魏源强调要研究外国侵略军，了解敌情；购买外国船炮，更新武器装备；实行灵活机动的战略战术，力争把敌人歼灭于内河之中。只有熟知敌人的攻城战法，才能守住城市。要实行全民防御，统一指挥，在城外要地分扎部队牵制敌人，派出游骑断敌粮道，派出伏兵打击正在渡河的敌人，实行坚壁清野，给敌人制造种种困难，以便持久作战。
魏源揭露了沙俄的侵华野心，提醒国人既要重视海防建设，也要重视边防建设。他主张允许内地居民携带家眷到边疆垦荒，发展生产，构筑坚固的堡垒，平时保护生产，战时据寨御敌。边防和海防是否巩固，关键在于用人是否得当。
1843年1月，魏源以林则徐编辑的《四洲志》为基础，增补大量资料，完成了《海国图志》五十卷本。该书介绍了五大洲几十个国家的历史、地理、政治、经济、军事、文化和科技，还认真总结鸦片战争的经验教训，进一步阐发了他的军事思想。
他提醒清廷，千万不要认为与侵略者签订了一纸和约，就会安然无事，而应励精图治、整顿经武。他说：鸦片战争以后，外国侵略者看清了中国的虚弱本质，无所顾忌，会发动新的侵略战争，中国只有加强装备，才能使它们有所畏惧，不敢贸然动武。
那么，如何加强战备呢？他发现英、法、美等国家善于制造各种精巧的机器和枪炮战船，而中国已大大落后。他提出“师夷之长技以制夷”，只有善于向外国学习，才能制止外国的侵略，否则必然被外国所制服。学习外国长技，重点在三个方面：战舰、火器与养兵练兵。他建议在广东建立造船厂和火器局，从法国和美国聘请技师与工匠，帮助制造战船与火炮，聘请舵师传授驾船和演炮方法；从广东、福建选调工匠向外国技师学习船炮制造方法，选调精兵向外国舵师学习船炮的驾驶和攻击方法。与此同时，继续向外国购买先进的战船与火炮，尽快建成一支新式水军，平时出洋巡逻，缉捕海盗与烟贩，战时如风潮不顺，就避入海港之内，待机杀敌；待到风潮皆顺时，立即驶到外洋，监视敌舰的行动，或协同岸防部队抗击敌人，或单独攻击敌舰。这样可以避免出现像鸦片战争时清军水师到处被动挨打的局面。有了船厂和炮局，可以制造和修理战船火炮，还可以制造陆师所需的军械，以及各种民用产品。
魏源强调人在战争中的作用，明确指出器利不如人和，一支军队只有心灵胆壮、技精械利，才会有强大的战斗力。他断言，没有不可制服的武器，关键在于选将得当，指挥灵活。
当时，许多顽固派把西方的机器看成是奇技淫巧，魏源反驳道：有用的东西，就是奇技，而不是淫巧，应该大力提倡，认真学习。这对于传统观念是一个巨大的冲击。他追溯中华民族悠久的历史和科学技术的辉煌成就，满怀信心地指出，只要奋发图强，认真学习外国的先进技术，就会风气日开，智慧日出，使落后的中国变成东方强国，与西方国家并驾齐驱，有效地抵御外国侵略者。他这些铿锵有力的言辞，激励着人们为富国强兵而进行坚持不懈的斗争。
《海国图志》的总纲有两篇专门讲到战略防御。他认为，只有充分做好防御作战的准备，才能以守为战，以逸待劳，击退来犯的敌人。英国侵略军善于在外洋作战，一旦进入内河，便失其所长，因此守外洋不如守海口，守海口不如守内河。把敌人舰队诱入内河来打，充分发挥我水陆协同作战的优势。先派一支弱小部队与敌人接战，佯败而退，诱敌深入。敌舰一旦进入内河，就只能鱼贯而行，无法四面展开。我军先在河流浅窄处沉船结筏，阻挡敌舰前进，再在河流下游树桩布筏，遏制敌舰后路，然后驾驶小船攻击敌舰头尾。同时，两岸火炮猛轰敌舰，使它无法躲闪。如果敌人胆敢登陆，抄我后路，就用事先挖好的暗沟阻挡敌军，引发地雷消灭他们。当敌舰逃窜时，我军战船立即施放火箭和喷筒，烧毁敌舰，水勇跃登敌船，进行白刃格斗，岸上步兵用炮轰击敌人后队船只，或乘上风施放毒烟，迷茫敌人的眼睛。他把这种战法形象地比喻为“设阱以待虎，设罾以待鱼”。
魏源和林则徐一样，主张就地招募训练海岸防御部队。他指出：只要募练得法，指挥得人，完全能够依靠本省的精兵捍卫领土，即使侵略者集中兵力攻我一省，也只需从邻省调兵支援，便能应付裕如，不用从内地各省抽调部队，避免一处有警、全国紧张的被动局面。
