黎元洪及其党羽在屠杀湖北革命党人的同时，大肆挑拨同盟会与共和党，以及“首义三武”之间的关系。7月18日，黎元洪亲信孙发绪对孙武说：“居正、蒋翊武等人认为祝、江、滕3人被杀，是你主使，故对你欲兴问罪之师。”
孙武立即上书黎元洪，建议“速将所杀乱党罪状宣布，通告国中，以免同盟会先声诬我湖北，并诬我副总统也。”同盟会鄂支部得悉此信非常愤怒，立即致函诘问孙武：“足下致副总统书，任意诬蔑，谓系本会所主持，不知足下果何所据而云然？夫士君子立身行己，须堂堂正正，庶俯仰无惭，奚必鬼鬼祟祟，为倾陷异己之举哉！”
同盟会支部领导人虽然对会员祝、江、滕3人被杀深怀怨愤，但又不敢公开为3人申冤，只是竭力否认与3人之间的瓜葛，并指责孙武为事件的挑唆者。他们指责孙武出钱唆使祝、江、滕3人组织机关，然后又反过来唆使心腹向黎元洪告发，借以张大其事，波及无辜，为一网打尽之计，致使3人被杀。
同盟会既不敢为被害战友辩诬，使黎元洪更加猖獗，他屠杀了数十名革命党人之后，又藉口《大江报》刊登社会党首领江亢虎的的一篇鼓吹无政府主义的文章，是“妖言惑众”疗工作，后转向哲学研究。把存在作为哲学思考的出发点，认，“破坏共和”，于8月8日将该报查封，该报编辑何海鸣、凌大同逃往上海。黎元洪又发出通电，指控《大江报》“实属大逆不道，悖谬已极”，宣布将何海鸣、凌大同一体严缉，就地正法，以惩悖逆。
《大江报》在武昌首义前就是革命报纸，因宣传革命，曾受清廷当局查封，主笔副主笔詹大悲、何海鸣被捕入狱。1912年春，《大江报》复刊，发扬其一贯战斗作风，畅所欲言，毫不忌讳，对拥袁的共和党时加抨击，持论甚激昂。对共和党党魁黎元洪攻击尤为厉害，引起黎的忌恨。黎不顾一切地撕下“尊重舆论自由”的假面具，以“军法”惩治报界。
《大江报》被查封后，黎元洪遭到全国舆论抨击，上海《民权报》、《民立报》等7家报纸一致谴责黎“违背国宪，蔑视人权”，“以专制时代所不敢为者而黎公竟然为之”。同盟会南京支部亦愤怒表示：“共和国中，民命民权断不可任一二当道者随意蹂躏。”但黎元洪根本下听舆论忠告，倒行逆施，凌大同于9月自沪返鄂，化名凌乔，参与南湖马队暴动，被黎元洪抓捕枪毙。
《大江报》被查封后，同盟会在鄂喉舌《民心报》发表蔡寄鸥的《哀大江报》一文，抨击黎元洪：“夫黎元洪不过一庸常人耳，英雄不出，遂令竖子成名。吾虽爱黎按自己的需要任意选择，只要它能满足实用的价值标准就是，亦不能为之讳。”黎阅报恼羞成怒，拍案大呼：“何物狂生，敢呼余为竖子耶！《大江报》鼓吹无政府主义，而若辈公然庇护之，是非重办不可！”
黎元洪下令将蔡寄鸥拿至都督府，经蒋翊武等说情力保，方释出，但《民心报》被他查封。
对黎元洪执掌湖北政权威胁最大的“首义三武”之首的孙武，已在群英会事件后倒台，还剩下“二式”，其中以张振武是黎元洪的心腹之患，他决定除掉他。
