陈鬯被川军师长周骏困在成都时，蔡锷一面电请北京政府制止周骏攻城，一面派护国军往成都。陈鬯因力不支而逃离成都，后被黎元洪任命为湖南督军兼署湖南省长。川军师长周骏喊着“四川人不打四川人”的口号，用以诱惑护国军方面的将领熊克武、刘存厚等，熊克武等并未受到诱惑。当蔡锷动员打周时，刘自告奋勇愿为前驱，周部团长刘湘等也都弃周而加入护国军。刘存厚师进入成都，周骏逃走。蔡锷被北京政府任命为益武将军，督理四川军务，后又命为四川督军兼省长。
蔡锷患有严重的喉结核病，又是个事必躬亲的人。在艰苦作战时期，他不但忙于指挥军事，还要亲理文书，因此病情日益恶化，服药后毫不见效，肿痛更甚，饮食难进，体温高达39度。他接到任命他为四川督军兼省长的公报后，通过梁启超请求北京政府负责偿还半年内护国军欠资200万元，同时请求卸职养疴。
但军中会议力加阻止，四川各方面也纷纷欢迎他赴任。蔡认为这是“恶作剧”，使他“失却自由之身”。他不止一次电请梁启超传达北京政府准其辞职。他又电告唐继尧说：“侪辈中果有三数人身先引退，飘然远翥，实足对于今日号称伟人志士英雄豪杰一流直接下一针砭，为后来留一榜样”。“我辈主张，应始终抱定为国家不为权利之初心，贯彻一致，不为外界所摇惑，不为左右私慝所劫动，实为公私两济。”他除了表明自己的态度外，还讽示唐继尧不要听信那些狗头军师们的鬼话，想把四川纳入云南的势力范围。
北京政府接到蔡的辞职电，认为是一种表面文章，只批准给假一月，叫他就近调养。
蔡锷想改造北洋军，他认为北洋军是一支很好的武装力量，北方人朴实忠勇而又具有强健的体格，只是由于袁世凯自私自利，把北洋军造成为他的个人军队和政治资本，因此北洋军对国家不但没有贡献反而起着破坏作用。现在袁死了，应该是化私为公改造北洋军的良好时机。但是，袁氏虽死，袁的化身依然遵循着袁的轨道，把北洋军作为争夺个人权力的工具，蔡的心愿是不可能实现的。
蔡颇受各方面重视。梁启超想留他在四川建立进步党的武装力量；一部分湖南籍的进步党人想请他到湖南“为桑梓服务”。蔡既不愿留四川，也不愿调往湖南，希望有一个较长时间医治疾病。他继续向北京政府请假辞职，北京政府给他两个月假。在重庆主持收编各路民军的戴戡，邀请他到重庆疗养，他没同意。他偕同蒋百里等由成都出发，经过重庆稍作逗留，即换轮船下驶。
蔡到宜昌时接到一个注明“沿途探送”的急电，是梁启超从上海发来的，电文仅有一句话：“此间破获贩毒巨案，涉及某公之贵介弟。”老师无端打来的这个无头无尾的电报，引起蔡的注意。
蔡在宜昌会见了从四川逃出来的陈鬯。
陈鬯被任命为湖南督军兼省长。陈准备带1师北洋军入湘，但这道命令立刻引起湖南军民的激烈反对。湖南人民刚刚赶走了北洋军阀汤芗铭，断然不能容许第二个北洋军阀接踵而来。因此，湖南各界推举年已七旬的刘人熙为湖南督军。刘曾做过广西藩台，与桂系军阀陆荣廷颇有渊源。刘通过陆荣廷，请桂军协助，共同抗拒北军，陆立刻表示予以支援，滇系军阀唐继尧也给予坚决支持。国民党人和进步党人也向北京政府提出抗议北洋军再度入湘。
部分进步党人希望调蔡锷回湖南，国民党人则希望黄兴继任湖南督军，但黄、蔡两人都无此意。黄兴推荐谭延闿自代。谭是个介乎进步党与国民党之间的人物，所以进步党也不反对。陈鬯得知湖南的风势不对，表示不就新职。
段祺瑞派他的内亲吴光新率领北洋军3旅接防岳州，并内定吴为湖南督军。消息泄露，湖南军民和西南军阀又一次表示激烈反对。北京政府不得不任命谭延闿为湖南省长兼署湖南督军。
陈鬯在宜昌把他所率领的一个师的北洋军解散了。他的这一举动受到总统黎元洪的赞同，黎正在提倡裁兵。但陈鬯不清楚，黎与段祺瑞交恶，大权已由总统移于总理之手，他没有得到北洋派领袖段祺瑞同意，擅自把北洋军解散，是段痛恨的事。段决定等他到京，组织军事法庭审讯他，从他的头颅为自己立威。