《海国图志》于1851年至1854年间陆续传到日本，引起日本朝野高度重视，他们纷纷翻译刊印，争相传阅，认为该书对他们了解世界各国情况，学习西方先进科学技术，加强海防建设，有很大的启示和帮助，甚至将它推崇为“海防宝鉴”、“天下武夫必读之书”。与此形成鲜明对照的是，中国的朝廷竟把该书束之高阁，无动于衷。皇帝和大臣们一味苟且偷安，不思整军经武，结果只能是再次挨打。
朝廷不重视湖南的这个大人才，直到1844年，年过半百的魏源才考中进士，次年被任命为江苏省东台县知县。传说考官嫌他考卷上的字迹潦草，取消了他的殿试资格。
但是魏源的真才实学，毕竟令人钦佩。考中进士第一名的御史陈沆，很喜欢魏源的朝气，将自己的文章拿给魏源请教。魏源还没有中进士，陈沆却不顾人们的议论，和魏源交往。
1846年，魏源因母丧辞官回家，继续修订《圣武记》和《海国图志》，并于1847年将《海国图志》充实为六十卷本。同年，他在江苏巡抚陆建瀛的衙署中充当幕僚。他游历东南各省，并到香港、澳门广泛收集资料，为继续充实《海国图志》作准备。
1849年，魏源任兴化县知县。1850年升任高邮州知州。这段时间里，他筹划海运，兴修水利，改革盐政。1852年终于完成了《海国图志》百卷本的鸿篇巨著。在补充的部分中，图文并茂地介绍了各地研制和改进战船、火炮、鸟枪、火药、地雷、水雷的情况。
1853年，太平军以摧枯拉朽之势攻下南京、镇江和扬州，高邮农民也起义响应。魏源率县吏捕杀起义农民领袖。不久，清廷督办江北防剿事宜的杨以增，向皇帝告了魏源一状，说他迟误驿报，魏源因而被清廷革职。1854年，有人保奏他复职，但他由于已意识到腐朽不堪的清王朝没有振兴的希望，便拒绝再替清廷效劳。他心灰意冷，遁入空门，移居兴化西寺，潜心研究佛学，整理生平著述。
1856年，魏源游杭州，寄居僧舍，静坐参禅，拒见任何来客。
魏源知识渊博，一生写了五十多种著作，记载着他在哲学、政治、经济、军事、历史和文学方面的成就。许多著作充满炽热的爱国主义思想，其中影响最大的莫过于《海国图志》。该书虽然一度受到朝廷冷遇，但后来终于成为近代中国志士学习西方先进技术的先导。洋务派首领之一左宗棠公开申明，他在福建设局造战船，在甘肃设厂造枪炮，就是继承魏源在《海国图志》里提出的思想。魏源承认落后又不甘落后，放眼世界，积极寻求富国强兵良策，力求振兴中华，为许多中国人解放了思想。
魏源被后人称为军事思想家和战略家。他重视科学技术，但他不是唯武器论者，他更重视人的作用。他强调，人才是克敌制胜的关键。他认为，没有胜任的人才去指挥，拥有再好的武器也是白搭。后来，甲午战争的结局印证了他的论断。在《海国图志·筹海第三》的结尾，魏源一再疾呼：“在得人而已！在得人而已！”
在中国近代史上，魏源是黄昏时的一只猫头鹰，警惕地预告黑夜降临以后的凄凉；又是黎明前的一只云雀，提前报告天明后的雾霭。
魏源指出了弱势文明对于强势文明应该采用的态度和对策，只要文明之间的冲突存在一天，魏源的思想就不会过时，人们就需要魏源那样的气魄和头脑。
魏源尽到了一名智识者的本分，“永远使用雅典娜的利剑劈开蒙昧的黑暗”。
海洋是蓝色的，理性是蓝色的。中国人需要用理性的眼光，越过蓝色的海洋，去探索整个世界，正如世界也要探索中国。蓝色的海洋距离湖南是那么辽远，但是魏源看到了，也使他的同胞都看到了。
魏源，是一个穿越了蓝色的湖南人。
1857年春天，这个杰出的湖南人怀着惆怅的心情与世长辞，享年六十四岁，为中国人留下了富强昌盛的祝愿和希望。
2005年3月29日，煌煌二十卷《魏源全集》由岳麓书社出版，在北京举行了盛大的首发式。魏源身上体现的湖南人的精神，将永远被历史铭记。
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