太平军引发的战争限于南中国。
北中国的战争同样激烈，它是捻军发动的。捻军比太平军起兵为早，而结束却晚。
捻，作动词用时，指用大拇指和食指把纸片或棉絮搓成一条线样形状的动作。作名词时，意思是指“一小撮人”。本世纪（十九）初叶，淮河南北两岸广大的地区上，民间烧香拜佛，往往以一小撮人为一个团体，从事迎神和驱逐疫鬼的工作，一小撮人就称为一捻。他们在实质上是白莲教，但表面上不是。官员的贪污和水灾旱灾造成的饥馑，迫使农民大批离开土地，加入这种烧香拜佛的团体，到处流亡乞食。在乞不到食时，就向地主富户和官员士大夫家劫掠。清政府把他们当作盗匪剿捕，他们飘忽不定，用游击战术抵制。
一八一四年，清政府听说捻军的领袖是一位名叫王妞子的女人，下令通缉，结果通缉不到。但经过这次打草惊蛇的搜捕骚扰，捻军遂逐渐由小股合并为大股，练成劲旅。当时清政府正在对付天理教和其他更严重的民变，对抢军没有采取更进一步的行动。
到了五十年代，太平天国定都天京（江苏南京），捻军领袖张洛行以安徽省蒙城县雉河集（安徽涡阳）为根据地，接受太平天国的封爵，分兵四出，攻城略地。清政府把征讨太平天国的责任交给曾国藩的湖南兵团（湘军），用汉人打击汉人。而由满洲兵团对付捻军，他们认为捻军比较脆弱。
一八六三年，张洛行被叛徒苗沛霖出卖，擒献给清政府以残暴闻名的剿匪总司令僧格林沁。张洛行的侄儿张总愚继续作战，于两年后的一八六五年，即太平天国覆亡的次年，在曹州（山东菏泽）把僧格林沁击毙。清政府最后一张王牌输掉了，不得不再依靠汉人，命曾国藩跟另一位也是民兵出身，被称为“淮军”（以安徽省人为主）领袖的李鸿章，乘消灭太平天国的余威，负责对付捻军。
一八六六年捻军被清军拦截，分为两支。张总愚亲率一支进入陕西省，称为西捻。另一领袖赖文光率领一支进入湖北省，称为东捻。一八六七年，东捻挺进到扬州瓦窑铺（江苏江都），在清军云集下覆没。明年（一八六八），西捻折回山东省，在在平县迷失道路，陷入黄河跟运河间的泥沼地带，也全军覆没。
捻军战争历时五十五年，而最后十六年辗转华中各地血战。他们没有最高的政治指导原则，也没有崇高的理想，只盲目地攻击清军或被清军追逐，只能骚动，不能成功。
在中国的中部地区，即以甘肃兰州为中心的广大范围，跟太平军和捻军兴起的同时，则有伊斯兰教徒的叛变。
中部地区的伊斯兰教徒，跟西部地区（新疆省）的伊斯兰教徒，最大的差异是，西部的伊斯兰教徒大部分是维吾尔人，他们几乎全部保持固有的风俗和言语。中部的伊斯兰教徒据说他们的祖先是阿拉伯人，于一千年前的八世纪唐王朝时，迁居中国，现在除了宗教信仰这一点之外，其他都已彻底华化，但在相貌上仍显露着阿拉伯血统，跟汉人比较起来，他们的鼻子较高，胡子较多。
中部伊斯兰教徒的行动分布三个地区：
一云南省一八五五年，云南回民领袖杜文秀在大理县（九世纪时南诏王国的国都）起兵。
二陕西省一八六二年，陕西回民领袖任武，在渭南县起丘
三甘肃省一八六二年的同时，甘肃回民领袖马化龙，在金积堡（宁夏吴忠金积镇）起兵。
云南省除了省城昆明外，其他县份几乎全都叛变。但伊斯兰教徒内部的分裂使他们转胜为败，也使那个当时汉人很少的地区免去像越南一样脱幅而去。到了一八七二年，清政府军攻陷大理城，历时十八年的混战结束。
陕西省伊斯兰教徒的武装力量比较小，但因接近关中（陕西省中部）重镇西安——千余年的故都的缘故，影响却超过云南百倍，清政府军总司令（西安将军）多隆阿，在进攻囗(厂至)（陕西周至）县城时被击毙，满洲贵族已第一千次的被证明腐败无能，只好改派湖南兵团的另一位汉人将领左宗棠继任。一八六八年，最后一位变民领袖（但他却不是伊斯兰教徒）董福祥投降，历时七年的混战结束。
甘肃省的回变规模最大，从东到西一千二百公里的省境之内，跟云南省的情形相同，除了省城兰州外，其他城堡都响应马化龙的号召。左宗棠于解决陕西省的回变之后，即行西征。一八七○年，攻陷金积堡（宁夏吴忠金积镇）。一八七三年，攻陷碾伯（青海乐都·大分裂时代南凉王国的国都）、肃州（甘肃酒泉·大分裂时代北凉王国的国都），历时十二年的混战结束。
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