蔡邀请陈鬯同轮往汉口。陈自己感觉到与蔡同行，一荣一辱，恰恰形成一个鲜明的对比，便婉言谢绝了。
蔡乘大轮到汉口，湖北督军王占元派楚信、楚义等巡防舰驶往武昌迎接，王又乘楚材舰来迎接，各机关、各团体也乘各种船只来迎接，武汉江面上布满了欢迎者的船只。蔡乘的大轮周围，被难以数计的欢迎船只从四面八方蜂拥包围。王占元热情地请蔡锷在武汉多停留几天，蔡坚辞谢，王只得在楚材舰上大张宴会，款待蔡及其随行人员。蔡并未登岸，当晚换乘江裕轮下驶。
事后得知，这是北洋派摆下的“鸿门宴”。原来长江上游经常有一些武装军人私带烟土。蔡来自成都，北洋军阀估计在他的随从中一定有人私带烟土，因此，王占元奉命假欢迎之名，用许多船只把蔡所乘大轮包围起来，如果在船中发现烟土，就借此毁灭蔡的盛名。蔡在北洋军阀眼中是一个十分可怕的敌人。梁启超给蔡锷发急电，是因为上海海关破获了一件贩毒案，北洋军阀无中生有地把案件牵扯到张耀曾的头上，梁暗示蔡防备北洋军的暗害。
蔡到上海，把自己隐藏起来，仅到梁启超的“礼庐”“相对欷歔，互道劳苦”。
蔡又一次向北京政府辞职，请求东渡养疴。段祺瑞请梁启超转劝他到北京西山疗养，不必远渡日本。蔡没忘记以前袁世凯电召他到北京养病，从此成为袁的政治俘虏的往事。他推托说，北京繁嚣，不宜养病，段给假三个月。
陈鬯迟蔡一天到汉口，王占元开始对他还有些礼貌，随即派密探监视他的行动。随同陈到汉口的前四川军署参谋长刘一清，因私带手枪被捕。陈吓得躲在汉口租界不敢出来。
蔡在上海看望了黄兴，于9月8日动身到日本，在九洲福冈医院治病，11月8日逝世，年仅35岁。他生前吩咐蒋百里录写他的遗电：
“国会、大总统钧鉴：锷病恐不起。谨口授随员等以遗电陈四事：一，愿我人民、政府协力一心，采取有希望之积极政策；二，意见多由于争权利，愿为人望者以道德爱国；三，在川阵亡及出力人员，恳饬罗、戴两君核实呈请恤奖，以昭激励；四，锷以短命，未能尽力民国，应行薄葬。”
北京政府下令褒扬他再造共和的功绩，派驻日公使章宗祥照料身后事，并给予治丧费2万元。
黄兴也于10月10日旧疾复发。他奔走国事，操劳过度，饮食无节，曾患胃出血症。北京政府授黄勋一位，黎元洪聘他为总统府高等顾问，湖南省议会举为湖南督军。富贵功名逼人而来，黄均坚辞不受。31日，黄兴在上海福开森路逝世，年仅42岁。
12月22日，北京政府公布了国会关于国葬黄兴、蔡锷两人的决议案，全国各地纷纷举行“黄蔡二公追悼大会”。
中华革命军淞沪司令陈其美在上海被袁世凯派人暗杀。他的两个侄儿陈果夫、陈立夫，在国民党中成为要人，此是后话。
黎元洪就任总统后，调任农商总长张国淦为总统府秘书长。秘书有林长民、贾寿坤、雷豫钊、欧阳葆真、刘远驹、张则川、瞿瀛、郭泰祺8人；军事幕僚有哈汉章、金永炎、蒋作宾、黎澍4人。军事幕僚经常建议总统必须掌握兵权，他们认为：责任内阁制是指政治而言，而军事方面，总统既然是全国陆海军大元帅，就不能不管。黎元洪也觉袁世凯做总统何等威风，我这个总统虽然不集权，毕竟还是个总统，不能不管军事。
但向有“段虎”之称、骄横跋扈的段祺瑞根本不把黎元洪放在眼里。他认为在前清时期，自己做过统制（师长）、军统（军长）和提督，署理过湖广总督，而黎不过是一个协统（旅长）。袁世凯当权时，他是北洋派首屈一指的大将，而黎不过是一个无权无勇的政治俘虏。袁世凯死后，是他把黎“提拔”到总统地位的。段要以国务总理的地位掌握全国政权，以陆军总长的地位掌握全国军权。
黎元洪不甘心做一个有名无实的傀儡总统，不愿做北洋军阀掌上的玩物，被人吆三喝四，只做一个盖印机器，于是，总统府和国务院无端生出许多事情来，这便是府院之争风波。
