叛乱平息后，秦王政命令在雍城全城进行大搜捕，剿尽余党。在大郑宫的密室里找到了嫪毐与赵太后私生的两个儿子，秦王政命令武士把它们装在口袋里，活活摔死了。
嫪毐是叛乱的总首领，秦王政下令将其车裂于咸阳闹市，并夷灭三族（三族：说法不一，一般指父组、母族、妻族）。所捕获的死党二十余人，一律斩首，首级悬于街头木柱之上；朝廷官员凡与嫪毐有牵连的，一律削去爵位，流放到蜀地。
赵太后是叛乱的主谋，虽然是自己的生母，秦王政也不想宽恕她，下令缴去印玺，削减俸禄，幽禁在雍城棫阳宫。
在处理叛乱过程中，秦王政发现这场祸及后宫、危及朝廷的谋反事件，竟是“仲父”吕不韦亲手炮制的。他决定杀掉这个妨害他亲政的对手。后来，由于众官求情，秦王政也念及其过去的功劳，只罢去他的丞相职位，叫他回到河南洛阳封地。
吕不韦大难不死，暗自庆幸，回到洛阳，却不能韬光养晦，依旧终日门庭若市，接纳四方宾客。哪知过了一年多，咸阳使者送来秦王所赐书信一封，上面写道：“你对秦国有何功劳，竟得到十万户的封赏？你同秦王有何亲族关系，竟被尊为仲父？书至之日，你与家属迁往蜀地，终身不许还朝１
吕不韦看出来，秦王政要对他下毒手了，冷冷笑道：“我立两代秦王，功岂可为不大？为汝生身之父，至亲无过于此！儿啊，这些难道抹杀得了吗？”转念一想，又凄然笑道：“我若贩珠卖玉，积三十年，亦可称富列国。却异想天开，为国立君；胆大妄为，代君产子。此等勾当，实属罪不容诛。我若不死，此儿有何面目君临天下１说罢，长叹数声，仰药自尽而死。
吕不韦靠政治投机起家，已经封侯拜相，位极人臣，却欲壑难填，野心更大，到头来只落得个身败名裂的下常
赘语
平心而论，吕不韦是一个有远见的政治家。他当政后除了继续贯彻秦国一贯奉行的法家的主张外，还认真研究法家以外的各学派的学说、主张。《吕氏春秋》包含了儒、法、道、墨等各派观点，历来被称为“杂家”的代表作。吕不韦的统治方法不限于法家的那一套，而是兼采儒家和道家的策略，同时也懂得用怀柔的办法进行统治，他实行的是“恩威并施”的统治术。由于吕不韦兼采众家主张，所以在他当政的几年里，秦国在军事上取得了很大的胜利，国内的政治也比较清明，思想领域内达到了秦国历史上最活跃的时期。
秦王政对于主张绝对君主集权的法家学说十分崇拜，而对吕不韦的“杂家”十分厌恶，这就构成了他们之间不可避免的冲突。尽管历史上把吕不韦和秦王政的斗争描写成“宫闱秽事”，但它实际上是一场争夺权力的斗争，而其他理由都是借口。这场斗争的双方在统一全国、加强地主阶级政权以及统治人民方面，并没有根本的分歧，但在具体的方法和策略方面，则有所不同。因为秦王政取得了对吕不韦的胜利，就加强了秦国政治中的暴力成分。这个暴力是一把双刃剑，一方面使得统一战争迅速胜利，另一方面也是由于这个暴力使得统一后的秦朝变成了一个大监狱，从而加速了它的灭亡。
春秋战国时期中国虽然战乱频仍，但各方面都有长足的发展，可以说是历史上发展最快的时期。其中一个十分重要的原因，就是有“百家争鸣”的宽松的学识气氛。这种思想上的宽松的影响是十分巨大的，其对政治、经济的促进作用也是难以估量的。可惜，在几千年漫漫的历史长河中，这只是偶尔翻起的一朵浪花。它既是空前的，到目前为止也是绝后的。
不难设想，吕不韦的“杂家”主张（主要是指他当政时期思想上的那种宽松政策）如果能继续贯彻下去，后来的局面肯定会好得多。当然，历史是没有假设的。
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