张振武（1870—1912）原名尧鑫，字春山，湖北竹山人。肄业于湖北省师范学校，任小学教员，后加入共进会吠檀多经（Vedāntasūtra）即“梵经”。，为负责人之一。武昌起义时，他在群龙无首的情况下，与蔡济民共同挑起了指挥全局的重任。起义胜利后，出任军各部副部长，对于革命初期的政权建设、稳定革命秩序以及阳夏战争，都作出了突出的贡献。他思想激进，在武昌起义时，对旧势力的妥协思想较少，曾鲜明地反对黎元洪为都督，说：“我不相信他能够革命。”黎做都督后，他曾说过：“将黎元洪斩首示众。”汉阳失守后，黎元洪、孙武、孙发绪均支持放弃武昌的主张，张振武则激烈反对，怒斥：“敢言弃武昌者斩。”民国成立后，他发现革命果实有丧失的危险，见在黎元洪把持下的湖北政局日益恶化，便道：“鄂政不良，我等当再度革命。”他又在武昌国民公校开学典礼发表演说：“革命非数次不成，流血非万万人不止。”
军政府成立时，军务部长孙武住院，军务部由张振武掌握，他在湖北军队中有较大影响，得鄂军士心。他直接掌握的军队将校团，约有3000余人，以心腹之人方维为团长。黎元洪在群英会事件后，下令将校团解散，但未能成功。黎又千方百计使将校团摆脱张振武控制，派去一心腹任副团长，遭到该团拒绝。黎又下令将该团编入其亲信王安澜统率的第6镇，又遭该团强烈反对，不得不收回成命。黎又设计，企图将该团改为军官学校，此又没成功。
黎元洪下令遣散张振武直接掌握的另一支军队，这支部队是由原兵站总监所辖的6个大队，共1000余人。张振武则将这支队伍改编为军务司护卫队。黎元洪指责张“拥兵自卫”。
议和期间，张振武以军务部副部长身份去上海购置枪械，准备北伐。有人电告黎元洪，说张耗费公款，械不合用。黎元洪派人去清查他的帐目要著作有《数学原理》（与其学生罗素合著）、《科学与近代世，并电沪都督陈其美监视他的活动。张一怒返鄂，当面质问黎元洪：“你凭什么资格查我的帐？”黎连声解释：“此为尧卿所为，与我无关。”从此，他同黎元洪、孙武之间的矛盾日趋尖锐。
黎实行“军民分治”，藉故将武昌起义有功的革命党人、警视厅长顾庆云排挤去职，张大愤，立即上书黎元洪，严词诘责。黎闻后，恼羞成怒。黎改军务部为军务司，军务部正副部长孙武、蒋翊武、张振武同时被解除职务，孙、蒋均消极隐退，独张仍不甘退让，曾向黎要求留任，并继续掌握将校团武装力量，不肯放手，致使黎席不安枕，去张之心遂决。
黎元洪虽然打算除掉张振武，又顾张系革命功臣，恐杀之影响波及全国，因此想出了一个借刀杀人的计策：假手袁世凯，在北京除掉张振武；可免却湖北发生动乱的危险。
3月19日，黎元洪向袁世凯推荐张振武任“东三省边防使”，令其由鄂调拨精兵1镇，赴东三省驻扎。袁也表示同意，但到4月中旬理想境界，提出“仁者爱人”、“推己及人”、“忠恕之道”等，又借口东省大局已静，南军不服北方水土，阻止鄂省派兵屯扎东北，实则不愿革命党人屯兵在自己的侧背，张振武的边防使名目也随之取消。
黎元洪又多次密函袁世凯，以首义元勋16人在鄂党见纷歧，恐将来酿生他患，请其将各员调京内用，名义上似为酬报有功，实际乃为化除党争之计。从4月份开始，袁世凯屡电首义党人百十人进京。然此间诸人大都窥见及此，深恐脱离巢穴，势力更形薄弱，故一再上书辞职。惟蒋翊武自恃兼人之才，欲一展其作用，电复袁世凯自欲赴京供职。要求黎元洪给川资1万元，黎以鄂省有困难仅准拨给4000元。蒋既得此川资，故即乘快车首途。
