但时任华盛顿内阁国务卿的杰斐逊并不这么看，在他眼里，农业是美德繁衍之所，工商业则是恶德滋生之地，杰斐逊曾发自肺腑地感叹"将工厂留在欧洲吧"，认为城市对道德堕落会起到推波助澜的作用。
汉密尔顿和杰斐逊在经济上的分歧难以调和，在政治上的矛盾也针锋相对。
汉密尔顿尽管曾致力于宣传《1787年宪法》，但他对宪法并不满意，他要求加强中央和总统的权力，时不时嚷嚷着让总统终身制，只是他的好友华盛顿，并没有当终身总统的意思。杰斐逊则是以亲民著称的政治家，认为管得少的政府就是好政府，他不认为美国人已经在政治上成熟到可以自己治理国家的地步，但他相信美国人有能力选出合适的利益代言人来管理国家。
汉密尔顿提倡的是精英政治，杰斐逊强调的是平等精神和公民权利。汉密尔顿代表美国东北方的利益，杰斐逊则是南方农业经济的代言。汉密尔顿和杰斐逊就像一张美元的两面，两个人处处唱反调，但毋庸置疑，两个人也都是为美国的长久利益考虑。
1793年，杰斐逊越来越忍受不了汉密尔顿，干脆辞去了国务卿的职务，回到老家弗吉尼亚去开创自己的党派--民主共和党。民主共和党是美国历史上第一个正式成立的政党，杰斐逊也知道政党"私利性"的一面，但要实现政治理想，必须仰仗政党的力量。
对民主共和党的诞生，华盛顿看在眼里，愁在心里。
在告别演说里，华盛顿着重提到了政党之争的危害，指出政党的争斗会削弱公众的行政管理能力，会在社区里煽动恐慌情绪，会挑拨一派和另一派对立，会鼓动暴动和骚乱，会让外国的敌对势力找到渗入美国的机会……但同时，华盛顿也承认，派系斗争是扎根于"人类思想里最强烈的欲望之中"的，和人的本性不可分割。
华盛顿的接班人、美国第2任总统--约翰·亚当斯，在担任总统的四年里，不止一次出台针对民主共和党的政策，先后颁布了《客籍法》和《反颠覆法》。对此，杰斐逊大为不满，认为亚当斯此举背叛了美国革命。在杰斐逊的影响下，弗吉尼亚州宣布《反颠覆法》无效，这是美国历史上地方政府第一次动用州权抵制联邦法。
1800年，杰斐逊赢得了总统大选，这和杰斐逊长久以来奉行的亲民风格密切相关。美国在当时还是个农业国，大部分人都靠务农为生，代表农民利益的政治家更容易得到拥护，更何况这个政治家还一再强调要站在平民大众一边，且还是美国的建国元勋之一。
杰斐逊干脆称1800年大选为"革命"。民主共和党在大选中的对手，是以汉密尔顿和约翰·亚当斯为代表的联邦党人，但此时杰斐逊和汉密尔顿的政治分歧已不像最初那样严重了。杰斐逊在大选时曾说"我们都是联邦党人"，在赴任后也承认了发展工商业的必要性，并采纳了不少汉密尔顿的意见。
为了国家利益，杰斐逊买下了路易斯安那，并开始推动美国向重工业主义的方向发展。美国的党派斗争，一个突出特点就是既争斗，又交融。不幸的是1804年，汉密尔顿和时任美国副总统的伯尔因名誉问题进行了决斗，汉密尔顿在决斗中丧生。
汉密尔顿和杰斐逊都成了美国的巨人，他们的争斗被当成美国历史上最重要的争斗之一，他们的主张也都沉淀成美国历史发展的线索。
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