微生物学家 > 邓子新
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No. 1
　　微生物学家。上海交通大学教授。1957年出生于湖北房县。1982年毕业于华中农业大学微生物专业，1987年获英国east anglia大学分子微生物学博士学位。现任上海交通大学bio-x生命科学研究中心副主任，兼任5个国际刊物编委。2005年当选为中国科学院院士。
　　长期从事微生物分子生物学研究，在重要类别抗生素生物合成基因克隆、定位、结构功能分析、表达和遗传调控机制、抗生素代谢工程与药物创新、天然产物的生物化学与组合生物合成等方面取得了系统性研究进展, 提出了多个国际认同的抗生素生物合成分子机制的理论模型, 利用遗传操作高产了重要抗生素，并产生了系列药物衍生物, 是我国在微生物代谢途径与代谢工程研究领域的主要学术带头人之一。在众多细菌dna大分子上首次发现了硫(s)修饰, 打开了dna硫化修饰新领域。
工作经历
　　1982.1-1984.2在华中农业大学微生物专业毕业后留校任助教；1984.2-1988.5在英国University of East Anglia注册，在英国John Innes 研究中心获博士学位，并做博后研究一年；1988.6-1991.12在华中农业大学任讲师；1991.12-1992.8在华中农业大学任副教授；1992.8-2000.7在华中农业大学任教授，1993年遴选为博导；2000.7始任上海交通大学教授、博导，Bio-X生命科学研究中心副主任。2005年任教育部微生物代谢工程重点实验室主任。2001-2003兼美国康乃尔大学客座教授；现任《科学通报》、《Process Biochemistry》等数个国内外刊物特邀编辑或编委会成员。2006年起任国际工业微生物遗传学组织专家委员会（GIM-IC）委员。
获奖情况
　　1991年被评为国家级有突出贡献的中青年专家；被评为有突出贡献的留学回国人员；
　　1992年获霍英东基金会“青年教师奖”；
　　1993年获首届中国青年科学家提名奖；
　　1994年获首届“国家杰出青年科学基金”、“中国青年科技奖”、农业部科技进步一等奖并入选国家教委跨世纪人才计划；1996年入选人事部“百千万人才工程”第一、二层次；
　　1997年获“瑞典国王Baudiouin奖”；
　　2000年获美国康乃尔大学首届“Tang-Cornell 中国学者奖”；2004年被评为教育部“长江学者” 特聘教授，获上海市科技进步一等奖；
　　2005年获“上海市十大科技创新英才”称号，当选为中国科学院院士；2006年当选为第三世界科学院院士。
　　此外，1991、1994、1997年三次获得美国洛氏基金会“生物技术生涯奖”.
头衔
　　中国科学院院士，长江学者
研究方向
　　主要从事放线菌遗传学及抗生素生物合成的生物化学和分子生物学研究。其研究领域涉及微生物农（医）药的高新技术研究，链霉菌质粒和噬菌体的分子生物学，DNA复制调控、限制和修饰系统、微生物代谢途径、代谢工程及次生代谢产物的生物化学、抗生素基因簇的克隆、定位，基因的结构、功能、表达和调控，非天然性抗生素药物创新的基因工程等。先后共主持30余项国家级和国际合作项目，已在国内外学术刊物上发表100余篇研究论文。
近期主要研究课题：
　　（1）一种新的DNA硫化修饰系统 已知DNA是由C、H、O、N、P五种元素所构成的，我室在作为生命中枢的DNA大分子上发现了许多微生物，包括一些抗生素产生菌，动、植物病原菌和海洋微生物基因组中硫（S）的存在，而且分离出与硫修饰有关的完整基因簇，打开一个新的学科领域。这项发现为从遗传学、生化学和化学领域协作攻关并从根本上揭示DNA硫修饰的本质提供了新思路。DNA新结构的最终阐明将丰富分子生物学的基础理论也将为DNA损伤，甚至癌症治疗因子的作用机理提供理论基础。如同甲基化的修饰（以前已知的唯一DNA修饰）导致了一系列新的发现一样，DNA上硫化修饰的发现也可预期产生分子生物学领域新的“信息”流。目前，已拥有硫化修饰基因（簇）和一系列突变株，奠定了进行体外基因表达，研究酶学功能的条件，也为最终从分子水平上阐明修饰的化学本质和生物学意义奠定了良好的基础。