5月26日，拙于心计的张振武满怀希望地与孙武一同北上。袁对“三武”一概给以顾问官虚衔。张大为不满，甚至对段祺瑞大发牢骚：“我湖北人只会做顾问官耶？”
张又两次向袁呈递条陈，要求给以实职。袁无意认真对待，随便给他一个“蒙古屯垦使”的名义作为敷衍，张振武却很认真，又是申请经费年出版社出版。，又是要求设立专门机构。袁又借口财政困难，不予理会。于是张便负气缴状留书而去，仍尽义务于桑梓。
6月中旬，张振武回武汉，凭自己在湖北的实力，在汉口设立屯垦事务所，并向黎元洪每月索款1000元，准备招兵1镇，往蒙古赴任。黎元洪对张振武的复返武汉极为恼火，于是杀机顿起，但却不敢贸然行事。
黎元洪便与袁世凯加快了筹划杀害张振武的阴谋。袁世凯和参谋次长陈宦派遣心腹之人万廷献来鄂，同黎元洪密谋后回京。袁世凯在北京与陈宦进一步布置杀张阴谋，与此阴谋相配合的挑拨“三武”之间的关系活动也在加紧进行。张振武与孙武之间，原来“交谊契合”，而欲杀张，必须使其脱离任何党派的保护，处于孤立无援的境地。那张振武本是好逞意气之人，经黎元洪心腹孙发绪的挑拨，张振武果然同孙武交恶。
挑拨“三武”之间的关系，是袁、黎及谋士们的本意，是在暗中进行的；但还有更阴险的一手，是他们在明里给当事人灌迷魂汤剂：借调解孙武和张振武矛盾之名，行迷惑张振武之实泰利士（Thales，约前624—约前547）又译泰勒斯，古，取得张振武的信任，将张振武等人骗往北京杀害。
7月底，湖北籍民社派参议员刘成禺、郑万瞻等，受袁世凯派遣返鄂，调解孙、张矛盾。刘、郑在汉口嘉宾楼设宴招待孙、张及黎本唐、蔡济民等50余人，进行调解。席间，郑万瞻首先发言：“此次奉大总统命令出京，实因鄂中时有暗潮，尤多误会。起义诸同志时起纷争，未免使旁观者暗笑，希望捐除意见，融化党派。”刘成禺说孙、张交恶，系出误会。那孙、张则自认前误，并誓以永无意见。
孙、张同刘、郑等人共同发布了《孙武、张振武原无意见之布告》，孙、张算是恢复了团结。
黎元洪便装出要与张振武和好的姿态，邀请刘成禺、郑万瞻来调解。刘、郑也热心周旋。表面上看，这似乎是皆大欢喜之事。黎元洪暗与袁世凯通气，时机成熟，袁便频频来电特的圣节、圣人节、教义问答手册和对理性崇拜的仪式。曾一，请张振武进京，说什么：“屯垦事正在筹商，何以径行回鄂？仰速来京筹划进行。”黎元洪给张振武路费4000元，促他迅即北上，刘成禺等也劝张携眷去京。胸无城府的张振武不知此乃袁、黎调虎离山之计，兴致勃勃地邀集方维等30余人随同刘成禺、郑万瞻一同进京，临行时，黎元洪与张振武握手作别。
张振武喝下袁、黎“调和”迷魂汤剂，顿时忘乎所以，满脑子想的是消除党见，联络南北感情，又雄心勃勃地想在镇抚边陲方面有一番作为。他刚到北京，便向袁世凯呈递《上袁大总统书》，建议筹边之策。又为调和党见，在北京德昌饭店宴请两党要人，即同盟会宋教仁、张继，共和党张伯烈、刘成禺等，变得异常活跃。
