顶上的颂德碑，就是儒家学派的博士跟故鲁国的儒家学派的学者（儒生）的杰作，赢政大帝十分高兴。
于是儒家学派认为机会已到，遂进一步做了一件自信赢政大帝一定会龙心大悦的事，那就是他们建议赢政大帝分封他的儿子们到各地当国王。纪元前二一三年，博士淳于越正式上书给赢政大帝说：“从前商周两个王朝，立国都近千年（按，这是文化打手式的信口开河，事实上商王朝立国只有六百六十二年，周王国连洛阳那种卖九鼎的日子包括在内，不过八百七十九年，距千年都远得很），主要原因在于分封儿子兄弟，作为枝叶。现在陛下虽富有世界，可是你的儿子们却跟平民一样，一旦发生危险，便没有人相救。凡事不效法古人，而能长久的，从没有听说过。”
——注意最后三句话，它表现出儒家学派的中心思想。
然而，这是对秦王朝那种眼睛只看未来的立国精神的挑战，宰相李斯反驳说：“五帝的制度不相重复，三代的制度不相抄袭。各自使用各自的制度，并不是故意反古，而是时代前进，不得不如此。陛下创立大业，所建立的是万世功勋，儒家学者愚陋，对此新的局面，不能领略。淳于越所说的是两千年前三代时代原始社会的事，怎么能够效法？儒家学者不向时代学习，只一心一意崇拜古人，用虚伪的言语打击真实。见到新兴事物，先议论纷纷。坚持现在的制度都没有古代好，扰乱民心。”
赢政大帝采纳李斯的意见，儒家第一次碰到政治硬汉。赢政大帝的手段是粗暴的，他下令焚毁那些使鲁国国君被强迫叩头的儒书（诗书）。超过六十天仍不焚毁的人，处以鲸刑（脸上刺字），罚做苦工。两个人以上谈论儒书的，一律处决。凡认为古代才是好的，现代都是错的——“是古非今”的人，全家斩首。但政府图书馆收藏，供博士们研究的儒书，以及其他学派的著作，跟医药、卜卦、种树的著作，不在焚毁之列。
这是儒家学派所受到最大一次打击，但仍准许博士们研究，所以影响不大。大的影响发生于稍后的九十年代，粗野的项羽攻进咸阳后，纵火烧城，政府所保存的图书，包括儒家的以及其他学派的很多著作，才永久丧失。
赢政大帝虽然焚毁儒书，目的只在限制崇古思想的传播，对儒家学者，仍继续保留他们的职位，而且继续鼓励他们研究。可是，焚书事件的明年（前二一二），又发生方士事件，激起赢政大帝采取流血的镇压政策。两位因法术不灵，唯恐怕被砍头的道家方士侯生、卢生，悄悄逃走。在逃走时宣传说：“赢政这个人，天生凶恶，只信任他手下的官吏，博士虽然有七十余人，不过吃吃闲饭，受不到重视。他又喜欢杀人，拒绝听自己的过失。方士们的法术偶尔不能应验，就被处死。他只知道炼仙丹、求仙药。没有人会这么傻，把长生不死的丹药送给他。”赢政大帝听到后，咆哮起来：“我聘请这么多知识分子，目的在促进永久的和平。他们中间有人建议说可以炼仙丹求仙药，像徐福者流，浪费了无数金钱，结果什么都得不到。而各人之间，你攻击我，我攻击你，不停地互相倾害告密。侯生、卢生，我非常尊重他们，想不到却把罪过全推到我一个人身上，用这种荒唐的话诽谤我。”于是下令把首都咸阳（陕西咸阳）所有的高级知识分子都逮捕起来，调查他们平日有没有讽刺皇帝的言论。调查结果，罪状确凿的有四百六十人，给他们的处罚是全部坑杀，像长平战役对付那些赵王国的降车一样。四百六十人中，依情势判断，应该全体都是道家的方士，但鉴于崇古也是一种罪状，恐怕不可避免的也包括了不少儒家学者。
——以上两项被称为“焚书坑儒”的事件，使儒家学派把赢政大帝恨入骨髓。在此后两千年儒家学派当权的漫长期间，一提起赢政大帝，就破口大骂，把字典上所有恶劣的字句像炭火一样的堆到他头上。
赢政大帝也有他不能超越时代的愚昧行动，中国民间有句谚语说：“当了皇帝想成仙。”其实人人都希望成仙，不过普通人无法把这种追求搞得惊天动地。赢政大帝握有现实世界最高的权力和光荣，但他知道逃不脱死亡，除非得到神仙的帮助。方士们分别向他推荐各种方法，向他报告各种神仙的行迹。其中最重要的一位方士，就是前面为赢政大帝所提到的徐福。徐福告诉赢政大帝说，在东方大海之上，有一座名叫蓬莱的仙山，那是神仙居住的地方，如果能找到那座仙山，就可从神仙手中取得长生不死的仙药。赢政大帝答应他的请求，命他前往。纪元前二一九年，徐福率领童男童女三千人，乘坐特别制造的巨舶向东方大海进发，三千童男童女可能是用来作为祭品的，也可能徐福一开始就蓄意一去不返，用他们去开辟新的疆土。
徐福出发后就没有消息，有人说他在大海中沉没，全体溺死。有人说他终于找到了蓬莱仙山，即现在的日本，定居下来，现代日本人身上仍流着他们的血统。两种传说都有可能，但日本沿海一带所建立的徐福庙，似乎很支持后一种说法。
赢政大帝虽然寻找不死药，却没有冒冒然吃到肚子里。反而是以后那些服膺儒家学派，咒骂赢政大帝的帝王们，不断有人因眼下方士的不死药而一命呜呼。
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