科学的发展不但摧毁了宗教的基础，而且摧毁了形而上学的基础。在认识论上，形而上学的追求总是以某种绝对真理为前提和目标的。一切形而上学家都相信世界具有某种终极的本质，问题只是要去发现它。然而，科学的发展愈来愈表明人类的一切认识具有多么相对的性质，种种自明的真理纷纷被证明为谬误，任何一种世界图景充其量只具有假说的性质，迟早要被涂抹改绘。正是在科学最迅速发展的近现代，怀疑论最为蔓延。理性的自我迷信业已破灭，它在碰壁之后不得不反过来进行自我批判，于是便有了康德的批判主义。从实证主义到现代经验主义和分析哲学愈来愈坚决地拒绝形而上学问题，而把哲学的任务严格限制于对科学的基础进行研究，这一哲学思潮正是科学破坏传统形而上学基础的直接后果。
尼采对于这一发展趋势是早有预感的，他在《悲剧的诞生》中指出： 有一种信念，"认为思想循着因果律的线索可以直达存在至深的深渊，还认为思想不仅能够认识存在，而且能够修正存在。这一崇高的形而上学妄念成了科学的本能，引导科学不断走向自己的极限……""现在，科学受它的强烈妄想的鼓舞，毫不停留地奔赴它的界限，它的隐藏在逻辑本质中的乐观主义在这界限上触礁崩溃了。"《尼采美学文选》，第63、65页。
在《强力意志》中，尼采进一步论述了科学发展对于形而上学认识的破坏作用：
"科学的发展愈来愈把'已知的东西'消解在未知的东西中了： --但它追求的恰是相反的情况，本能地要把未知的东西还原为已知的东西。
"总之，科学正在酝酿一种绝对的无知，一种感觉： 根本不会有'认识'；只有一种梦想'认识'的奢望；更有甚者，我们丝毫不能设想还可以把'认识'哪怕仅仅当作一种可能性；--'认识'本身是一个充满矛盾的观念。我们把人类一个古老的神话和自负改编为确凿的事实： 和'自在之物'一样，'自在之认识'也没有资格作为概念。"《强力意志》第608节，第415、416页。
尼采还指出： 从现代自然科学的活动中"终于产生一种自我解体，一种反对自己的转向，一种反科学性"。《强力意志》第1节，第8页。
无论宗教借信仰所建立的绝对价值，还是传统形而上学借概念所把握的绝对本体，都遭到了科学的否定。然而，科学自身在认识绝对的问题上却无能为力，绝对仍是一个神秘的领域。在尼采的时代，许多大科学家同时又是神秘主义的信徒，我们只要想一想恩格斯在《神灵世界中的自然科学》一文中举的例子就足够了。恩格斯认为，这是经验主义蔑视理论思维所遭到的惩罚。他显然怀抱着科学乐观主义的信心。在尼采看来，问题恰好在于理论思维（逻辑）也有其界限，不能达于存在的深渊。
人类追问绝对的冲动并非单纯的求知欲，而是出于确立价值目标的需要。可是，在确立价值目标方面，科学同样无能为力。尼采在谈到科学时写道："它不能……指明道路；只有当一个人知道向何处去之时，它才可能有用。"《尼采全集》，第１１卷，第170页。"科学--为支配自然而将自然转化为概念--属于'手段'之列。但是人的目的和意志必须同样生长，为了整体。"《强力意志》第610节，第416页。尼采要求恰如其分地看待科学在人类生活中的手段作用，不要把手段当作目的，迷失了方向。尤其在最高价值崩溃、信仰沦丧的时代，当务之急是创造新价值，建立新信仰，而科学显然不能完成这一任务。正因为如此，他一生中"不知疲倦地揭露我们当代科学追求的非精神化的影响"《偶象的黄昏》，第58、59页。，不断批判现代科学分工"削弱教化、乃至毁灭教化"《论我们教育设施的前景》。转引自弗兰采尔： 《尼采》，汉堡，1983，第58页。的恶果。
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