如同末代太医院院长张仲元提倡中西医结合、培养医学通才的主张注定无法实现一样，一个朝代的太医院总是随着一个朝代的兴衰而升降沉福皮之不存，毛将焉附，随着最后一个封建皇朝清朝的覆亡，长达四千余年历史的太医院也自然无法抵挡历史的洪流，不得不一夜之间遁迹于无形了。
据史书记载，中国从奴隶社会到封建社会的数千年间，历朝历代都设有为最高统治者防病治病的太医院。经过几千年的沿革和发展，到了明清时期，太医院已经逐渐完善起来。太医院是太医们候旨待诏、讲论医学及传习医学之衙门，即宫廷医生的行政管理机构，其职责是“掌医之政令，率其属以供医事”，归内务府直接管辖，名为“医院”，实无病人出入，只有医生往来。太医院设有传授医学知识的教习厅，亦是医学教育机构，在宫廷医学的继承和发展上起着重要作用。
由于机构趋于完善，太医院的临床经验进一步丰富起来，明清时期发展起来的温病学、人痘接种术、活血化瘀法及方法繁多的外治法，在太医院得到广泛应用；太医院还重视医疗调理、医学基础理论的研修和药材的地道性。
清宫太医院的发展可分为前后两个阶段：第一个阶段从清兵入关、定鼎燕京到“康乾盛世”结束，即从1644年到1795年。在历时150年的这段时期中，清代太医院经历了建立、健全到全盛的阶段。在这期间，由于社会经济的稳定和发展，以及受到康熙、乾隆等明君的重视和支持，清廷先后建立了太医院、御药房等宫廷医疗机构，制定了一整套医官升迁制度和医学知识传习与考核办法，使宫廷医学快速发展起来。这是清宫太医院的黄金时期。
第二个阶段从嘉庆元年至辛亥革命（1796～1911年），这115年中，由于爆发了两次鸦片战争，西方列强纷纷入侵，清朝封建统治日益衰败，民族危机不断加深，致使包括太医院在内的中国医药学也受到了重创。这是清宫太医院的衰落和消亡时期。
太医院的逐渐衰落主要表现在以下三个方面：
其一，资金拮据，御医俸禄没有保障。据《太医院志》记载：清代御医俸禄，“国初定在京文武官俸俱按品级交给，其俸银汉满一律颁发俸米。满、蒙、汉军官每俸银一两支米一斛；汉官不论品，俱按岁支米十二石，每年春秋二季支给……”据此可知太医院院使年俸银80两，左右院判为60两，御医、吏目分别在30至40两之间。此外，太医院尚有10名值堂值厅者“岁给银十两”，此亦为品级较高者才能得。以上为清代前期之规定。
咸丰年间，英法联军攻占北京，火烧圆明园，中国内忧外患，国力大衰，民不聊生，财政难以为继，京官俸银已无法如数支予，只能支出四成、五成、六成、七成不等。俸米改为五成、三成五分、三成、二成五分、二成。医士季银亦屡改五成、七成不等。到光绪二十四年（公元1898年），经太医院奏准，清廷将医士应得之银两由五成还归十成，但两年后又改为七成。其米自咸丰年医士者略折些微之银，光绪二十六年后亦竟裁之。不仅太医院如此，各部院皆同。一个只有数十人的太医院竟然困难到如此地步，可见清廷财政困难到了何种程度！
其二，在资金拮据背景下，太医院的规模日益缩校嘉庆二年，将痘疹科并入小方脉，咽喉、口齿合为一科，也就是说，太医院的设置已由11科缩小为9科。尤其是道光二年，竟以“针刺火灸，究非奉君之所宜”为由，永远停止了太医院针灸一科！同治年间，太医院只剩下5科，即大方脉（包括明代的大方脉、伤寒、妇人科）、小方脉、口齿咽喉、眼科、外科。太医院不但款项难筹，人才也青黄不接。
尤其令人寒心的是，原太医院的院址也被占用。北京太医院自明永乐年间建成，历四百年风雨沧桑，到光绪二十六年（公元1900年），其院址竟被清政府划归俄罗斯使馆，太医院署衙遂无着落，只好东租西借，且规模不断缩校先是暂借东安门内大街御医白文涛之私宅办公，翌年租借东安门北池子街大悲观音院。光绪二十八年（公元1902年）初，选新址建太医院，历时三年方建成，其规模仅有原来的十分之一。承担医学教育的太医院，虽也从全国召征名医，但多数是太医院自己培养，这样以来就丧失了学术上的“杂交优势”。
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