(一) 基本原理
酵母雙雜交係統由fields和song等首先在研究真核基因轉錄調控中建立 i 。典型的真核生長轉錄因子， 如gal4、gcn4、等都含有二個不同的結構域: dna結合結構域(dna-binding domain)和轉錄激活結構域(transcription-activating domain)。前者可識別dna上的特異序列， 並使轉錄激活結構域定位於所調節的基因的上遊， 轉錄激活結構域可同轉錄復合體的其他成分作用， 啓動它所調節的基因的轉錄。二個結構域不但可在其連接區適當部位打開， 仍具有各自的功能。而且不同兩結構域可重建發揮轉錄激活作用。酵母雙雜交係統利用雜交基因通過激活報道基因的表達探測蛋白－蛋白的相互作用。主要有二類載體: a 含dna -binding domain的載體; b 含dna-activating domain的載體。上述二類載體在構建融合基因時， 測試蛋白基因與結構域基因必須在閱讀框內融合。融合基因在報告株中表達， 其表達産物衹有定位於核內才能驅動報告基因的轉錄。例如gal4-bd具有核定位序列(nuclear-localization sequence)， 而gal4-ad沒有。因此， 在gal4-ad氨基端或羧基端應剋隆來自sv40的t-抗原的一段序列作為核定位的序列。目前研究中常用binding-domain基因有： gal4(1-147); lexa (e coli轉錄抑製因子)的dna-bd編碼序列。常用的activating-domain基因有： gal4(768-881)和皰疹病毒vp16的編碼序列等。
雙雜交係統的另一個重要的元件是報道株。報道株指經改造的、含報道基因(reporter gene)的重組質粒的宿主細胞。最常用的是酵母細胞， 酵母細胞作為報道株的酵母雙雜交係統具有許多優點: 〈1〉 易於轉化、便於回收擴增質粒。〈2〉具有可直接進行選擇的標記基因和特徵性報道基因。〈3〉酵母的內源性蛋白不易同來源於哺乳動物的蛋白結合。一般編碼一個蛋白的基因融合到明確的轉錄調控因子的dna－結合結構域(如gal4-bd， lexa-bd)； 另一個基因融合到轉錄激活結構域(如gal4-ad， vp16)。激活結構域融合基因轉入表達結合結構域融合基因的酵母細胞係中， 蛋白間的作用使得轉錄因子重建導致相鄰的報道基因表達(如lacz)， 從而可分析蛋白間的結合作用。
酵母雙雜交係統能在體內測定蛋白質的結合作用， 具有高度敏感性。主要是由於：①采用高拷貝和強啓動子的表達載體使雜合蛋白過量表達。②信號測定是在自然平衡濃度條件下進行， 而如免疫共沉澱等物理方法為達到此條件需進行多次洗滌，降低了信號強度。③雜交蛋白間穩定度可被激活結構域和結合結構域結合形成轉錄起始復合物而增強， 後者又與啓動子dna結合， 此三元復合體使其中各組分的結合趨於穩定。④通過mrna産生多種穩定的酶使信號放大。 同時， 酵母表型， x-gal及his3蛋白表達等檢測方法均很敏感。
(二) 酵母雙雜交係統的應用
1特點與優點
酵母雙雜交係統的最主要的應用是快速、直接分析已知蛋白之間的相互作用及分離新的與已知蛋白作用的配體及其編碼基因。酵母雙雜交係統檢測蛋白之間的相互作用具有以下優點: ⑴ 作用信號是在融合基因表達後， 在細胞內重建轉錄因子的作用而給出的， 省去了純化蛋白質的繁瑣步驟。⑵ 檢測在活細胞內進行， 可以在一定程度上代表細胞內的真實情況。⑶ 檢測的結果可以是基因表達産物的積纍效應， 因而可檢測存在於蛋白質之間的微弱的或暫時的相互作用。⑷ 酵母雙雜交係統可采用不同組織、器官、細胞類型和分化時期材料構建cdna文庫， 能分析細胞漿、細胞核及膜結合蛋白等多種不同亞細胞部位及功能的蛋白。例如已報道成功分析了rap1與rif1ii、p21cip1與cdk2iii、p16與cdk4iv等之間的相互作用。
2結構組成
酵母雙雜交係統可應用於確定兩已知有生理作用的蛋白間的作用位點或結構域。利用此係統已分析和測定了多種重要結構域， 如p85三磷酸肌醇激酶和p110亞單位作用的結構域v， p21cip1蛋白與增殖細胞膜抗原(proliferating-cell nuclear antigen， pcna) 的結合序列vi等。
此外酵母雙雜交係統還應用於闡明蛋白質相互作用的結構域，繪製蛋白質聯繫圖譜，在藥物設計等許多方面。
(三) 酵母雙雜交係統局限性和存在的問題
酵母雙雜交係統是分析蛋白-蛋白間相互作用的有效和快速的方法， 有多方面的應用， 但仍存在一些局限性。⑴ 雙雜交係統分析蛋白間的相互作用定位於細胞核內， 而許多蛋白間的相互作用依賴於翻譯後加工如糖基化、二硫鍵形成等， 這些反應在核內無法進行。 另外有些蛋白的正確摺叠和功能有賴於其他非酵母蛋白的輔助， 這限製了某些細胞外蛋白和細胞膜受體蛋白等的研究。⑵ 酵母雙雜交係統的一個重要的問題是"假陽性"。由於某些蛋白本身具有激活轉錄功能或在酵母中表達時發揮轉錄激活作用， 使dna結合結構域雜交蛋白在無特異激活結構域的情況下可激活轉錄。另外某些蛋白表面含有對多種蛋白質的低親和力區域， 能與其他蛋白形成穩定的復合物， 從而引起報告基因的表達， 産生"假陽性"結果。
許多研究者對雙雜交係統進行了改進和發展，。例如采用假陽性顯示分析法和雙篩選係統以減少"假陽性"的發生；發展哺乳動物雙雜交係統更好地研究蛋白將的相互作用。其中雙篩選係統用二種不同的報告基因(常用lacz和his3)有以下優勢vii:⑴ 用不同的啓動子表達位於酵母二個染色體上的報告基因， 可明顯減少假陽性。⑵ 通過營養型篩選增強了篩選能力， 尤其適用於對較大的庫容量而被選蛋白較少情況下的篩選。
哺乳動物雙雜交係統viii也是一種基因水平上以重建轉錄因子功能為基礎的體內分析方法。在此係統中，一種感性趣的蛋白與gal4--dna結合結構域構成融合蛋白，另一種蛋白與單純皰疹病毒vp16蛋白的激活結構域以融合蛋白表達。表達這些融合蛋白的載體與一個報道載體（cat）共同轉染哺乳動物細胞係。報道質粒含一個gal4結合位點下遊的cat基因。假如兩個融合蛋白相互作用則cat報道基因表達水平明顯增高。用此係統證實了p53蛋白與大t抗原的相互作用， 得到了酵母雙雜交係統相同的結果。且較酵母雙雜交係統更為快速，在轉染48h內得到結果。並且在哺乳動物細胞能更好模仿體內的蛋白-蛋白相互作用。因而，哺乳動物雙雜交係統可作為酵母雙雜交係統的輔助手段 |