　　（2）重要微生物基因（簇）分离与克隆 基因资源是生命科学领域竞争白热化的一个焦点领域，也是未来重量级微生物新知识产权形成的基础。我室正加强对我国微生物基因（簇）资源，而不仅仅是菌种资源的重视。在已分离鉴定的许多重要微生物基因的基础上，在近年内将形成我国新知识产权的微生物基因（簇）包括：杀虫性大环内酯抗生素梅岭霉素基因簇和多醚类抗生素南昌霉素基因簇，抗病性氨基糖苷类抗生素井岗霉素基因簇，抗真菌多烯大环内酯类抗生素杀念菌素基因簇，具有重要价值的微生物酶类的基因将包括磷酯酶A2，胆固醇氧化酶，脂肪酶基因及其一系列杀虫抗病微生物农药产品的正、负调节（途径专一性或全局性）基因等。许多类别的基因将构成我国首创和独有的知识产权，预期会对农业、医药、卫生、环境等领域高新技术产业的形成与发展作出贡献。
　　（3）微生物代谢工程与化学生物学 随着分子生物学的发展及其向微生物农、医药研究领域的渗透，微生物药物的生物合成正面临着又一次革命性的变化，即由基因工程发展到代谢工程的变化，也就是用基因工程手段来重新设计代谢系统。我室顺应这种变化，为近年内在此领域取得突破奠定了较好的物质和技术基础，获得了大量与生物合成相关的基因并阐明了一些重要基因的结构、功能及其表达、调控之机理，发展了一系列体内外的分子操作技术。已经分离的多烯、聚醚、氨基糖苷抗生素基因簇及其一系列与抗生素生物合成、代谢调控有关的因子的分离已经构成我国特有的知识产权，并用来提高现有一些药物的产量，它们的全序测定将使利用模块替换、基因改变、功能消除、功能获得等多种组合生物学手段设计和改造药物，形成一系列非天然性的天然化合物，在药物创新方面取得一系列突破成为可能。这种突破既可能是基础理论的突破，也具有潜在的应用前景，预期会对我国代谢工程的发展产生影响。
　　（4）分子微生物学技术和方法学创新 众所周知，以微生物为研究对象的分子微生物学方法学的进展是当今生命科学突飞猛进，一日千里的原动力。我室多年来在此领域积极探索，通过对质粒、噬菌体、转座子、基因岛、跨属接合转移等基础微生物学的深入研究，衍生出一系列“通用型”或具有特殊用途的载体，有些研究材料已被收录入大型工具书（Practical Streptomyces Genetics），供全世界使用。同时，还不断揭示出国际上通用的一些基因工程受体菌株的一些新属性，并构建出新一代受体菌株。我们将百倍努力，力争持续在此领域有所作所为。
主要论文：
　　1. L. Wang, S. Chen, T. Xu, K. Taghizadeh, J. S. Wishnok, X. Zhou, D. You, Z. Deng, Peter C. Dedon (2007), Phosphorothioation of DNA in bacteria by dnd gene clusters, Nature Chem. Bio., in press.
　　2. X. He, H. Ou, Q. Yu, X. Zhou, J. Wu, J. Liang, W. Zhang, K. Rajakumar, and Z. Deng (2007). Analysis of a genomic island housing genes for DNA S-modification system in Streptomyces lividans 66 and its counterparts in other distantly related bacteria, Molecular Microbiology, 65(4):1034-48..
　　3. H. Ou, X. He, E. Harrison, B. Kulasekara, A. Thani, A. Kadioglu, S. Lory, J. Hinton, M. Barer, Z. Deng (2007): MobilomeFINDER: web-based tools for in silico and experimental discovery of bacterial genomic islands, Nucleic Acids Research. 5: W97-W104..