黎元洪经常与孙中山、黄兴、岑春煊、唐绍仪等文电往来，段对此大为不满：“原来这些反对我的人都是你的好朋友！”黎元洪指使幕僚，越过陆军部，直接给各省督军打电报，传达总统命令。段祺瑞指责哈汉章、金永炎、黎澍、蒋作宾为“府中四凶”。
段祺瑞的蛮横专制，不仅是黎元洪不能忍受，国会内许多议员也极为不满。国会中有一位反段的议员孙洪伊提出了“以冯制段”的策略来，推举冯国璋为副总统，以牵制段祺瑞。冯国璋原想取袁而代之，但没有做成总统，心想退一步得一副总统走着瞧倒也不错。段祺瑞也有他的小算盘：如果冯国璋到北京来做副总统，离开了他的地盘，反倒便于控制，这样北洋派的领袖就非自己莫属了。
冯国璋在10月30日被选为中华民国副总统。冯国璋向有“冯狗”之称，善于观测风向，他顶着副总统的头衔，依然呆在南京，静观政潮变幻。
黎元洪千方百计维护自己的总统职权，但他手无实力，所能依恃的只有与他继任总统地位俱来的国会，而国会并不统一，党派政争极为激烈。原进步党一面高唱“不党主义”，一面组成两个团体，一为以汤化龙、刘崇佑为首的宪法讨论会，一为梁启超、林长民为首的宪法研究会，不久又合二为一，统称宪法研究会，简称“研究系”；国民党方面，有张继以国民党领袖资格出组宪政商榷会。内中又分客庐系、丙辰俱乐部、韬园系三系，后又由三系演变成政学会、益友社、丙辰俱乐部、韬园系四派。不久丙辰俱乐部、韬园系合并为民友社。研究系完全支持段内阁；商榷会的右翼因为谷钟秀、张耀曾为内阁阁员，也倾向于维持段内阁；民友社和益友社算是“商榷会”的左翼，主张倒段，当时左翼占据国会优势。这样的情况决定了黎元洪的总统府与段祺瑞的国务院必然发生矛盾冲突；冲突的根本性质，是政治权势之争，却也反映了国民党对北洋军阀独裁统治的抗争。
段祺瑞的左右对黎也毫不尊重，只知有总理，不知有总统。特别是国务院秘书长徐树铮，依恃段公然蔑视总统。他又专断越权，引起府方人员和许多阁员不满。
府院之争多发生在任免官吏问题上，黎、段在用人路线上有分歧，一般说来，黎倾向用新派人物，对帝制派分子坚决不用。而段祺瑞则乐于用旧派人物，排斥新派人物。时人评说：“府为新派所依恃，院为旧派之护符。”
一日，徐树铮不顾国务院调解龙济光部与李烈钧部武装冲突的决议，擅拟粤、闽、湘、赣四省讨伐李烈钧部的命令，到总统府盖印，遭到黎元洪拒绝。徐胆大妄为，径直以国务院名义电令四省会剿李烈钧部。及至江西督军李纯复电“无兵可调”，只能担任防守赣、粤边境等语，阁员们才知道徐竟私自擅发军事命令。内务总长孙洪伊当面指责徐越权，徐仍强辩。
孙、徐二人经常在国务院会议上短兵相接，几乎无事无时不冲突，致使孙愤而提出辞职。
黎元洪得知孙洪伊被迫辞职，异常气愤，特将孙召进总统府，温语慰留。孙洪伊得到总统支持，气势更盛。徐树铮在段祺瑞的支持下，本来发生在徐、孙之间的争执，发展到内务部与国务院的冲突，又演变至府院冲突。双方冲突多日无结果，院方索性破釜沉舟，拟就“孙洪伊着即免职”的命令，由段祺瑞单衔副署，徐树铮送府盖印。黎见命令，不禁震怒，咆哮道：“你们说的话算话，我说的便不是话么！”
段祺瑞亲到公府，请黎在免孙的命令上盖印，黎仍拒绝。
段愤然宣称，如再不肯免孙职，即请总统免我职。
孙洪伊是“韬园派”首领。“韬园派”议员数十人在国会提出办徐树铮案，列举徐“蒙蔽总理”、“侮蔑元首”、“伪造文书”、“擅发院令”、“擅专军令”等七大罪状，还酝酿对内阁总理段祺瑞提出弹劾。
政局出现一片混乱。最后由徐世昌等人出面调解。结果以孙、徐去职结束。
黎元洪和段祺瑞之政争终于在1917年对德外交问题上达到白热化程度。
