这两种机理哪种正确呢？达尔文本人举棋不定，认为两种都有可能。在《物种起源》一书中，有一节是讨论退化现象的。达尔文以几种动物为例，其中一个讲的是鼹鼠眼睛的退化：
“鼹鼠和某些穴居的啮齿类动物的眼睛的大小只剩下了残迹，并且有的眼睛完全被皮和毛所遮盖。这种眼睛的状态很可能是由于不使用而渐渐缩小的缘故，不过恐怕也有自然选择的帮助。南美洲有一种穴居的啮齿动物，叫做吐科吐科或栉鼠（Ctenomys），它甚至比鼹鼠更有深入地下的习性；一位常捉到它们的西班牙人向我保证，它们的眼睛常常是瞎的。在南美洲地下生活的栉鼠虽然长着眼睛，但是经常是瞎的。我养过的一只，它的眼睛的确是这种情形，解剖后才知道是由于瞬膜发炎。由于眼睛经常发炎对于任何动物必定是有损害的，并且由于眼睛对于具有地下生活习性的动物肯定不是必要的，它们的形状缩小，上下眼睑黏连，而且有毛覆盖上面，在这种情况下可能是有利的；倘若如此，自然选择就会有助于不使用的效果。”
这种生活在美国黑暗的石灰石洞穴淡水中的穴鱼（Amblyopsis rosae）眼睛已完全退化了。
达尔文在这里显然认为“废退”是主要的，自然选择只是起了辅助作用。但是如果自然选择起作用，我们就没必要再考虑别的机理了，因为自然选择是非常有威力的，可以逐渐地使生物结构发生改变。眼睛退化对地下动物来说，究竟有多大的优势呢？达尔文只考虑到了眼睛发炎，其实还有另一个明显的优势他未提到：眼睛是很脆弱的、容易受伤的器官，而且一旦受伤，往往是致命的。在地下钻来钻去，特别是像鼹鼠那样把头当成推土机挖隧道，眼睛更容易受到伤害，那么，让已经不发挥作用的眼睛退役，就是一种很明智的选择。
近来的研究发现，鼹鼠的眼睛退化，还有别的优势，有助于我们理解那些不像眼睛这么脆弱的器官的退化。这项研究是以生活在中东地区的一种盲鼹鼠（Spalax ehrenbergi）做为材料的。这种盲鼹鼠看上去像是一条毛绒绒的香肠，它的头部除了嘴巴有开口，露出尖锐的、用来挖土和咬食树根的牙齿，就再也没有任何开口了。它是完全失明的，如果用强光照射它，生活在中东地区的一种盲鼹鼠。它也不会有任何反应，甚至连脑电波也不起变化。但是如果你在它的旁边鼓一下掌，它的脑电波就会起变化。它虽然目不能视物，却能感到振动。盲鼹鼠是完全失明的。事实上，振动是它们相互通讯的方式。盲鼹鼠在一年的大部分时间内都是独居的，它们用头撞撞窝顶，振动传了开去，其它盲鼹鼠感觉到了，也用头撞撞窝顶，就这么长长短短用一种电报式密码互相通讯。如果你在它的窝上方的地面上跺跺脚，它可能也会撞撞窝顶答复。在交配的季节，盲鼹鼠就靠“电报”求爱，雄鼹鼠寻声挖洞追踪，运气好的话就挖到了雌鼹鼠的闺房，交配之后就离开；运气不好的话钻进了别的雄鼹鼠的老窝，就难免有一场厮杀。
盲鼹鼠的眼睛其实并没有完全消失。如果我们解剖它的头部，会发现在毛和皮肤之下，一对腺体包着的小眼睛，直径只有0.7毫米，体积只有同等大小的小鼠的眼睛的1％。这对眼睛没有瞳孔，晶状体也已萎缩，是无法成像的。但是它们还有视网膜，膜上有锥细胞，里面有能够感光的的视蛋白，数量只有小鼠的4％。那么盲鼹鼠的眼睛为什么没有完全消失，褪黑素是一种能调节睡眠周期的激素，它的分泌量和光的强弱有关。这么一对藏在皮肤底下的小眼睛有什么用呢？由于里面还有视蛋白，还能感受到白天和黑夜的不同——即使是在皮肤底下，也还是能感光的，就像你闭上了眼睛，也还能感到是光明还是黑暗，所以有的人开着灯睡不着觉。盲鼹鼠也是这样，当它们把土推出洞外时，它们皮下的小眼睛也能感到外面是白昼还是黑夜。它们的眼睛中有褪黑素，根据光周期调节鼹鼠的活动。实验证明的确如此。如果在实验室中我们通过改变光亮颠倒白天和黑夜，盲鼹鼠的活动也随着改变。如果让光明时间变短，黑暗时间变长，模拟冬天的到来，盲鼹鼠的体内代谢也随之改变，准备抵抗寒冬了。如果我们把盲鼹鼠的眼睛摘除，它的这些光周期反应就都消失了。
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