袁、黎谋士们毒杀张振武的阴谋活动正在加紧进行。陈宦见张振武经刘成禺、郑万瞻调解后来京，立即与黎元洪的幕僚饶汉祥商议，共同为黎元洪起草了一道请袁杀张的密电，谓“张振武怙权结党。桀骜自恣。赴沪购枪，吞蚀巨款。当武昌二次蠢动之时，人心惶惶，振武暗煽将校团乘机思逞，幸该团深明大义，不为所惑。元洪念其前劳，屡予优容，终不悛改。因劝以调查边务，规划远谋。于是大总统有蒙古调查员之命。振武抵京后，复要求发巨款，投专局。一言示遂，潜行归鄂。飞扬跋扈，可见一斑。近更盅惑军士，勾结土匪，破坏共和，倡谋不轨。狼子野心，愈接愈厉。元洪爱既不能，忍又不敢，回肠荡气，仁智俱穷。伏乞将张振武立予正法，其随行方维系同恶相济，并乞一律处决，以照炯戒。元洪抚驭又无才，致起义健儿变为罪首，言之赧颜，予以处分，以谢张振武九泉之灵。”
饶汉祥将此稿带回武昌，由黎元洪签署，于8月11日发往北京，此即“真电”。
袁世凯接到黎元洪电报，召集北洋高级将领会议，研究杀害张振武、方维的具体方案。但又觉得黎元洪电报“盅惑军士，勾结土匪破坏共和，倡谋不轨”等近于空言，似不得为罪状。当即复电，拟为之设法调停。
黎元洪得袁复电后，又于13日发第2封电报给袁世凯：“不杀张不独为全鄂之害，实为天下之害。”并以参谋总长名义，派饶汉祥及军官10余人乘快车赶赴北京，向袁世凯报告：“鄂军队俱已布置妥协，万无他虞，请即日行刑。”袁便于15日下捕杀张振武的军令。
15日晚，张振武为增进南北感情，和湖北同来将校在六国饭店宴请北方将领。参加宴会的北洋将领姜桂题、段芝贵等人身上、已带着袁世凯立即捕杀张的军令了。宴席未终，段芝贵就说有点小事先行告辞。10时左右，张振武和冯嗣鸣、时功玖分坐3辆马车，冯车在前，张居中，时殿后，途经正阳门时，段芝贵指挥预先埋伏好的军警，将张逮捕，押送到西单牌楼玉皇阁军政执法处。
方维于当晚9时左右在金台旅馆被捕，押送到执法处城外分局。16日晨1时，张振武在执法处被绑在木柱上，身中6枪毙命。临刑前，他愤怒地说：“不料共和国如此黑暗！”方维也在同时被害。
张振武被捕后，坐在后边马车上的时功玖立即赶到共和党本部报告消息，并邀集孙武、邓玉麟等在凌晨3时赶往执法处营救。刘成禺、哈汉章也先后赶到，要求保释。但陆建章打断他们的话，说张已伏刑了，并且拿出袁世凯捕杀张振武的军令，该令是根据黎元洪的密电，由段祺瑞副署后交来的。面对这一惊人的事变，哈汉章伏尸痛哭，孙武一言不发，刘成禺大呼：“无怪外间多骂共和党无人格，似此自残同党，夫何人格之可言。”
孙、方被杀，全国震骇，群情愤激，函电纷纷，诘难群起。
最感愤怒的是民社派（即共和党的湖北派）参议员，因为他们刚刚奉袁世凯之令赴鄂调解张振武与孙武的矛盾，并向张劝驾来京，几日后，张即被杀，他们感到受了愚弄，又颇蒙卖友之嫌。故最先采取行动。16日晨8时，时功玖、刘成禺、张伯烈、孙武等同往总统府质问袁世凯，未得要领。
17日，袁世凯要报纸全文披露黎元洪“真电”原文以及袁世凯军令大意。18日，由张伯烈领衔，共和党参议员20人署名，向参议院提出《质问政府枪杀武昌起义首领张振武案》，对袁世凯杀张、方军令的依据，即黎元洪“真电”进行全面批驳，将“真电”提到的张振武的“罪行”摘成“赴沪购枪，吞蚀巨款”，“倡二次蠢动，乘机思逞”，“盅惑军士，破坏共和”，“要求发巨款，设专局”，“冒政党、藉报馆”等五个问题，进行反驳，认为均系诬蔑不实之词。对袁、黎口衔刑宪，意为生杀的违法行为，表示强烈的愤慨。