1914年开始的第一次世界大战于1917年春已进入最后阶段。其间，日本借西方列强大战之际，加强侵略中国，迄未参战的美国力图与日本在侵华中展开竞争，英、法、俄等协约国曾诱使中国参战，因日本反对而作罢。现在美国企图抢先一步拉中国步其后尘，对德绝交，以便使中国摆脱日本的控制。2月4日，美国照会中国政府，拉拢黎元洪，“希望与美国采取一致立场”，表示愿意借款给中国作参战经费。段祺瑞也力主对德宣战，他想利用对德宣战之机，勾结日本，借款练军，扩充实力。段向日本政府表示均以“诚意”相接，日本政府对段深表满意。
黎元洪对美国素有好感，希望在外交上得到美国的支持，以与以日本为靠山的段祺瑞抗衡。黎、段是反映美、日帝国主义不同利益的代理人。美国转而指使黎元洪抵制中国参战。段祺瑞率领阁员谒黎元洪，说明对德外交方针，由绝交而宣战，再行加入协约国。黎元洪认为绝交、宣战，尚非其时。于是，段与黎展开了一场舌战。段以不耐烦的口气告诉总统说：
“内阁已通过对德断交一案。”
黎声色俱厉地说：“根据约法，大总统有宣战媾和的特权！”
段冷笑一声：“总统既不要我负责，国会又要问我的责任，这样的总理我没法干下去了！”说罢扬长而去，当晚出走天津。
黎元洪只得让步，他请冯国璋出面调解，并表示说：“外交问题，就听段祺瑞的，但以国会的意见为准。”
段回到国务院办公后，国会又以多数票通过与德国绝交案。
对德绝交案公布后，黎元洪对外交问题态度消极，抱定主意，依恃国会，冷眼旁观，一旦时机来临，即推翻内阁，段内阁一倒，对德问题即好解决。他设下“隔岸观火”计。
段祺瑞在对德绝交案通过后，积极推行对德宣战政策，但不久便遭到全国各方面人士纷纷通电反对。孙中山等电参众两院，反对加入协约国，国会议员马君武等3人通电各省，反对对德绝交、宣战。社会各流康有为等也通电反对。
协约国开始时承认中国参战的权利，但中国加入协约国后不久，中国提出的要求全成画饼。各国除同意中国停付对德、奥的庚子赔款外，其他要求均遭否决。
由于上述情况，国会对段内阁逐渐失去信任，对德宣战案难以在国会通过。段祺瑞一意孤行，他把各省督军召到北京来开会，会议议定，同意对德宣战。此次会议被称为“督军团”。段决定用督军团来压迫反对对德宣战者。
1917年5月1日，段用督军团冲击国务会议，胁迫国务会议通过参战案。段又急不可待地要总统黎元洪在参战案上盖印。谁知国务员程璧光向黎直言督军团倪嗣冲、张怀芝、李厚基、孟恩远数人闯进国务会议厅，疾言厉色地胁迫国务会议通过参战案。黎元洪对督军团冲击国务会议十分不满，令段将参战案提交国会讨论通过。
段祺瑞便模仿四年前袁世凯竞选总统时以公民团包围国会议院的办法，暗地里命令部下组织公民团。
5月10日，众议院开全院委员会审查对德宣战案时，数千名自称“公民团”的光怪陆离的队伍将众议院层层包围，他们要求当日通过参战案，否则不许议员出院。有的议员因不肯接受他们的“传单”，当场被打，田桐、邹鲁等十余人被打伤。议长打电话给总统府和国务院求救，黎元洪听了，气愤地说：“应该由内阁负责。”
段祺瑞不得不于晚7时半乘汽车来到议场，“公民”立即闪开通道，并向段摇旗欢呼，掌声雷动。议员们纷纷愤怒质问段祺瑞，并把段留在院，以为自卫之计。于是形成“公民”围困议员于院内，而议员则围困总理于休息室之奇观。
最后，因“公民”用瓦块袭击议场，一名日本记者被击伤，从而段祺瑞不得不派马队驱散“公民”。这些“公民”是陆军部次长傅良佐根据段祺瑞的意见，花钱雇来的流氓、乞丐和无业游民，段祺瑞的亲信陈绍唐、靳云鹏、段芝贵等均到场指挥。
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