1905年11月6日仙台医学专门学校二年级全体同学欢送敷波教授赴德国留影。敷波是二年级组织学实习教师，坐第二排中。第四排右起第五人为鲁迅。这成绩也就是如鲁迅自己说的，“同学一百馀人之中，我在中间，不过是没有落第。”(《藤野先生》)可是，就是这样的考试成绩，已经引起了一些胸怀狭窄的、有民族优越感的日本学生的忌妒，他们无中生有地说是因为藤野先生透漏了题目，他才考得这样的成绩。他们借故检查鲁迅的笔记，吞吞吐吐地对他说些冷言冷语，还写匿名信骂他。这使鲁迅非常悲愤，使他更痛感到祖国国际地位的低落令人多么难堪。他恨恨地说：“中国是弱国，所以中国人当然是低能儿，分数在六十分以上，便不是自己的能力了：也无怪他们疑惑。”
鲁迅在仙台医学专门学校只有一年半的光景，1906年3月他就退学了。后来他说，他决心退学，是因为受到一张时事幻灯片的刺激。这事他说过两次。在《〈呐喊〉自序》中说的是：
我已不知道教授微生物学的方法，现在又有了怎样的进步了，总之那时是用了电影，来显示微生物的形状的，因此有时讲义的一段落已完，而时间还没有到，教师便映些风景或时事的画片给学生看，以用去这多馀的光阴。其时正当日俄战争的时候，关于战事的画片自然也就比较的多了，我在这一个讲堂中，便须常常随喜我那同学们的拍手和喝采。有一回，我竟在画片上忽然会见我久违的许多中国人了，一个绑在中间，许多站在左右，一样是强壮地体格，而显出麻木的神情。据解说，则绑着的是替俄国做了军事上的侦探，正要被日军砍下头颅来示众，而围着的便是来赏鉴这示众的盛举的人们。
当年鲁迅在细菌学教室里看到的那张幼灯片后来没有找到。这是1905年3月20日在中国开原城外拍摄的另一张时事片。这一学年没有完毕，我已经到了东京了，因为从那一回以后，我便觉得医学并非一件紧要事，凡是愚弱的国民，即使体格如何健全，如何茁壮，也只能做毫无意义的示众的材料和看客，病死多少是不必以为不幸的。所以我们的第一要着，是在改变他们的精神，而善于改变精神的是，我那时以为当然要推文艺，于是想提倡文艺运动了。
在几年之后写的《藤野先生》里，鲁迅又把这事说了一遍，只有一点不同，就是那个给俄国军队做侦探的中国人，不是被砍头而是被枪毙。人当年留下的好些张刽子手挥刀砍去的新闻图片中可以推知这篇当是误记。
鲁迅放弃医学，决心以文学为自己的终身事业，当然不会是一个刺激和一时冲动的结果。在这几年里，他读了许多文学书。许寿裳在《亡友鲁迅印象记》中说：“鲁迅在弘文学院时，已经购有不少的日本文书籍，藏在书桌抽屉内，如拜伦的诗，尼采的传，希腊神话，罗马神话等等。”这应该是他决心从事文学活动的远因吧。现在突然遇到这强烈的刺激，于是他作出了最终的抉择，提出了退学的申请。1906年3月15日仙台医学专门学校同意鲁迅退学。离开仙台之前，他向藤野先生辞行：
到第二学年的终结，我便去寻藤野先生，告诉他我将不学医学，并且离开这仙台。他的脸色仿佛有些悲哀，似乎想说话，但竟没有说。
“我想去学生物学，先生教给我的学问，也还有用的。”其实我并没有决意要学生物学，因为看得他有些凄然，便说了一个慰安他的谎话。
“为医学而教的解剖学之类，怕于生物学也没有什么大帮助。”他叹息说。
将走的前几天，他叫我到他家里去，交给我一张照相，后面写着两个字道：“惜别”。(《藤野先生》)
这张照片后来长期挂在北京鲁迅工作室的墙上，书桌的对面。他说：“每当夜间疲倦，正想偷懒时，仰面在灯光中瞥见他黑瘦的面貌，似乎正要说出抑扬顿挫的话来，便使我忽又良心发现，而且增加勇气了，于是点上一枝烟，再继续写些为‘正人君子’之流所深恶痛疾的文字。”
鲁迅从仙台退了学，回到东京，在本乡区汤岛二丁目的伏见馆住了些时候。
许寿裳在《怀亡友鲁迅》一文中记述了他们的这一次相见：
第二学年春假的时候，他照例回到东京，忽而转变了。
“我退学了。”他对我说。
“为什么?”我听了出惊问道，心中有点怀疑他的见异思迁，“你不是学得正有兴趣么?为什么要中断……”
“是的，”他踌躇一下，终于说：“我决计要学文艺了。中国的子，坏子，岂是医学所能治疗的么?”
我们相对一苦笑，因为子坏子这两大类，本是我们日常谈话的资料。
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