8月19日，参议院讨论质问案，刘成禺首先起来对《质问书》作了简单说明。他说“查约法第6条明戴，人民之身体非依法律不得逮捕、拘禁、审问、处罚。张振武既为中华民国之人民，即应受有中华民国人民之权利。而张振武之被杀也，并未捕送审判厅公开审问。即云罪有应得，亦不宜星夜邀袭，旋捕旋杀。……观政府杀人之手续，直等于强盗之行为。以冠冕堂皇之民国，而有此以强盗行为戕杀人民之政府，违背约法，破坏共和，吾人亦何不幸而睹此！且推此义也，则凡民国起义之功首，造成共和之巨子，皆可一一捕杀之，任凭其为帝为王矣。”
在讨论过程中，各党参议员对袁世凯、黎元洪耍弄权术，违法杀人进行谴责。同盟会籍参议员陈家鼎、彭允彝、刘彦等先后发言，主张弹劾陆征祥、段祺瑞和黎元洪。刘彦说：“此事体重大，质问恐无效力，不如提出弹劾案，以尽本院保护人民之职。”
张伯烈提出，弹劾案必须满法定人数，质问案则不需如此，参议院人数不足，不得已才提出质问案。
陈家鼎认为非提出弹劾案不可，弹劾后，或政府国务员解职，或参议院解散。如果参议院此时尚不弹劾，尚有参议院何用？
彭允彝主张必须在质问之后再提出弹劾案，弹劾时弹劾国务总理与陆军总长。刘彦补充说，还应弹劾黎元洪。
袁世凯就质问书向参议院作了答复：“查此案情节重大，因张振武、方维本系军人，故以军法从事。惟所牵涉之人，及牵涉之事，不特关系湖北一方之治乱，且关系全国之安危，目前实有不能和盘托出之处。且以军事通例而言，事关军事秘密，未便宣布者，本可无庸宣布。惟既经贵院质问，为解释群疑起见，业已电达黎副总统，请其审查现在情形，如不至因此滋生枝节，可将犯事地方之证据，摘要宣布。俟得黎副总统复电，再行答复。国务员明日碍难出席。特此咨复。”
20日参议院开会，参议院对袁的咨复极为不满。卢士模、彭允彝、覃振等主张即日弹劾，时功玖主张退回咨文，刘成禺认为咨文可作政府无法之根据，不能退回，张伯烈提出两种办法：（1）今日非政府出非答复质问不散会；（2）令其明日出席。最后表决：要求段祺瑞明日出席答复。
21日下午，参议院开秘密会议，在讨论弹劾案问题时，发生分歧。同盟会籍参议员主张弹劾陆征祥、段祺瑞，共和党籍参议员则主张弹劾全体国务员。
同盟会和共和党参议员们各有各的想法：同盟会籍参议员对张、方案虽甚为愤慨，但他们同张振武的关系较浅，主要是从维护约法、着眼于改组政府，想通过张、方事件，推宋教仁出来改组内阁，他们并不敢与袁世凯直接对抗。所以不少同盟会籍参议员尽管言词激烈，但却害怕同袁氏政府决裂；共和党籍议员中，民社派与张振武个人的利害关系比较密切，且兼含有一种嫌疑性质，故愤激异常，主张弹劾。而非民社派参议员，因张振武系共和党干事，不能不随声附合，但这些人支持袁世凯对付革命党人的政治立场未根本改变。他们迫于形势，表面虽表示赞同，其内心却是反对弹劾，故提出弹劾全体国务员来和同盟会所提出的弹劾陆征祥、段祺瑞相对抗。
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