在猪"高热病"大面积暴发之前，哈兽研的Ch-a1灭活疫苗和勃林格的弱毒疫苗占据了当时国内蓝耳病疫苗的主要市场份额。绝大多数养殖户对这两种产品在防控传统蓝耳病的效果上均表示认可。勃林格公司的一份统计显示，80%以上的用户在第一次使用该公司的弱毒疫苗后，会坚持重复使用。哈兽研的Ch-a1灭活疫苗更是凭借安全、有效、廉价的优势，深受养殖户青睐。
这一状态随着猪"高热病"疫情暴发，并被最终确诊为蓝耳病变异毒株引起的高致病性猪蓝耳病而改变。变异后的蓝耳病病毒成为罪魁祸首，针对传统蓝耳病病毒有效的Ch-a1灭活疫苗和勃林格弱毒疫苗，对变异毒株的免疫效果遭到质疑，并随着疫情的流行而愈演愈烈。
2006年11月，中国动物疫病预防控制中心收集了当时市场上所有的蓝耳病疫苗产品，包括有批文的和没有批文的，评价它们对高致病性猪蓝耳病病毒的免疫效果。相关负责人披露，实验结果表明当时没有一个疫苗具有很好的保护率。
2007年6月初，农业部兽医局局长贾幼陵对媒体披露，"国际上能够使用的普通蓝耳病疫苗只有一种，很贵，打一针要16-18块钱，但这个疫苗对高致病性猪蓝耳病没有作用"。
防疫形势的日益严峻，促使针对蓝耳病变异毒株的疫苗研制和生产工作驶入快速干道。
第二阶段：新型疫苗统一调拨
高致病性猪蓝耳病确诊之后，最先抢占市场的疫苗生产企业是山东齐鲁。2007年4月，齐鲁生产的SD1型蓝耳病灭活疫苗开始上市。一个月多前，他们拿到了国内第一张，也是目前唯一一张SD1型蓝耳病灭活疫苗的临时批文。
山东齐鲁的SD1型蓝耳病灭活疫苗推出之时，可谓占据天时。当时，原来在市场上流通的各种蓝耳病疫苗的效果遭到普遍质疑，而中国动物疫病防控中心与中国兽药监察所研制的灭活疫苗(NVDC-JXA1型)尚未推出。SD1型灭活疫苗两个月内销量达到3000万毫升。
但随后不久，湖南、广东等地相继发生使用该疫苗后，猪群出现应激反应的情况。尽管应激反应与接种猪群的健康状况有关，但SD1型灭活疫苗的效果已经开始受到质疑。农业部有关专家在2007年6月广州召开的广东养猪产业博览会上透露，齐鲁的SD1型灭活疫苗针对的是山东毒株，这个毒株与哈兽研的CH-1R毒株一样，都属于经典毒株，不是变异毒株，因此该产品对变异毒株引起的高致病性猪蓝耳病保护效果并不明显。
2007年5月，高致病性猪蓝耳病灭活疫苗研制成功，并被农业部指定为防控高致病性猪蓝耳病的唯一有效产品，称其实验室保护率达到80%。尽管其在生产中的效果遭到一片怀疑，但是在强制免疫和统一调拨的政策保护下，NVDC-JXA1型灭活疫苗迅速霸占蓝耳病疫苗市场，原有格局被彻底打破。
6月中旬，首批NVDC-JXA1型灭活疫苗上市，农业部开始对其实行全国统一调拨，包括山东齐鲁、哈兽研、勃林格等厂家的产品市场空间被大幅压缩，齐鲁的SD1型灭活疫苗使用范围缩小到部分养殖场，月销量维持在300万毫升。
一时间，NVDC-JXA1型灭活疫苗的生产资质得到国内众多疫苗生产企业的追捧，农业部指定紧急生产的企业数量从原来的6家，扩张到最终的19家。6月，高致病性猪蓝耳病发病达到2007年的高峰，蓝耳病疫苗的供求关系异常紧张。以广东省为例，据省动物疫苗供应站统计，全省下半年蓝耳病疫苗需求量在3000万-4000万毫升，但截至7月初，只接到200万毫升的调拨产品。供应紧张的情况直到9月份才得到缓解。
紧张的供求关系，稳定的利润收入，使得具备NVDC-JXA1型灭活疫苗临时生产批文，同时具备足够生产能力的企业在此期间获利颇丰。据证券市场人士分析，以中牧股份、金宇集团为首的龙头企业在统一调拨期间的销售额都在1亿元左右。19家生产企业几乎全部开足马力生产，产品在6-9月间持续供不应求。
11月初，蓝耳病疫苗市场供求逐渐平衡，农业部停止对NVDC-JXA1型灭活疫苗的全国统一调拨，新型蓝耳病疫苗的统购统销时代结束。
第三阶段：弱毒疫苗有望反弹
蓝耳病疫苗市场面临着一次重新洗牌。
停止统一调拨之后，蓝耳病疫苗将回归到市场调控或政府招标的供应模式。由于NVDC-JXA1型灭活疫苗在防控高致病性猪蓝耳病上的效果已经得到官方认可，所以该疫苗进入政府招标采购名单应该不会出现意外。在1个多月的过渡期内，19家具有临时生产批文的企业就要为采购招标和将来的正式生产批文储备产品和生产能力。而市场上其他的几类蓝耳病疫苗产品要想进入政府采购名单，就必须拿出该产品对蓝耳病变异毒株有效免疫的证据，否则只能依靠市场流通抢占用户。
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