　　4. J. Liang, Z. Wang, X. He, J. Li, X. Zhou, and Z. Deng (2007). DNA modification by sulphur: analysis of the sequence recognition specificity surrounding the modification sites. Nucleic Acids Research. 35(9):2944-54.
　　5. D. You, L. Wang, F. Yao, X. Zhou, and Z. Deng (2007). A novel DNA modification by sulfur: DndA is a NifS-like cysteine desulfurase capable of assembling DndC as an iron-sulfur cluster protein in Streptomyces lividans. Biochemistry. 46(20):6126-33.
　　6. K. Minagawa, Y. Zhang, T. Ito, L. Bai, Z. Deng, and T. Mahmud (2007): ValC, a New Type of C7-Cyclitol Kinase Involved in the Biosynthesis of the Antifungal Agent Validamycin A, ChemBioChem, 8:632 – 641.
　　7. B.M. Harvey, T. Mironenko, Y. Sun, H. Hong, Z. Deng, P.F. Leadlay, K.J. Weissman, and Stephen F. Haydock (2007) Insights into Polyether Biosynthesis from Analysis of the Nigericin Biosynthetic Gene Cluster in Streptomyces sp. DSM4137. Chemistry & Biology 14, 703–714.
　　8. X. Mao, Y. Shen, L. Yang, S. Chen, Y. Yang, J. Yang, H. Zhu, Z. Deng, D. Wei (2007): Optimizing the medium compositions for accumulation of the novel FR-008/Candicidin derivatives CS101 by a mutant of Streptomyces sp. using statistical experimental methods. Process Biochemistry, 878-883.
　　9. Z. Gai, B. Yu, L. Li, Y. Wang, C. Ma, J. Feng, Z. Deng, P. Xu (2007). Cometabolic Degradation of Dibenzofuran and Dibenzothiophene by a Newly Isolated Carbazole-Degrading Sphingomonas sp. Strain. Applied and Environmental Microbiology, 73(9):2832-8
　　10. Wang L, Yu Y, He X, Zhou X, Deng Z, Chater KF, Tao M (2007). Role of an FtsK-like protein in genetic stability in Streptomyces coelicolor A3(2), Journal of Bacteriology, 189(6):2310-8.
　　11. Li W, Wu J, Tao W, Zhao C, Wang Y, He X, Chandra G, Zhou X, Deng Z, Chater KF, Tao M (2007). A genetic and bioinformatic analysis of Streptomyces coelicolor genes containing TTA codons, possible targets for regulation by a developmentally significant tRNA. FEMS Microbiol Lett. 266(1):20-8.
　　12. Hua D, Ma C, Song L, Lin S, Zhang Z, Deng Z, Xu P (2007). Enhanced vanillin production from ferulic acid using adsorbent resin. Appl Microbiol Biotechnol. 74(4):783-790.
　　13. P. Xu, J. Qiu, Y. Zhang, J. Chen, P.G. Wang, B. Yan, J. Song, R. Xi, Z. Deng and C. Ma (2007) Efficient Whole-Cell Biocatalytic Synthesis of N-Acetyl-d-neuraminic Acid. Adv. Synth. Catal. doi: 10.1002/adsc.200700094.
　　14. D. Hua, C. Ma, S. Lin, L. Song, Z. Deng, Z. Maomy, Z. Zhang, B. Yu and P. Xu (2007) Biotransformation of isoeugenol to vanillin by a newly isolated Bacillus pumilus strain: Identification of major metabolites. J. Biotechnol. doi:10.1016/j.jbiotec.2007.05.003
　　15. Li W, Ying X, Guo Y, Yu Z, Zhou X, Deng Z, Kieser H, Chater KF, Tao M. (2006). Identification of a gene negatively affecting antibiotic production and morphological differentiation in Streptomyces coelicolor A3(2). Journal of Bacteriology, 188(24): 8368-75.