据他本人所言，作为"基地"组织的行动指挥官，在"9·11"事件中他也和本·拉登闹过矛盾。按照哈立德的说法，哈立德在1996年时率先向本·拉登提出"劫持美国飞机，撞大型建筑"的建议，由于在这个提议上倾注了不少热情，哈立德当时就向本·拉登详细阐述了该提议涉及的细节。比如，撞建筑的飞机最好选用大型商用客机，应该将那些开惯了小型军用飞机的组织成员送到美国的飞行学校学习……。不过当时，本·拉登却没看出这项提议的"伟大"之处，认为哈立德是异想天开，断然予以否决，这在当时仿佛给哈立德当头浇了一盆冷水。
1999年，本·拉登不知何故，又突然对"撞大楼"计划感兴趣起来，特地将正在巴基斯坦组织活动的哈立德召回身边，还将他安置在坎大哈的一个训练营里，以便随时可以和他策划"撞大楼"的方案。
哈立德好不容易才在众多渴望为"神圣事业"献身的"基地"分子中找到合适的人选，任命曾在德国读书，并能讲流利英语的穆罕默德·阿塔担任行动小组在美国的负责人。之后，哈立德又成功地将两名恐怖分子送到美国加州的佛罗里达学习民用飞机驾驶。一切都进展得非常顺利，美国人对这两位来自中东的学员没有丝毫怀疑。
这时，本·拉登突然出现了，他不但没有表扬哈立德策划活动的高超能力，反倒对他背着自己挑选人手大为不满，执意要让自己的两名亲信加入"9·11"行动小组中来，而他的这两名亲信纳瓦夫·阿尔哈兹米和阿尔米得哈尔，都是地道的中东人，只能讲一两句充斥着阿拉伯味的英语，对美国式的生活，更是一无所知。
这两人即便以外国游客的身份进入美国，都极易引起怀疑，更何况还拥有美国护照。按照美国法律，外国移民要想取得美国护照，必须在美国住够5年，或和一个美国公民结婚3年。拿着美国护照却连像样英语都说不出，对美国人的生活方式也毫不了解，这无异于直接告诉联邦调查局"来调查我吧"。更让哈立德生气的是，本·拉登还执意要求让这两人担任"9·11"行动的领导。
接着，本·拉登又要求让穆萨维加入行动队伍，哈立德无奈只得答应了本·拉登的要求，费了九牛二虎之力将穆萨维安排进美国俄克拉荷马州的一所驾驶学校。临走之前，哈立德反复提醒大大咧咧的穆萨维，到了美国后要尽量低调、小心，不能在任何场合对任何行动之外的人透露行动讯息。但是，一到美国，穆萨维就将哈立德的叮嘱抛在脑后，兴冲冲地写了一封电子邮件，发给被西方国家悬赏捉拿的哈立德，还详细汇报了自己在美国驾驶学校的学习情况。哈立德看后，气得险些背过气去。没过多久，穆萨维就引起了联邦调查局的怀疑，他在没有取得飞机驾驶执照的情况下，获得了在飞行模拟器上的操作时间，于是，穆萨维还没有开始行动就被关入大牢。
本·拉登本人也时时给哈立德制造麻烦，比如，在"9·11"发生前，本·拉登公开要求"基地"组织的成员为参与"9·11"的20名自杀式袭击者进行祈祷。还曾对一个来访者透露，"基地"正着手一项针对"美国利益"的行动。哈立德正担心美国情报人员因察觉到"'基地'组织正在筹划大事"出面干预，害怕所有的努力付诸东流。可本·拉登却刚好相反，在行动还未实施时，就忍不住要向西方透露些情况，似乎看西方国家对自己的言论捕风捉影比让行动顺利实施、给美国造成实质损害更加重要。
"幸运"的是美国的情报人员并未留心到这些反常情况。"9·11"事件，最终成了哈立德恐怖事件簿上最浓墨重彩的一笔。在接受"半岛"电视台采访时，哈立德洋洋得意地称自己策划了"9·11"事件，还给那些针对美国的自杀性袭击以很高的评价。
不过，哈立德在被捕后也曾承认，看着3000多平民百姓化作世贸废墟下的冤魂，并不是一件快乐事，尤其是这3000多冤魂中还有不少是天真烂漫的孩子。哈立德甚至坦言，自己并不想杀死儿童和孩子。
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