自第一个封建王朝秦朝开始，中国历代的首都大都建在北方。元代以前，长安、洛阳、开封都曾做过都城，其中长安的时间最长、朝代最多。南方的城市，如南京、杭州等也曾做过都城，但在南方建都的王朝，大都是偏安朝廷或是短命王朝，远没有以北方为都的朝廷国祚长久。唯一的例外是明朝，朱元璋灭元之后把都城定在南京，但是朱元璋死后没过多少年，他的四儿子朱棣就迁都北京，明王朝也得以国运昌盛、统治长久。
朱元璋选定南京作为都城的原因，主要和他的出身有关。朱元璋出生于安徽凤阳，以江浙一带为根基夺去了元朝江山，自然对南方特别看重。但是，朱元璋定都南京的决心并不坚决，他毕竟是一个具有宏图伟略的皇帝，深知以南京为中心难以有效控制全国，更难以应对北方边疆外族的不断入侵。朱元璋采用了“封王”制，把自己的儿子分封到北方各边，担负起剿抚夷狄的任务。
朱元璋在位期间，两次分封诸子为藩王。藩王各拥重兵，坐镇一方，其中尤以秦、晋、燕、宁诸王势力最强。1392年，太子朱标病逝后，朱元璋立长孙朱允炆为皇太孙，这就是后来的建文帝。老皇帝担心皇孙年幼难以控制功臣勋旧，于是将大臣们诛杀殆尽，但没想到驻守各地的藩王们日益强大。1399年，燕王朱棣以尊祖训，诛“奸臣”齐泰、黄子澄，为国“靖难”为名，发动争夺皇位的战争。四年后，朱棣攻陷南京，宫中起火，建文帝朱允炆失踪。
朱棣攻下南京后，自己继承皇帝位，是为明成祖。他下令大肆捕杀建文帝的旧臣齐泰、黄子澄等人，将他们全部族诛，妻女或发配边疆，或卖为奴婢。朱棣还下令修改建文帝颁布的一切成法和官制，改革中央行政机构，建立厂卫，以表明他起兵目的在于恢复祖训，而不是为了夺权。
由于攻陷南京的时候建文帝神秘失踪，明成祖朱棣时刻不能安心，他一面清理南京建文帝旧党，一面开始经营他的军事与政治根据地北平。即皇帝位的当年，朱棣就改北平为北京，为日后的迁都做好准备。
北京曾是辽、金的都城，政治军事地位突出。元代把首都也定在北京，称为大都，北京更成为全国的政治文化中心。元朝末年，受到常年战乱的破坏，北京经济凋敝，人口减少，但是其政治、军事重要性却丝毫没有减弱。当时，明朝政权还没有完全稳定，特别是在北方地区，退守到漠北的元朝残余势力一直想打回北京，对明王朝构成了最大威胁。为了能更有效地组织力量，抵抗元朝残余势力的侵犯，明成祖朱棣决定将都城迁到北京，而南京则变成了陪都。
朱棣首先为北平正名，有意提高北京的政治地位。1403年，礼部尚书建议把北平改为北京，迁都北京。朱棣认为，天子居北，正是居重御轻，可以加强北部边防，就采纳了这个建议。他知道迁都是一件关乎国家兴亡的头等大事，迁都的事情进行得相当审慎。
朱棣迁都北京是有其深刻的原因的。做燕王的时候，朱棣在北京镇守经营二十余年，根基雄厚，对北方的地理人情也相当熟悉，定都在此自然更能巩固统治。朱棣在南京大肆残杀建文帝旧臣，激起了江南各界的强烈不满，朱棣深知稍有风吹草动，这些人可能就会向他发难。而且建文帝一日未见，他的心头大患就一日未除。建文帝在南京根基深厚，朱棣更不愿在南京常呆。
对于迁都之事，朱棣做了大量的准备。早在永乐元年，朱棣就多次命令将江苏、浙江、山西等九省大批富足的居民迁到北京，充实都城，又在昌平营建陵墓，打算死后葬于北京。朱棣命令文武大臣讨论营建北京城的方案，前后从全国各地招来20多万工匠、上百万的民众和上万的军队参与北京城的营建，建城所需材料也是采集于全国各地。
营建北京，主要是建设宫城和皇城，也就是紫禁城和中央政府官署。为了节省，朱棣营建的紫禁城建在元代皇宫的旧址上，但面积比元代大了很多。紫禁城城墙高十余米，在东南西北的正中分别有东华门、午门、西华门、神武门四座城门。午门南面是皇城的南门，称承天门，就是今天的天安门。皇城外有宽52米的护城河。紫禁城中的宫殿分前后朝：前朝（外朝）有皇极、中极、建极三大殿，后朝有乾清宫、交泰殿、保宁宫三大殿。六座大殿都位于全城的中轴线上，布局非常严整。朱棣营建的紫禁城，构成了今日故宫的基本格局，后世历代历朝都是在这个基础上进行营建的。
经过多年的修建，北京宫城与皇城终于基本建成。1420年，明成祖朱棣正式将首都迁往北京，原首都应天府改为南京，作为副都。此后，明朝一直以北京为首都，南京为副都。
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